BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300M06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 10,290,409 - 10,456,219
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFhit
Upstream gene4930452B06Rik, LOC100041948
Downstream geneLOC100042415
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300M06.bB6Ng01-300M06.g
ACCGA095256GA095257
length1,0911,081
definitionB6Ng01-300M06.b B6Ng01-300M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,455,135 - 10,456,219)(10,290,409 - 10,291,487)
sequence
gaattcattatagctctaaatccattttataaatgtgttgtttaactcta
aaccaggagcaaaagcctggggttgctcggtgagaaaccctttcatccag
tgattgaaaactctggcactgccaaatttcttctgctttgcaaaaatttg
ctacagcttctctttcccctaaaacaggtgtcagagggaggcttcttgtg
tgtgtttacaatcattatagtgtattaaacagtcacgtcgtgttccagaa
tgaaataaaaaatgttgcctaacccccacctgcagggcaattaaattatt
gtctggcatgtttatagcccctggaccagtcagtaatcagcttttagctt
gaatagcagtcatggtgttacaatccagctctttgctgagcggttcggac
ttagcatttgcatttgataatttaatttaaataatacagagagaagttta
acacagttacacttcctgggaagtgttggaataaaagaactgaatgagtt
gtaccgtctgctttgtttgtttgtaaataacttcgtattcctgaatggtt
tctacttcccagttattaacctctgctgcttgtattgaataaactagaaa
ttggtagtagcctcaaaagccacaagctctctgttctttcctccctccca
gggaaacaatatctgagcaatctttaaattttcatgatgttgtggaagtc
cttcactgaaccattaaaaatatctccccatagagagcggtgcatgtgtg
tgcatgcaagatacctttatatattagaggcccattttctcataagagcc
tctgttctgaagaatatttggtacctttagtaaaaatattgctacaggaa
cagtggacccccaagttaatgtgcaatctttttacagactaagataagtg
aaattgaaacaaaaaggcacttgtagacatgtctgtccaagaggaccgtt
cactgggtctccccaaggttcctttataggaacccacccttatagggcct
ctgcacataataatagtggactcctagttaagtattccagctcaacctaa
acttgtttggtgaagcccccttttctcctccatttttactc

gaattcagagtcagcagagacaaggcatgcccaggaagcactgagagagc
cagagggttgcaaggcatatggggctgcagtgtccatttaccctttggaa
tgcagccctcttgttggcatggcaactgctgcaaaataaattcaagttgg
tacttcaaatggtgcctcagagactgtccatgagccatttaaatagcttg
tttgttatgtataagaatttgcctaaccttcaacctgcaatggaagcctg
gcaatatcttttttattgtgttgatatggattctcaggtcattattgtcc
ttaaatctgtttttttttttctgcccatctaaaaaatacattcagacatt
gttttgatttttccagcctcccttgggataccccaggccttccatcttgc
cttgtgatggagatgctgacaggcagtgtttctagtttcatctttcagcc
cctcatttcctgctctaagctgggctgggctgcacagcattcaaaagagg
gagatactcccttctggaatgccttctggaacttctgttgggaatatagc
atcatcagttatgttactgtttctgcactgaggaaggagaacctcatggc
tgagcctcacaaacgtcttctagctagagactgtcccaaacgccagccac
ccccaccccccaccccccagctctcctgtcccttgctgattctacaggcc
aaatgaaaacaaattcataaaaaactaaaaaaatgacttagagaattcaa
aaaccaatggataagtctggcttcttagatcagtggtagagttagcaaaa
caaacaaggatctagaccagaggttctcaatccatgggttgtgacccctt
taggatcaagcaatcctttcacagaccatccatcgaaaactatgggtatt
tacatttacaattcataaccatagcaaagttagagttatgaagtagcaac
agaaaataattgttatggtttggggtttcaacatgagttgcagcattaga
aggttgagaactgacgatcttagatgtttcttgctcctggcttctcctaa
aagagcatgcaatctcaacagacagacagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_10455135_10456219
seq2: B6Ng01-300M06.b_50_1141 (reverse)

seq1  GAGT-AAAATGGA-GAGAAAAGGGGCTTTCAC--AACAGGTTTA-GTTGA  45
      |||| |||||||| |||||||||||  |||||  |||| ||||| |||||
seq2  GAGTAAAAATGGAGGAGAAAAGGGGGCTTCACCAAACAAGTTTAGGTTGA  50

seq1  GCTGGAATACTTTACCTAGGAGT-CACTA-TATTATGTGCAGAGGCCCTA  93
      |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAATAC-TTAACTAGGAGTCCACTATTATTATGTGCAGAGGCCCTA  99

seq1  T-AGGGTGGGTTCCTATAAAGGAAACCTTGGGGAGACCCAGTGAACGGT-  141
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAAGGGTGGGTTCCTATAAAGG-AACCTTGGGGAGACCCAGTGAACGGTC  148

seq1  CTCTTGGACAGACATGTCTACAAGTGCCTTTTTGTTTCAATTTCACTTAT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGACAGACATGTCTACAAGTGCCTTTTTGTTTCAATTTCACTTAT  198

seq1  CTTAGTCTGTAAAAAGATTGCACATTAACTTGGGGGTCCACTGTTCCTGT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCTGTAAAAAGATTGCACATTAACTTGGGGGTCCACTGTTCCTGT  248

seq1  AGCAATATTTTTACTAAAGGTACCAAATATTCTTCAGAACAGAGGCTCTT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATATTTTTACTAAAGGTACCAAATATTCTTCAGAACAGAGGCTCTT  298

seq1  ATGAGAAAATGGGCCTCTAATATATAAAGGTATCTTGCATGCACACACAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAATGGGCCTCTAATATATAAAGGTATCTTGCATGCACACACAT  348

seq1  GCACCGCTCTCTATGGGGAGATATTTTTAATGGTTCAGTGAAGGACTTCC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGCTCTCTATGGGGAGATATTTTTAATGGTTCAGTGAAGGACTTCC  398

seq1  ACAACATCATGAAAATTTAAAGATTGCTCAGATATTGTTTCCCTGGGAGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATCATGAAAATTTAAAGATTGCTCAGATATTGTTTCCCTGGGAGG  448

seq1  GAGGAAAGAACAGAGAGCTTGTGGCTTTTGAGGCTACTACCAATTTCTAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAAGAACAGAGAGCTTGTGGCTTTTGAGGCTACTACCAATTTCTAG  498

seq1  TTTATTCAATACAAGCAGCAGAGGTTAATAACTGGGAAGTAGAAACCATT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCAATACAAGCAGCAGAGGTTAATAACTGGGAAGTAGAAACCATT  548

seq1  CAGGAATACGAAGTTATTTACAAACAAACAAAGCAGACGGTACAACTCAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATACGAAGTTATTTACAAACAAACAAAGCAGACGGTACAACTCAT  598

seq1  TCAGTTCTTTTATTCCAACACTTCCCAGGAAGTGTAACTGTGTTAAACTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTTTTATTCCAACACTTCCCAGGAAGTGTAACTGTGTTAAACTT  648

seq1  CTCTCTGTATTATTTAAATTAAATTATCAAATGCAAATGCTAAGTCCGAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTATTATTTAAATTAAATTATCAAATGCAAATGCTAAGTCCGAA  698

seq1  CCGCTCAGCAAAGAGCTGGATTGTAACACCATGACTGCTATTCAAGCTAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTCAGCAAAGAGCTGGATTGTAACACCATGACTGCTATTCAAGCTAA  748

seq1  AAGCTGATTACTGACTGGTCCAGGGGCTATAAACATGCCAGACAATAATT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATTACTGACTGGTCCAGGGGCTATAAACATGCCAGACAATAATT  798

seq1  TAATTGCCCTGCAGGTGGGGGTTAGGCAACATTTTTTATTTCATTCTGGA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGCCCTGCAGGTGGGGGTTAGGCAACATTTTTTATTTCATTCTGGA  848

seq1  ACACGACGTGACTGTTTAATACACTATAATGATTGTAAACACACACAAGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGACGTGACTGTTTAATACACTATAATGATTGTAAACACACACAAGA  898

seq1  AGCCTCCCTCTGACACCTGTTTTAGGGGAAAGAGAAGCTGTAGCAAATTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCCTCTGACACCTGTTTTAGGGGAAAGAGAAGCTGTAGCAAATTT  948

seq1  TTGCAAAGCAGAAGAAATTTGGCAGTGCCAGAGTTTTCAATCACTGGATG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGCAGAAGAAATTTGGCAGTGCCAGAGTTTTCAATCACTGGATG  998

seq1  AAAGGGTTTCTCACCGAGCAACCCCAGGCTTTTGCTCCTGGTTTAGAGTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTTTCTCACCGAGCAACCCCAGGCTTTTGCTCCTGGTTTAGAGTT  1048

seq1  AAACAACACATTTATAAAATGGATTTAGAGCTATAATGAATTCC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACACATTTATAAAATGGATTTAGAGCTATAATGAATTCC  1092


seq1: chr14_10290409_10291487
seq2: B6Ng01-300M06.g_66_1146

seq1  GAATTCAGAGTCAGCAGAGACAAGGCATGCCCAGGAAGCACTGAGAGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTCAGCAGAGACAAGGCATGCCCAGGAAGCACTGAGAGAGC  50

seq1  CAGAGGGTTGCAAGGCATATGGGGCTGCAGTGTCCATTTACCCTTTGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGTTGCAAGGCATATGGGGCTGCAGTGTCCATTTACCCTTTGGAA  100

seq1  TGCAGCCCTCTTGTTGGCATGGCAACTGCTGCAAAATAAATTCAAGTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCTCTTGTTGGCATGGCAACTGCTGCAAAATAAATTCAAGTTGG  150

seq1  TACTTCAAATGGTGCCTCAGAGACTGTCCATGAGCCATTTAAATAGCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAAATGGTGCCTCAGAGACTGTCCATGAGCCATTTAAATAGCTTG  200

seq1  TTTGTTATGTATAAGAATTTGCCTAACCTTCAACCTGCAATGGAAGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATGTATAAGAATTTGCCTAACCTTCAACCTGCAATGGAAGCCTG  250

seq1  GCAATATCTTTTTTATTGTGTTGATATGGATTCTCAGGTCATTATTGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATCTTTTTTATTGTGTTGATATGGATTCTCAGGTCATTATTGTCC  300

seq1  TTAAATCTGTTTTTTTTTTTCTGCCCATCTAAAAAATACATTCAGACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTGTTTTTTTTTTTCTGCCCATCTAAAAAATACATTCAGACATT  350

seq1  GTTTTGATTTTTCCAGCCTCCCTTGGGATACCCCAGGCCTTCCATCTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGATTTTTCCAGCCTCCCTTGGGATACCCCAGGCCTTCCATCTTGC  400

seq1  CTTGTGATGGAGATGCTGACAGGCAGTGTTTCTAGTTTCATCTTTCAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGATGGAGATGCTGACAGGCAGTGTTTCTAGTTTCATCTTTCAGCC  450

seq1  CCTCATTTCCTGCTCTAAGCTGGGCTGGGCTGCACAGCATTCAAAAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTTCCTGCTCTAAGCTGGGCTGGGCTGCACAGCATTCAAAAGAGG  500

seq1  GAGATACTCCCTTCTGGAATGCCTTCTGGAACTTCTGTTGGGAATATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATACTCCCTTCTGGAATGCCTTCTGGAACTTCTGTTGGGAATATAGC  550

seq1  ATCATCAGTTATGTTACTGTTTCTGCACTGAGGAAGGAGAACCTCATGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAGTTATGTTACTGTTTCTGCACTGAGGAAGGAGAACCTCATGGC  600

seq1  TGAGCCTCACAAACGTCTTCTAGCTAGAGACTGTCCCAAACGCCAGCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTCACAAACGTCTTCTAGCTAGAGACTGTCCCAAACGCCAGCCAC  650

seq1  CCCCACCCCCCACCCCCCAGCTCTCCTGTCCCTTGCTGATTCTACAGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCCACCCCCCAGCTCTCCTGTCCCTTGCTGATTCTACAGGCC  700

seq1  AAATGAAAACAAATTCATAAAAAACTAAAAAAATGACTTAGAGAATTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAACAAATTCATAAAAAACTAAAAAAATGACTTAGAGAATTCAA  750

seq1  AAACCAATGGATAAGTCTGGCTTCTTAGATCAGTGGTAGAGTTAGCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAATGGATAAGTCTGGCTTCTTAGATCAGTGGTAGAGTTAGCAAAA  800

seq1  CAAACAAGGATCTAGACCAGAGGTTCTCAATCCATGGGTTGTGACCCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGGATCTAGACCAGAGGTTCTCAATCCATGGGTTGTGACCCCTT  850

seq1  TAGGATCAAGCAATCCTTTCACAGACCATCCATCGAAAACTATGGGTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATCAAGCAATCCTTTCACAGACCATCCATCGAAAACTATGGGTATT  900

seq1  TACA-TTACAATTCATAACCATAGCAAAGTTAGAGTTATGAAGTAGCAAC  949
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTACAATTCATAACCATAGCAAAGTTAGAGTTATGAAGTAGCAAC  950

seq1  AG-AAATAA-TGTTATGGTTGGGGGTTTCAACATGAGGTTGCAGCATTAG  997
      || |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  AGAAAATAATTGTTATGGTTTGGGGTTTCAACATGA-GTTGCAGCATTA-  998

seq1  GAAGGTTGAGAACTGACGATC-TAGATTGTTTC-TGCTCTTGGCTTCTCC  1045
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||
seq2  GAAGGTTGAGAACTGACGATCTTAGA-TGTTTCTTGCTCCTGGCTTCTCC  1047

seq1  TAAAAGAGCATGC-ATCTCAGACAGACAGACAGAC  1079
      ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  TAAAAGAGCATGCAATCTCA-ACAGACAGACAGAC  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |