BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295P18
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,400,627 - 23,561,246
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik
Upstream geneMyst4, EG435391, Dusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392
Downstream geneLOC665068, Kcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295P18.bB6Ng01-295P18.g
ACCGA091712GA091713
length1,146427
definitionB6Ng01-295P18.b B6Ng01-295P18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,400,627 - 23,401,763)(23,560,814 - 23,561,246)
sequence
gaattctatctacagaagagattccgatgtcaagactctctcacatctgg
aaaatttcttgtcactttaccaattaatgtagctgtcacatttatatagg
tctacctcccaacccccatctttgttctatcccctctttgttcaaagtaa
ttagtcataggccatagacttgaaaacctacccctagccctctctctctc
tctctctctctctctctctctctctctctagcaagactgaggttttctgt
gttgctctcaatcatgtgatctctcaacagtcaaccccaagtaggctact
gactgaaaaaatgttaaaagtgcagatgcttaatctttgcacaatttaat
ggtcgtcccctatctttccttgtgggaaaacacagactttatttgaaatt
atgcttaaaaattttttgcactatttccatcatcatctatactaaggtgg
gaacagtttgaatggtagcgcacacaggaagaaagaatcgtgctacatgt
tacccagctgggcgtggctgtgtcacaaaactggacctcacccttaaaaa
cagtatgtagccatgtgtgtttgtgtgtggatatgcacatgtaagtgcaa
gtaccaagagggggcataaaagtgccccaggtctcctggagctggggtaa
tggatgggtgtgagccgccagaagtgtgtgcgggaactgtgttcccatgt
ttcacaggagtagcaagccattagcaagccattttctccagccgccgcca
ccccagatctcacttttaacagcagtttcttatcatcttaaataaatata
ttttccttttcgaggtcttggtttctttgataatacatacctcagagcat
tgagcagagtaggcgggaccatctatgggaagccgctgcttgttaacacc
cagagaccttgctgctccctggtgcacaatactaaaatgtcttggtacac
ttagagaaaaccacggtgcttttgaaaacattgagcctagctgaaattat
ccagacaaacggcacagctggatgacagtggtatttatcttcccccaaaa
ctatattaaacctcttcacttttcagtctttttatttcattcgttacata
ggaatggagttcatttctttccaatagaaattgactttagacttct

cctgtgaggcttaatctcctaggaatgacagaaaagctttacctcaacag
tatggatgcccaaataaaatctgaacgagaacaccgccaatagacatgct
aatgtgggagggagacatcttatggagatgtaaccctagacaaagagtta
caaggggatgctgaaagcagaagtagtgccgacctaagggacatccagta
ccaggtgataagtcctgaaatcatacacatacaagcaacactgaacagac
tcagcaggttatagttatgtgtgtgtatgtgtgtgcacatgtgtgtgtgt
gtgtgcacatgtgtgtgtgtgtgagcgtgcgcgtgtatgtatatataagt
gtaacagtggcaaaatgagcgaaggaaagtggtagtagagtgtatttggg
gtgtgcatgagatgagttggagggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23400627_23401763
seq2: B6Ng01-295P18.b_47_1192

seq1  GAATTCTATCTACAGAAGAGATTCCGATGTCAAGACTCTCTCACATCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCTACAGAAGAGATTCCGATGTCAAGACTCTCTCACATCTGG  50

seq1  AAAATTTCTTGTCACTTTACCAATTAATGTAGCTGTCACATTTATATAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCTTGTCACTTTACCAATTAATGTAGCTGTCACATTTATATAGG  100

seq1  TCTACCTCCCAACCCCCATCTTTGTTCTATCCCCTCTTTGTTCAAAGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTCCCAACCCCCATCTTTGTTCTATCCCCTCTTTGTTCAAAGTAA  150

seq1  TTAGTCATAGGCCATAGACTTGAAAACCTACCCCTAGCCCTCTCTCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCATAGGCCATAGACTTGAAAACCTACCCCTAGCCCTCTCTCTCTC  200

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGCAAGACTGAGGTTTTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGCAAGACTGAGGTTTTCTGT  250

seq1  GTTGCTCTCAATCATGTGATCTCTCAACAGTCAACCCCAAGTAGGCTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCTCAATCATGTGATCTCTCAACAGTCAACCCCAAGTAGGCTACT  300

seq1  GACTGAAAAAATGTTAAAAGTGCAGATGCTTAATCTTTGCACAATTTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAAAAATGTTAAAAGTGCAGATGCTTAATCTTTGCACAATTTAAT  350

seq1  GGTCGTCCCCTATCTTTCCTTGTGGGAAAACACAGACTTTATTTGAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGTCCCCTATCTTTCCTTGTGGGAAAACACAGACTTTATTTGAAATT  400

seq1  ATGCTTAAAAATTTTTTGCACTATTTCCATCATCATCTATACTAAGGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAAAAATTTTTTGCACTATTTCCATCATCATCTATACTAAGGTGG  450

seq1  GAACAGTTTGAATGGTAGCGCACACAGGAAGAAAGAATCGTGCTACATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTTTGAATGGTAGCGCACACAGGAAGAAAGAATCGTGCTACATGT  500

seq1  TACCCAGCTGGGCGTGGCTGTGTCACAAAACTGGACCTCACCCTTAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGCTGGGCGTGGCTGTGTCACAAAACTGGACCTCACCCTTAAAAA  550

seq1  CAGTATGTAGCCATGTGTGTTTGTGTGTGGATATGCACATGTAAGTGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGTAGCCATGTGTGTTTGTGTGTGGATATGCACATGTAAGTGCAA  600

seq1  GTACCAAGAGGGGGCATAAAAGTGCCCCAGGTCTCCTGGAGCTGGGGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAAGAGGGGGCATAAAAGTGCCCCAGGTCTCCTGGAGCTGGGGTAA  650

seq1  TGGATGGGTGTGAGCCGCCAGAAGTGTGTGCGGGAACTGTGTTCCCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGGTGTGAGCCGCCAGAAGTGTGTGCGGGAACTGTGTTCCCATGT  700

seq1  TTCACAGGAGTAGCAAGCCATTAGCAAGCCA-TTTCTCCAGCCGCCGCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGGAGTAGCAAGCCATTAGCAAGCCATTTTCTCCAGCCGCCGCCA  750

seq1  CCCCAGATCTCACTTTTAACAGCAGTTTCTTATCATCTTAAATAAATATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGATCTCACTTTTAACAGCAGTTTCTTATCATCTTAAATAAATATA  800

seq1  TTTTCCTTTTCGAGGTCTTGGTTTCTTTGATAATACATACCTCAGAGCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTTTCGAGGTCTTGGTTTCTTTGATAATACATACCTCAGAGCAT  850

seq1  TGAGCAGAGTAGGCGGGACCATCTATGGGAAGCCGCTGCTTGTTAACACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGAGTAGGCGGGACCATCTATGGGAAGCCGCTGCTTGTTAACACC  900

seq1  CAGAGACCCTTGCTGCTCCCTGGTGCACATAACTAAAATGTCTTGGTACA  949
      |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  CAGAGA-CCTTGCTGCTCCCTGGTGCACAATACTAAAATGTCTTGGTACA  949

seq1  CTTAGAGAAAACCACGGTGC-TTTGAAAACA-TGAGCCTAAGCTGAAA-T  996
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |
seq2  CTTAGAGAAAACCACGGTGCTTTTGAAAACATTGAGCCT-AGCTGAAATT  998

seq1  ATCCAAGACAAACGGCACAGCTGGATGACAGT-GTA-TTATCTTCCCCCC  1044
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| 
seq2  ATCC-AGACAAACGGCACAGCTGGATGACAGTGGTATTTATCTTCCCCCA  1047

seq1  AAAC-ATATTAAA-CTCTTCACTTTTCAGTCTTTTAATTTCATCCTTTTA  1092
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||  
seq2  AAACTATATTAAACCTCTTCACTTTTCAGTCTTTTTATTTCATTCGTTAC  1097

seq1  CTAGGAATTGAG-TCATTTCTTTCC-ATAGAAA-TGAC-TTAGACTTCT  1137
       ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||
seq2  ATAGGAATGGAGTTCATTTCTTTCCAATAGAAATTGACTTTAGACTTCT  1146


seq1: chr14_23560814_23561246
seq2: B6Ng01-295P18.g_67_499 (reverse)

seq1  CCTCCCTCCAACTCATCTCATGCACACCCCAAATACACTCTACTACCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCAACTCATCTCATGCACACCCCAAATACACTCTACTACCACT  50

seq1  TTCCTTCGCTCATTTTGCCACTGTTACACTTATATATACATACACGCGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCGCTCATTTTGCCACTGTTACACTTATATATACATACACGCGCA  100

seq1  CGCTCACACACACACACATGTGCACACACACACACACATGTGCACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCACACACACACACATGTGCACACACACACACACATGTGCACACACA  150

seq1  TACACACACATAACTATAACCTGCTGAGTCTGTTCAGTGTTGCTTGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACATAACTATAACCTGCTGAGTCTGTTCAGTGTTGCTTGTATG  200

seq1  TGTATGATTTCAGGACTTATCACCTGGTACTGGATGTCCCTTAGGTCGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGATTTCAGGACTTATCACCTGGTACTGGATGTCCCTTAGGTCGGC  250

seq1  ACTACTTCTGCTTTCAGCATCCCCTTGTAACTCTTTGTCTAGGGTTACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTCTGCTTTCAGCATCCCCTTGTAACTCTTTGTCTAGGGTTACAT  300

seq1  CTCCATAAGATGTCTCCCTCCCACATTAGCATGTCTATTGGCGGTGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATAAGATGTCTCCCTCCCACATTAGCATGTCTATTGGCGGTGTTCT  350

seq1  CGTTCAGATTTTATTTGGGCATCCATACTGTTGAGGTAAAGCTTTTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCAGATTTTATTTGGGCATCCATACTGTTGAGGTAAAGCTTTTCTGT  400

seq1  CATTCCTAGGAGATTAAGCCTCACAGGGAATTC  433
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTAGGAGATTAAGCCTCACAGGGAATTC  433


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |