BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288G06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 117,627,429 - 117,765,376
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc6
Upstream geneGpc5
Downstream gene5730405N03Rik, LOC100043822, Dct, Tgds, Gpr180, LOC100043824, LOC100043539, Sox21, LOC100043825, EG668814
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288G06.bB6Ng01-288G06.g
ACCGA086064GA086065
length1,1701,165
definitionB6Ng01-288G06.b B6Ng01-288G06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,764,207 - 117,765,376)(117,627,429 - 117,628,595)
sequence
gaattcaaaggcttatacactgcacttacagccctgttacattgttcata
tagacccagaccataagcattgagcctgtagactgcagactccccaaatc
tatgttcactgtgaaccaagatggacttgtgttttgacaagaacctattt
tccatggttgctgcttatgtgtgtagatgaacatacataaactcatgtga
agaataaacaccacaaagaagcaagattttggcatagggagcttggtcca
gaaggctgaatttccacatgaggaagcatttggttagtgcttatttagct
aattagagctatctgtcataatataaacatctacctgtggaacaaaggag
gcataaaggatttgagggagagtctctgtgatgtttggagtgccacagtg
cgattagaggatatttttacaagctttactaaagcggtggtagaagttaa
gtctggaaaagcaatttcatgtctctttggaagtgtatttgtttatttac
ctaggggacagcttagtgatcacagtttgcagtatttaatctcccacata
ctatcaagcccctaaaacaaaattgtcagcttatcggtgggacactagaa
gcccaagtgcagctgaaaagatggtgaagtttgactaaaggaaaacacaa
attatctatttctcatcatagtgtctctctcacccccggcagcaggaatg
gccaacttccaagttcaaacccccacaagattaacctgctcagggcaagg
tgaagctgtactctcatttttttctgccttggaagctgttggattccaat
taaagaagatatagcacaaaccaccatctagtgcacacacattttggcgg
tttgggcaggagggttacagcagagagtttgtcatggccatgagggagat
agctcagttcagtgtctggaaattcacttcctatggaaacctgaaagcac
aatgctgcctagctgagtcttcctgtgactctcttgaagtcagcgtacaa
gctaatagacacattgtggcattttggcagctcatccttgtaaccaagtc
ccggatccggttatcctggcatgttggcttaagtctcacaacatatctcc
ctttcccttaacagcctgccactcccctcctaagaaccatgcatgggcgg
agcaggcttgagttgccatt
gaattccagtgtatggtctgtcatgtggaagactgaagacagtaaatcct
tgacattcaaggtgttacaactgcgcatgataaacatgctcaaggctggc
tgcacagtcctagttttatctgtgtaattatcaggtaggcaaattacaaa
gggactcctgtttggacaaggacttaaatgattagcccacatgtaggcta
aacataatgcagtacagaaaacgagaatttcagttaagcatgaagcaaat
gttcataaattacctgagcggtcggtccctgagtgtggtgtgcaatatgc
tgccttgagacatggtatgaagttatgatggaaaaaaactcagtcagaca
cagagcaagaaccagctcacaacttaggaacatagactagatatattcca
tcatgtttattatagatactccaatttcttatttcttttctggtctattt
cctatgttcctatttaaaagaaaattacctttgaactcacatcagactga
aggccagtgttaatcctttaaactatccattttgtacattgatcaatgct
cagcatgacctgaaaatactggaaatatttatttacagcgatatgcagta
tttataattttcatacttctgaaatgttaatagaatttttttgcaatggg
caattgaataattctacttctttttcattttttcacattcatggggaaag
ccatgttatgtttattgaactttgtcagacccaatgagctagaactgcag
tcagacccaaattcctaattaaacctgatctttccttttgtgactctata
cccactgtcatctctattttaccaagttcaaatagacttctctcctcttt
aagggactttgtttcttctccatgctgattttttttctttttagttttca
aagcacttgtgtggcaggtggagcgtttatcttggcctcactcacagccc
tgcatatttttgattgtctgtggtcttgactaatttccacagacagcatt
tagctgagagtgcattgccaaggttttctttatatgatcattgaaaagtc
ttagcatattgcttaaagccctaggccttcagagtgatttttttttttta
ggtgaaaagaatgcatctcgacttcaattttatggaacatggttcccagt
ttttctattccaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_117764207_117765376
seq2: B6Ng01-288G06.b_48_1217 (reverse)

seq1  AATGGCAACTC-AGACTGCCTCCGCCCATGCCTTGGTTCTTAGGAAGGGA  49
      ||||||||||| || ||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||
seq2  AATGGCAACTCAAGCCTG-CTCCGCCCATG-CATGGTTCTTAGGAGGGGA  48

seq1  GTGGCAGGCCTGTTA--GGAAAGGAAGATATGTGGTGGAGACTAAAGGCC  97
      |||||||| ||||||  ||||||| |||||||| || |||||| ||| | 
seq2  GTGGCAGG-CTGTTAAGGGAAAGGGAGATATGTTGT-GAGACTTAAGCCA  96

seq1  ACATGGCCAGGATAACCGGATCCGGGAC-TGGTTACAAGGATGAGCTGCC  146
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACAT-GCCAGGATAACCGGATCCGGGACTTGGTTACAAGGATGAGCTGCC  145

seq1  CAAATGCCACAATGTGTCTATTAGCTTGTACGCTGACTTCAAAGAAGAGT  196
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  AAAATGCCACAATGTGTCTATTAGCTTGTACGCTGACTTCAA--GAGAGT  193

seq1  CACAGGAAGACTCAGCTAGGCAGCATTGTGCTTTCAGG-TTCCATAGGAA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACAGGAAGACTCAGCTAGGCAGCATTGTGCTTTCAGGTTTCCATAGGAA  243

seq1  GTGAATTTCCAGACACTGAACTGAGCTATCTCCCTCATGGCCATGACAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTTCCAGACACTGAACTGAGCTATCTCCCTCATGGCCATGACAAA  293

seq1  CTCTCTGCTGTAACCCTCCTGCCCAAACCGCC-AAATGTGTGTGCACTAG  344
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGCTGTAACCCTCCTGCCCAAACCGCCAAAATGTGTGTGCACTAG  343

seq1  ATGGTGGTTTGTGCTATATCTTCTTTAATTGGAATCCAACAGCTTCCAAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGTTTGTGCTATATCTTCTTTAATTGGAATCCAACAGCTTCCAAG  393

seq1  GCAG-AAAAAATGAGAGTACAGCTTCACCTTGCCCTGAGCAGGTTAATCT  443
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAAAAATGAGAGTACAGCTTCACCTTGCCCTGAGCAGGTTAATCT  443

seq1  TGTGGGGGTTTGAACTTGGAAGTTGGCCATTCCTGCTGCCGGGGGTGAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGGTTTGAACTTGGAAGTTGGCCATTCCTGCTGCCGGGGGTGAGA  493

seq1  GAGACACTATGATGAGAAATAGATAATTTGTGTTTTCCTTTAGTCAAACT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACTATGATGAGAAATAGATAATTTGTGTTTTCCTTTAGTCAAACT  543

seq1  TCACCATCTTTTCAGCTGCACTTGGGCTTCTAGTGTCCCACCGATAAGCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATCTTTTCAGCTGCACTTGGGCTTCTAGTGTCCCACCGATAAGCT  593

seq1  GACAATTTTGTTTTAGGGGCTTGATAGTATGTGGGAGATTAAATACTGCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTTTGTTTTAGGGGCTTGATAGTATGTGGGAGATTAAATACTGCA  643

seq1  AACTGTGATCACTAAGCTGTCCCCTAGGTAAATAAACAAATACACTTCCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGATCACTAAGCTGTCCCCTAGGTAAATAAACAAATACACTTCCA  693

seq1  AAGAGACATGAAATTGCTTTTCCAGACTTAACTTCTACCACCGCTTTAGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACATGAAATTGCTTTTCCAGACTTAACTTCTACCACCGCTTTAGT  743

seq1  AAAGCTTGTAAAAATATCCTCTAATCGCACTGTGGCACTCCAAACATCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTGTAAAAATATCCTCTAATCGCACTGTGGCACTCCAAACATCAC  793

seq1  AGAGACTCTCCCTCAAATCCTTTATGCCTCCTTTGTTCCACAGGTAGATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCTCCCTCAAATCCTTTATGCCTCCTTTGTTCCACAGGTAGATG  843

seq1  TTTATATTATGACAGATAGCTCTAATTAGCTAAATAAGCACTAACCAAAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTATGACAGATAGCTCTAATTAGCTAAATAAGCACTAACCAAAT  893

seq1  GCTTCCTCATGTGGAAATTCAGCCTTCTGGACCAAGCTCCCTATGCCAAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTCATGTGGAAATTCAGCCTTCTGGACCAAGCTCCCTATGCCAAA  943

seq1  ATCTTGCTTCTTTGTGGTGTTTATTCTTCACATGAGTTTATGTATGTTCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTTCTTTGTGGTGTTTATTCTTCACATGAGTTTATGTATGTTCA  993

seq1  TCTACACACATAAGCAGCAACCATGGAAAATAGGTTCTTGTCAAAACACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACACACATAAGCAGCAACCATGGAAAATAGGTTCTTGTCAAAACACA  1043

seq1  AGTCCATCTTGGTTCACAGTGAACATAGATTTGGGGAGTCTGCAGTCTAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATCTTGGTTCACAGTGAACATAGATTTGGGGAGTCTGCAGTCTAC  1093

seq1  AGGCTCAATGCTTATGGTCTGGGTCTATATGAACAATGTAACAGGGCTGT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAATGCTTATGGTCTGGGTCTATATGAACAATGTAACAGGGCTGT  1143

seq1  AAGTGCAGTGTATAAGCCTTTGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCAGTGTATAAGCCTTTGAATTC  1170

seq1: chr14_117627429_117628595
seq2: B6Ng01-288G06.g_67_1231

seq1  GAATTCCAGTGTATGGTCTGTCATGTGGAAGACTGAAGACAGTAAATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGTATGGTCTGTCATGTGGAAGACTGAAGACAGTAAATCCT  50

seq1  TGACATTCAAGGTGTTACAACTGCGCATGATAAACATGCTCAAGGCTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTCAAGGTGTTACAACTGCGCATGATAAACATGCTCAAGGCTGGC  100

seq1  TGCACAGTCCTAGTTTTATCTGTGTAATTATCAGGTAGGCAAATTACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGTCCTAGTTTTATCTGTGTAATTATCAGGTAGGCAAATTACAAA  150

seq1  GGGACTCCTGTTTGGACAAGGACTTAAATGATTAGCCCACATGTAGGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCCTGTTTGGACAAGGACTTAAATGATTAGCCCACATGTAGGCTA  200

seq1  AACATAATGCAGTACAGAAAACGAGAATTTCAGTTAAGCATGAAGCAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAATGCAGTACAGAAAACGAGAATTTCAGTTAAGCATGAAGCAAAT  250

seq1  GTTCATAAATTACCTGAGCGGTCGGTCCCTGAGTGTGGTGTGCAATATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAAATTACCTGAGCGGTCGGTCCCTGAGTGTGGTGTGCAATATGC  300

seq1  TGCCTTGAGACATGGTATGAAGTTATGATGGAAAAAAACTCAGTCAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGAGACATGGTATGAAGTTATGATGGAAAAAAACTCAGTCAGACA  350

seq1  CAGAGCAAGAACCAGCTCACAACTTAGGAACATAGACTAGATATATTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAAGAACCAGCTCACAACTTAGGAACATAGACTAGATATATTCCA  400

seq1  TCATGTTTATTATAGATACTCCAATTTCTTATTTCTTTTCTGGTCTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTTATTATAGATACTCCAATTTCTTATTTCTTTTCTGGTCTATTT  450

seq1  CCTATGTTCCTATTTAAAAGAAAATTACCTTTGAACTCACATCAGACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTTCCTATTTAAAAGAAAATTACCTTTGAACTCACATCAGACTGA  500

seq1  AGGCCAGTGTTAATCCTTTAAACTATCCATTTTGTACATTGATCAATGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGTGTTAATCCTTTAAACTATCCATTTTGTACATTGATCAATGCT  550

seq1  CAGCATGACCTGAAAATACTGGAAATATTTATTTACAGCGATATGCAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGACCTGAAAATACTGGAAATATTTATTTACAGCGATATGCAGTA  600

seq1  TTTATAATTTTCATACTTCTGAAATGTTAATAGAATTTTTTTGCAATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATTTTCATACTTCTGAAATGTTAATAGAATTTTTTTGCAATGGG  650

seq1  CAATTGAATAATTCTACTTCTTTTTCATTTTTTCACATTCATGGGGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGAATAATTCTACTTCTTTTTCATTTTTTCACATTCATGGGGAAAG  700

seq1  CCATGTTATGTTTATTGAACTTTGTCAGACCCAATGAGCTAGAACTGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTATGTTTATTGAACTTTGTCAGACCCAATGAGCTAGAACTGCAG  750

seq1  TCAGACCCAAATTCCTAATTAAACCTGATCTTTCCTTTTGTGACTCTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCCAAATTCCTAATTAAACCTGATCTTTCCTTTTGTGACTCTATA  800

seq1  CCCACTGTCATCTCTATTTTACCAAGTTCAAATAGACTTCTCTCCTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTCATCTCTATTTTACCAAGTTCAAATAGACTTCTCTCCTCTTT  850

seq1  AAGGGACTTTGTTTCTTCTCCATGCTGA-TTTTTTTCTTTTTAGTTTTCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACTTTGTTTCTTCTCCATGCTGATTTTTTTTCTTTTTAGTTTTCA  900

seq1  AAGCACTTGTGTGGCAGGTGGAGCGTTTATCTTGGCCTCACTCACAGCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTTGTGTGGCAGGTGGAGCGTTTATCTTGGCCTCACTCACAGCCC  950

seq1  TGCATA-TTTTGATTGTCTGTGGTCTTGACTAA-TTCCACAGACAAGGCC  997
      |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || 
seq2  TGCATATTTTTGATTGTCTGTGGTCTTGACTAATTTCCACAGACA--GCA  998

seq1  ATTAGCTGAGAGTGCATTGCCAAGGTTTCTTTTATTATGATCATTGAAAA  1047
       |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||
seq2  TTTAGCTGAGAGTGCATTGCCAAGGTTTTCTTTA-TATGATCATTGAAAA  1047

seq1  GTC-TAGCATATTGCCTTAAAAGCACTAGGCCTTCAGGAGGTGATTTTTT  1096
      ||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||||   |||| |||||
seq2  GTCTTAGCATATTGC--TTAAAGCCCTAGGCCTTCAG--AGTGA-TTTTT  1092

seq1  TTTTTTTTAGTGGAAAGAATGCATCTTCAGAATCAATTTTTATGGAACAT  1146
      |||||||  ||| |||||||||||||   || |  | |||||||||||||
seq2  TTTTTTTAGGTGAAAAGAATGCATCT--CGACTTCAATTTTATGGAACAT  1140

seq1  -GTTCCCA--TTTTCTATT-CAATG  1167
       |||||||  ||||||||| |||||
seq2  GGTTCCCAGTTTTTCTATTCCAATG  1165