BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305H08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 21,730,731 - 21,869,415
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVcl, Ap3m1
Upstream geneGng2, 1810063B07Rik, Kcnk5, LOC100039106, Kcnk16, Nudt13, Ecd, AA536717, Dnajc9, Mrps16, Ttc18, Anxa7, Zmynd17, Ppp3cb, Usp54, Myoz1, Synpo2l, Sec24c, Fut11, Chchd1, 2310021P13Rik, Ndst2, Camk2g, Plau, EG620119
Downstream geneAdk, Myst4, EG435391, Dusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, 1700112E06Rik, EG665075
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305H08.bB6Ng01-305H08.g
ACCGA098743GA098744
length1,159291
definitionB6Ng01-305H08.b B6Ng01-305H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,730,731 - 21,731,913)(21,869,125 - 21,869,415)
sequence
gaattctcccctactatattgctgtataacagtttcctaggagactgaac
cttccatcctacagggaaactccttgagcagtaaacaaatcgagacagct
ttaggaagtcccccaaactaaccagattcaacaggctcttccctgccaga
gtgaacaataaaagctaagttcgtctcagaagttagaaagctgtgtgcca
aaaggacccagacaagttggacgaaaagaaaactctgagagcagaccagc
accctggaagaagcagaaaccagcagagctgcagggaagaagtttatacc
agttagaaggtgcacttagaaaggacactctcgaacctgttgagctgcct
acaggctgtgcagtgtgctccagctttgtgagctgtcactcatgctgagg
tgggccttggtgatgcaactgtttttgcatcatttctgcctgttaagtaa
ccccttatctatatttctgcaagtaaccccattggttcattaagtaggac
tttggtggtatgtgtacttcggtctgttgtgtgttccctatctagggtaa
gaagatgtgtgttgaatctccccacaacagatgttactatctagataact
ctatgaatttaatctgttattctgacctgctttgtcaagattgaaagtaa
aattactattttgtgctgtttacagctaaaagcactgctatttttaaaaa
aaatctatgtgtgtgtatgtgcctatgaatatctctgtgtacatggtaaa
catatggacattctttacaacaagttttacaactctgaggggaacgggtt
ccccaaagcaagtgttatagatctgaagggaaagctatcctgtcagcctg
gagccaaggaacaccacaaactcccactgcacaaaatcaaaagcccttcc
tggctaccccaattatcatgcccaatcaaaacaacccaagtaaccctaac
atagcgttgtccccttttacttttataaactgccatttgcctatgggcat
atctctctcctctctattcagaggcagccctttgtcctcctggacaatat
cttttccccatctctgtctttccactctctctgtctccttctccgtcttg
ctctatgccctgactctgtcttctggggcaataatgtccttggctgaact
ggtctcgga
caggacagccgaggttacacagagaaaccctatcttgagaataaaaagga
aaattttaaaaaggaaaattgtaaaacattttttgatatttatttttatt
acttgtttattatttggggtttatttttattatttgcattattgtatgtg
tttgtatgtgggtatgtgcacatgagtgccatgcccatagaaacaaaagg
caatagatcccctggagctggagttatgatctgcctgacataggtgctaa
gattgaatctgagtgctttgtttgttgagttaggggttcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_21730731_21731913
seq2: B6Ng01-305H08.b_44_1202

seq1  GAATTCTCCCCTACTATATTGCTGTATAACAGTTTCCTAGGAGACTGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCCTACTATATTGCTGTATAACAGTTTCCTAGGAGACTGAAC  50

seq1  CTTCCATCCTACAGGGAAACTCCTTGAGCAGTAAACAAATCGAGACAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCCTACAGGGAAACTCCTTGAGCAGTAAACAAATCGAGACAGCT  100

seq1  TTAGGAAGTCCCCCAAACTAACCAGATTCAACAGGCTCTTCCCTGCCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAGTCCCCCAAACTAACCAGATTCAACAGGCTCTTCCCTGCCAGA  150

seq1  GTGAACAATAAAAGCTAAGTTCGTCTCAGAAGTTAGAAAGCTGTGTGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACAATAAAAGCTAAGTTCGTCTCAGAAGTTAGAAAGCTGTGTGCCA  200

seq1  AAAGGACCCAGACAAGTTGGACGAAAAGAAAACTCTGAGAGCAGACCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACCCAGACAAGTTGGACGAAAAGAAAACTCTGAGAGCAGACCAGC  250

seq1  ACCCTGGAAGAAGCAGAAACCAGCAGAGCTGCAGGGAAGAAGTTTATACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGAAGAAGCAGAAACCAGCAGAGCTGCAGGGAAGAAGTTTATACC  300

seq1  AGTTAGAAGGTGCACTTAGAAAGGACACTCTCGAACCTGTTGAGCTGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAAGGTGCACTTAGAAAGGACACTCTCGAACCTGTTGAGCTGCCT  350

seq1  ACAGGCTGTGCAGTGTGCTCCAGCTTTGTGAGCTGTCACTCATGCTGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTGTGCAGTGTGCTCCAGCTTTGTGAGCTGTCACTCATGCTGAGG  400

seq1  TGGGCCTTGGTGATGCAACTGTTTTTGCATCATTTCTGCCTGTTAAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTTGGTGATGCAACTGTTTTTGCATCATTTCTGCCTGTTAAGTAA  450

seq1  CCCCTTATCTATATTTCTGCAAGTAACCCCATTGGTTCATTAAGTAGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTATCTATATTTCTGCAAGTAACCCCATTGGTTCATTAAGTAGGAC  500

seq1  TTTGGTGGTATGTGTACTTCGGTCTGTTGTGTGTTCCCTATCTAGGGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGGTATGTGTACTTCGGTCTGTTGTGTGTTCCCTATCTAGGGTAA  550

seq1  GAAGATGTGTGTTGAATCTCCCCACAACAGATGTTACTATCTAGATAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTGTGTTGAATCTCCCCACAACAGATGTTACTATCTAGATAACT  600

seq1  CTATGAATTTAATCTGTTATTCTGACCTGCTTTGTCAAGATTGAAAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAATTTAATCTGTTATTCTGACCTGCTTTGTCAAGATTGAAAGTAA  650

seq1  AATTACTATTTTGTGCTGTTTACAGCTAAAAGCACTGCTATTTTTAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTATTTTGTGCTGTTTACAGCTAAAAGCACTGCTATTTTTAAAAA  700

seq1  AAATCTATGTGTGTGTATGTGCCTATGAATATCTCTGTGTACATGGTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTATGTGTGTGTATGTGCCTATGAATATCTCTGTGTACATGGTAAA  750

seq1  CATATGGACATTCTTTACAACAAGTTTTACAACTCTGAGGGGAACGGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGACATTCTTTACAACAAGTTTTACAACTCTGAGGGGAACGGGTT  800

seq1  CCCCAAAGCAAGTGTTATAGATCTGAAGGGAAAGCTATCCTGTCAGCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGCAAGTGTTATAGATCTGAAGGGAAAGCTATCCTGTCAGCCTG  850

seq1  GAGCCAAGGAACACCACAAACTCCCACTGCACAAAATCAAAAGCCCTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAGGAACACCACAAACTCCCACTGCACAAAATCAAAAGCCCTTCC  900

seq1  TGGCTACCCCAATTATCATGCCCAATCAAAACAACCCAAGTAACCCTAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTACCCCAATTATCATGCCCAATCAAAACAACCCAAGTAACCCTAAC  950

seq1  ATAGCGTTGTCCCCTTTTACTTTTATAAACTGCCATTTGCCTATGGGCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATAGCGTTGTCCCCTTTTACTTTTATAAACTGCCATTTGCCTATGGG-CA  999

seq1  TATCTCTCTCCTCTCTATTCAGAGGCAGCCCTTTGTCCCTCCTGGACAAA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TATCTCTCTCCTCTCTATTCAGAGGCAGCCCTTTGT-CCTCCTGGAC-AA  1047

seq1  TATCCTTTTCCCCCATCTCTTGTTCCTTTCCACTTCTCTCTTGTCTTCTA  1100
      ||||  ||| ||||||||| |||  |||||||| |||||| ||||| || 
seq2  TATC--TTTTCCCCATCTC-TGT--CTTTCCAC-TCTCTC-TGTCTCCT-  1089

seq1  TCTCCCGTCTTTGGCTCTTATGCCCTGCCCTCTGTCTCTCTGGGGCAAAT  1150
      ||| |||||||  |||| |||||||||  |||||||| ||||||||||  
seq2  TCT-CCGTCTT--GCTC-TATGCCCTG-ACTCTGTCT-TCTGGGGCAA--  1131

seq1  AAATGTCCTTTGTGCTGAGAACTTGGTCTCGGA  1183
       |||||||||   |||  |||| ||||||||||
seq2  TAATGTCCTT--GGCT--GAAC-TGGTCTCGGA  1159

seq1: chr14_21869125_21869415
seq2: B6Ng01-305H08.g_73_363 (reverse)

seq1  CTGAACCCCTAACTCAACAAACAAAGCACTCAGATTCAATCTTAGCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCCCTAACTCAACAAACAAAGCACTCAGATTCAATCTTAGCACCT  50

seq1  ATGTCAGGCAGATCATAACTCCAGCTCCAGGGGATCTATTGCCTTTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGGCAGATCATAACTCCAGCTCCAGGGGATCTATTGCCTTTTGTT  100

seq1  TCTATGGGCATGGCACTCATGTGCACATACCCACATACAAACACATACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGGCATGGCACTCATGTGCACATACCCACATACAAACACATACAA  150

seq1  TAATGCAAATAATAAAAATAAACCCCAAATAATAAACAAGTAATAAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAAATAATAAAAATAAACCCCAAATAATAAACAAGTAATAAAAAT  200

seq1  AAATATCAAAAAATGTTTTACAATTTTCCTTTTTAAAATTTTCCTTTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCAAAAAATGTTTTACAATTTTCCTTTTTAAAATTTTCCTTTTTA  250

seq1  TTCTCAAGATAGGGTTTCTCTGTGTAACCTCGGCTGTCCTG  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAGATAGGGTTTCTCTGTGTAACCTCGGCTGTCCTG  291