BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300L06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 101,703,558 - 101,816,012
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382936
Upstream geneLOC100043413, EG668683, EG668684, 1700110M21Rik, LOC100043421
Downstream geneTbc1d4, Commd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300L06.bB6Ng01-300L06.g
ACCGA095212GA095213
length1,1451,046
definitionB6Ng01-300L06.b B6Ng01-300L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,703,558 - 101,704,711)(101,814,971 - 101,816,012)
sequence
gaattctcagtccttcccatgtttaatcaatgtttgtctcagtagaagct
ttgtaaaaatgcctctgctagccgttatttttcttaagcagctggtaaaa
taaagcgccattattactgaggggacatgtaggtttctggaactagcttg
catgttactttacatttctatcccatcaaaggcatcatttcttgcatcca
ttttctttccagagtcaggatgcctttagtcattcaggcccagattcaca
ccagcttcaatttgaggcttccactctagcaactcgaatctccaagctgc
agctttccagacagccctacgaaatgcttcaacttccattctgggctcat
ggccaagtccccatatttcatgaccttgccccttcaaccttgaacatctg
ctcctgctttagagttgtttctaatgggcagattgctcaaatcctgccaa
tcaggaacaactcttcctttgtcttcccaagctgtctcctgcaaaggaaa
ggctccacaccactctggagcttcctaccttggcatcattatccagggct
tcatttggctgctcggagcctatcacaattgtcctctcaaatccgctcag
atatcttatttgggcatgttgcttttccaaggaaacactaatggaaaaaa
atggaattagatgaaattgaaacatactacaattctttgggtcaccaaca
aatgaaaatgacctcagtatcgtatgtgaggtcataaagagaataatatg
caaaagagttggagccatttcatatgccctgtatacagcctgatgagcat
tcttccagctaaaatgaaaagtacatgttgtggtgatcccaccattctct
gtgcatggcaggacagagagcaagggtctcagaggtcctcctgtaaggat
ccacacactttgatatgttcagaaaaggaaaatatccactaggaaagagc
tttgtaaatctgtaagtaaacttacagttaaagagcatatggattacaaa
gatttgattttagttgtgctgttcattgagaatctatgaataaaataaca
tccaaagaatgtagtgtggactacagccattggtgcttgcctctggatta
tctggtctctgttaatttctagaagatctggactgtcaaccatgc

gaattcttgtgaaatgcagagcctctggatcactgtacggtattggcgat
acgctttttgtgtccctttgctccaagagattaataatatccatgtactt
tagctttctattctctctgccaagctgtcaagtttaatgtttggggaatg
tgtgtttgttttaagtgagaaaagccacttcttccttaaggtctcagtag
aaaatgaatgtttatgaattaaaaaaaaaaaaaagcaacaggaagccact
aatcaccaaagctcccacctaaatgtgtcatctaatataggctacctcct
aattgcccttcgttgtccagtgacaaatgtattcattgttgcatactatg
ttggctgctggtcttatgtgaagttgacacaagctagagttatttgaaag
ggaacctcaactgataacacacctacttaagatccagctgtgagacattt
cttaattagtgattgaagggggagggcctagctactgtaggttgggccat
ccctggaatggtggtctaggctttacatgaaagcaagctgagcaagccat
gggaagcaaaccagtaagcatcacccctctatggcttctgcatcagttcc
tgcctctaggtttctatcttgtttgagttcctgtttctgacttcattcag
tgatgaacagtgagatggaagtataagctgaaataaaccctttcctccac
aacttgctttttggtcatggtgttttgttgcagcaatagagaccctaaga
ctcacactatacccaccccaaccccctgtatgctggaaattaaatctagt
gctttctacatacccactaccactgagccacactcttagcccatatacat
tatcctttgttttgttttcttgttttttacttttttctgggatagtttct
tttatttacattttcaaatggttatccctttttcccagttttccccccct
tctggaaacccccctatccattcccccctcccctggcttctatgaggtgt
gctcgatccacccactcactatcaccctttccactctcattcccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_101703558_101704711
seq2: B6Ng01-300L06.b_46_1190

seq1  GAATTCTCAGTCCTTCCCATGTTTAATCAATGTTTGTCTCAGTAGAAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGTCCTTCCCATGTTTAATCAATGTTTGTCTCAGTAGAAGCT  50

seq1  TTGTAAAAATGCCTCTGCTAGCCGTTATTTTTCTTAAGCAGCTGGTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAAATGCCTCTGCTAGCCGTTATTTTTCTTAAGCAGCTGGTAAAA  100

seq1  TAAAGCGCCATTATTACTGAGGGGACATGTAGGTTTCTGGAACTAGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCGCCATTATTACTGAGGGGACATGTAGGTTTCTGGAACTAGCTTG  150

seq1  CATGTTACTTTACATTTCTATCCCATCAAAGGCATCATTTCTTGCATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTACTTTACATTTCTATCCCATCAAAGGCATCATTTCTTGCATCCA  200

seq1  TTTTCTTTCCAGAGTCAGGATGCCTTTAGTCATTCAGGCCCAGATTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCCAGAGTCAGGATGCCTTTAGTCATTCAGGCCCAGATTCACA  250

seq1  CCAGCTTCAATTTGAGGCTTCCACTCTAGCAACTCGAATCTCCAAGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCAATTTGAGGCTTCCACTCTAGCAACTCGAATCTCCAAGCTGC  300

seq1  AGCTTTCCAGACAGCCCTACGAAATGCTTCAACTTCCATTCTGGGCTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCCAGACAGCCCTACGAAATGCTTCAACTTCCATTCTGGGCTCAT  350

seq1  GGCCAAGTCCCCATATTTCATGACCTTGCCCCTTCAACCTTGAACATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTCCCCATATTTCATGACCTTGCCCCTTCAACCTTGAACATCTG  400

seq1  CTCCTGCTTTAGAGTTGTTTCTAATGGGCAGATTGCTCAAATCCTGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTTAGAGTTGTTTCTAATGGGCAGATTGCTCAAATCCTGCCAA  450

seq1  TCAGGAACAACTCTTCCTTTGTCTTCCCAAGCTGTCTCCTGCAAAGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACAACTCTTCCTTTGTCTTCCCAAGCTGTCTCCTGCAAAGGAAA  500

seq1  GGCTCCACACCACTCTGGAGCTTCCTACCTTGGCATCATTATCCAGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCACACCACTCTGGAGCTTCCTACCTTGGCATCATTATCCAGGGCT  550

seq1  TCATTTGGCTGCTCGGAGCCTATCACAATTGTCCTCTCAAATCCGCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGGCTGCTCGGAGCCTATCACAATTGTCCTCTCAAATCCGCTCAG  600

seq1  ATATCTTATTTGGGCATGTTGCTTTTCCAAGGAAACACTAATGGAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTATTTGGGCATGTTGCTTTTCCAAGGAAACACTAATGGAAAAAA  650

seq1  ATGGAATTAGATGAAATTGAAACATACTACAATTCTTTGGGTCACCAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTAGATGAAATTGAAACATACTACAATTCTTTGGGTCACCAACA  700

seq1  AATGAAAATGACCTCAGTATCGTATGTGAGGTCATAAAGAGAATAATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAATGACCTCAGTATCGTATGTGAGGTCATAAAGAGAATAATATG  750

seq1  CAAAAGAGTTGGAGCCATTTCATATGCCCTGTATACAGCCTGATGAGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGTTGGAGCCATTTCATATGCCCTGTATACAGCCTGATGAGCAT  800

seq1  TCTTCCAGCTAAAATGAAAAGTACATGTTGTGGTGATCCCACCATTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGCTAAAATGAAAAGTACATGTTGTGGTGATCCCACCATTCTCT  850

seq1  GTGCATGGCAGGACAGAGAGCAAGGGTCTCAGAGGTCCTCCTGTAAGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGCAGGACAGAGAGCAAGGGTCTCAGAGGTCCTCCTGTAAGGAT  900

seq1  CCACACAC-TTGATATGTTCAGAAAAGGAAAATATCCACTAGGAAAGAGC  949
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACTTTGATATGTTCAGAAAAGGAAAATATCCACTAGGAAAGAGC  950

seq1  TTTGTAAAATCTGTAAGTAAACTTACAGTTAAAGAGCATATGGA-TACAA  998
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTGT-AAATCTGTAAGTAAACTTACAGTTAAAGAGCATATGGATTACAA  999

seq1  AGATTTGATTTTTAGGTGGTGCTGTTCATTGAGAATCTATGAATAAAAAT  1048
      ||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  AGATTTGATTTT--AGTTGTGCTGTTCATTGAGAATCTATGAATAAAATA  1047

seq1  ACATCCCAAAGATGTAAGTGTGGACTACAGCCCATGGTGCTTGCTCTTGG  1098
      |||||| ||  |||| ||||||||||||||||  ||||||||||   |||
seq2  ACATCCAAAGAATGT-AGTGTGGACTACAGCCATTGGTGCTTGCCTCTGG  1096

seq1  ATTTAATCTTGTCTCTGTTTATTTTCCTAGAGAGATTCCTTGACTGTCAA  1148
      |||  |||| ||||||||| ||||  ||||| ||||  || |||||||||
seq2  ATT--ATCTGGTCTCTGTTAATTT--CTAGA-AGAT--CTGGACTGTCAA  1139

seq1  CCATGC  1154
      ||||||
seq2  CCATGC  1145


seq1: chr14_101814971_101816012
seq2: B6Ng01-300L06.g_71_1116 (reverse)

seq1  AGGGGAATTGAGAGTGGAGA-GGTGATAGTGAGTGGGTGGATCGGAGGAA  49
      ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||    || 
seq2  AGGGGAA-TGAGAGTGGAAAGGGTGATAGTGAGTGGGTGGATC----GAG  45

seq1  CAC-CCTCATAGAAGCAGGGGGAGGGGGAATGGGATA-GGGGGTTTCCAG  97
      ||| ||||||||||||  |||||||||| |  ||||| ||||||||||||
seq2  CACACCTCATAGAAGCCAGGGGAGGGGGGAATGGATAGGGGGGTTTCCAG  95

seq1  GAAGGGGGG-AAACTGGG-AAAAGGGATAA-CATTTG-AAATGTAAAT-A  142
       | |||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |
seq2  AAGGGGGGGAAAACTGGGAAAAAGGGATAACCATTTGAAAATGTAAATAA  145

seq1  AAGAAACTATCCAAGAAAAAAGTAAAAAACAAGAAAACAAAACAAAAGAT  192
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGAAACTATCCCAGAAAAAAGTAAAAAACAAGAAAACAAAACAAAGGAT  195

seq1  AATGTATATGGGCTAAGAGTGTGGCTCAGTGGTAGTGGGTATGTAGAAAG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATATGGGCTAAGAGTGTGGCTCAGTGGTAGTGGGTATGTAGAAAG  245

seq1  CACTAGATTTAATTTCCAGCATACAGGGGGTTGGGGTGGGTATAGTGTGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGATTTAATTTCCAGCATACAGGGGGTTGGGGTGGGTATAGTGTGA  295

seq1  GTCTTAGGGTCTCTATTGCTGCAACAAAACACCATGACCAAAAAGCAAGT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGGGTCTCTATTGCTGCAACAAAACACCATGACCAAAAAGCAAGT  345

seq1  TGTGGAGGAAAGGGTTTATTTCAGCTTATACTTCCATCTCACTGTTCATC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGAAAGGGTTTATTTCAGCTTATACTTCCATCTCACTGTTCATC  395

seq1  ACTGAATGAAGTCAG-AACAGGAACTCAAACAAGATAGAAACCTAGAGGC  441
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGAAGTCAGAAACAGGAACTCAAACAAGATAGAAACCTAGAGGC  445

seq1  AGGAACTGATGCAGAAGCCATAGAGGGGTGATGCTTACTGGTTTGCTTCC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTGATGCAGAAGCCATAGAGGGGTGATGCTTACTGGTTTGCTTCC  495

seq1  CATGGCTTGCTCAGCTTGCTTTCATGTAAAGCCTAGACCACCATTCCAGG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTTGCTCAGCTTGCTTTCATGTAAAGCCTAGACCACCATTCCAGG  545

seq1  GATGGCCCAACCTACAGTAGCTAGGCCCTCCCCCTTCAATCACTAATTAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCCAACCTACAGTAGCTAGGCCCTCCCCCTTCAATCACTAATTAA  595

seq1  GAAATGTCTCACAGCTGGATCTTAAGTAGGTGTGTTATCAGTTGAGGTTC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCTCACAGCTGGATCTTAAGTAGGTGTGTTATCAGTTGAGGTTC  645

seq1  CCTTTCAAATAACTCTAGCTTGTGTCAACTTCACATAAGACCAGCAGCCA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAAATAACTCTAGCTTGTGTCAACTTCACATAAGACCAGCAGCCA  695

seq1  ACATAGTATGCAACAATGAATACATTTGTCACTGGACAACGAAGGGCAAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTATGCAACAATGAATACATTTGTCACTGGACAACGAAGGGCAAT  745

seq1  TAGGAGGTAGCCTATATTAGATGACACATTTAGGTGGGAGCTTTGGTGAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTAGCCTATATTAGATGACACATTTAGGTGGGAGCTTTGGTGAT  795

seq1  TAGTGGCTTCCTGTTGCTTTTTTTTTTTTTTAATTCATAAACATTCATTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGCTTCCTGTTGCTTTTTTTTTTTTTTAATTCATAAACATTCATTT  845

seq1  TCTACTGAGACCTTAAGGAAGAAGTGGCTTTTCTCACTTAAAACAAACAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGAGACCTTAAGGAAGAAGTGGCTTTTCTCACTTAAAACAAACAC  895

seq1  ACATTCCCCAAACATTAAACTTGACAGCTTGGCAGAGAGAATAGAAAGCT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCCCAAACATTAAACTTGACAGCTTGGCAGAGAGAATAGAAAGCT  945

seq1  AAAGTACATGGATATTATTAATCTCTTGGAGCAAAGGGACACAAAAAGCG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACATGGATATTATTAATCTCTTGGAGCAAAGGGACACAAAAAGCG  995

seq1  TATCGCCAATACCGTACAGTGATCCAGAGGCTCTGCATTTCACAAGAATT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGCCAATACCGTACAGTGATCCAGAGGCTCTGCATTTCACAAGAATT  1045

seq1  C  1042
      |
seq2  C  1046


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |