BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283O10
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,366,452 - 12,537,451
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041996, Ptprg
Upstream geneFhit, LOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059
Downstream geneLOC100042441, 3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283O10.bB6Ng01-283O10.g
ACCGA082742GA082743
length9701,092
definitionB6Ng01-283O10.b B6Ng01-283O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,366,452 - 12,367,418)(12,536,349 - 12,537,451)
sequence
gaattcccaaagcaagactggtcatgtagatttgattgaaaatcccttcc
ccagtggataagagttaaggaaaattcttgatatcaactctttgactcaa
cacacaacacctgcagacaaaccacacacacacacacacactacacattc
acacacatacacacacattacacacacacattctcacacatgtaaaaaac
atggacactggggctcaagagatggctcagcggttaagagcactgactgt
tcttccagaggacttgagttcaattcccagcaacaacgtggtggctcaca
accatctgtaatgggatccaatgccctcttctgatgtgtctgaagacaac
ggcagtgtactcacatacgggaaataaatcttttttaaaaaattatgcac
actaaatgcacgtacaaatgatgaagaaaagaaactgtcagttgattcag
caagcaaatactatctactgatttatgaaacaagattctgggttatgctg
aagaaggaacttagaggtgaaattttaaggtctctgacccagggtctgga
aaacctggaagggaaggaaatccccatacaggagcaccttggtatgcaca
caatgacaaagacctttctcacagccctcttggctcccctgggaactttc
ctggatgtagcacaaaaagactcattgtgtcccaactctggcaggtcccc
tagggggagccaagacctgtgaggccagaaaccttatctgcatatctctc
ccagctctgccacacaatggatgttgatgagaggagggggggagagagaa
agtgagaggaagggggtgggagaagacagaaagaggccaacagtgaggga
gggaacagtgaagggatgaaaaatcagtggccagtgttgcaggctttggg
gcctgctgatcaaggcgtattttaagtcggatctctctttggcttgatag
gaatagcactaaggtacagg

gaattcactgcagacctagggaagaccctggcaaacttatctgaggagca
aagcaaggggaggaatcacatttgtgcagcaagtgaaataaagaggcctg
ctggcagcatccgtgggactgtggaactgatcaataatcttattagcgca
caactaggcatgcccatggtaaattctttttttaatagcatttattgctt
tttctgattatagaagccataaatatttgcagtcgaagcatacgcaggca
aagtacattaataagcacagtacattaactagatgggtaagtacataaaa
agtataaacaagaaaataaaaataactataaccactgttcaaattttggt
gtattttctcctgtgtatcaataatcaataggcctgggtttacagaatgt
ggaagtgtttcaaagggagttcatactaagctgggcactgtagtgatggc
agcctaaggccctttggaggcacaaacagaagcatctggaatggagagca
acctgggccactcagccatgcagtgcttcaaaaaggtgtcagaactaact
taaaaaaatgggaaagaagatgaaaatattgctcatcttcaggaagtgtg
aagtatcagcagtaaagggcgatctaccttcacaacaggtcaactcaggt
gagtgtcttaacatggaagtccagcagaagatgccaaaactgagtgccaa
taaacaggctacttcagccatcaatacaagccacttcttagatcagtggt
tatttaaaagatagtcatttggcagcatgttgatggtggggcaggccttt
agccccaacagaaaaggcagagacaggcagatttctgtgaattcaaggcc
agcctagtctacagagaagttccaagagagccgaactgttgtctcaataa
caacaacaataataataaattgtcatttggctaggaagatggcttgtcac
acaagcatgagccctggatgatatcctgaacgccataatgccaggcacag
tgcttacgcttgcagtccaatgcagagcgaaagtacagtcacggagagcc
tgtttcactggtcagcaactcagcaatcagtgagttctagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_12366452_12367418
seq2: B6Ng01-283O10.b_44_1013

seq1  GAATTCCCAAAGCAAGACTGGTCATGTAGATTTGATTGAAAATCCCTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAAGCAAGACTGGTCATGTAGATTTGATTGAAAATCCCTTCC  50

seq1  CCAGTGGATAAGAGTTAAGGAAAATTCTTGATATCAACTCTTTGACTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGATAAGAGTTAAGGAAAATTCTTGATATCAACTCTTTGACTCAA  100

seq1  CACACAACACCTGCAGACAAACCACACACACACACACACACTACACATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAACACCTGCAGACAAACCACACACACACACACACACTACACATTC  150

seq1  ACACACATACACACACATTACACACACACATTCTCACACATGTAAAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACACACACATTACACACACACATTCTCACACATGTAAAAAAC  200

seq1  ATGGACACTGGGGCTCAAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACACTGGGGCTCAAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGT  250

seq1  TCTTCCAGAGGACTTGAGTTCAATTCCCAGCAACAACGTGGTGGCTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGAGGACTTGAGTTCAATTCCCAGCAACAACGTGGTGGCTCACA  300

seq1  ACCATCTGTAATGGGATCCAATGCCCTCTTCTGATGTGTCTGAAGACAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTGTAATGGGATCCAATGCCCTCTTCTGATGTGTCTGAAGACAAC  350

seq1  GGCAGTGTACTCACATACGGGAAATAAATCTTTTTTAAAAAATTATGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGTACTCACATACGGGAAATAAATCTTTTTTAAAAAATTATGCAC  400

seq1  ACTAAATGCACGTACAAATGATGAAGAAAAGAAACTGTCAGTTGATTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATGCACGTACAAATGATGAAGAAAAGAAACTGTCAGTTGATTCAG  450

seq1  CAAGCAAATACTATCTACTGATTTATGAAACAAGATTCTGGGTTATGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAATACTATCTACTGATTTATGAAACAAGATTCTGGGTTATGCTG  500

seq1  AAGAAGGAACTTAGAGGTGAAATTTTAAGGTCTCTGACCCAGGGTCTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAACTTAGAGGTGAAATTTTAAGGTCTCTGACCCAGGGTCTGGA  550

seq1  AAACCTGGAAGGGAAGGAAATCCCCATACAGGAGCACCTTGGTATGCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGGAAGGGAAGGAAATCCCCATACAGGAGCACCTTGGTATGCACA  600

seq1  CAATGACAAAGACCTTTCTCACAGCCCTCTTGGCTCCCCTGGGAACTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACAAAGACCTTTCTCACAGCCCTCTTGGCTCCCCTGGGAACTTTC  650

seq1  CTGGATGTAGCACAAAAAGACTCATTGTGTCCCAACTCTGGCAGGTCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGTAGCACAAAAAGACTCATTGTGTCCCAACTCTGGCAGGTCCCC  700

seq1  TAGGGGGAGCCAAGACCTGTGAGGCCAGAAACCTTATCTGCATATCTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGAGCCAAGACCTGTGAGGCCAGAAACCTTATCTGCATATCTCTC  750

seq1  CCAGCTCTGCCACACAATGGATGTTGATGAGAGGA-GGGGGGAGAGAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCAGCTCTGCCACACAATGGATGTTGATGAGAGGAGGGGGGGAGAGAGAA  800

seq1  AGTGAGAGGAAGGGGGTGGGAGAAGAGAGAAAGAGGCCAAACAGTGAGGG  849
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTGAGAGGAAGGGGGTGGGAGAAGACAGAAAGAGGCC-AACAGTGAGGG  849

seq1  AGGGAACAGTG-AGGGATG-AGAATCAGT-GCCAGTGTTGCAGGCTTTGG  896
      ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACAGTGAAGGGATGAAAAATCAGTGGCCAGTGTTGCAGGCTTTGG  899

seq1  GGCCTGCTGATCAAGGCGTAATTTAAGTCGGATCTCTCTTTGGCTTGATA  946
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCTGATCAAGGCGTATTTTAAGTCGGATCTCTCTTTGGCTTGATA  949

seq1  GGAAAAGCACCAAGGAACAGG  967
      |||| ||||| |||| |||||
seq2  GGAATAGCACTAAGGTACAGG  970


seq1: chr14_12536349_12537451
seq2: B6Ng01-283O10.g_64_1155 (reverse)

seq1  GACTAGAACTCACTGATTTGGCTGAGTTGGCTGACCAGTGAACCAGGGCT  50
      ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| || ||||
seq2  GACTAGAACTCACTGATT--GCTGAGTT-GCTGACCAGTGAAACA-GGCT  46

seq1  CTCCGTGACCTGTACTTTCGCCTCTGCATTTGGACTGCAGGCGTAAGCCA  100
      |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||
seq2  CTCCGTGA-CTGTACTTTCG-CTCTGCA-TTGGACTGCAAGCGTAAG-CA  92

seq1  CTGTGCCTGGCATTATGGCCGTTCAGGATATCCATCCAGGGCCTCATGCT  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CTGTGCCTGGCATTATGG-CGTTCAGGATAT-CATCCAGGG-CTCATGCT  139

seq1  TGTGTGACAAGCCATCTTCCTAGCCAAATGACAATTTATTATTATTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGACAAGCCATCTTCCTAGCCAAATGACAATTTATTATTATTGTTG  189

seq1  TTGTTATTGAGACAACAGTTCGGCTCTCTTGGAACTTCTCTGTAGACTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTGAGACAACAGTTCGGCTCTCTTGGAACTTCTCTGTAGACTAG  239

seq1  GCTGGCCTTGAATTCACAGAAATCTGCCTGTCTCTGCCTTTTCTGTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTGAATTCACAGAAATCTGCCTGTCTCTGCCTTTTCTGTTGGG  289

seq1  GCTAAAGGCCTGCCCCACCATCAACCTGCTGCCAAATGACTATCTTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGGCCTGCCCCACCATCAACATGCTGCCAAATGACTATCTTTTAA  339

seq1  ATAACCACTGATCTAAGAAGTGGCTTGTATTGATGGCTGAAGTAGCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCACTGATCTAAGAAGTGGCTTGTATTGATGGCTGAAGTAGCCTGT  389

seq1  TTATTGGCACTCAGTTTTGGCATCTTCTGCTGGACTTCCATGTTAAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGCACTCAGTTTTGGCATCTTCTGCTGGACTTCCATGTTAAGACA  439

seq1  CTCACCTGAGTTGACCTGTTGTGAAGGTAGATCGCCCTTTACTGCTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTGAGTTGACCTGTTGTGAAGGTAGATCGCCCTTTACTGCTGATA  489

seq1  CTTCACACTTCCTGAAGATGAGCAATATTTTCATCTTCTTTCCCATTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACTTCCTGAAGATGAGCAATATTTTCATCTTCTTTCCCATTTTT  539

seq1  TTAAGTTAGTTCTGACACCTTTTTGAAGCACTGCATGGCTGAGTGGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTAGTTCTGACACCTTTTTGAAGCACTGCATGGCTGAGTGGCCCA  589

seq1  GGTTGCTCTCCATTCCAGATGCTTCTGTTTGTGCCTCCAAAGGGCCTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTCTCCATTCCAGATGCTTCTGTTTGTGCCTCCAAAGGGCCTTAG  639

seq1  GCTGCCATCACTACAGTGCCCAGCTTAGTATGAACTCCCTTTGAAACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCATCACTACAGTGCCCAGCTTAGTATGAACTCCCTTTGAAACACT  689

seq1  TCCACATTCTGTAAACCCAGGCCTATTGATTATTGATACACAGGAGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATTCTGTAAACCCAGGCCTATTGATTATTGATACACAGGAGAAAA  739

seq1  TACACCAAAATTTGAACAGTGGTTATAGTTATTTTTATTTTCTTGTTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCAAAATTTGAACAGTGGTTATAGTTATTTTTATTTTCTTGTTTAT  789

seq1  ACTTTTTATGTACTTACCCATCTAGTTAATGTACTGTGCTTATTAATGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTATGTACTTACCCATCTAGTTAATGTACTGTGCTTATTAATGTA  839

seq1  CTTTGCCTGCGTATGCTTCGACTGCAAATATTTATGGCTTCTATAATCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTGCGTATGCTTCGACTGCAAATATTTATGGCTTCTATAATCAG  889

seq1  AAAAAGCAATAAATGCTATTAAAAAAAGAATTTACCATGGGCATGCCTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCAATAAATGCTATTAAAAAAAGAATTTACCATGGGCATGCCTAG  939

seq1  TTGTGCGCTAATAAGATTATTGATCAGTTCCACAGTCCCACGGATGCTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCGCTAATAAGATTATTGATCAGTTCCACAGTCCCACGGATGCTGC  989

seq1  CAGCAGGCCTCTTTATTTCACTTGCTGCACAAATGTGATTCCTCCCCTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGCCTCTTTATTTCACTTGCTGCACAAATGTGATTCCTCCCCTTG  1039

seq1  CTTTGCTCCTCAGATAAGTTTGCCAGGGTCTTCCCTAGGTCTGCAGTGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCCTCAGATAAGTTTGCCAGGGTCTTCCCTAGGTCTGCAGTGAA  1089

seq1  TTC  1103
      |||
seq2  TTC  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |