BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296I24
Chromosome14 (Build37)
Map Location 82,843,554 - 82,976,549
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043773
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296I24.bB6Ng01-296I24.g
ACCGA092144GA092145
length1,1791,157
definitionB6Ng01-296I24.b B6Ng01-296I24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,975,356 - 82,976,549)(82,843,554 - 82,844,709)
sequence
gaattcccaccccttactcccaccccttactcccaccctatgcttcaggg
tgatgactatagaatacgccatatcttggagcaataccttgcatcaacaa
tctgtcttcagaatcttttatacctgtggacctcagtataaaatgtcctt
tttttcctatcccttaaaaatatatatctgctgctgaaatcaatcctaaa
tatatacaactgccacatgtggacttaagtcaatcatgtccacaaaggac
tatattcaaattaaattacagacacagctctaaaagaagatatgtatagg
tctttccgtgatcagcagtaatgacatgctgctgtgtacaaggaaacttt
tataggacctctttgtgttgaatgacctcatcttcaattatcatgataaa
agtataactcatgtacaaatatagaaatataatgcatatatctaaagatg
tgatagggagttaaagttactctcataacaatcaatttaaactatagcaa
agattatttattaaatagttttaaatgggtggtgactgtacaaagtatca
cttagaaggtactgcaaaaatcagttctcttaaatagcaatacaatttaa
ggagaactttaatatacattatctaaattatggataaaacatcatactga
aatagttcgagtaaacagtgaaaatgatgtaagtttccatattacttgat
gactacataacaaaaatatctacctggctataatacttaactattaataa
ttatgtatgatcttcatgaaaacagaaactaaagaaagacacggtgaaat
taacagaagttatgaaacaatttcatcctaaagcaaaagaatatacctct
tctcagcacttcactgtaccttacccaaaattgtccatataactggtcac
aaaatagaattcaacaagtacaagaagattgaaataatcccatgcaccct
gtcagatcacacagactaagctggtcttaaataccaacaaaaacacggaa
accacacatacacattgacactgaatacgcattactcaataatatgtggt
caagaagaaataaagaagaaattaaaggcctttctagattcatgaaatga
gacccatcatacccaaactatggaacacaaggcagccattggataaagaa
ctcttgctcgaaggtgcctcacaaagaaa

gaattcattgggattttgcttttttaaaatgacctaaatatttgtcttta
ccttcagctttaaggatttgaaaaggcttcactttttcaagggagaaaaa
aaaagcaaaacagcaacgaagcctgatcattaacctgagtcagtgacaag
acatctgctctaagttcagaatttacccaaggaaaagatgtcaataagta
gtgatgagttccacggagtgggtgcaaagcagcaaatagaacaatcactc
aaaatgacacatctcaaactcaaagaaataagagatccatgtcaactggc
aactaacaacttgtagaaaatggacttttaaactccttaaagtacctttg
tccacagacaatcctcactctgacacaacagggacttagcgatggtgcaa
caaaagatggacttagtggacacagtcagagagttcatagcaaatactaa
ccaagcttttctattactcatgtccttgtattattagaattaaacaaaat
tgatagttgatacaatgaaaacaatataagaaaaatataaagcttagtaa
ctagctaatgagtacaaatgtttaaagaaaattccttctaatttttaatg
aacaagtgatgtcaatcatgatgttccatattttagtaatagtttaaatt
taaaatatttattaaacaaagtatgaatgctacaaattatacaatggttt
atgtaacatctaaaacttcaggtttcaagtattgtacgggttagaatagg
taaggagaatgaaagatacaagatgtcagtcccttgcctatttttagatg
cagtggatatttaaatggcttccagtatagggtatgaagcaatgattaat
atacaaagggctcagccactgcaggcaataacacacctagacatctggtc
ctgggctatatatgaacccagggaaccccgtgtagcaagtcagtaaacag
catgactccatggtctctgcttcagtttcctgatgtcaggtgcctgacaa
tgggtttctgcatgacatttcctcagtttaaagactgtgatctgaagaat
acttcgagctagaataaccctttcgtctaggttcccatggtcacgatcat
tatcatcatagacacaggaaatccattgagcttcgcaggtactttggcag
ttaagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_82975356_82976549
seq2: B6Ng01-296I24.b_48_1226 (reverse)

seq1  TTTCTTTTGTGAGGCA-CTTCGAGCTATGAGTTTTCCTTTTATCAATGCT  49
      |||| ||||||||||| |||||||| | |||||   ||||   |||||  
seq2  TTTC-TTTGTGAGGCACCTTCGAGC-AAGAGTT---CTTTATCCAATGGC  45

seq1  TCCCTTGTGTCCCATAAGTTTTGGTATGATGTGTCTTCATTTTCATTAAA  99
      | |||||||| |||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||| || 
seq2  TGCCTTGTGTTCCAT-AGTTTGGGTATGATGGGTC-TCA-TTTCATGAA-  91

seq1  TTCTAGAAA-GCCTTTAATTTCTTTCTTTATTTCTTCCTTGACCACATTA  148
       |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  -TCTAGAAAGGCCTTTAATTTC-TTCTTTATTTCTT-CTTGACCACA-TA  137

seq1  TTATTGAGTAATGCGTTATTCAGTGTCAATGTGTATGTGTGGTTTCCGTT  198
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTATTGAGTAATGCG-TATTCAGTGTCAATGTGTATGTGTGGTTTCCG-T  185

seq1  GTTTTTGTTGGTATTTAAGACCAGCCTTAGTCTGTGGTGATCTGACAGGG  248
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTTGGTATTTAAGACCAG-CTTAGTCTGT-GTGATCTGACAGGG  233

seq1  TGCATGGGATTATTTCAATCTTCTTGTACTTGTTGAATTCTATTTTGTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGGATTATTTCAATCTTCTTGTACTTGTTGAATTCTATTTTGTGA  283

seq1  CCAGTTATATGGACAATTTTGGGTAAGGTACAGTGAAGTGCTGAGAAGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTATATGGACAATTTTGGGTAAGGTACAGTGAAGTGCTGAGAAGAG  333

seq1  GTATATTCTTTTGCTTTAGGATGAAATTGTTTCATAACTTCTGTTAATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTCTTTTGCTTTAGGATGAAATTGTTTCATAACTTCTGTTAATTT  383

seq1  CACCGTGTCTTTCTTTAGTTTCTGTTTTCATGAAGATCATACATAATTAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTGTCTTTCTTTAGTTTCTGTTTTCATGAAGATCATACATAATTAT  433

seq1  TAATAGTTAAGTATTATAGCCAGGTAGATATTTTTGTTATGTAGTCATCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGTTAAGTATTATAGCCAGGTAGATATTTTTGTTATGTAGTCATCA  483

seq1  AGTAATATGGAAACTTACATCATTTTCACTGTTTACTCGAACTATTTCAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATGGAAACTTACATCATTTTCACTGTTTACTCGAACTATTTCAG  533

seq1  TATGATGTTTTATCCATAATTTAGATAATGTATATTAAAGTTCTCCTTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGTTTTATCCATAATTTAGATAATGTATATTAAAGTTCTCCTTAA  583

seq1  ATTGTATTGCTATTTAAGAGAACTGATTTTTGCAGTACCTTCTAAGTGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATTGCTATTTAAGAGAACTGATTTTTGCAGTACCTTCTAAGTGAT  633

seq1  ACTTTGTACAGTCACCACCCATTTAAAACTATTTAATAAATAATCTTTGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTACAGTCACCACCCATTTAAAACTATTTAATAAATAATCTTTGC  683

seq1  TATAGTTTAAATTGATTGTTATGAGAGTAACTTTAACTCCCTATCACATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTAAATTGATTGTTATGAGAGTAACTTTAACTCCCTATCACATC  733

seq1  TTTAGATATATGCATTATATTTCTATATTTGTACATGAGTTATACTTTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATATATGCATTATATTTCTATATTTGTACATGAGTTATACTTTTA  783

seq1  TCATGATAATTGAAGATGAGGTCATTCAACACAAAGAGGTCCTATAAAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATAATTGAAGATGAGGTCATTCAACACAAAGAGGTCCTATAAAAG  833

seq1  TTTCCTTGTACACAGCAGCATGTCATTACTGCTGATCACGGAAAGACCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGTACACAGCAGCATGTCATTACTGCTGATCACGGAAAGACCTA  883

seq1  TACATATCTTCTTTTAGAGCTGTGTCTGTAATTTAATTTGAATATAGTCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATCTTCTTTTAGAGCTGTGTCTGTAATTTAATTTGAATATAGTCC  933

seq1  TTTGTGGACATGATTGACTTAAGTCCACATGTGGCAGTTGTATATATTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGACATGATTGACTTAAGTCCACATGTGGCAGTTGTATATATTTA  983

seq1  GGATTGATTTCAGCAGCAGATATATATTTTTAAGGGATAGGAAAAAAAGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGATTTCAGCAGCAGATATATATTTTTAAGGGATAGGAAAAAAAGG  1033

seq1  ACATTTTATACTGAGGTCCACAGGTATAAAAGATTCTGAAGACAGATTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTATACTGAGGTCCACAGGTATAAAAGATTCTGAAGACAGATTGT  1083

seq1  TGATGCAAGGTATTGCTCCAAGATATGGCGTATTCTATAGTCATCACCCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAAGGTATTGCTCCAAGATATGGCGTATTCTATAGTCATCACCCT  1133

seq1  GAAGCATAGGGTGGGAGTAAGGGGTGGGAGTAAGGGGTGGGAATTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATAGGGTGGGAGTAAGGGGTGGGAGTAAGGGGTGGGAATTC  1179


seq1: chr14_82843554_82844709
seq2: B6Ng01-296I24.g_66_1222

seq1  GAATTCATTGGGATTTTGCTTTTTTAAAATGACCTAAATATTTGTCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGGATTTTGCTTTTTTAAAATGACCTAAATATTTGTCTTTA  50

seq1  CCTTCAGCTTTAAGGATTTGAAAAGGCTTCACTTTTTCAAGGGAGAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCTTTAAGGATTTGAAAAGGCTTCACTTTTTCAAGGGAGAAAAA  100

seq1  AAAAGCAAAACAGCAACGAAGCCTGATCATTAACCTGAGTCAGTGACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAAACAGCAACGAAGCCTGATCATTAACCTGAGTCAGTGACAAG  150

seq1  ACATCTGCTCTAAGTTCAGAATTTACCCAAGGAAAAGATGTCAATAAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGCTCTAAGTTCAGAATTTACCCAAGGAAAAGATGTCAATAAGTA  200

seq1  GTGATGAGTTCCACGGAGTGGGTGCAAAGCAGCAAATAGAACAATCACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAGTTCCACGGAGTGGGTGCAAAGCAGCAAATAGAACAATCACTC  250

seq1  AAAATGACACATCTCAAACTCAAAGAAATAAGAGATCCATGTCAACTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGACACATCTCAAACTCAAAGAAATAAGAGATCCATGTCAACTGGC  300

seq1  AACTAACAACTTGTAGAAAATGGACTTTTAAACTCCTTAAAGTACCTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACAACTTGTAGAAAATGGACTTTTAAACTCCTTAAAGTACCTTTG  350

seq1  TCCACAGACAATCCTCACTCTGACACAACAGGGACTTAGCGATGGTGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGACAATCCTCACTCTGACACAACAGGGACTTAGCGATGGTGCAA  400

seq1  CAAAAGATGGACTTAGTGGACACAGTCAGAGAGTTCATAGCAAATACTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGATGGACTTAGTGGACACAGTCAGAGAGTTCATAGCAAATACTAA  450

seq1  CCAAGCTTTTCTATTACTCATGTCCTTGTATTATTAGAATTAAACAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTTTTCTATTACTCATGTCCTTGTATTATTAGAATTAAACAAAAT  500

seq1  TGATAGTTGATACAATGAAAACAATATAAGAAAAATATAAAGCTTAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTTGATACAATGAAAACAATATAAGAAAAATATAAAGCTTAGTAA  550

seq1  CTAGCTAATGAGTACAAATGTTTAAAGAAAATTCCTTCTAATTTTTAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTAATGAGTACAAATGTTTAAAGAAAATTCCTTCTAATTTTTAATG  600

seq1  AACAAGTGATGTCAATCATGATGTTCCATATTTTAGTAATAGTTTAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTGATGTCAATCATGATGTTCCATATTTTAGTAATAGTTTAAATT  650

seq1  TAAAATATTTATTAAACAAAGTATGAATGCTACAAATTATACAATGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTTATTAAACAAAGTATGAATGCTACAAATTATACAATGGTTT  700

seq1  ATGTAACATCTAAAACTTCAGGTTTCAAGTATTGTACGGGTTAGAATAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACATCTAAAACTTCAGGTTTCAAGTATTGTACGGGTTAGAATAGG  750

seq1  TAAGGAGAATGAAAGATACAAGATGTCAGTCCCTTGCCTATTTTTAGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGAATGAAAGATACAAGATGTCAGTCCCTTGCCTATTTTTAGATG  800

seq1  CAGTGGATATTTAAATGGCTTCCAGTATAGGGTATGAAGCAATGATTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGATATTTAAATGGCTTCCAGTATAGGGTATGAAGCAATGATTAAT  850

seq1  ATAC-AAGGGCTCAGCCACTGCAGGCAATAACACACCTAGACATCTGGTC  899
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAGGGCTCAGCCACTGCAGGCAATAACACACCTAGACATCTGGTC  900

seq1  CTGGGCTATATATGAACCCAGGGAACCCCGTGTAGCAAGTCAGTAAACAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTATATATGAACCCAGGGAACCCCGTGTAGCAAGTCAGTAAACAG  950

seq1  CATGACTCCATGGTCTCTGCTTCAG-TTCCTGATGTCAGGTGCCTGAC-A  997
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  CATGACTCCATGGTCTCTGCTTCAGTTTCCTGATGTCAGGTGCCTGACAA  1000

seq1  TGGGTTTCTGCCATGACA-TTCCTCAG-TTAAAGACTGTGATCTGA--GA  1043
      |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||   |
seq2  TGGGTTTCTG-CATGACATTTCCTCAGTTTAAAGACTGTGATCTGAAGAA  1049

seq1  TACTTCGAGCTAGAATAAACCCTTTCCTTCCTAAGTTCCATTGGTCACAA  1093
      |||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||  ||||||| |
seq2  TACTTCGAGCTAGAAT-AACCCTTTCGT--CTAGGTTCCCATGGTCACGA  1096

seq1  TCATTATCATCATAGACACAGAAATACAATTGAGCTTTCCACAATGTACT  1143
      ||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||  |   | |||||
seq2  TCATTATCATCATAGACACAGGAAATCCATTGAGCTTCGC---AGGTACT  1143

seq1  TTTGCAG-TAAGTT  1156
      || |||| ||||||
seq2  TTGGCAGTTAAGTT  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |