BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300M08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 114,226,992 - 114,320,945
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382947
Upstream geneLOC100043509, Tpm3-rs7, LOC100043510
Downstream geneLOC668791, LOC100043821, LOC100043521
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300M08.bB6Ng01-300M08.g
ACCGA095260GA095261
length1,1371,145
definitionB6Ng01-300M08.b B6Ng01-300M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,226,992 - 114,228,138)(114,319,792 - 114,320,945)
sequence
gaattcttcaagaagaaaacatgtgactatgaactgtgggatgaaactta
ttatggagttagattttcatttcccgtgatagctgtaaatccctcctgcc
ttccacacagagcaattagtgtcattattcgctgctttatcagaatgctt
tgtatgccaacctgtaaattatctgaactttccaaacctgcaaagatagg
agtaagatatttattcttgatttttttttttacactttccatactctgct
gatggatgtagccctttgcccactgagatgtcaaaccctgcagaatatac
tgctgagctgagaagacccaagagaggagaggattcagaggaatgatgca
tgaaaatgatttcactattttgtctgccagtacactgtaagaggatttac
gttctaaaacatgacagaaacacgtcagatttaatggtatttatagtcaa
tgaggttctaagattacactgacataatgaaaggtactcagtcttagaac
tctgaccagaacacttaaaaatgattgcaaacattattactacatccgtt
tctgtaaaagatatcaaacacattcaacaacacatgacacctgatagctt
agggtcagaatatatgagaccttatagcctaaatgaattagcatccatgt
ctcacacacttgaacaaaaaaaaacttcatacaacactgtcagattttaa
aaggaacttttagaaaataaagaaacttctagtttttacttgagttttga
aacttaattttggttcattgcttagccacaaaatctgtgttatattgtat
cctggtgaagttgaagatacatgtctgtaaatactcatgcttatttgtac
accatgtaatacttttatcctacctttgattaataaattcaattttgctt
cctattgactcagactttttttttttttagtaaaagttaagattctaggc
tttagttaggattttactgctgtgaagagacaccatgaccaagcagttct
tatagacaacgtttctttggagctgacttacagtcaatgtcagtcactat
ttatcaagttgcaaacatgtagtgtcaagacagcatggtacggaagatct
gaaggttctacaacttcatctgaggatgcctaagaaa

gaattcaacataaatgaaattagcattttcatatgctatgcatctcttat
ggaaaaaaaaaataccctacaaagagagtccatgctttgaaagacatttc
tgactgagagcatattcttaccagtagtcattaaggagggacatctcatt
tattgatagaaaattctgaatatagttctcaattcaactctaaactccat
tggatattcttctcttgaacaattgtattaatggaggttttatttgcaaa
gaaaattcagtggtgctcggtataagaccaataatgaagtaacatttttg
aaaagatagtatgaatgtgtaaatgatagtatttggtggttacttagata
taaacagatgagagaccattagggctgtaccccttcctcacaaacaatac
attcaataatgacagactggaactctagaactctgattaatggtcatagg
agtgggacctaaatcctgtttcttgggaggatgcataatgcacttgccct
cctggatatctgcttttgaaactagctatgcctggttttaaaaccttgtg
agattattgaataacaggagatttttctggaaaagggaaaagacacatct
ttgcttcctcatatagcaatcaatccatgtgggtctgtcaatcacctcag
aaggtaaagagcctcaggaaaataagcatttcccagagacctcaggacca
gtgcaaagtctatggtagaatgtagatcagaaaataggtctctttaggtg
ttgtctgttctcatcccttgagactgcactctcctcgcctctgcagtgac
ctccagctctagcatccacattacaagatgtgtgtttcatagaatgtctt
ctctgaagactaggtggactgaggagccaagcagagtccaaagcaaggtt
tttatgtgctgaagaaagtgagtgtggaaagggttaattgggtccctttc
aaattttaaatttgagtttttaatgttatctcttggtgttggcctccagg
ggacttccatgctagcacacactgtgctgctggagtgtgtcctggtggtc
ctgttctcatcataaggatagtatcataatagatccacaagtttaaagtg
aaagatgtatagttactgggtgttcctctgtatctctctcgactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_114226992_114228138
seq2: B6Ng01-300M08.b_47_1183

seq1  GAATTCTTCAAGAAGAAAACATGTGACTATGAACTGTGGGATGAAACTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAAGAAGAAAACATGTGACTATGAACTGTGGGATGAAACTTA  50

seq1  TTATGGAGTTAGATTTTCATTTCCCGTGATAGCTGTAAATCCCTCCTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGAGTTAGATTTTCATTTCCCGTGATAGCTGTAAATCCCTCCTGCC  100

seq1  TTCCACACAGAGCAATTAGTGTCATTATTCGCTGCTTTATCAGAATGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACACAGAGCAATTAGTGTCATTATTCGCTGCTTTATCAGAATGCTT  150

seq1  TGTATGCCAACCTGTAAATTATCTGAACTTTCCAAACCTGCAAAGATAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCCAACCTGTAAATTATCTGAACTTTCCAAACCTGCAAAGATAGG  200

seq1  AGTAAGATATTTATTCTTGATTTTTTTTTTTACACTTTCCATACTCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGATATTTATTCTTGATTTTTTTTTTTACACTTTCCATACTCTGCT  250

seq1  GATGGATGTAGCCCTTTGCCCACTGAGATGTCAAACCCTGCAGAATATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATGTAGCCCTTTGCCCACTGAGATGTCAAACCCTGCAGAATATAC  300

seq1  TGCTGAGCTGAGAAGACCCAAGAGAGGAGAGGATTCAGAGGAATGATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCTGAGAAGACCCAAGAGAGGAGAGGATTCAGAGGAATGATGCA  350

seq1  TGAAAATGATTTCACTATTTTGTCTGCCAGTACACTGTAAGAGGATTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGATTTCACTATTTTGTCTGCCAGTACACTGTAAGAGGATTTAC  400

seq1  GTTCTAAAACATGACAGAAACACGTCAGATTTAATGGTATTTATAGTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAAACATGACAGAAACACGTCAGATTTAATGGTATTTATAGTCAA  450

seq1  TGAGGTTCTAAGATTACACTGACATAATGAAAGGTACTCAGTCTTAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTCTAAGATTACACTGACATAATGAAAGGTACTCAGTCTTAGAAC  500

seq1  TCTGACCAGAACACTTAAAAATGATTGCAAACATTATTACTACATCCGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCAGAACACTTAAAAATGATTGCAAACATTATTACTACATCCGTT  550

seq1  TCTGTAAAAGATATCAAACACATTCAACAACACATGACACCTGATAGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAAAGATATCAAACACATTCAACAACACATGACACCTGATAGCTT  600

seq1  AGGGTCAGAATATATGAGACCTTATAGCCTAAATGAATTAGCATCCATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAGAATATATGAGACCTTATAGCCTAAATGAATTAGCATCCATGT  650

seq1  CTCACACACTTGAACAAAAAAAAACTTCATACAACACTGTCAGATTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACACTTGAACAAAAAAAAACTTCATACAACACTGTCAGATTTTAA  700

seq1  AAGGAACTTTTAGAAAATAAAGAAACTTCTAGTTTTTACTTGAGTTTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACTTTTAGAAAATAAAGAAACTTCTAGTTTTTACTTGAGTTTTGA  750

seq1  AACTTAATTTTGGTTCATTGCTTAGCCACAAAATCTGTGTTATATTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAATTTTGGTTCATTGCTTAGCCACAAAATCTGTGTTATATTGTAT  800

seq1  CCTGGTGAAGTTGAAGATACATGTCTGTAAATACTCATGCTTATTTGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGAAGTTGAAGATACATGTCTGTAAATACTCATGCTTATTTGTAC  850

seq1  ACCATGTAATACTTTTATCCTACCTTTGATTAATAAATTCAATTTTGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTAATACTTTTATCCTACCTTTGATTAATAAATTCAATTTTGCTT  900

seq1  CCTATTGACTCAGACTTTTTTTTTTTTTAGTAAAAGTTAAGATTCTAGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGACTCAGACTTTTTTTTTTTTTAGTAAAAGTTAAGATTCTAGGC  950

seq1  TTTAGTTAGGATTTTACTGCTGTGAAGAGACACCATGACCAAGGCAGTTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTAGTTAGGATTTTACTGCTGTGAAGAGACACCATGACCAA-GCAGTTC  999

seq1  TTATAAGGACAACGTTTCTTTGGAGCTGACTTACAGGTTCAAAGGTTCAG  1050
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |  ||||
seq2  TTATA--GACAACGTTTCTTTGGAGCTGACTTACAG--TCAATG--TCAG  1043

seq1  TTCACTA-TTATCAAGGTGGAAACATGGTAGTGTCCAGACAGGCATGGTA  1099
       |||||| |||||||| || |||||| |||||||| ||||| ||||||||
seq2  -TCACTATTTATCAAGTTGCAAACAT-GTAGTGTCAAGACA-GCATGGTA  1090

seq1  CGGAAAGATCTGAGAGTTCTACAACTTCATCTGGAGGATG-CTAAGAAA  1147
      ||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  CGG-AAGATCTGAAGGTTCTACAACTTCATCT-GAGGATGCCTAAGAAA  1137


seq1: chr14_114319792_114320945
seq2: B6Ng01-300M08.g_66_1210 (reverse)

seq1  CAGTACGAG-GAGATACAGAGG-ACACACAGTAATTTATACATCTTTCAA  48
      |||| |||| |||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||| 
seq2  CAGT-CGAGAGAGATACAGAGGAACACCCAGTAA-CTATACATCTTTCA-  47

seq1  CTTTTAAACTTTGTGAATCTAATTATGATACTATCTGTATTGAATGAGGA  98
        ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||   |||||  
seq2  -CTTTAAAC-TTGTGGATCT-ATTATGATACTATCCTTAT--GATGAG--  90

seq1  AACAAGAACCACAGGACACACT-CAGCAGCACAGTGTGTGCTTAGCATGG  147
      |||| || |  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACAGGACCACCAGGACACACTCCAGCAGCACAGTGTGTGC-TAGCATGG  139

seq1  AAGTCCCCTGGAGGCCAACACCAAGAGATAAACATTAAAAACTCAAATTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCCTGGAGGCCAACACCAAGAGAT-AACATTAAAAACTCAAATTT  188

seq1  AAAATTTGAAAGGGACCCAATTAACCCTTTCCACACTCACTTTCTTCAGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGAAAGGGACCCAATTAACCCTTTCCACACTCACTTTCTTCAGC  238

seq1  ACATAAAAACCTTGCTTTGGACTCTGCTTGGCTCCTCAGTCCACCTAGTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAACCTTGCTTTGGACTCTGCTTGGCTCCTCAGTCCACCTAGTC  288

seq1  TTCAGAGAAGACATTCTATGAAACACACATCTTGTAATGTGGATGCTAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGAAGACATTCTATGAAACACACATCTTGTAATGTGGATGCTAGA  338

seq1  GCTGGAGGTCACTGCAGAGGCGAGGAGAGTGCAGTCTCAAGGGATGAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGGTCACTGCAGAGGCGAGGAGAGTGCAGTCTCAAGGGATGAGAA  388

seq1  CAGACAACACCTAAAGAGACCTATTTTCTGATCTACATTCTACCATAGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAACACCTAAAGAGACCTATTTTCTGATCTACATTCTACCATAGAC  438

seq1  TTTGCACTGGTCCTGAGGTCTCTGGGAAATGCTTATTTTCCTGAGGCTCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACTGGTCCTGAGGTCTCTGGGAAATGCTTATTTTCCTGAGGCTCT  488

seq1  TTACCTTCTGAGGTGATTGACAGACCCACATGGATTGATTGCTATATGAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTCTGAGGTGATTGACAGACCCACATGGATTGATTGCTATATGAG  538

seq1  GAAGCAAAGATGTGTCTTTTCCCTTTTCCAGAAAAATCTCCTGTTATTCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAAGATGTGTCTTTTCCCTTTTCCAGAAAAATCTCCTGTTATTCA  588

seq1  ATAATCTCACAAGGTTTTAAAACCAGGCATAGCTAGTTTCAAAAGCAGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCACAAGGTTTTAAAACCAGGCATAGCTAGTTTCAAAAGCAGAT  638

seq1  ATCCAGGAGGGCAAGTGCATTATGCATCCTCCCAAGAAACAGGATTTAGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGAGGGCAAGTGCATTATGCATCCTCCCAAGAAACAGGATTTAGG  688

seq1  TCCCACTCCTATGACCATTAATCAGAGTTCTAGAGTTCCAGTCTGTCATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTCCTATGACCATTAATCAGAGTTCTAGAGTTCCAGTCTGTCATT  738

seq1  ATTGAATGTATTGTTTGTGAGGAAGGGGTACAGCCCTAATGGTCTCTCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAATGTATTGTTTGTGAGGAAGGGGTACAGCCCTAATGGTCTCTCAT  788

seq1  CTGTTTATATCTAAGTAACCACCAAATACTATCATTTACACATTCATACT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATATCTAAGTAACCACCAAATACTATCATTTACACATTCATACT  838

seq1  ATCTTTTCAAAAATGTTACTTCATTATTGGTCTTATACCGAGCACCACTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTCAAAAATGTTACTTCATTATTGGTCTTATACCGAGCACCACTG  888

seq1  AATTTTCTTTGCAAATAAAACCTCCATTAATACAATTGTTCAAGAGAAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTTTGCAAATAAAACCTCCATTAATACAATTGTTCAAGAGAAGA  938

seq1  ATATCCAATGGAGTTTAGAGTTGAATTGAGAACTATATTCAGAATTTTCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAATGGAGTTTAGAGTTGAATTGAGAACTATATTCAGAATTTTCT  988

seq1  ATCAATAAATGAGATGTCCCTCCTTAATGACTACTGGTAAGAATATGCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATAAATGAGATGTCCCTCCTTAATGACTACTGGTAAGAATATGCTC  1038

seq1  TCAGTCAGAAATGTCTTTCAAAGCATGGACTCTCTTTGTAGGGTATTTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAGAAATGTCTTTCAAAGCATGGACTCTCTTTGTAGGGTATTTTT  1088

seq1  TTTTTCCATAAGAGATGCATAGCATATGAAAATGCTAATTTCATTTATGT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCATAAGAGATGCATAGCATATGAAAATGCTAATTTCATTTATGT  1138

seq1  TGAATTC  1154
      |||||||
seq2  TGAATTC  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |