BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283I14
Chromosome14 (Build37)
Map Location 24,352,364 - 24,484,515
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnma1
Upstream gene1700112E06Rik, EG435392, LOC665068
Downstream geneLOC620499, Dlg5, LOC100039335, E330034G19Rik, LOC669325, Polr3a, Rps24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283I14.bB6Ng01-283I14.g
ACCGA082473GA082474
length8721,097
definitionB6Ng01-283I14.b B6Ng01-283I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,483,645 - 24,484,515)(24,352,364 - 24,353,459)
sequence
gaattctcttgtgcaaacaattttggggactcaaattaatgtaagaaagc
aagcagcaacaccctgctgagtatgcaggtctagtaccaagctgggtgta
cagtcactatgcaataaatatatgtttaatgaataaataaacactaaatt
aaaatgtaacaccttctaggcattgtccagcccatgtacctagactaaca
gtgactcatagtcaaggcaaagaggactacaaacccgcttcctcccccca
ctcataagatttcaaaacgtctttcaacatgtttctttgttcactaaaaa
attgaagtttattagaaagcattcatgggtgatactagagggtgtggtat
ctcctaatagataactgaaggagattttgtctaaagaacaaatacctaaa
attaaccaatttaaaatgtttttgaatctatgtcaaagaaaagcagtgtg
tctgccatatccagggatccattccataatcagcttccaaacgctgacac
cattgcatacactagcaagattttgctgaaaggacccagatatagctgtc
tcttgtgagactatgccggggcctaacaaacacagaagtggatgctcaca
gtcagctattggatggatcacagggctcccaatggaggagctagagaaag
tacccaaggatctgaagggatctgcaaccctataggtggaacaacattat
gaactagccagtaccccggagctcttgactctagctgcatatgtatcaaa
agatggcctagtcggccatcactgaaaagagaggcccatttggacaagca
aactttatatgccccagtacaggggaacgccagggccaaaaatatgggaa
tgggtgggtaggaaggtggggg

gaattcaacacctaattgagtcacttacagactcccagatcctcagggcc
tgcgaaagcactgcaccatcaaaaaccatgcagagtcttttcaagatatt
aaatctactgacgtctcttggtgctttggggaaatggcctaaatatggtg
attattaatctctaaatgattgtcactgggacattaatggtgcttaaggg
agctcttgctgagtgcagaacatttaatcaccactgctgagacagaccag
gtttgttgtggaaatctgattaattgtatgacatcagcaacatcacagat
tgttcgcacgaggaagtggacttccaagctgaaccctatgaccaagttaa
tatctgaaagctatgtagaaaacctgcaagattaaccccaatgatgggtg
ttctctgtccgctgggatgtggactttgacatctggaagatgactgcttc
aaaggagggaggggttgccagcagaagacattgagtatttgtggcaaaaa
gagtcattggagatggctatctgcagccttcctggccaagcccaaaggct
tgaatcaaacatgaaattatcagtagttagagtggcactgaccatgcaga
gtctagctccttgctttgaaggagagattgtgatccgatcatgaaaacct
gccccctctttttgtaagtgtcatttctgtgtttttatggaaacttgtga
attcccatacatgaattctccgtggctgttctggtttggtatatgtctta
gttacttttctgttgctatcataagataccaggactaaagcaattgatag
aaaaaaagcatttattggggcaagtccatagccattatgtctgggagcat
ggcagcagatatgcaggtatggccctagagcaaaagctgggaggatccat
ctctttatcactaggcaaggggaagggactggtgtggcctttgacacttc
aaagtaacacacctcctttcaacaaggccccactctcatccctcccaaac
agtctaccaaacttagaaacaagtattcaaaatacattgagcttctagaa
tccaatctatcaaaccacctacaggaggaacatgttccaagggctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24483645_24484515
seq2: B6Ng01-283I14.b_45_916 (reverse)

seq1  CCCCCACTTTCCTACCCACCCATTCCCATATTTTTGGCCCTGGCGTTCCC  50
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACCTTCCTACCCACCCATTCCCATATTTTTGGCCCTGGCGTTCCC  50

seq1  CTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCTTGTCC-AATGGGCCTCTCTTTTCA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCTTGTCCAAATGGGCCTCTCTTTTCA  100

seq1  GTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGA  150

seq1  GCTCCGGGGTACTGGCTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCGGGGTACTGGCTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCA  200

seq1  GATCCCTTCAGATCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTTCAGATCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCC  250

seq1  TGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGTTAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGTTAG  300

seq1  GCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAA  350

seq1  AATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTATGGA  400

seq1  ATGGATCCCTGGATATGGCAGACACACTGCTTTTCTTTGACATAGATTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCCCTGGATATGGCAGACACACTGCTTTTCTTTGACATAGATTCA  450

seq1  AAAACATTTTAAATTGGTTAATTTTAGGTATTTGTTCTTTAGACAAAATC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTTAAATTGGTTAATTTTAGGTATTTGTTCTTTAGACAAAATC  500

seq1  TCCTTCAGTTATCTATTAGGAGATACCACACCCTCTAGTATCACCCATGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAGTTATCTATTAGGAGATACCACACCCTCTAGTATCACCCATGA  550

seq1  ATGCTTTCTAATAAACTTCAATTTTTTAGTGAACAAAGAAACATGTTGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCTAATAAACTTCAATTTTTTAGTGAACAAAGAAACATGTTGAA  600

seq1  AGACGTTTTGAAATCTTATGAGTGGGGGGAGGAAGCGGGTTTGTAGTCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTTTTGAAATCTTATGAGTGGGGGGAGGAAGCGGGTTTGTAGTCCT  650

seq1  CTTTGCCTTGACTATGAGTCACTGTTAGTCTAGGTACATGGGCTGGACAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTTGACTATGAGTCACTGTTAGTCTAGGTACATGGGCTGGACAA  700

seq1  TGCCTAGAAGGTGTTACATTTTAATTTAGTGTTTATTTATTCATTAAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGAAGGTGTTACATTTTAATTTAGTGTTTATTTATTCATTAAACA  750

seq1  TATATTTATTGCATAGTGACTGTACACCCAGCTTGGTACTAGACCTGCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTATTGCATAGTGACTGTACACCCAGCTTGGTACTAGACCTGCAT  800

seq1  ACTCAGCAGGGTGTTGCTGCTTGCTTTCTTACATTAATTTGAGTCCCCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCAGGGTGTTGCTGCTTGCTTTCTTACATTAATTTGAGTCCCCAA  850

seq1  AATTGTTTGCACAAGAGAATTC  871
      ||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTTGCACAAGAGAATTC  872


seq1: chr14_24352364_24353459
seq2: B6Ng01-283I14.g_67_1163

seq1  GAATTCAACACCTAATTGAGTCACTTACAGACTCCCAGATCCTCAGGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACCTAATTGAGTCACTTACAGACTCCCAGATCCTCAGGGCC  50

seq1  TGCGAAAGCACTGCACCATCAAAAACCATGCAGAGTCTTTTCAAGATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAAAGCACTGCACCATCAAAAACCATGCAGAGTCTTTTCAAGATATT  100

seq1  AAATCTACTGACGTCTCTTGGTGCTTTGGGGAAATGGCCTAAATATGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTACTGACGTCTCTTGGTGCTTTGGGGAAATGGCCTAAATATGGTG  150

seq1  ATTATTAATCTCTAAATGATTGTCACTGGGACATTAATGGTGCTTAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAATCTCTAAATGATTGTCACTGGGACATTAATGGTGCTTAAGGG  200

seq1  AGCTCTTGCTGAGTGCAGAACATTTAATCACCACTGCTGAGACAGACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGCTGAGTGCAGAACATTTAATCACCACTGCTGAGACAGACCAG  250

seq1  GTTTGTTGTGGAAATCTGATTAATTGTATGACATCAGCAACATCACAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTGTGGAAATCTGATTAATTGTATGACATCAGCAACATCACAGAT  300

seq1  TGTTCGCACGAGGAAGTGGACTTCCAAGCTGAACCCTATGACCAAGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGCACGAGGAAGTGGACTTCCAAGCTGAACCCTATGACCAAGTTAA  350

seq1  TATCTGAAAGCTATGTAGAAAACCTGCAAGATTAACCCCAATGATGGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGAAAGCTATGTAGAAAACCTGCAAGATTAACCCCAATGATGGGTG  400

seq1  TTCTCTGTCCGCTGGGATGTGGACTTTGACATCTGGAAGATGACTGCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTCCGCTGGGATGTGGACTTTGACATCTGGAAGATGACTGCTTC  450

seq1  AAAGGAGGGAGGGGTTGCCAGCAGAAGACATTGAGTATTTGTGGCAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGGAGGGGTTGCCAGCAGAAGACATTGAGTATTTGTGGCAAAAA  500

seq1  GAGTCATTGGAGATGGCTATCTGCAGCCTTCCTGGCCAAGCCCAAAGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATTGGAGATGGCTATCTGCAGCCTTCCTGGCCAAGCCCAAAGGCT  550

seq1  TGAATCAAACATGAAATTATCAGTAGTTAGAGTGGCACTGACCATGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCAAACATGAAATTATCAGTAGTTAGAGTGGCACTGACCATGCAGA  600

seq1  GTCTAGCTCCTTGCTTTGAAGGAGAGATTGTGATCCGATCATGAAAACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCTCCTTGCTTTGAAGGAGAGATTGTGATCCGATCATGAAAACCT  650

seq1  GCCCCCTCTTTTTGTAAGTGTCATTTCTGTGTTTTTATGGAAACTTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCTCTTTTTGTAAGTGTCATTTCTGTGTTTTTATGGAAACTTGTGA  700

seq1  ATTCCCATACATGAATTCTCCGTGGCTGTTCTGGTTTGGTATATGTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCATACATGAATTCTCCGTGGCTGTTCTGGTTTGGTATATGTCTTA  750

seq1  GTTACTTTTCTGTTGCTATCATAAGATACCAGGACTAAAGCAATTGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTTTCTGTTGCTATCATAAGATACCAGGACTAAAGCAATTGATAG  800

seq1  AAAAAAAGCATTTATTGGGGCAAGTCCATAGCCATTATGTCTGGGAGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGCATTTATTGGGGCAAGTCCATAGCCATTATGTCTGGGAGCAT  850

seq1  GGCAGCAGATATGCAGGTATGGCCCTAGAGCAAAAGCTGGGAGGATCCA-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGCAGCAGATATGCAGGTATGGCCCTAGAGCAAAAGCTGGGAGGATCCAT  900

seq1  -TCCTTATCACTAGGCAAGGGGAAGGGACTGGTGTGGCCTTTGACACTTC  948
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATCACTAGGCAAGGGGAAGGGACTGGTGTGGCCTTTGACACTTC  950

seq1  AAAGTAACACACCTCC-TTCAACAAGGCCCCACCTCTCAATCCCTCCCAA  997
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  AAAGTAACACACCTCCTTTCAACAAGGCCCCA-CTCTC-ATCCCTCCCAA  998

seq1  ACAGTTCTACCAAAC-TAGAAACAAGTATTC-AAATACA-TGAGCCTCTA  1044
      |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  ACAG-TCTACCAAACTTAGAAACAAGTATTCAAAATACATTGAGCTTCTA  1047

seq1  GAATCCATTCTTATTCAAACCACC-ACAGGAGG-ACATGTTTCCCAAGGG  1092
      ||||||| |||   |||||||||| |||||||| |||||||  |||||||
seq2  GAATCCAATCT--ATCAAACCACCTACAGGAGGAACATGTT--CCAAGGG  1093

seq1  CTCA  1096
      ||||
seq2  CTCA  1097


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |