BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317B08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 106,120,262 - 106,283,372
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043469
Upstream geneD130009I18Rik, LOC435420, Rbm26, LOC621103, LOC100043466, Ndfip2, LOC620376
Downstream geneSpry2, EG621364, LOC212084, Trim52, LOC100043807, LOC100043476, LOC100043809, LOC668736, EG668738, EG668739, LOC621487, EG668743, LOC100043811, LOC621499, LOC100043814, EG668742, LOC668748
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317B08.bB6Ng01-317B08.g
ACCGA107316GA107317
length1,1601,105
definitionB6Ng01-317B08.b B6Ng01-317B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,282,211 - 106,283,372)(106,120,262 - 106,121,392)
sequence
gaattcattcatagtcccaggaattgcatctttaattaataacttcctaa
gtgaatttttgatgatatcatcaacctaaggttttatgggtgggaagagg
tatgcgttattggcagctgtttgagggagcagatcctcatacatatcgga
atctctatagatgcttaatgagtgcttgatgattgcatatattcaataga
gaataaaagtatactgatgacttctaagattatgaataatgatgtatggc
aaaacagaaacaccaattgttaataaaacagcatagtaaactgtgagtat
tgctcttataaaaaggattatccatttctaagctcttcattcatttattt
ctaaggttatatagtctattttacagtctgaagtgttagacagtagccac
tggttggacaatagcataacacactggacactgtttgctgaccttgaact
gaatcacagttacgcaaaatgtcctgcttcaagtgagcagatatacagtt
ttaagttttatattttaaatttgattgttattattataaatgaaaaagat
atatactctaaaaccaagaatatgttattgggttcaactttggtagggaa
attagttattgtagaaattatttacaatccagttctcttataagacaaac
aacaactgtttcataagacctaagaaaattccagcctggtaacataagac
tttaatccggcgctcgagaggcagaggcaggtggacccacgtgagctgga
gagcagcttgatctccacagcaagttcaggccatctggggctacagagag
acaactaaaggctgttctcacaaatgtatcagcacgctgtcacttccctc
ttggttcgagcacagtagtgccccttacacattcactgtattttgaatga
acttattttgtgtcatgtgtatgagtgttttgcctgcatgtatggaggtg
cactgcgcacatgtttggttccctcagaccttagaggaagctagatccct
tggaagagtagttgtggatgggttgtgagccacaggcagtgctggaacca
aaccctgctcctccacagacagcaagactcttaaccaggtggagtacatc
tcagacctgatgcattttagataatttctgaagaaacagtcatgaccagg
ttaaaaaaat

gaattcactaggggtgtggtgtgccctggcaggtgactggggagctccca
agtggtaggtgggcgatgaactctaagctataggaccagatttgattttc
tggaactggcaggagggaagtcgtcttattctcatctttatctagccaaa
gagtctcaaaatgttgaagacatttttttttcagtcacatacaattcaga
aagacgccagcgtggccagatggatagttttcagatctacacttgggaaa
cacatggtgcttctctgaggcaattgtgtactgtttcttttaaaatagca
gaaagcatatgggaataggaatggatctgtcagctactatcaagagaatg
gtgaagcttttaaataaatcaaatcaaacctatagggtgacaaaatatct
tatcacattttgaaattctgaagttttacatttgtagatatatttacatt
ttttaatcttttttttttttttcttcacagaaaccacaatccctgttaga
gctgtggagtctgaggcaaagaatgagagaaggtcagggcagtaagaaat
tctgtagacattacataaatcagcaactgagtcccactctgttatattac
agggttctcccccactgaggaacgcgtgtgtagaccagttttgatacttc
ctcccacagactctgctttccttcctaaagacaaacatacaagcagaaac
atgagatttgcacatgtgaaaagcgtgcttcagctaaagtaaaccaggta
tgatagctgctggtcccccagttacagcagcacagagctgtagaaaactg
ctctccctgtgtgctcttagctccttcagcaggatggctccccaccaact
ctaaccacactgctttcatgaatggatttcctaaccaggtcaaatctcct
taatgctagacttagaactccaccatactcttatgtttctatgggcaatc
tagctctccctcaaatgttatatggatttgaaatgatttaactcaaggaa
ttgatttcataggcaaaccaggataaggagcttagatagcagactctatt
tagaaaatatttggtcagtgatgaactcttgcttttatccatacgatcct
ggatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_106282211_106283372
seq2: B6Ng01-317B08.b_47_1206 (reverse)

seq1  ATTTTTTTA--CTGGTCATGACTGTTTTCTCAGAA--TATCTAAAATGCA  46
      |||||||||  ||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||
seq2  ATTTTTTTAACCTGGTCATGACTGTTTCTTCAGAAATTATCTAAAATGCA  50

seq1  TCAGGTCTTGAGATGTAACTCA-CTGGTTAAGAGTCCTTGCTGTTCTTGT  95
      ||||||| |||||||||   || |||||||||||| ||||||||   |||
seq2  TCAGGTC-TGAGATGTACTCCACCTGGTTAAGAGT-CTTGCTGT--CTGT  96

seq1  GGAGGAGCAGGGTTTGGTTCCCAGCACTTGCCTGGTGGCTCACAA-CCAT  144
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||
seq2  GGAGGAGCAGGGTTTGGTT-CCAGCAC-TGCCT-GTGGCTCACAACCCAT  143

seq1  CCACAACTACTCTTCCAAGGGATCTTAGCTTCCTCTAAGGTCTGAGGGAA  194
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACTACTCTTCCAAGGGATC-TAGCTTCCTCTAAGGTCTGAGGGAA  192

seq1  CCAAACATGTGCGCAGTGCACCTCCATACATGCAGGCAAAACACTCATAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATGTGCGCAGTGCACCTCCATACATGCAGGCAAAACACTCATAC  242

seq1  ACATGACACAAAATAAGTTCATTCAAAATACAGTGAATGTGTAAGGGGCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACACAAAATAAGTTCATTCAAAATACAGTGAATGTGTAAGGGGCA  292

seq1  CTACTGTGCTCGAACCAAGAGGGAAGTGACAGCGTGCTGATACATTTGTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGCTCGAACCAAGAGGGAAGTGACAGCGTGCTGATACATTTGTG  342

seq1  AGAACAGCCTTTAGTTGTCTCTCTGTAGCCCCAGATGGCCTGAACTTGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGCCTTTAGTTGTCTCTCTGTAGCCCCAGATGGCCTGAACTTGCT  392

seq1  GTGGAGATCAAGCTGCTCTCCAGCTCACGTGGGTCCACCTGCCTCTGCCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGATCAAGCTGCTCTCCAGCTCACGTGGGTCCACCTGCCTCTGCCT  442

seq1  CTCGAGCGCCGGATTAAAGTCTTATGTTACCAGGCTGGAATTTTCTTAGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAGCGCCGGATTAAAGTCTTATGTTACCAGGCTGGAATTTTCTTAGG  492

seq1  TCTTATGAAACAGTTGTTGTTTGTCTTATAAGAGAACTGGATTGTAAATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGAAACAGTTGTTGTTTGTCTTATAAGAGAACTGGATTGTAAATA  542

seq1  ATTTCTACAATAACTAATTTCCCTACCAAAGTTGAACCCAATAACATATT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTACAATAACTAATTTCCCTACCAAAGTTGAACCCAATAACATATT  592

seq1  CTTGGTTTTAGAGTATATATCTTTTTCATTTATAATAATAACAATCAAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTTAGAGTATATATCTTTTTCATTTATAATAATAACAATCAAAT  642

seq1  TTAAAATATAAAACTTAAAACTGTATATCTGCTCACTTGAAGCAGGACAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATATAAAACTTAAAACTGTATATCTGCTCACTTGAAGCAGGACAT  692

seq1  TTTGCGTAACTGTGATTCAGTTCAAGGTCAGCAAACAGTGTCCAGTGTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCGTAACTGTGATTCAGTTCAAGGTCAGCAAACAGTGTCCAGTGTGT  742

seq1  TATGCTATTGTCCAACCAGTGGCTACTGTCTAACACTTCAGACTGTAAAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATTGTCCAACCAGTGGCTACTGTCTAACACTTCAGACTGTAAAA  792

seq1  TAGACTATATAACCTTAGAAATAAATGAATGAAGAGCTTAGAAATGGATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTATATAACCTTAGAAATAAATGAATGAAGAGCTTAGAAATGGATA  842

seq1  ATCCTTTTTATAAGAGCAATACTCACAGTTTACTATGCTGTTTTATTAAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTTTATAAGAGCAATACTCACAGTTTACTATGCTGTTTTATTAAC  892

seq1  AATTGGTGTTTCTGTTTTGCCATACATCATTATTCATAATCTTAGAAGTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTGTTTCTGTTTTGCCATACATCATTATTCATAATCTTAGAAGTC  942

seq1  ATCAGTATACTTTTATTCTCTATTGAATATATGCAATCATCAAGCACTCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTATACTTTTATTCTCTATTGAATATATGCAATCATCAAGCACTCA  992

seq1  TTAAGCATCTATAGAGATTCCGATATGTATGAGGATCTGCTCCCTCAAAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATCTATAGAGATTCCGATATGTATGAGGATCTGCTCCCTCAAAC  1042

seq1  AGCTGCCAATAACGCATACCTCTTCCCACCCATAAAACCTTAGGTTGATG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCAATAACGCATACCTCTTCCCACCCATAAAACCTTAGGTTGATG  1092

seq1  ATATCATCAAAAATTCACTTAGGAAGTTATTAATTAAAGATGCAATTCCT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATCAAAAATTCACTTAGGAAGTTATTAATTAAAGATGCAATTCCT  1142

seq1  GGGACTATGAATGAATTC  1162
      ||||||||||||||||||
seq2  GGGACTATGAATGAATTC  1160


seq1: chr14_106120262_106121392
seq2: B6Ng01-317B08.g_64_1168

seq1  GAATTCACTAGGGGTGTGGTGTGCCCTGGCAGGTGACTGGGGAGCTCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGGGGTGTGGTGTGCCCTGGCAGGTGACTGGGGAGCTCCCA  50

seq1  AGTGGTAGGTGGGCGATGAACTCTAAGCTATAGGACCAGATTTGATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAGGTGGGCGATGAACTCTAAGCTATAGGACCAGATTTGATTTTC  100

seq1  TGGAACTGGCAGGAGGGAAGTCGTCTTATTCTCATCTTTATCTAGCCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTGGCAGGAGGGAAGTCGTCTTATTCTCATCTTTATCTAGCCAAA  150

seq1  GAGTCTCAAAATGTTGAAGACATTTTTTTTTCAGTCACATACAATTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCAAAATGTTGAAGACATTTTTTTTTCAGTCACATACAATTCAGA  200

seq1  AAGACGCCAGCGTGGCCAGATGGATAGTTTTCAGATCTACACTTGGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGCCAGCGTGGCCAGATGGATAGTTTTCAGATCTACACTTGGGAAA  250

seq1  CACATGGTGCTTCTCTGAGGCAATTGTGTACTGTTTCTTTTAAAATAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTGCTTCTCTGAGGCAATTGTGTACTGTTTCTTTTAAAATAGCA  300

seq1  GAAAGCATATGGGAATAGGAATGGATCTGTCAGCTACTATCAAGAGAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATATGGGAATAGGAATGGATCTGTCAGCTACTATCAAGAGAATG  350

seq1  GTGAAGCTTTTAAATAAATCAAATCAAACCTATAGGGTGACAAAATATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCTTTTAAATAAATCAAATCAAACCTATAGGGTGACAAAATATCT  400

seq1  TATCACATTTTGAAATTCTGAAGTTTTACATTTGTAGATATATTTACATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACATTTTGAAATTCTGAAGTTTTACATTTGTAGATATATTTACATT  450

seq1  TTTTAATCTTTTTTTTTTTTTTCTTCACAGAAACCACAATCCCTGTTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATCTTTTTTTTTTTTTTCTTCACAGAAACCACAATCCCTGTTAGA  500

seq1  GCTGTGGAGTCTGAGGCAAAGAATGAGAGAAGGTCAGGGCAGTAAGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGAGTCTGAGGCAAAGAATGAGAGAAGGTCAGGGCAGTAAGAAAT  550

seq1  TCTGTAGACATTACATAAATCAGCAACTGAGTCCCACTCTGTTATATTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGACATTACATAAATCAGCAACTGAGTCCCACTCTGTTATATTAC  600

seq1  AGGGTTCTCCCCCACTGAGGAACGCGTGTGTAGACCAGTTTTGATACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTCCCCCACTGAGGAACGCGTGTGTAGACCAGTTTTGATACTTC  650

seq1  CTCCCACAGACTCTGCTTTCCTTCCTAAAGACAAACATACAAGCAGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACAGACTCTGCTTTCCTTCCTAAAGACAAACATACAAGCAGAAAC  700

seq1  ATGAGATTTGCACATGTGAAAAGCGTGCTTCAGCTAAAGTAAACCAGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTTGCACATGTGAAAAGCGTGCTTCAGCTAAAGTAAACCAGGTA  750

seq1  TGATAGCTGCTGGTCCCCCAGTTACAGCAGCACAGAGCTGTAGAAAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCTGCTGGTCCCCCAGTTACAGCAGCACAGAGCTGTAGAAAACTG  800

seq1  CTCTCCCTGTGTGCTCTTAGCTCCTTCAGCAGGATGGCTCCCCACCAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTGTGTGCTCTTAGCTCCTTCAGCAGGATGGCTCCCCACCAACT  850

seq1  CTAACCACACTGCTTTCATGAATGGATTTCCTAACCAGGTCAAATCTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCACACTGCTTTCATGAATGGATTTCCTAACCAGGTCAAATCTCCT  900

seq1  TAATGCTAGACTTAGAACTCCACCATACTCTTATGTTTTCTAT-GGCAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TAATGCTAGACTTAGAACTCCACCATACTCTTATG-TTTCTATGGGCAAT  949

seq1  CTAGCTCTCCCTCAAATTGTTATTATGGGATTTGAAATGATTTAACTTCA  999
      |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  CTAGCTCTCCCTCAAA-TGTTA-TAT-GGATTTGAAATGATTTAAC-TCA  995

seq1  AGGAAAATGATTTCATAGGGCAAAACCCAAGGAATTAAAGAAGCTTTAGA  1049
      ||| || |||||||||| ||||||   | ||||    ||| ||| |||||
seq2  AGG-AATTGATTTCATA-GGCAAA---CCAGGA---TAAGGAGC-TTAGA  1036

seq1  TAGCAAGACTCTATTTTAGGAAAATATTTTTGTTCAAGGTGAATGACTTC  1099
      |||| |||||||||||   |||||||  |||| |||  ||| ||||  ||
seq2  TAGC-AGACTCTATTT--AGAAAATA--TTTGGTCA--GTG-ATGAACTC  1078

seq1  CTTTGCCTTTTATCCATACAGGATCCTTGATC  1131
        ||| |||||||||||||  |||||| ||||
seq2  --TTG-CTTTTATCCATAC--GATCCTGGATC  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |