BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316A22
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,505,126 - 12,661,627
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprg
Upstream geneFhit, LOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059, LOC100041996
Downstream geneLOC100042441, 3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316A22.bB6Ng01-316A22.g
ACCGA106548GA106549
length1,118872
definitionB6Ng01-316A22.b B6Ng01-316A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,660,508 - 12,661,627)(12,505,126 - 12,506,023)
sequence
gaattcagcaactgagcaagtttgaagccagcttatttacctgtctcagt
aaataagcgagtgggtgaggaagataagaatgaaatgtttaatgttgtaa
aagcatggctcaacactcagtcaaaaacatgcccctcccttgacctgcat
aatgttcacccgataaggggaactcctgggatgtggctaaccttaaaatg
ggtcatcatttgtgttgcacctaccactccagatgcccaggaaaggctct
gagtgtgtagcctccctgggagagagtagccaatgcacacagacttccag
agttcacatcccggctcagcaggaacctggcaaagcgaccaggaaggtct
gagttgttctagaagtacttggttagtcccttatctgaccttggaattcc
tttaaaaagtcatcaggacctgctctaagactagtttctgccagttatca
aactctgtgagtgtgtgtttatggggccttcatttcactccattgaactc
ccaattcctccatttttaatatcatgatgagtcatgaaagaatggtagta
atattaagatttagaaagcttagggtataattcatataaaaaaaccccaa
aagacaaattaatgagcagttattttaaacaaagaagggaaacatgcccc
ctgaaaaggctatcagctgcagctactcacagttacccagcaggcaaaga
cttcccttggctttctgcttccatcaattacccatttaaccattcttact
tcagacaaccaagttgctcaacacggcctgctggtgtgccccatggccat
gaaggaaggctgtgagctctggagagcagggggtaagtggccatgcctgg
caacctaaggggctgccatcaaaacccgctgctaatggagcatggtaaca
tgaaaccctgctcatctccagagggaacctttcaggccaaggcgggtatt
ctgttccagatcttcttttccaaacaataagcagcatgctgagagaggag
gccctgggctggaggaccgatgtttcccaaggcagcactgggaagccctg
aactctagtgggatctcctgtgaccttgggtcctagtttcaagtccactt
cactgcaaacatctctgt

gaattcagatacagctgctcaagtgtcagagataaatacggatcttggag
ccagaatttcagatatgtgtttcccttggtgctcctttgtgcggcccagg
tgcagcagtagcttggagaagccaagtgtttgttttgacacttagggaat
caccacacacacacacacacccacacacacacacacacacacacacaccc
acaccatacaaaccagtgagagtatgcctgtctctatatttgaaagtagt
taagcagagaaattgtggtgtgccgcttagcttctcttcagacttgaaac
cttggggagtgtctgcttgcattctgacagtgttctggctacgtagccat
caaataatagccttctcaagtgcacagggatgaaagcctttggcaggaac
agcaagcaggggcccaccttctgcccagtgcccttgtcatttctgcatcc
tccgctgatttcatcttctcttcctctgggctctgcccacgtcttccctg
gattaggtgagcagtggagctttgccagaccccattctggcattagttcc
agcaaggcagtggccttcccctgttgtgacaatgtcactgactctcattt
taagcagcagatggcttagaacacatggacagtgcttcctgtggtggctg
ccactctctggaagggtggagcttcttgttttggaactccattaacatta
gggaggactggtttgctggcactccctgggggcaatgtgctattgttctt
cttttgtgtcagaacactcaacataaacaggagagggaagaattaacttg
gctttctgttccagagagtccagtcatttgcgcagggctttatggaggtg
ggaatgtggaatggagggagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_12660508_12661627
seq2: B6Ng01-316A22.b_49_1166 (reverse)

seq1  ACAGAGGAATGTTTGCAGTGAAAGTGGGACCTTGAAAACTAGGGCCCAAG  50
      ||||||  |||||||||||| ||||||   |||| |||||||| ||||||
seq2  ACAGAG--ATGTTTGCAGTG-AAGTGG--ACTTG-AAACTAGGACCCAAG  44

seq1  TTCACAGGAGGATCCCACTAGAGTTTCAGGGCTTCCCAGTGCTTGCCTGG  100
       |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |
seq2  GTCACAGGA-GATCCCACTAGAG-TTCAGGGCTTCCCAGTGC-TGCCTTG  91

seq1  GGAAACATCGTTCTTCCAGCC--AGGCCTCCTCTCTCAGCATGCTGCTTA  148
      |||||||||| || |||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACATCGGTCCTCCAGCCCAGGGCCTCCTCTCTCAGCATGCTGCTTA  141

seq1  -TGTTTGGAAA--GAGATCTGGACCAG-ATACCCGCC-TGGCCTGAAAGG  193
       ||||||||||   ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTTTGGAAAAGAAGATCTGGAACAGAATACCCGCCTTGGCCTGAAAGG  191

seq1  TTCCCTCTGGAGATGAGCAGGGTTTCATGTTACCATGCTCCATTAGCAGC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTGGAGATGAGCAGGGTTTCATGTTACCATGCTCCATTAGCAGC  241

seq1  GGGTTTTGATGGCAGCCCCTTAGGTTGCCAGGCATGGCCACTTACCCCCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGATGGCAGCCCCTTAGGTTGCCAGGCATGGCCACTTACCCCCT  291

seq1  GCTCTCCAGAGCTCACAGCCTTCCTTCATGGCCATGGGGCACACCAGCAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCAGAGCTCACAGCCTTCCTTCATGGCCATGGGGCACACCAGCAG  341

seq1  GCCGTGTTGAGCAACTTGGTTGTCTGAAGTAAGAATGGTTAAATGGGTAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGTTGAGCAACTTGGTTGTCTGAAGTAAGAATGGTTAAATGGGTAA  391

seq1  TTGATGGAAGCAGAAAGCCAAGGGAAGTCTTTGCCTGCTGGGTAACTGTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGAAGCAGAAAGCCAAGGGAAGTCTTTGCCTGCTGGGTAACTGTG  441

seq1  AGTAGCTGCAGCTGATAGCCTTTTCAGGGGGCATGTTTCCCTTCTTTGTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTGCAGCTGATAGCCTTTTCAGGGGGCATGTTTCCCTTCTTTGTT  491

seq1  TAAAATAACTGCTCATTAATTTGTCTTTTGGGGTTTTTTTATATGAATTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAACTGCTCATTAATTTGTCTTTTGGGGTTTTTTTATATGAATTA  541

seq1  TACCCTAAGCTTTCTAAATCTTAATATTACTACCATTCTTTCATGACTCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTAAGCTTTCTAAATCTTAATATTACTACCATTCTTTCATGACTCA  591

seq1  TCATGATATTAAAAATGGAGGAATTGGGAGTTCAATGGAGTGAAATGAAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATATTAAAAATGGAGGAATTGGGAGTTCAATGGAGTGAAATGAAG  641

seq1  GCCCCATAAACACACACTCACAGAGTTTGATAACTGGCAGAAACTAGTCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATAAACACACACTCACAGAGTTTGATAACTGGCAGAAACTAGTCT  691

seq1  TAGAGCAGGTCCTGATGACTTTTTAAAGGAATTCCAAGGTCAGATAAGGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAGGTCCTGATGACTTTTTAAAGGAATTCCAAGGTCAGATAAGGG  741

seq1  ACTAACCAAGTACTTCTAGAACAACTCAGACCTTCCTGGTCGCTTTGCCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCAAGTACTTCTAGAACAACTCAGACCTTCCTGGTCGCTTTGCCA  791

seq1  GGTTCCTGCTGAGCCGGGATGTGAACTCTGGAAGTCTGTGTGCATTGGCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTGCTGAGCCGGGATGTGAACTCTGGAAGTCTGTGTGCATTGGCT  841

seq1  ACTCTCTCCCAGGGAGGCTACACACTCAGAGCCTTTCCTGGGCATCTGGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCCCAGGGAGGCTACACACTCAGAGCCTTTCCTGGGCATCTGGA  891

seq1  GTGGTAGGTGCAACACAAATGATGACCCATTTTAAGGTTAGCCACATCCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGGTGCAACACAAATGATGACCCATTTTAAGGTTAGCCACATCCC  941

seq1  AGGAGTTCCCCTTATCGGGTGAACATTATGCAGGTCAAGGGAGGGGCATG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTCCCCTTATCGGGTGAACATTATGCAGGTCAAGGGAGGGGCATG  991

seq1  TTTTTGACTGAGTGTTGAGCCATGCTTTTACAACATTAAACATTTCATTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGACTGAGTGTTGAGCCATGCTTTTACAACATTAAACATTTCATTC  1041

seq1  TTATCTTCCTCACCCACTCGCTTATTTACTGAGACAGGTAAATAAGCTGG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCCTCACCCACTCGCTTATTTACTGAGACAGGTAAATAAGCTGG  1091

seq1  CTTCAAACTTGCTCAGTTGCTGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACTTGCTCAGTTGCTGAATTC  1118


seq1: chr14_12505126_12506023
seq2: B6Ng01-316A22.g_67_938

seq1  GAATTCAGATACAGCTGCTCAAGTGTCAGAGATAAATACGGATCTTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATACAGCTGCTCAAGTGTCAGAGATAAATACGGATCTTGGAG  50

seq1  CCAGAATTTCAGATATGTGTTTCCCTTGGTGCTCCTTTGTGCGGCCCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATTTCAGATATGTGTTTCCCTTGGTGCTCCTTTGTGCGGCCCAGG  100

seq1  TGCAGCAGTAGCTTGGAGAAGCCAAGTGTTTGTTTTGACACTTAGGGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGTAGCTTGGAGAAGCCAAGTGTTTGTTTTGACACTTAGGGAAT  150

seq1  CACCACACACACACACACACCCACACACACACACACACACACACACACCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACACACACACACACACCCACACACACACACACACACACACACACCC  200

seq1  ACACCATACAAACCAGTGAGAGTATGCCTGTCTCTATATTTGAAAGTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATACAAACCAGTGAGAGTATGCCTGTCTCTATATTTGAAAGTAGT  250

seq1  TAAGCAGAGAAATTGTGGTGTGCCGCTTAGCTTCTCTTCAGACTTGAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGAGAAATTGTGGTGTGCCGCTTAGCTTCTCTTCAGACTTGAAAC  300

seq1  CTTGGGGAGTGTCTGCTTGCATTCTGACAGTGTTCTGGCTACGTAGCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGAGTGTCTGCTTGCATTCTGACAGTGTTCTGGCTACGTAGCCAT  350

seq1  CAAATAATAGCCTTCTCAAGTGCACAGGGATGAAAGCCTTTGGCAGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAATAGCCTTCTCAAGTGCACAGGGATGAAAGCCTTTGGCAGGAAC  400

seq1  AGCAAGCAGGGGCCCACCTTCTGCCCAGTGCCCTTGTCATTTCTGCATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAGGGGCCCACCTTCTGCCCAGTGCCCTTGTCATTTCTGCATCC  450

seq1  TCCGCTGATTTCATCTTCTCTTCCTCTGGGCTCTGCCCACGTCTTCCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCTGATTTCATCTTCTCTTCCTCTGGGCTCTGCCCACGTCTTCCCTG  500

seq1  GATTAGGTGAGCAGTGGAGCTTTGCCAGACCCCATTCTGGCATTAGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGGTGAGCAGTGGAGCTTTGCCAGACCCCATTCTGGCATTAGTTCC  550

seq1  AGCAAGGCAGTGGCCTTCCCCTGTTGTGACAATGTCACTGACTCTCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGCAGTGGCCTTCCCCTGTTGTGACAATGTCACTGACTCTCATTT  600

seq1  TAAGCAGCAGATGGCTTAGAACACATGGACAGTGCTTCCTGTGGTGGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGCAGATGGCTTAGAACACATGGACAGTGCTTCCTGTGGTGGCTG  650

seq1  CCACTCTCTGGAAGGGTGGAGCTTCTTGTTTTGGAACTCCATTAACATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTCTGGAAGGGTGGAGCTTCTTGTTTTGGAACTCCATTAACATTA  700

seq1  GGGAGGACTGGTTTGCTGGCACTCCCTGGGGGCAATGTGCTATTGTTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGACTGGTTTGCTGGCACTCCCTGGGGGCAATGTGCTATTGTTCTT  750

seq1  CTTTTGTGTCAGAACACTCAACATAAACAGGAGAGGGAAGAATTAACTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGTCAGAACACTCAACATAAACAGGAGAGGGAAGAATTAACTTG  800

seq1  GCTTTCTGTTCCAGAGAGTCCAGTCATTTGCGCAGGGCTTTATGGAGGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGTTCCAGAGAGTCCAGTCATTTGCGCAGGGCTTTATGGAGGTG  850

seq1  GGAATGTGGAATGGA-GGAG-AGCTGTTCATATCTTAGAGGAACAGAGAA  898
      ||||||||||||||| |||| |                            
seq2  GGAATGTGGAATGGAGGGAGAA----------------------------  872


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |