BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285K06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 80,600,436 - 80,766,319
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC672828
Upstream gene1300010F03Rik, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560, Sugt1, Lect1, Pcdh8, EG629734, Olfm4
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285K06.bB6Ng01-285K06.g
ACCGA084038GA084039
length1,2021,003
definitionB6Ng01-285K06.b B6Ng01-285K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,765,133 - 80,766,319)(80,600,436 - 80,601,421)
sequence
gaattctgtgaccagaagggcatggcaacatcttgggatataagtaataa
aataactaattaataaagtatagtagaatatttcaaaccatttaaactga
ataccatcctctactcggttatcttctaaggttataaatggatattttat
ttgataattaaagacatggtgttttgagttttcaaaaagtttgtagtaag
tgtctacaggtaactatgaagatatacatttcaaaatattacttagtaat
tcacaatagaagtaaaagtaggaaataaagcatcggtaggtcatacacca
aaaatgaaatatatactgcattattcacattattcattatattgtataaa
tggaataagtaagctcaccctttcttgcacattacaaatattgcaaaggt
aaaacttagcctctaaagctcaaggtatggcttatgtttcctaagatgac
atttccaaatagaaattccttcacctatttcaaatcatctatttgtgtac
tagtctcaatatcccaggacacagatcctgacatagcctgattgacttgg
taatagaggatgcaaagcaaagagttggaaatagtcatttgactatgtgg
ttcatgagtttcagggacaagaaagctcatctagaattactcagaaaggc
tatacatccttaaataggaatatcctttagaagtgagacctgagcttacc
atttagaaaaaaacttgaaagcagaatctatgggtgcagtttacatgtga
attctttcaagtcaatttttttttcctcgtactaagttttgctaaagaca
ttctgtataagctgtgagcatatgttgagtgtgagatggtctagccaaag
aatgagtgaccttctgtgatgacaagaaagagatgattagttggtcatcg
ttggaaagaaaaaaggtctcttgattatcctgtgtcttcagcatctacat
tcacttttctcaattctcagtgaacaacaaggcaagaaccagggatgctg
tcttcagatagaatgtgattagtaagcatcctaaatacctgcctcagtca
tctctctatcataacaggaacaaggtccttctcatacagcagtcagaagt
ttctccatatgtaactaagtagaacacccgaatggaataaacccttactg
ggcttttaggccaggtctggcttcctctctggcgtgggcgttcttcaact
gt
gaattctttcttgaggagagataaagaagtgcctatttgacaacgataga
gaggacagaggccacagagatgggttctatcaagctcagtgtgttgcacc
agtgagcttcttggggtcagtcacccaagtatgagtgattcttgggcagc
tgcacaaccaggaaatctcaacccagcctgagtgattcataaaccaccaa
tgaggaatttccatctcagtcagtcatgcatttccttgatattctagcaa
gtcaagaccagttgagacaggagggaatggtgactagaatttcaagtgaa
ggtctttgaacttccccattctttccgtgggaaaatgtcaatggttctat
tatagctacttttgtcttagctttcagatacattgttctgtttatttcat
tgtcaaagctttatgtctatcaccactgctctatgttggtgattgtcaaa
tcaccagattttctctctggagaaaaagtaccacaacaaatataaatggc
acagcattatgggaagtattttaacagttgcaaaagtaagcatgtgattg
ctatttatgctatcatttgcacttgtggctatttatcccccatcttttta
agacaaaatgtatgtgaagtgtgtatactaatatccatacttagtctgtt
cataagaccccaaaattgtaaacaactcaaaggttcacacaactattcaa
agatcatcacattcacacagaaaattattgctcaacaatacgcaaacaac
aaacaaagtaagacacatggaaatatctaaaatattatacagcataaaag
ggagaaaggaagggtttcattctacggtttcttttaagtgaaatttgaaa
gcaggcaaaaactaattgagtagctacagaattcagagcatgggttttct
agaactgggttttgaatcaaagtgggcacaagggactttgcgagacaatg
ggaattactctgcatcttgattggagatggccatttcatgggccattatg
cat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_80765133_80766319
seq2: B6Ng01-285K06.b_46_1247 (reverse)

seq1  ACAGT---AGAACGC---CAGCAGAGAGG-AGCAAGA-CTGG-CTAAAAG  41
      |||||   |||||||   |  |||||||| ||| ||| |||| |||||||
seq2  ACAGTTGAAGAACGCCCACGCCAGAGAGGAAGCCAGACCTGGCCTAAAAG  50

seq1  -CCAGTTAGGGTTTAAT-CATTTGGGTG-TCTACCTAG-TACATA--GAG  85
       ||||| |||||||| | |||| ||||| ||||| ||| ||||||  |||
seq2  CCCAGTAAGGGTTTATTCCATTCGGGTGTTCTACTTAGTTACATATGGAG  100

seq1  AA--CTCTGAACTGCCTGTAATTGAGAAGGAACCCTTG-TCCTG-TATGA  131
      ||   |||| |||| |||||  |||||||||  ||||| ||||| |||||
seq2  AAACTTCTG-ACTG-CTGTA--TGAGAAGGA--CCTTGTTCCTGTTATGA  144

seq1  TAGAGGAGATGGACTGAGGCAGGTATTTAGGATGCTTACTAATCACATTC  181
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGA-GAGAT-GACTGAGGCAGGTATTTAGGATGCTTACTAATCACATTC  192

seq1  TATCTGAAGACAGCAT-CCTGG-TCTTGCC-TGTTGTTCACTGAGAATTG  228
      |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATCTGAAGACAGCATCCCTGGTTCTTGCCTTGTTGTTCACTGAGAATTG  242

seq1  AGAAAAGTGAATGTAGATGCTGAAGACACAGGATAATCAAGAGACCTTTT  278
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTGAATGTAGATGCTGAAGACACAGGATAATCAAGAGACCTTTT  292

seq1  TTCTTTCCAACGATGACCAACTAATCATCTCTTTCTTGTCATCACAGAAG  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCCAACGATGACCAACTAATCATCTCTTTCTTGTCATCACAGAAG  342

seq1  GTCACTCATTCTTTGGCTAGACCATCTCACACTCAACATATGCTCACAGC  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCATTCTTTGGCTAGACCATCTCACACTCAACATATGCTCACAGC  392

seq1  TTATACAGAATGTCTTTAGCAAAACTTAGTACGAGG-AAAAAAAATTGAC  427
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTATACAGAATGTCTTTAGCAAAACTTAGTACGAGGAAAAAAAAATTGAC  442

seq1  TTGAAAGAATTCACATGTAAACTGCACCCATAGATTCTGCTTTCAAGTTT  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGAATTCACATGTAAACTGCACCCATAGATTCTGCTTTCAAGTTT  492

seq1  TTTTCTAAATGGTAAGCTCAGGTCTCACTTCTAAAGGATATTCCTATTTA  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAAATGGTAAGCTCAGGTCTCACTTCTAAAGGATATTCCTATTTA  542

seq1  AGGATGTATAGCCTTTCTGAGTAATTCTAGATGAGCTTTCTTGTCCCTGA  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTATAGCCTTTCTGAGTAATTCTAGATGAGCTTTCTTGTCCCTGA  592

seq1  AACTCATGAACCACATAGTCAAATGACTATTTCCAACTCTTTGCTTTGCA  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATGAACCACATAGTCAAATGACTATTTCCAACTCTTTGCTTTGCA  642

seq1  TCCTCTATTACCAAGTCAATCAGGCTATGTCAGGATCTGTGTCCTGGGAT  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTATTACCAAGTCAATCAGGCTATGTCAGGATCTGTGTCCTGGGAT  692

seq1  ATTGAGACTAGTACACAAATAGATGATTTGAAATAGGTGAAGGAATTTCT  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGACTAGTACACAAATAGATGATTTGAAATAGGTGAAGGAATTTCT  742

seq1  ATTTGGAAATGTCATCTTAGGAAACATAAGCCATACCTTGAGCTTTAGAG  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAAATGTCATCTTAGGAAACATAAGCCATACCTTGAGCTTTAGAG  792

seq1  GCTAAGTTTTACCTTTGCAATATTTGTAATGTGCAAGAAAGGGTGAGCTT  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTTTTACCTTTGCAATATTTGTAATGTGCAAGAAAGGGTGAGCTT  842

seq1  ACTTATTCCATTTATACAATATAATGAATAATGTGAATAATGCAGTATAT  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTCCATTTATACAATATAATGAATAATGTGAATAATGCAGTATAT  892

seq1  ATTTCATTTTTGGTGTATGACCTACCGATGCTTTATTTCCTACTTTTACT  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATTTTTGGTGTATGACCTACCGATGCTTTATTTCCTACTTTTACT  942

seq1  TCTATTGTGAATTACTAAGTAATATTTTGAAATGTATATCTTCATAGTTA  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGTGAATTACTAAGTAATATTTTGAAATGTATATCTTCATAGTTA  992

seq1  CCTGTAGACACTTACTACAAACTTTTTGAAAACTCAAAACACCATGTCTT  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGACACTTACTACAAACTTTTTGAAAACTCAAAACACCATGTCTT  1042

seq1  TAATTATCAAATAAAATATCCATTTATAACCTTAGAAGATAACCGAGTAG  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATCAAATAAAATATCCATTTATAACCTTAGAAGATAACCGAGTAG  1092

seq1  AGGATGGTATTCAGTTTAAATGGTTTGAAATATTCTACTATACTTTATTA  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGTATTCAGTTTAAATGGTTTGAAATATTCTACTATACTTTATTA  1142

seq1  ATTAGTTATTTTATTACTTATATCCCAAGATGTTGCCATGCCCTTCTGGT  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTATTTTATTACTTATATCCCAAGATGTTGCCATGCCCTTCTGGT  1192

seq1  CACAGAATTC  1187
      ||||||||||
seq2  CACAGAATTC  1202

seq1: chr14_80600436_80601421
seq2: B6Ng01-285K06.g_69_1059

seq1  GAATTCTTTCTTGAGGAGAGATAAAGAAGTGCCTATTTGACAACGATAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTGAGGAGAGATAAAGAAGTGCCTATTTGACAACGATAGA  50

seq1  GAGGACAGAGGCCACAGAGATGGGTTCTATCAAGCTCAGTGTGTTGCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAGAGGCCACAGAGATGGGTTCTATCAAGCTCAGTGTGTTGCACC  100

seq1  AGTGAGCTTCTTGGGGTCAGTCACCCAAGTATGAGTGATTCTTGGGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCTTCTTGGGGTCAGTCACCCAAGTATGAGTGATTCTTGGGCAGC  150

seq1  TGCACAACCAGGAAATCTCAACCCAGCCTGAGTGATTCATAAACCACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAACCAGGAAATCTCAACCCAGCCTGAGTGATTCATAAACCACCAA  200

seq1  TGAGGAATTTCCATCTCAGTCAGTCATGCATTTCCTTGATATTCTAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAATTTCCATCTCAGTCAGTCATGCATTTCCTTGATATTCTAGCAA  250

seq1  GTCAAGACCAGTTGAGACAGGAGGGAATGGTGACTAGAATTTCAAGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGACCAGTTGAGACAGGAGGGAATGGTGACTAGAATTTCAAGTGAA  300

seq1  GGTCTTTGAACTTCCCCATTCTTTCCGTGGGAAAATGTCAATGGTTCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTGAACTTCCCCATTCTTTCCGTGGGAAAATGTCAATGGTTCTAT  350

seq1  TATAGCTACTTTTGTCTTAGCTTTCAGATACATTGTTCTGTTTATTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTACTTTTGTCTTAGCTTTCAGATACATTGTTCTGTTTATTTCAT  400

seq1  TGTCAAAGCTTTATGTCTATCACCACTGCTCTATGTTGGTGATTGTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAAGCTTTATGTCTATCACCACTGCTCTATGTTGGTGATTGTCAAA  450

seq1  TCACCAGATTTTCTCTCTGGAGAAAAAGTACCACAACAAATATAAATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGATTTTCTCTCTGGAGAAAAAGTACCACAACAAATATAAATGGC  500

seq1  ACAGCATTATGGGAAGTATTTTAACAGTTGCAAAAGTAAGCATGTGATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTATGGGAAGTATTTTAACAGTTGCAAAAGTAAGCATGTGATTG  550

seq1  CTATTTATGCTATCATTTGCACTTGTGGCTATTTATCCCCCATCTTTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATGCTATCATTTGCACTTGTGGCTATTTATCCCCCATCTTTTTA  600

seq1  AGACAAAATGTATGTGAAGTGTGTATACTAATATCCATACTTAGTCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAATGTATGTGAAGTGTGTATACTAATATCCATACTTAGTCTGTT  650

seq1  CATAAGACCCCAAAATTGTAAACAACTCAAAGGTTCACACAACTATTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGACCCCAAAATTGTAAACAACTCAAAGGTTCACACAACTATTCAA  700

seq1  AGATCATCACATTCACACAGAAAATTATTGCTCAACAATACGCAAACAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATCACATTCACACAGAAAATTATTGCTCAACAATACGCAAACAAC  750

seq1  AAACAAAGTAAGACACATGGAAATATCTAAAATATTATACAGCATAAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGTAAGACACATGGAAATATCTAAAATATTATACAGCATAAAAG  800

seq1  GGAGAAAGGAAGGG-TTCATTCTACGGTTTCTTTTAAGTGAAATTTGAAA  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGGAAGGGTTTCATTCTACGGTTTCTTTTAAGTGAAATTTGAAA  850

seq1  GCAGGCAAAAACTAA-TGAGTAGCTACAGAATTCAGAGCATGGGTTTTCT  898
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAAAAACTAATTGAGTAGCTACAGAATTCAGAGCATGGGTTTTCT  900

seq1  AGAACTGGG-TTTGAATCAAAGT-GGCACAAGGGAACTTTGCGAGACAAT  946
      ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAACTGGGTTTTGAATCAAAGTGGGCACAAGGG-ACTTTGCGAGACAAT  949

seq1  -GGAATTACTCTGCATCTTGATT-GAGATGGCAATTTCATGG  986
       |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GGGAATTACTCTGCATCTTGATTGGAGATGGCCATTTCATGG  991