BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311L06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 36,556,622 - 36,696,615
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930596D02Rik, LOC100040277
Upstream geneWapal, LOC100041341, Grid1
Downstream geneLOC665933, 4930474N05Rik, Gcap14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311L06.bB6Ng01-311L06.g
ACCGA103356GA103357
length1,1891,121
definitionB6Ng01-311L06.b B6Ng01-311L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,556,622 - 36,557,793)(36,695,504 - 36,696,615)
sequence
gaattctcgctgaccacctcaggcatattatcaggaaatacagtaaggaa
agtgacatcttatttggataagaatttctaagtttaaaaataaaagttgt
ttcatggtttgcattatggttaaaatccatcttaatttccccattctcat
ctacaatagactttgacaaaatatgtcttagtttaggatttctattgcta
tgatgaaacaccatgaccaaaagaaagttgggaaagcaagggtttatttg
gcttacacttctattgttgaaggaattcctgacaggaactcaaatggggt
ggacacagagtgcatggaagggtgctgcttattggcttttcatcatggcc
tttgcagcctgcctttttagagaacccagtacagcttcctgcctagggat
ggcattaccaagaatgagctgggccttcttttcgtaactattcacatcag
ttaagaaatgccctacagatgttatggaggcattttctcaacttaagttc
cttccactcagataactcaagcttgtttcaggttgatgtaaaactagcca
gcacaattcattacaaaaaatacacaagcatcaatgaagtacacagttga
gaatgagacaacataggcaaagagatggctcattggctaaagtgcttgtt
gcataaacataagcacctgggtttagatccccagccaccacatacacgcc
atgtgactgtaataccagtggcagagaataaataccatggtatttactga
atacctagcaatctcgggacttactgaaagaccctgctcccaaaataaga
tgtgctgtgaaagaagacgctcagtgttgacatgaggcttctatatgcaa
acactgcatattgtacagcaaatgtgtatagacataaatacactgggacc
ctgagacatatacacaaatgaaagacagaggcagagacagagatgaagag
agaccacacagtaatatgcttactatgtttctcatactaacatgctttca
gagctagaaatgttttatgcaaagataaagttattctaaattttttaata
tttctttcagtagcaagtgaaaaataaaatttcatgaaaattcttattct
ccttttgttacttataagccattctcttggaaaacttaaaaatacacaaa
actaccggggactaaatgatcttatataccttggaaaag

gaattctcacccgaggaatactgaatggctgagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccatctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcaaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctggccgttcctca
ggaaattggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatctagaagatgtcccaaccggtaagaagaaaactttaaatccata
atattggaaccttgtggtcccagccactgcaatacaggctttcttagaca
aatgcagtttttggaagtgagattcctagcaaattgttagtgcatcaaac
aacattgctccaatcataaattttataaaatgttttccaagagactgtat
tttcattaattcccattagttgccatatttctccgaaagagtccctcctt
agataaggcaagtagaaggcactgtgtgaatcatctcatctatttacctt
tttgcttttgctaaggaaactcatggtgcaatcaataagagcctattgcc
taatggaagacttttctggtgttgcaccttccaagatgcacagcatcagg
gtcaacagctgatctttctctggttttggttaatgtaaatatccaacact
tctctgagagcaccatttggacccattgtgctcacatagagccaataccc
caaggaacccaccactgcctgggaaaggaatcttgaccttcattctcttc
cttgctttacttgaaatttttttttacaaaagccagacaatgcctcaaag
ttaggactatctgggttctcagagagaagtacttataccataagatgttg
tgagggacatagtatgaggaggattttgttgttgttgataacccaaggta
gtctgctcttcttacatttaaacatggttatattcttatagttgctattg
cagacttgtttttttaacctgaaataaaagttcagaagagggcaattgtg
tcctttagcatataggccagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_36556622_36557793
seq2: B6Ng01-311L06.b_47_1235

seq1  GAATTCTCGCTGACCACCTCAGGCATATTATCAGGAAATACAGTAAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGCTGACCACCTCAGGCATATTATCAGGAAATACAGTAAGGAA  50

seq1  AGTGACATCTTATTTGGATAAGAATTTCTAAGTTTAAAAATAAAAGTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACATCTTATTTGGATAAGAATTTCTAAGTTTAAAAATAAAAGTTGT  100

seq1  TTCATGGTTTGCATTATGGTTAAAATCCATCTTAATTTCCCCATTCTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTTTGCATTATGGTTAAAATCCATCTTAATTTCCCCATTCTCAT  150

seq1  CTACAATAGACTTTGACAAAATATGTCTTAGTTTAGGATTTCTATTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATAGACTTTGACAAAATATGTCTTAGTTTAGGATTTCTATTGCTA  200

seq1  TGATGAAACACCATGACCAAAAGAAAGTTGGGAAAGCAAGGGTTTATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAACACCATGACCAAAAGAAAGTTGGGAAAGCAAGGGTTTATTTG  250

seq1  GCTTACACTTCTATTGTTGAAGGAATTCCTGACAGGAACTCAAATGGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACACTTCTATTGTTGAAGGAATTCCTGACAGGAACTCAAATGGGGT  300

seq1  GGACACAGAGTGCATGGAAGGGTGCTGCTTATTGGCTTTTCATCATGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACAGAGTGCATGGAAGGGTGCTGCTTATTGGCTTTTCATCATGGCC  350

seq1  TTTGCAGCCTGCCTTTTTAGAGAACCCAGTACAGCTTCCTGCCTAGGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGCCTGCCTTTTTAGAGAACCCAGTACAGCTTCCTGCCTAGGGAT  400

seq1  GGCATTACCAAGAATGAGCTGGGCCTTCTTTTCGTAACTATTCACATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTACCAAGAATGAGCTGGGCCTTCTTTTCGTAACTATTCACATCAG  450

seq1  TTAAGAAATGCCCTACAGATGTTATGGAGGCATTTTCTCAACTTAAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAATGCCCTACAGATGTTATGGAGGCATTTTCTCAACTTAAGTTC  500

seq1  CTTCCACTCAGATAACTCAAGCTTGTTTCAGGTTGATGTAAAACTAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACTCAGATAACTCAAGCTTGTTTCAGGTTGATGTAAAACTAGCCA  550

seq1  GCACAATTCATTACAAAAAATACACAAGCATCAATGAAGTACACAGTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATTCATTACAAAAAATACACAAGCATCAATGAAGTACACAGTTGA  600

seq1  GAATGAGACAACATAGGCAAAGAGATGGCTCATTGGCTAAAGTGCTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGACAACATAGGCAAAGAGATGGCTCATTGGCTAAAGTGCTTGTT  650

seq1  GCATAAACATAAGCACCTGGGTTTAGATCCCCAGCCACCACATACACGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAACATAAGCACCTGGGTTTAGATCCCCAGCCACCACATACACGCC  700

seq1  ATGTGACTGTAATACCAGTGGCAGAGAATAAATACCATGGTATTTACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACTGTAATACCAGTGGCAGAGAATAAATACCATGGTATTTACTGA  750

seq1  ATACCTAGCAATCTCGGGACTTACTGAAAGACCCTGCTCCCAAAATAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTAGCAATCTCGGGACTTACTGAAAGACCCTGCTCCCAAAATAAGA  800

seq1  TGTGCTGTGAAAGAAGACGCTCAGTGTTGACATGAGGCTTCTATATGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGTGAAAGAAGACGCTCAGTGTTGACATGAGGCTTCTATATGCAA  850

seq1  ACACTGCATATTGTACAGCAAATGTGTATAGACATAAATACACT-GGACC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACACTGCATATTGTACAGCAAATGTGTATAGACATAAATACACTGGGACC  900

seq1  CTGAGACATATACACAAATGAAAGACAGAGGCAGAGACAGAGATGAAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACATATACACAAATGAAAGACAGAGGCAGAGACAGAGATGAAGAG  950

seq1  AGA-CACACAGTAATATGCTTACTATGTTTCTCATACTAACATGC-TTCA  997
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGACCACACAGTAATATGCTTACTATGTTTCTCATACTAACATGCTTTCA  1000

seq1  GAGCTAGAAATG-TTTATGCAAAGATAAAGTTA-TCTAAATTTTT--ATA  1043
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||
seq2  GAGCTAGAAATGTTTTATGCAAAGATAAAGTTATTCTAAATTTTTTAATA  1050

seq1  -TTCTTTCAGTAGCAGGTG-AAAATAAA--TTCATGAAAA-TCTTAATCT  1088
       |||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||
seq2  TTTCTTTCAGTAGCAAGTGAAAAATAAAATTTCATGAAAATTCTTATTCT  1100

seq1  CCTTT--GTACTTATAAACCA-TCTC-TGAGAAACCTAAAAATACACAAA  1134
      |||||   ||||||||| ||| |||| ||  |||| ||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTTACTTATAAGCCATTCTCTTGGAAAACTTAAAAATACACAAA  1150

seq1  ACTACGGGGGACCTTAAATGATCTTA-ATACCT--GAAAAG  1172
      ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||  ||||||
seq2  ACTACCGGGGAC--TAAATGATCTTATATACCTTGGAAAAG  1189


seq1: chr14_36695504_36696615
seq2: B6Ng01-311L06.g_67_1187 (reverse)

seq1  CCTGGCCTATATTGCT-AAGGGCACAATTGCCCCTCTTCTGACTTTTAAT  49
      ||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||  ||| ||
seq2  CCTGGCCTATA-TGCTAAAGGACACAATTG-CCCTCTTCTGAACTTTTAT  48

seq1  TTCA-GTTAAAAAA--CAGTCTGGCATTAGCAAACTATAAG-ATATAA-C  94
      |||| |||||||||   ||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |
seq2  TTCAGGTTAAAAAAACAAGTCT-GCAATAGC-AACTATAAGAATATAACC  96

seq1  ATGTTT-AATGTAAGAAGAGCAGACTAACCTTGGTTATC----ACACACA  139
      |||||| |||||||||||||||||||| | | |||||||    |||   |
seq2  ATGTTTAAATGTAAGAAGAGCAGACTACCTTGGGTTATCAACAACAACAA  146

seq1  AATCCTCCTCATACTATGT-CCTCACAACATCTTATGGTATAAGTACTTC  188
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCCTCATACTATGTCCCTCACAACATCTTATGGTATAAGTACTTC  196

seq1  TCTCTGAGAA-CCAGATAGTCCTAACTTTGAGGGCATTGTCTGGCTTTTG  237
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGAACCCAGATAGTCCTAACTTTGA-GGCATTGTCTGGCTTTTG  245

seq1  T-AAAAAAAATTTCAAGTAAAGCAAGGAAGAGAATGAAGGTCAAGATTCC  286
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAATTTCAAGTAAAGCAAGGAAGAGAATGAAGGTCAAGATTCC  295

seq1  TTTCCCAGGCAGTGGTGGGTTCCTTGGGGTATTGGCTCTATGTGAGCACA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGGCAGTGGTGGGTTCCTTGGGGTATTGGCTCTATGTGAGCACA  345

seq1  ATGGGTCCAAATGGTGCTCTCAGAGAAGTGTTGGATATTTACATTAACCA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCCAAATGGTGCTCTCAGAGAAGTGTTGGATATTTACATTAACCA  395

seq1  AAACCAGAGAAAGATCAGCTGTTGACCCTGATGCTGTGCATCTTGGAAGG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGAGAAAGATCAGCTGTTGACCCTGATGCTGTGCATCTTGGAAGG  445

seq1  TGCAACACCAGAAAAGTCTTCCATTAGGCAATAGGCTCTTATTGATTGCA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACACCAGAAAAGTCTTCCATTAGGCAATAGGCTCTTATTGATTGCA  495

seq1  CCATGAGTTTCCTTAGCAAAAGCAAAAAGGTAAATAGATGAGATGATTCA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGTTTCCTTAGCAAAAGCAAAAAGGTAAATAGATGAGATGATTCA  545

seq1  CACAGTGCCTTCTACTTGCCTTATCTAAGGAGGGACTCTTTCGGAGAAAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCCTTCTACTTGCCTTATCTAAGGAGGGACTCTTTCGGAGAAAT  595

seq1  ATGGCAACTAATGGGAATTAATGAAAATACAGTCTCTTGGAAAACATTTT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAACTAATGGGAATTAATGAAAATACAGTCTCTTGGAAAACATTTT  645

seq1  ATAAAATTTATGATTGGAGCAATGTTGTTTGATGCACTAACAATTTGCTA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTTATGATTGGAGCAATGTTGTTTGATGCACTAACAATTTGCTA  695

seq1  GGAATCTCACTTCCAAAAACTGCATTTGTCTAAGAAAGCCTGTATTGCAG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTCACTTCCAAAAACTGCATTTGTCTAAGAAAGCCTGTATTGCAG  745

seq1  TGGCTGGGACCACAAGGTTCCAATATTATGGATTTAAAGTTTTCTTCTTA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGGACCACAAGGTTCCAATATTATGGATTTAAAGTTTTCTTCTTA  795

seq1  CCGGTTGGGACATCTTCTAGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGTTGGGACATCTTCTAGATATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATC  845

seq1  CTCCGGTAGTACTATGTCCAATTTCCTGAGGAACGGCCAGACTGATTTCC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGGTAGTACTATGTCCAATTTCCTGAGGAACGGCCAGACTGATTTCC  895

seq1  AGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCT  945

seq1  CTTTCTCCACATCCTTGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCACATCCTTGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTTTTGATCTT  995

seq1  AGCCATTCTGACTGGTGTGAGATGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTCTGACTGGTGTGAGATGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCA  1045

seq1  TTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCAGCC  1095

seq1  ATTCAGTATTCCTCGGGTGAGAATTC  1112
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTATTCCTCGGGTGAGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |