BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284L11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,663,543 - 23,784,077
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik
Upstream geneVdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392, LOC665068
Downstream geneKcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284L11.bB6Ng01-284L11.g
ACCGA083349GA083350
length1,1691,161
definitionB6Ng01-284L11.b B6Ng01-284L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,782,904 - 23,784,077)(23,663,543 - 23,664,707)
sequence
gaattcaccaccagaagagtggcagactgcaaagtctcgggctaggttta
tagaaaggctggagaaaatggcttcataggtgagtcaagccaaagaagtc
acagaatgaggccaggagcagctgtgtgcctgactagacagccattctcc
agtgtgatgatcacaggccatgtgcacctggtgtagagttgaggctgttt
cttaaaggtgtgcacacagatgattacgtcctgatacatcagtcatttaa
gagagacaaatcaagcttcccccaaacctatccattcctgggtctgaata
tcaataaacgcaagtattatgttggttctgatagatgtccattatagtaa
gatggccaaatcaattgactaacagaatttgactaaagtatccatacact
tgtctccaaataagctatcaataagccatttttattcatctaaatgttta
cacatagctaaaagaattaacagcatgatcttcaaagattaattattatt
agaaatgaaacagtattacatatccaatgcaggctgccaatgcagctcca
tagatttattgtaatgtcaaggtggaatataaaatccaacaacccaccct
tgtatagagaagaggggtgactctccttcatagaagttcagacagccaaa
tgtatacacagcagtgaggccaacttttttttttttttaattaaacagcc
agcagtttttggaagccgtagggttgtgaaaaacaagctttggtccaagt
ttaatggcctaggaaattatgcatttctatcaggcttgttagggaagatc
caagctgagagagaacccactcattttcctcagataatatgccatgtact
ctgtatataatgcttcccaaagatagggaggtctctaatatttatcatca
tcatagctaatatgaacgtttactattaagtcttcccatgtctggtagtt
aattctatagcaatgctgagtcattactgctaggggaatacatgctcagt
tcctggagtcctctgatcacaggatttttttattgcctgatcaagctatc
atctagaaagaatagcctcagtttgggaagtgctcactcctggggcataa
agactgaatttgatgcttaaattaagtcttaattagcatcatgcatctgg
aaaccactttggggaagga

gaattctcagatgccaggtgaagctcaagtctcctttatttaatcaaggt
gactcatgatttgacagttgtagttgacaggtttatttcatctgtgcggc
agtgggagtctattttctgtgtgtgcgctctgttcccacgtaaaaggact
ttactaagtgctgaataaattgtacttttcctttgattctagaccttgct
ggaatggtttaaaaactctagtctgggtcatcaaattcatctctctgcta
ctttgcagggtcaatagcttcaccatgcaccaagccgggctgggtggatt
ggaatggagggccgtgtagattaaaacttccgagtgtatatagatggatg
tgcaaatgtgtgtcggctgtctgggaggtcggcagtgatggaagggcaag
ccgagtggaatctgaagatggatgaatctgctagactattaccaagactg
gcatggatgttagccaggaactgtaagcaacctccttcaagcatatgaaa
tccataagggtccatttcctagcctttccctccacggatgattttttact
cgtaatccctgggagcgcttcatttctattctttgggcagaattgtggaa
cactcacagacacaggcaggctaccaatctcattcttctgtcccctaaac
aaagcaaagggggaaaaatggatttttacttcccctcctccacaacctta
cctcagtaaactggaaggagaaaagtggacctttttttttttttttcatt
tttttttttctcaaaagtctaagtaaaacgtggaagtaaatgtctcctta
caataaaaaagaccatgagacctagactgtgcagtatgaaagagccgaca
tgttctaatgacgttaggactgcaggccgattcttcaaggctttctgctt
tatttgtggagagggtatctgtgacaggatcttaccatgtatttcaggcc
aatcttgaactcatgatccccttaccgcagcctcctaagtgcctgcacta
cagatagagcactacaggggggcccgattcctaagcctttgttataaagg
caaactggaatgtgctcacacatgactcaaaggacatgattcctaggagc
agtcacttggaggatccagcaggctgtcgttctatctactgcaatcaata
cactctgtttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23782904_23784077
seq2: B6Ng01-284L11.b_46_1214 (reverse)

seq1  TCCTCCCCCAAGTTGGGTTTTCAGATGCATGATGCTATATTAGACTTTAA  50
      |||| ||||||  | ||||| ||||||||||||||||  | |||| ||||
seq2  TCCTTCCCCAAAGT-GGTTTCCAGATGCATGATGCTAATTAAGAC-TTAA  48

seq1  TATTAGGAATCAAAATTCAGGTCTTTATGCCCAAGGAGTGAGCACTTTCC  100
      | ||| | ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  T-TTAAGCATC-AAATTCA-GTCTTTATGCCCCAGGAGTGAGCACTTCCC  95

seq1  AAACTGAGGCTATCTTTCCTAGATGATAGCTTGATCAGGCAAT-AAAAAA  149
      |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAACTGAGGCTATTCTTTCTAGATGATAGCTTGATCAGGCAATAAAAAAA  145

seq1  TCCTGTGATCAGAGGACTCCAGGAACCTGAGCATGTATTCCCCTAGCAGT  199
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGATCAGAGGACTCCAGGAA-CTGAGCATGTATTCCCCTAGCAGT  194

seq1  AATGACTCAGCATTTGCTATAGAATTAACTACCAGACATGGGAAGACTTA  249
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTCAGCA-TTGCTATAGAATTAACTACCAGACATGGGAAGACTTA  243

seq1  ATAGTAAACGTTCATATTAGCTATGATGATGATAAATATTAGAGACCT-C  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATAGTAAACGTTCATATTAGCTATGATGATGATAAATATTAGAGACCTCC  293

seq1  CTATCTTTGGGAAGCATTATATACAGAGTACATGGCATATTATCTGAGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTGGGAAGCATTATATACAGAGTACATGGCATATTATCTGAGGA  343

seq1  AAATGAGTGGGTTCTCTCTCAGCTTGGATCTTCCCTAACAAGCCTGATAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTGGGTTCTCTCTCAGCTTGGATCTTCCCTAACAAGCCTGATAG  393

seq1  AAATGCATAATTTCCTAGGCCATTAAACTTGGACCAAAGCTTGTTTTTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATAATTTCCTAGGCCATTAAACTTGGACCAAAGCTTGTTTTTCA  443

seq1  CAACCCTACGGCTTCCAAAAACTGCTGGCTGTTTAATTAAAAAAAAAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTACGGCTTCCAAAAACTGCTGGCTGTTTAATTAAAAAAAAAAAA  493

seq1  AAGTTGGCCTCACTGCTGTGTATACATTTGGCTGTCTGAACTTCTATGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGCCTCACTGCTGTGTATACATTTGGCTGTCTGAACTTCTATGAA  543

seq1  GGAGAGTCACCCCTCTTCTCTATACAAGGGTGGGTTGTTGGATTTTATAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTCACCCCTCTTCTCTATACAAGGGTGGGTTGTTGGATTTTATAT  593

seq1  TCCACCTTGACATTACAATAAATCTATGGAGCTGCATTGGCAGCCTGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTGACATTACAATAAATCTATGGAGCTGCATTGGCAGCCTGCAT  643

seq1  TGGATATGTAATACTGTTTCATTTCTAATAATAATTAATCTTTGAAGATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATGTAATACTGTTTCATTTCTAATAATAATTAATCTTTGAAGATC  693

seq1  ATGCTGTTAATTCTTTTAGCTATGTGTAAACATTTAGATGAATAAAAATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTAATTCTTTTAGCTATGTGTAAACATTTAGATGAATAAAAATG  743

seq1  GCTTATTGATAGCTTATTTGGAGACAAGTGTATGGATACTTTAGTCAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTGATAGCTTATTTGGAGACAAGTGTATGGATACTTTAGTCAAAT  793

seq1  TCTGTTAGTCAATTGATTTGGCCATCTTACTATAATGGACATCTATCAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAGTCAATTGATTTGGCCATCTTACTATAATGGACATCTATCAGA  843

seq1  ACCAACATAATACTTGCGTTTATTGATATTCAGACCCAGGAATGGATAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACATAATACTTGCGTTTATTGATATTCAGACCCAGGAATGGATAGG  893

seq1  TTTGGGGGAAGCTTGATTTGTCTCTCTTAAATGACTGATGTATCAGGACG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGAAGCTTGATTTGTCTCTCTTAAATGACTGATGTATCAGGACG  943

seq1  TAATCATCTGTGTGCACACCTTTAAGAAACAGCCTCAACTCTACACCAGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATCTGTGTGCACACCTTTAAGAAACAGCCTCAACTCTACACCAGG  993

seq1  TGCACATGGCCTGTGATCATCACACTGGAGAATGGCTGTCTAGTCAGGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATGGCCTGTGATCATCACACTGGAGAATGGCTGTCTAGTCAGGCA  1043

seq1  CACAGCTGCTCCTGGCCTCATTCTGTGACTTCTTTGGCTTGACTCACCTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGCTCCTGGCCTCATTCTGTGACTTCTTTGGCTTGACTCACCTA  1093

seq1  TGAAGCCATTTTCTCCAGCCTTTCTATAAACCTAGCCCGAGACTTTGCAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCATTTTCTCCAGCCTTTCTATAAACCTAGCCCGAGACTTTGCAG  1143

seq1  TCTGCCACTCTTCTGGTGGTGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCACTCTTCTGGTGGTGAATTC  1169


seq1: chr14_23663543_23664707
seq2: B6Ng01-284L11.g_68_1228

seq1  GAATTCTCAGATGCCAGGTGAAGCTCAAGTCTCCTTTATTTAATCAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGATGCCAGGTGAAGCTCAAGTCTCCTTTATTTAATCAAGGT  50

seq1  GACTCATGATTTGACAGTTGTAGTTGACAGGTTTATTTCATCTGTGCGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATGATTTGACAGTTGTAGTTGACAGGTTTATTTCATCTGTGCGGC  100

seq1  AGTGGGAGTCTATTTTCTGTGTGTGCGCTCTGTTCCCACGTAAAAGGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAGTCTATTTTCTGTGTGTGCGCTCTGTTCCCACGTAAAAGGACT  150

seq1  TTACTAAGTGCTGAATAAATTGTACTTTTCCTTTGATTCTAGACCTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAGTGCTGAATAAATTGTACTTTTCCTTTGATTCTAGACCTTGCT  200

seq1  GGAATGGTTTAAAAACTCTAGTCTGGGTCATCAAATTCATCTCTCTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTTTAAAAACTCTAGTCTGGGTCATCAAATTCATCTCTCTGCTA  250

seq1  CTTTGCAGGGTCAATAGCTTCACCATGCACCAAGCCGGGCTGGGTGGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAGGGTCAATAGCTTCACCATGCACCAAGCCGGGCTGGGTGGATT  300

seq1  GGAATGGAGGGCCGTGTAGATTAAAACTTCCGAGTGTATATAGATGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGAGGGCCGTGTAGATTAAAACTTCCGAGTGTATATAGATGGATG  350

seq1  TGCAAATGTGTGTCGGCTGTCTGGGAGGTCGGCAGTGATGGAAGGGCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATGTGTGTCGGCTGTCTGGGAGGTCGGCAGTGATGGAAGGGCAAG  400

seq1  CCGAGTGGAATCTGAAGATGGATGAATCTGCTAGACTATTACCAAGACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGTGGAATCTGAAGATGGATGAATCTGCTAGACTATTACCAAGACTG  450

seq1  GCATGGATGTTAGCCAGGAACTGTAAGCAACCTCCTTCAAGCATATGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGATGTTAGCCAGGAACTGTAAGCAACCTCCTTCAAGCATATGAAA  500

seq1  TCCATAAGGGTCCATTTCCTAGCCTTTCCCTCCACGGATGATTTTTTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAGGGTCCATTTCCTAGCCTTTCCCTCCACGGATGATTTTTTACT  550

seq1  CGTAATCCCTGGGAGCGCTTCATTTCTATTCTTTGGGCAGAATTGTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAATCCCTGGGAGCGCTTCATTTCTATTCTTTGGGCAGAATTGTGGAA  600

seq1  CACTCACAGACACAGGCAGGCTACCAATCTCATTCTTCTGTCCCCTAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACAGACACAGGCAGGCTACCAATCTCATTCTTCTGTCCCCTAAAC  650

seq1  AAAGCAAAGGGGGAAAAATGGATTTTTACTTCCCCTCCTCCACAACCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAAGGGGGAAAAATGGATTTTTACTTCCCCTCCTCCACAACCTTA  700

seq1  CCTCAGTAAACTGGAAGGAGAAAAGTGGACC--TTTTTTTTTTTTTCA-T  747
      |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |
seq2  CCTCAGTAAACTGGAAGGAGAAAAGTGGACCTTTTTTTTTTTTTTTCATT  750

seq1  TTTTTTTTTCTCAAAAGTCTAAGTAAAACGTGGAAGTAAATGTCTCCTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCTCAAAAGTCTAAGTAAAACGTGGAAGTAAATGTCTCCTTA  800

seq1  CAATAAAAAAGACCATGAGACCTAGACTGTGCAGTATGAAAGAGCCGACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAAAGACCATGAGACCTAGACTGTGCAGTATGAAAGAGCCGACA  850

seq1  TGTTCTAATGACGTTAGGACTGCAGGCCGATTCTTCAAGGCTTTCTGC-T  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTTCTAATGACGTTAGGACTGCAGGCCGATTCTTCAAGGCTTTCTGCTT  900

seq1  TATTTGT-GAGAGGGTATCTGTGACAGGATCTTACCATGTATTTCAGGCC  945
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGGAGAGGGTATCTGTGACAGGATCTTACCATGTATTTCAGGCC  950

seq1  AATCTTGAACTCATGATCCCCTTACCGCAGCCTCCT-AGTGCCTGCACTA  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATCTTGAACTCATGATCCCCTTACCGCAGCCTCCTAAGTGCCTGCACTA  1000

seq1  CAGATAGGAGCCACTACAGGGGGG-CCGATTCTTAGCCCTTTGTTATAAA  1043
      |||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||| ||
seq2  CAGATA-GAG-CACTACAGGGGGGCCCGATTCCTAAGCCTTTGTTAT-AA  1047

seq1  AGGCAAACTGAGATGTGCTCACACATGACTCAAAAGGACATGATTCCTAG  1093
      ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAACTGGAATGTGCTCACACATGACTC-AAAGGACATGATTCCTAG  1096

seq1  GAGCAAAGGTCACTGGAGGGATCTCCCAGCAGGCCTGTCGTTCCTATCTA  1143
      |||||   |||||| |  ||||   |||||||| |||||||| |||||||
seq2  GAGCA---GTCACTTGGAGGAT---CCAGCAGG-CTGTCGTT-CTATCTA  1138

seq1  CTGC-ATCCATCACCTCTGTTTG  1165
      |||| ||| ||   |||||||||
seq2  CTGCAATCAATACACTCTGTTTG  1161


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |