BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288K08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 68,917,813 - 69,079,239
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEbf2, EG628416, LOC100043046, LOC100043056, Cdca2, Kctd9, Gnrh1, Dock5, Nefl, Nefm, LOC100043072
Downstream geneAdam7, Adamdec1, Adam28, LOC641033, LOC100043082, Stc1, EG545808, Nkx2-6, Nkx3-1, Slc25a37, D930020E02Rik, Entpd4, Loxl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288K08.bB6Ng01-288K08.g
ACCGA086257GA086258
length1,117733
definitionB6Ng01-288K08.b B6Ng01-288K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,078,121 - 69,079,239)(68,917,813 - 68,918,545)
sequence
gaattctcccttggaatcctctgtattatatctggatcttatggtgatac
gaagcagaacagaagggttctcctctcttctaattgatctttttcccccc
tagaaagttgccttgggatccttctggacaattgtgcactgggtgactgg
ggctgctccccatcaagagcaaacgggcctcagaactgatttctgtaata
agatttgtcattgttgctcagctttccctgcaatgcaccacagaggtctg
ctgcagtcagagccgctcttcatactgcagcagcttaataatttataaga
tatctcagtgttgcaacttagaacacatatttaggatggctcagcttgct
gtttatcaaatacttggatataagggacattttgtaactaatcgctttca
ggaccaccattaggctccagagacaaactctgaacacagtatacttcaca
tgaactgacagctctggttttatttttagctttcaacctaacctttgggt
aataattaactacttacactacaggtaaatgcaagagcatggttcaaaac
tcacaaatatttgcaagttgccaatggcaacagcgtaatgaccctgtgtg
ttggacgttactggaggaagaggtgggtgttaaatccaatttgtacaagg
gaggtgctgaaaggcattggtgtcatgtgatctgccaggaaccactgcat
ggaggatttggatcttcagccaagtctcctaactccaaacctactgtttt
gtcactaatgctactctttgttaagtgtcagggtattaggcttctcaact
ccccagccgagttcctgaatgttagggggaaaaatataattttactcagc
taatgccagagtagagaatatattttgcaataatacccttcgtgcataaa
gggttagtgatttcaccattgttccgatgaggaaactcaagtaaagacag
ctgtgtaactgggaaactatgacatgggttaggaaatgagattcgactat
agtcaccagtaactgctctccatcgtatgattctggtatctacatagcag
ttgagtagagcctggctttatggtgactagcagttcacatactcaattgg
ggaaccccatttctgtg
gaattcttagtcaagtctttcatgcataagagttttaccctagaggagag
aacagagagacaagaagagttagagacaaacagacaaatagatggacaca
tatgagagagagagagacagagacagagacagagacagagatagagacag
agagagaagatgacttctaaggcattgagtggtggcattttgattatgga
ttaggtaattgtgtgtgaaaggacttaaccgaagttaatgtgaaacatga
gtgtctatacagtgttgacaatctctctaaatatttacatttgcatcatc
tttttgcttgtcactcacaaatattgaagtgtttgctaggctattgctac
accaattagtggtgacctcaggagctagggaaacctatttgagcacaaga
tgggaggagcgagaaaaggctgaagctcgacatgaagacgttgacgtgac
caggctcagtagcatgcatctataacaccagcacctggaaggtagataca
ggaagatcttgtgttctgggtcagcctgggctatgtaataagatcttgcg
gttgtgggaagaagagcctgttttctttaaccatgtgacagcggagtggt
tactcatgctcctggaattggttctcccactcctgtgcttacaggcagca
ctaagaggactgaggttgtgttggtttgttttctgctcacattaagtagg
gagggagaagtgataaggatggatagggaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_69078121_69079239
seq2: B6Ng01-288K08.b_54_1170 (reverse)

seq1  CACAG-AATGGGGT--CCCAAATGAGTATGTGAACTTGCTTAGTCACCAT  47
      ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| 
seq2  CACAGAAATGGGGTTCCCCAATTGAGTATGTGAAC-TGC-TAGTCACCA-  47

seq1  TAAAGCCAGGCTCTACTCAACTGCTATGTAGATTACCCAGATCATAACGA  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||| ||||
seq2  TAAAGCCAGGCTCTACTCAACTGCTATGTAGA-TACCAGAATCAT-ACGA  95

seq1  TGGAGAGCAGTTACTGGTTGACTATAGTCGAATCTTCATTTCCTAA-CCA  146
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TGGAGAGCAGTTACTGG-TGACTATAGTCGAATC-TCATTTCCTAACCCA  143

seq1  TGTCATAGTTTTCCAGTTACACAGCTTGTCTTTACTTGAGTTTCCTCATC  196
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATAGTTTCCCAGTTACACAGC-TGTCTTTACTTGAGTTTCCTCATC  192

seq1  GAAACAATGGTGAAATCACTAACCC-TTATGCACGAA-GGTATTATTGCA  244
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGAACAATGGTGAAATCACTAACCCTTTATGCACGAAGGGTATTATTGCA  242

seq1  AAATATATTCTCTACTCTGGCATTAGCTGAGTAAAATTATATTTTTCCCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATTCTCTACTCTGGCATTAGCTGAGTAAAATTATATTTTTCCCC  292

seq1  CTAACATTCAGGAACTCGGCTGGGGAGTTGAGAAGCCTAATACCCTGACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATTCAGGAACTCGGCTGGGGAGTTGAGAAGCCTAATACCCTGACA  342

seq1  CTTAACAAAGAGTAGCATTAGTGACAAAACAGTAGGTTTGGAGTTAGGAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACAAAGAGTAGCATTAGTGACAAAACAGTAGGTTTGGAGTTAGGAG  392

seq1  ACTTGGCTGAAGATCCAAATCCTCCATGCAGTGGTTCCTGGCAGATCACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCTGAAGATCCAAATCCTCCATGCAGTGGTTCCTGGCAGATCACA  442

seq1  TGACACCAATGCCTTTCAGCACCTCCCTTGTACAAATTGGATTTAACACC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCAATGCCTTTCAGCACCTCCCTTGTACAAATTGGATTTAACACC  492

seq1  CACCTCTTCCTCCAGTAACGTCCAACACACAGGGTCATTACGCTGTTGCC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTTCCTCCAGTAACGTCCAACACACAGGGTCATTACGCTGTTGCC  542

seq1  ATTGGCAACTTGCAAATATTTGTGAGTTTTGAACCATGCTCTTGCATTTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAACTTGCAAATATTTGTGAGTTTTGAACCATGCTCTTGCATTTA  592

seq1  CCTGTAGTGTAAGTAGTTAATTATTACCCAAAGGTTAGGTTGAAAGCTAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGTGTAAGTAGTTAATTATTACCCAAAGGTTAGGTTGAAAGCTAA  642

seq1  AAATAAAACCAGAGCTGTCAGTTCATGTGAAGTATACTGTGTTCAGAGTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAACCAGAGCTGTCAGTTCATGTGAAGTATACTGTGTTCAGAGTT  692

seq1  TGTCTCTGGAGCCTAATGGTGGTCCTGAAAGCGATTAGTTACAAAATGTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGGAGCCTAATGGTGGTCCTGAAAGCGATTAGTTACAAAATGTC  742

seq1  CCTTATATCCAAGTATTTGATAAACAGCAAGCTGAGCCATCCTAAATATG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATATCCAAGTATTTGATAAACAGCAAGCTGAGCCATCCTAAATATG  792

seq1  TGTTCTAAGTTGCAACACTGAGATATCTTATAAATTATTAAGCTGCTGCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAAGTTGCAACACTGAGATATCTTATAAATTATTAAGCTGCTGCA  842

seq1  GTATGAAGAGCGGCTCTGACTGCAGCAGACCTCTGTGGTGCATTGCAGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAAGAGCGGCTCTGACTGCAGCAGACCTCTGTGGTGCATTGCAGGG  892

seq1  AAAGCTGAGCAACAATGACAAATCTTATTACAGAAATCAGTTCTGAGGCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAGCAACAATGACAAATCTTATTACAGAAATCAGTTCTGAGGCC  942

seq1  CGTTTGCTCTTGATGGGGAGCAGCCCCAGTCACCCAGTGCACAATTGTCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGCTCTTGATGGGGAGCAGCCCCAGTCACCCAGTGCACAATTGTCC  992

seq1  AGAAGGATCCCAAGGCAACTTTCTAGGGGGGAAAAAGATCAATTAGAAGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGATCCCAAGGCAACTTTCTAGGGGGGAAAAAGATCAATTAGAAGA  1042

seq1  GAGGAGAACCCTTCTGTTCTGCTTCGTATCACCATAAGATCCAGATATAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAACCCTTCTGTTCTGCTTCGTATCACCATAAGATCCAGATATAA  1092

seq1  TACAGAGGATTCCAAGGGAGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGGATTCCAAGGGAGAATTC  1117

seq1: chr14_68917813_68918545
seq2: B6Ng01-288K08.g_70_802

seq1  GAATTCTTAGTCAAGTCTTTCATGCATAAGAGTTTTACCCTAGAGGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGTCAAGTCTTTCATGCATAAGAGTTTTACCCTAGAGGAGAG  50

seq1  AACAGAGAGACAAGAAGAGTTAGAGACAAACAGACAAATAGATGGACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGAGACAAGAAGAGTTAGAGACAAACAGACAAATAGATGGACACA  100

seq1  TATGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGATAGAGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGATAGAGACAG  150

seq1  AGAGAGAAGATGACTTCTAAGGCATTGAGTGGTGGCATTTTGATTATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAGATGACTTCTAAGGCATTGAGTGGTGGCATTTTGATTATGGA  200

seq1  TTAGGTAATTGTGTGTGAAAGGACTTAACCGAAGTTAATGTGAAACATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTAATTGTGTGTGAAAGGACTTAACCGAAGTTAATGTGAAACATGA  250

seq1  GTGTCTATACAGTGTTGACAATCTCTCTAAATATTTACATTTGCATCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTATACAGTGTTGACAATCTCTCTAAATATTTACATTTGCATCATC  300

seq1  TTTTTGCTTGTCACTCACAAATATTGAAGTGTTTGCTAGGCTATTGCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTTGTCACTCACAAATATTGAAGTGTTTGCTAGGCTATTGCTAC  350

seq1  ACCAATTAGTGGTGACCTCAGGAGCTAGGGAAACCTATTTGAGCACAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATTAGTGGTGACCTCAGGAGCTAGGGAAACCTATTTGAGCACAAGA  400

seq1  TGGGAGGAGCGAGAAAAGGCTGAAGCTCGACATGAAGACGTTGACGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGAGCGAGAAAAGGCTGAAGCTCGACATGAAGACGTTGACGTGAC  450

seq1  CAGGCTCAGTAGCATGCATCTATAACACCAGCACCTGGAAGGTAGATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCAGTAGCATGCATCTATAACACCAGCACCTGGAAGGTAGATACA  500

seq1  GGAAGATCTTGTGTTCTGGGTCAGCCTGGGCTATGTAATAAGATCTTGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATCTTGTGTTCTGGGTCAGCCTGGGCTATGTAATAAGATCTTGCG  550

seq1  GTTGTGGGAAGAAGAGCCTGTTTTCTTTAACCATGTGACAGCGGAGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGGAAGAAGAGCCTGTTTTCTTTAACCATGTGACAGCGGAGTGGT  600

seq1  TACTCATGCTCCTGGAATTGGTTCTCCCACTCCTGTGCTTACAGGCAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATGCTCCTGGAATTGGTTCTCCCACTCCTGTGCTTACAGGCAGCA  650

seq1  CTAAGAGGACTGAGGTTGTGTTGGTTTGTTTTCTGCTCACATTAAGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGGACTGAGGTTGTGTTGGTTTGTTTTCTGCTCACATTAAGTAGG  700

seq1  GAGGGAGAAGTGATAAGGATGGATAGGGAAGAA  733
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAAGTGATAAGGATGGATAGGGAAGAA  733