BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300A17
Chromosome14 (Build37)
Map Location 88,423,596 - 88,587,612
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043317, LOC100043780
Upstream geneDiap3, EG665324, Tdrd3
Downstream geneLOC668624, LOC668625, Pcdh20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300A17.bB6Ng01-300A17.g
ACCGA094720GA094721
length1,1611,186
definitionB6Ng01-300A17.b B6Ng01-300A17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,586,452 - 88,587,612)(88,423,596 - 88,424,784)
sequence
gaattctttatgttgccacactgtcaacggatgaaaaagacaatttatat
gttactccagttatgagcatggaagttcataaaattagaacaacacatta
tagacattatgataacaaattaaagaagtaatcagtgttgtcaccattct
atgacatatgcctcttataatatggctaacaaaaacatgtttgcatattt
tactttcatatttaataagcatatggcagtacttacaagttattatagta
attaagaataattttggatctcattgactatgtctcaccaattagaaatt
tatgaaatttaggaagaacatttgtttttaataggtttatctaactaatc
tgttatctaactaccaaatatctcaaagcatttcatattaatttattcat
taaaaatactttagaccatctcatacgtatcagacactatattttactta
gagagcagaaatagtatattccttgatcacatttaacttaagatctgtgg
ttaaaacataacagtttgtgatgacagtgtcatttgctaagcaatattac
taattgatatccaggagctatacatgtaaaggaataaatagactggtcag
tagagtcacaaaccttcctaattgctagtagatgaggttcatgtctcttg
aagtgatatcagattccataaagaactttgttgctctataaaacaaaaat
ataactatgttacacataatgattaacatatgttatccatgtgttaccat
cacatgtccccaaactggaaaatatttagaacgagttagttagaaatcat
gtgtggaactctgaatgtaaagcaagatagacaccgaagtttgagctttg
ctcaatgacaatgcttaaaaattattctaaaacctaaaagtcatagacga
attaaagctatgtgcatttttatctaagaagcattttgactatccttcta
tcagatgaaaaggtattaaatagaattctacacgggtttagatcagaaaa
aatagatgcaccataaggtgcatgtactgaatatggattgttagaagaac
atgggagtaaaggattttctgtggagaagtcaagatagtcagtgctgcac
aataataaccccacaagattcattgaacaggagacggtcagtaaggttaa
ccatcttcgcc

gaattcatcatgcgtccattttctcttattgcagttattggattgtctgg
gaaacacctgattgagtgttactacgtgccagtctgttgttaccactttt
cacttaaaatgattagaaacctagataacccataatatgattcatgaaga
taattagaaaaatagtgcagactcacagagaatcttctactctgttaagg
caggcaatcttccgaagccttgagaggttgtaggatcagtgaccacaaga
ggacgcgatgtgcagttaatatttctattgccacttgcataaatgtgagc
gagtcagtaaatgttagttgagagcaaggggcatattcatttttatggtt
atttaaaaaggtttcttatattttgtttataataaacgtttattttgttc
ttttatatgctgtgatgtatctttaagcactaaaaatcatgtcagtgata
gaaaatttgctcaggaagttgggcacaaaatttcacccctagtagaggta
aaagagcagtcgataggaggggaaggttcaggctaaatttctctcaaagt
gtagcccctgataagacacccacattccattgcaaggtctcatatctaag
aatatttgaacagcccaaatggccttgatgtgggcaaaaatcctgttaca
aaatcctgttgtgggaagagaagtaggtacacttggaagattgagggaag
aaaggcaagtataatccaaacacatagcatgggattctcaaatactagta
aacaataaaaaatgtaaatctctaaaggattttgccaataactttaagta
actaatgaaaaataaattgcataatactttattgactgttgcatctgtta
aaaaatatagatggatatcattcctttccaacataaagcatgaaactatt
tttcctaaataggaaactatttttatctcttactcttcaaaattttactt
tagatgcaaaacacccttcatgttatatagaccacagtgatgtacattat
cagtaaaactgggtcataaatttacatcaaaatatctttcctatataaaa
tggctatggatagtactattattccctttatagtacagtcagaatcagaa
agaaattgtacatgtttctctcatgcttgaaacgagccagtgacttgcct
aggcagaaagaagtccataggcaaatggaatggcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_88586452_88587612
seq2: B6Ng01-300A17.b_47_1207 (reverse)

seq1  GGCGAAGATGGTTTTCACCTTTACTTGACCCGTCTCTTGTTCAATGAATC  50
      |||||||||||||   | | |||| ||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GGCGAAGATGGTT---AACCTTAC-TGA-CCGTCTCCTGTTCAATGAATC  45

seq1  -TGTGTG--TATTA-TGTGCAGCACTGGACTATCTTTGACTTCTCCACAG  96
       |||| |  ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGTGGGGTTATTATTGTGCAGCACT-GACTATC-TTGACTTCTCCACAG  93

seq1  AAAATCCTTTACTCCCATGTTC-TCT-ACAATCCATATTCAGTACATGCA  144
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTTTACTCCCATGTTCTTCTAACAATCCATATTCAGTACATGCA  143

seq1  CCTTATGGTGCATCTA-TTTTTCTGATCTAAACCCGTGTAGAATTCTATT  193
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGGTGCATCTATTTTTTCTGATCTAAACCCGTGTAGAATTCTATT  193

seq1  TAATACCTTTTCATCTGATAGAAGGATAGTCAAAATGCTTCTTAGATAAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCTTTTCATCTGATAGAAGGATAGTCAAAATGCTTCTTAGATAAA  243

seq1  AATGCACATAGCTTTAATTCGTCTATGACTTTTAGGTTTTAGAATAATTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACATAGCTTTAATTCGTCTATGACTTTTAGGTTTTAGAATAATTT  293

seq1  TTAAGCATTGTCATTGAGCAAAGCTCAAACTTCGGTGTCTATCTTGCTTT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATTGTCATTGAGCAAAGCTCAAACTTCGGTGTCTATCTTGCTTT  343

seq1  ACATTCAGAGTTCCACACATGATTTCTAACTAACTCGTTCTAAATATTTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAGAGTTCCACACATGATTTCTAACTAACTCGTTCTAAATATTTT  393

seq1  CCAGTTTGGGGACATGTGATGGTAACACATGGATAACATATGTTAATCAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTGGGGACATGTGATGGTAACACATGGATAACATATGTTAATCAT  443

seq1  TATGTGTAACATAGTTATATTTTTGTTTTATAGAGCAACAAAGTTCTTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTAACATAGTTATATTTTTGTTTTATAGAGCAACAAAGTTCTTTA  493

seq1  TGGAATCTGATATCACTTCAAGAGACATGAACCTCATCTACTAGCAATTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCTGATATCACTTCAAGAGACATGAACCTCATCTACTAGCAATTA  543

seq1  GGAAGGTTTGTGACTCTACTGACCAGTCTATTTATTCCTTTACATGTATA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTTTGTGACTCTACTGACCAGTCTATTTATTCCTTTACATGTATA  593

seq1  GCTCCTGGATATCAATTAGTAATATTGCTTAGCAAATGACACTGTCATCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGGATATCAATTAGTAATATTGCTTAGCAAATGACACTGTCATCA  643

seq1  CAAACTGTTATGTTTTAACCACAGATCTTAAGTTAAATGTGATCAAGGAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGTTATGTTTTAACCACAGATCTTAAGTTAAATGTGATCAAGGAA  693

seq1  TATACTATTTCTGCTCTCTAAGTAAAATATAGTGTCTGATACGTATGAGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTATTTCTGCTCTCTAAGTAAAATATAGTGTCTGATACGTATGAGA  743

seq1  TGGTCTAAAGTATTTTTAATGAATAAATTAATATGAAATGCTTTGAGATA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAAAGTATTTTTAATGAATAAATTAATATGAAATGCTTTGAGATA  793

seq1  TTTGGTAGTTAGATAACAGATTAGTTAGATAAACCTATTAAAAACAAATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTAGTTAGATAACAGATTAGTTAGATAAACCTATTAAAAACAAATG  843

seq1  TTCTTCCTAAATTTCATAAATTTCTAATTGGTGAGACATAGTCAATGAGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTAAATTTCATAAATTTCTAATTGGTGAGACATAGTCAATGAGA  893

seq1  TCCAAAATTATTCTTAATTACTATAATAACTTGTAAGTACTGCCATATGC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAATTATTCTTAATTACTATAATAACTTGTAAGTACTGCCATATGC  943

seq1  TTATTAAATATGAAAGTAAAATATGCAAACATGTTTTTGTTAGCCATATT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAATATGAAAGTAAAATATGCAAACATGTTTTTGTTAGCCATATT  993

seq1  ATAAGAGGCATATGTCATAGAATGGTGACAACACTGATTACTTCTTTAAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGGCATATGTCATAGAATGGTGACAACACTGATTACTTCTTTAAT  1043

seq1  TTGTTATCATAATGTCTATAATGTGTTGTTCTAATTTTATGAACTTCCAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATCATAATGTCTATAATGTGTTGTTCTAATTTTATGAACTTCCAT  1093

seq1  GCTCATAACTGGAGTAACATATAAATTGTCTTTTTCATCCGTTGACAGTG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATAACTGGAGTAACATATAAATTGTCTTTTTCATCCGTTGACAGTG  1143

seq1  TGGCAACATAAAGAATTC  1161
      ||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACATAAAGAATTC  1161


seq1: chr14_88423596_88424784
seq2: B6Ng01-300A17.g_67_1252

seq1  GAATTCATCATGCGTCCATTTTCTCTTATTGCAGTTATTGGATTGTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATGCGTCCATTTTCTCTTATTGCAGTTATTGGATTGTCTGG  50

seq1  GAAACACCTGATTGAGTGTTACTACGTGCCAGTCTGTTGTTACCACTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACCTGATTGAGTGTTACTACGTGCCAGTCTGTTGTTACCACTTTT  100

seq1  CACTTAAAATGATTAGAAACCTAGATAACCCATAATATGATTCATGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAAATGATTAGAAACCTAGATAACCCATAATATGATTCATGAAGA  150

seq1  TAATTAGAAAAATAGTGCAGACTCACAGAGAATCTTCTACTCTGTTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGAAAAATAGTGCAGACTCACAGAGAATCTTCTACTCTGTTAAGG  200

seq1  CAGGCAATCTTCCGAAGCCTTGAGAGGTTGTAGGATCAGTGACCACAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAATCTTCCGAAGCCTTGAGAGGTTGTAGGATCAGTGACCACAAGA  250

seq1  GGACGCGATGTGCAGTTAATATTTCTATTGCCACTTGCATAAATGTGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCGATGTGCAGTTAATATTTCTATTGCCACTTGCATAAATGTGAGC  300

seq1  GAGTCAGTAAATGTTAGTTGAGAGCAAGGGGCATATTCATTTTTATGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGTAAATGTTAGTTGAGAGCAAGGGGCATATTCATTTTTATGGTT  350

seq1  ATTTAAAAAGGTTTCTTATATTTTGTTTATAATAAACGTTTATTTTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAAGGTTTCTTATATTTTGTTTATAATAAACGTTTATTTTGTTC  400

seq1  TTTTATATGCTGTGATGTATCTTTAAGCACTAAAAATCATGTCAGTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATGCTGTGATGTATCTTTAAGCACTAAAAATCATGTCAGTGATA  450

seq1  GAAAATTTGCTCAGGAAGTTGGGCACAAAATTTCACCCCTAGTAGAGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTGCTCAGGAAGTTGGGCACAAAATTTCACCCCTAGTAGAGGTA  500

seq1  AAAGAGCAGTCGATAGGAGGGGAAGGTTCAGGCTAAATTTCTCTCAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGTCGATAGGAGGGGAAGGTTCAGGCTAAATTTCTCTCAAAGT  550

seq1  GTAGCCCCTGATAAGACACCCACATTCCATTGCAAGGTCTCATATCTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCCCTGATAAGACACCCACATTCCATTGCAAGGTCTCATATCTAAG  600

seq1  AATATTTGAACAGCCCAAATGGCCTTGATGTGGGCAAAAATCCTGTTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTGAACAGCCCAAATGGCCTTGATGTGGGCAAAAATCCTGTTACA  650

seq1  AAATCCTGTTGTGGGAAGAGAAGTAGGTACACTTGGAAGATTGAGGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTGTTGTGGGAAGAGAAGTAGGTACACTTGGAAGATTGAGGGAAG  700

seq1  AAAGGCAAGTATAATCCAAACACATAGCATGGGATTCTCAAATACTAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAAGTATAATCCAAACACATAGCATGGGATTCTCAAATACTAGTA  750

seq1  AACAATAAAAAATGTAAATCTCTAAAGGATTTTGCCAATAACTTTAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAAAAATGTAAATCTCTAAAGGATTTTGCCAATAACTTTAAGTA  800

seq1  ACTAATGAAAAATAAATTGCATAATACTTTATTGACTGTTGCATCTGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGAAAAATAAATTGCATAATACTTTATTGACTGTTGCATCTGTTA  850

seq1  AAAAATATAGATGGATATCATTCCTTTCCAACATAAAGCATGAAACTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATAGATGGATATCATTCCTTTCCAACATAAAGCATGAAACTATT  900

seq1  TTTCCTAAATAGGAAACTATTTTTATCTCTTACTCTTCAAAATTTTAC-T  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTCCTAAATAGGAAACTATTTTTATCTCTTACTCTTCAAAATTTTACTT  950

seq1  TAGATGCAAAACACCC-TCATGTTATATAGACCACAGTGATGTACATTAT  998
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCAAAACACCCTTCATGTTATATAGACCACAGTGATGTACATTAT  1000

seq1  CAGTAAAACT-GGTCATAAATTTACATCAAAATATTCTTTCCTATAATTA  1047
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||
seq2  CAGTAAAACTGGGTCATAAATTTACATCAAAATA-TCTTTCCTATA--TA  1047

seq1  AAATGGCTATGAATAGT--TACTATATCCTTTATAGTACAAGTCAGATCC  1095
      ||||||||||| |||||  || |||  |||||||||||| |||||||  |
seq2  AAATGGCTATGGATAGTACTATTATTCCCTTTATAGTAC-AGTCAGAATC  1096

seq1  AGAAAGAAATTGTACATGTTTTCTCTCATGTTTTGAAAAGAGCACAGTGA  1145
      |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||| ||||||
seq2  AGAAAGAAATTGTACATG-TTTCTCTCATG-CTTGAAACGAGC-CAGTGA  1143

seq1  GCTTGGCGAGGAAGAGAAAGAAGTTCATAGG-AAAT-GAATGGCAC  1189
       |||| | |||   |||||||||| |||||| |||| |||||||||
seq2  -CTTGCCTAGG--CAGAAAGAAGTCCATAGGCAAATGGAATGGCAC  1186


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |