BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290G12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 90,994,479 - 91,120,911
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG328451, LOC100043336
Downstream geneEG639558
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290G12.bB6Ng01-290G12.g
ACCGA087556GA087557
length6421,146
definitionB6Ng01-290G12.b B6Ng01-290G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,994,479 - 90,995,120)(91,119,770 - 91,120,911)
sequence
gaattcaatttgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatccaaatctg
tctgcctctgccttccaagtcctgggatcaaaggcatgcgccaccacacc
cggctcccccccccctctttttttttaaaggaaaactttgtgcatattta
cagtataacaaaaatctaggcagagaatgcagtaatttctaataattctt
agcaaaaagtttattgatttcaatgaagtaagaagacaactttcaaaggc
tttagaaaactattaatgtgtgtcagtgttttcattcattgtaatattgc
gtatcaaacctaaagtcataggaaacaatatattaatgaaattaaacaat
agcaatttccaaataaaatagtttaaaataaccatgtagaagagtaatct
ctaatcatggtgtgtattgtttgtataaagtactaaaattctgtgataat
aaaacttggtctatggtctagcatccttaagaaaattaggaaatgctaaa
agtataagttataggctttcctccaagatccagggagaaattttgagctt
agcaattattatatggtctcacggctgagactatacatcctctctctctc
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctc

gaattcctagcacagcaaattttgggttcttttctacatgctaatttgtg
cccaatatgtgcaagtttgggagccagaatgtttgctcttctatgtggat
cagataggtaaaggtcgcttgtccataactctgctctgaggtaagtaatg
ctatcaagtccttgttaccctcagatccaaaatcactcctgagtggagtc
actatgtaggtcacctggcacatggatgtggtgaggcagatacttgagga
gcctcagcatttcaaagatacatatataacagcaattttttttgtcactg
catttaaaaaatgttaaattagtgcttggtttaatttttaccagttctat
aatctaaaattgggggatatattaaaactggtacataactgagcaagtta
tgactcacagaacaaactgttctcacacctgcttttttttcaaataataa
ttatgaagtcagtgaaatctataaaaatagtatgtaaatgagtagtatac
tgttcatcttgaggaaccaagtaatgatatttaaaaaacccatagtgcag
taaggccagggcactcatttgatctacaaagttagagattttaagtggat
ttctctgacttacacacacattaatttttatcactatataaaggggattg
tctatattttcgcatgcacagatttgtgcaataatgctacaattattcaa
gacagaactacctcatcattatgaagacttgatttacttcatttttcatc
tattaaaatgctatgtggtagccatagctggagcctgggcattctgtctg
ttgtggggtttcattaaacaatggttcgttggtgaaaacattctctgtct
agagatcatggctcaagtacttgtagatcatggaagagacatagaagatg
gcttggcaagttgcccagaataatactgtgggccctggctaacgtaacaa
tttaaaaaactggtcagcagcaacagctcttgcagacaggagcagagaca
atacagcagtacctctggggacagggacaaggcaacccagcacaaaggcc
acgtttagcttgtcaacttgtatgccaaccactttgggccttgccaaatc
tgtccttctagagcttctctggatgggaagagatggtaagcttggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_90994479_90995120
seq2: B6Ng01-290G12.b_42_683

seq1  GAATTCAATTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCAAATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCAAATCTG  50

seq1  TCTGCCTCTGCCTTCCAAGTCCTGGGATCAAAGGCATGCGCCACCACACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCTGCCTTCCAAGTCCTGGGATCAAAGGCATGCGCCACCACACC  100

seq1  CGGCTCCCCCCCCCCTCTTTTTTTTTAAAGGAAAACTTTGTGCATATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTCCCCCCCCCCTCTTTTTTTTTAAAGGAAAACTTTGTGCATATTTA  150

seq1  CAGTATAACAAAAATCTAGGCAGAGAATGCAGTAATTTCTAATAATTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATAACAAAAATCTAGGCAGAGAATGCAGTAATTTCTAATAATTCTT  200

seq1  AGCAAAAAGTTTATTGATTTCAATGAAGTAAGAAGACAACTTTCAAAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAAGTTTATTGATTTCAATGAAGTAAGAAGACAACTTTCAAAGGC  250

seq1  TTTAGAAAACTATTAATGTGTGTCAGTGTTTTCATTCATTGTAATATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAACTATTAATGTGTGTCAGTGTTTTCATTCATTGTAATATTGC  300

seq1  GTATCAAACCTAAAGTCATAGGAAACAATATATTAATGAAATTAAACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAACCTAAAGTCATAGGAAACAATATATTAATGAAATTAAACAAT  350

seq1  AGCAATTTCCAAATAAAATAGTTTAAAATAACCATGTAGAAGAGTAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTTCCAAATAAAATAGTTTAAAATAACCATGTAGAAGAGTAATCT  400

seq1  CTAATCATGGTGTGTATTGTTTGTATAAAGTACTAAAATTCTGTGATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCATGGTGTGTATTGTTTGTATAAAGTACTAAAATTCTGTGATAAT  450

seq1  AAAACTTGGTCTATGGTCTAGCATCCTTAAGAAAATTAGGAAATGCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTGGTCTATGGTCTAGCATCCTTAAGAAAATTAGGAAATGCTAAA  500

seq1  AGTATAAGTTATAGGCTTTCCTCCAAGATCCAGGGAGAAATTTTGAGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAGTTATAGGCTTTCCTCCAAGATCCAGGGAGAAATTTTGAGCTT  550

seq1  AGCAATTATTATATGGTCTCACGGCTGAGACTATACATCCTCTCTCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTATTATATGGTCTCACGGCTGAGACTATACATCCTCTCTCTCTC  600

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  642


seq1: chr14_91119770_91120911
seq2: B6Ng01-290G12.g_62_1207 (reverse)

seq1  ACCAAGCTTTCCATCTCT--CCATTCAGAGAAGCTCCTAGAGGGACAAGA  48
      ||||||||| ||||||||  |||| |||||||||| ||||| |||||   
seq2  ACCAAGCTTACCATCTCTTCCCATCCAGAGAAGCT-CTAGAAGGACAGAT  49

seq1  TTGGCAAGGCCCAAAGTG--TTGCATACAAGTTGACAAGCT-AACGTGG-  94
      ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TTGGCAAGGCCCAAAGTGGTTGGCATACAAGTTGACAAGCTAAACGTGGC  99

seq1  CTTTGTGCTGGTTTGCCTTGTCCCTGTCCCCAGAGGTACTGCTGTATTGT  144
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGCTGGGTTGCCTTGTCCCTGTCCCCAGAGGTACTGCTGTATTGT  149

seq1  CTCTGCTCCTGTCTGCAAGAAGCTGTTGCTGCTGACCAGTTTTTTAAATT  194
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTCCTGTCTGCAAG-AGCTGTTGCTGCTGACCAGTTTTTTAAATT  198

seq1  GTTACGTTAGCCAGGGCCCACAGTATTATTCTGGGCAACTTGCCAAGCCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACGTTAGCCAGGGCCCACAGTATTATTCTGGGCAACTTGCCAAGCCA  248

seq1  TCTTCTATGTCTCTTCCATGATCTACAAGTACTTGAGCCATGATCTCTAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATGTCTCTTCCATGATCTACAAGTACTTGAGCCATGATCTCTAG  298

seq1  ACAGAGAATGTTTTCACCAACGAACCATTGTTTAATGAAACCCCACAACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAATGTTTTCACCAACGAACCATTGTTTAATGAAACCCCACAACA  348

seq1  GACAGAATGCCCAGGCTCCAGCTATGGCTACCACATAGCATTTTAATAGA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATGCCCAGGCTCCAGCTATGGCTACCACATAGCATTTTAATAGA  398

seq1  TGAAAAATGAAGTAAATCAAGTCTTCATAATGATGAGGTAGTTCTGTCTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATGAAGTAAATCAAGTCTTCATAATGATGAGGTAGTTCTGTCTT  448

seq1  GAATAATTGTAGCATTATTGCACAAATCTGTGCATGCGAAAATATAGACA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATTGTAGCATTATTGCACAAATCTGTGCATGCGAAAATATAGACA  498

seq1  ATCCCCTTTATATAGTGATAAAAATTAATGTGTGTGTAAGTCAGAGAAAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTTTATATAGTGATAAAAATTAATGTGTGTGTAAGTCAGAGAAAT  548

seq1  CCACTTAAAATCTCTAACTTTGTAGATCAAATGAGTGCCCTGGCCTTACT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAAAATCTCTAACTTTGTAGATCAAATGAGTGCCCTGGCCTTACT  598

seq1  GCACTATGGGTTTTTTAAATATCATTACTTGGTTCCTCAAGATGAACAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTATGGGTTTTTTAAATATCATTACTTGGTTCCTCAAGATGAACAGT  648

seq1  ATACTACTCATTTACATACTATTTTTATAGATTTCACTGACTTCATAATT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACTCATTTACATACTATTTTTATAGATTTCACTGACTTCATAATT  698

seq1  ATTATTTGAAAAAAAAGCAGGTGTGAGAACAGTTTGTTCTGTGAGTCATA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTGAAAAAAAAGCAGGTGTGAGAACAGTTTGTTCTGTGAGTCATA  748

seq1  ACTTGCTCAGTTATGTACCAGTTTTAATATATCCCCCAATTTTAGATTAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTCAGTTATGTACCAGTTTTAATATATCCCCCAATTTTAGATTAT  798

seq1  AGAACTGGTAAAAATTAAACCAAGCACTAATTTAACATTTTTTAAATGCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGGTAAAAATTAAACCAAGCACTAATTTAACATTTTTTAAATGCA  848

seq1  GTGACAAAAAAAATTGCTGTTATATATGTATCTTTGAAATGCTGAGGCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAAAAAATTGCTGTTATATATGTATCTTTGAAATGCTGAGGCTC  898

seq1  CTCAAGTATCTGCCTCACCACATCCATGTGCCAGGTGACCTACATAGTGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTATCTGCCTCACCACATCCATGTGCCAGGTGACCTACATAGTGA  948

seq1  CTCCACTCAGGAGTGATTTTGGATCTGAGGGTAACAAGGACTTGATAGCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTCAGGAGTGATTTTGGATCTGAGGGTAACAAGGACTTGATAGCA  998

seq1  TTACTTACCTCAGAGCAGAGTTATGGACAAGCGACCTTTACCTATCTGAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTACCTCAGAGCAGAGTTATGGACAAGCGACCTTTACCTATCTGAT  1048

seq1  CCACATAGAAGAGCAAACATTCTGGCTCCCAAACTTGCACATATTGGGCA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAGAAGAGCAAACATTCTGGCTCCCAAACTTGCACATATTGGGCA  1098

seq1  CAAATTAGCATGTAGAAAAGAACCCAAAATTTGCTGTGCTAGGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAGCATGTAGAAAAGAACCCAAAATTTGCTGTGCTAGGAATTC  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |