BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318G14
Chromosome14 (Build37)
Map Location 113,804,935 - 113,934,152
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043510
Upstream geneEG223186, LOC100043509, Tpm3-rs7
Downstream geneLOC382947, LOC668791, LOC100043821
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318G14.bB6Ng01-318G14.g
ACCGA108306GA108307
length1,0671,150
definitionB6Ng01-318G14.b B6Ng01-318G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,804,935 - 113,805,996)(113,933,007 - 113,934,152)
sequence
gaattcttcactccataaattagattctgctccatatgcaataagatgta
aaattctctgcttctcctcagctatagttttatttccttggcttctttca
gcaagaataccattagatcagataaatctaaccatacccttctcccatct
ttgatgtcttccttgactaattttatgtcattggatcccataatgcttcc
tgttctcccgctccatccatggtaattccttggcaagttttatggttacc
ctgacccttgtttatctgttctcttttgtccacagtgatatggagtttga
agactttcactcttgtccactatgaagtttcattgtagcagactccatta
aacaatgatcctgtgtacactttttaaaatatgtatcatgactttaagga
atttgttacctggggctatctgacttgctgttaccttctcttcctgcttg
actgtccatgtttcactttctttctggcatttctccagccaggacattac
atgtcactctgtgtgagcttcaaaccatatctatatctgtgtatttttat
tcgaatatcatctctccagtgtgaaggagtacattgtagaaaattcccaa
ataatcataaaatattatgttggatcaatatagatagagggccttatttt
cttggtgtcttccatctgctggctcttagactctttctggttcctcaaca
gggttctttagttgaggttgagacaaaccaatggaaggaatgaataaata
aagggtaaactgtggagtacagtagagaggaggtaggatgctgctgcaga
ggtgggatgagacttgatcactggagatggaggaatgagggagaggtcaa
gatctgtagttagcctacctgtttcactggctctagtggccttcgggttc
tcaaggagtgcctcatggagttaaaggctggataaattagtagtggtggt
tggtgaggagggccaggagctttaagggtaaaatcccttggagatctact
ggaggtaggcacaggtacaacgtgaagcctctggagaatggtatctacag
ttgctaacagatgagac

gaattcactctgtagccaaggatgtccttcaatagcacaacttcctgcct
tctggtttagtgatatctataaaaatcatgatgattttataaatatataa
atatatatttcatattaagatatataaatatatatatatacttcaaaaga
agttgtcttgatggaaaacttagaattatctctacctcttgtcattcacg
cttacaagttcaaagatgtgaattctttaaaagttttaaaacttaatgcc
ttctgaaggtaaatctctaactgttgctatattaagatctcctaacataa
ataactaagcttcgtcttattgctgggataagacagcatgagaaaggtaa
cttataaaagaatattttattggggtttgaagttccaaagtgatagagtc
tctggccttcagggcagcaaacactgcattggtttattgagcacggtgtt
gaggagtaactgagacctcacatccttatgtaggagataggagaactaac
tggctatggtatgggcttttgaagcctcaaagcactcctgtgatatacag
tctccaaaaggagggcacaccttctaacttttcccaaacagttctcctga
ttgggtaccaagtattcaaaatgctgagcctggagaggccatttttgttt
aaaccacagtaggcttgattggacataaataaaacagaacttggtaaagt
tgttctttcatttaagttatttgtgattctgtgattctttttaatcaatt
tgcccaaagaaatgatcattcccataataattatgacagatcagtccatg
taaagaatttattttgacttcaactttgcatggaatagtgtttatctgtc
ataatataattagggaagcaaaactaaaagccagactccactaagccacc
agcattctgtggcttcattgctcttgttacatatgcattatttcattcac
ttggtagaaagctacaaatagtgtttcttttgatccacagttactatata
actgtaattacaataaactatttgcttctcaatacttaaagaacataatg
atacaagaaaatccatgttttaaattatactagcattttgttactttgga
agtcagagcatcaatcaggtattaaggttggagttatatttttccatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_113804935_113805996
seq2: B6Ng01-318G14.b_46_1112

seq1  GAATTCTTCACTCCATAAATTAGATTCTGCTCCATATGCAATAAGATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACTCCATAAATTAGATTCTGCTCCATATGCAATAAGATGTA  50

seq1  AAATTCTCTGCTTCTCCTCAGCTATAGTTTTATTTCCTTGGCTTCTTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCTGCTTCTCCTCAGCTATAGTTTTATTTCCTTGGCTTCTTTCA  100

seq1  GCAAGAATACCATTAGATCAGATAAATCTAACCATACCCTTCTCCCATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAATACCATTAGATCAGATAAATCTAACCATACCCTTCTCCCATCT  150

seq1  TTGATGTCTTCCTTGACTAATTTTATGTCATTGGATCCCATAATGCTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCTTCCTTGACTAATTTTATGTCATTGGATCCCATAATGCTTCC  200

seq1  TGTTCTCCCGCTCCATCCATGGTAATTCCTTGGCAAGTTTTATGGTTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCCCGCTCCATCCATGGTAATTCCTTGGCAAGTTTTATGGTTACC  250

seq1  CTGACCCTTGTTTATCTGTTCTCTTTTGTCCACAGTGATATGGAGTTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCTTGTTTATCTGTTCTCTTTTGTCCACAGTGATATGGAGTTTGA  300

seq1  AGACTTTCACTCTTGTCCACTATGAAGTTTCATTGTAGCAGACTCCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTCACTCTTGTCCACTATGAAGTTTCATTGTAGCAGACTCCATTA  350

seq1  AACAATGATCCTGTGTACACTTTTTAAAATATGTATCATGACTTTAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGATCCTGTGTACACTTTTTAAAATATGTATCATGACTTTAAGGA  400

seq1  ATTTGTTACCTGGGGCTATCTGACTTGCTGTTACCTTCTCTTCCTGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTACCTGGGGCTATCTGACTTGCTGTTACCTTCTCTTCCTGCTTG  450

seq1  ACTGTCCATGTTTCACTTTCTTTCTGGCATTTCTCCAGCCAGGACATTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCATGTTTCACTTTCTTTCTGGCATTTCTCCAGCCAGGACATTAC  500

seq1  ATGTCACTCTGTGTGAGCTTCAAACCATATCTATATCTGTGTATTTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACTCTGTGTGAGCTTCAAACCATATCTATATCTGTGTATTTTTAT  550

seq1  TCGAATATCATCTCTCCAGTGTGAAGGAGTACATTGTAGAAAATTCCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATATCATCTCTCCAGTGTGAAGGAGTACATTGTAGAAAATTCCCAA  600

seq1  ATAATCATAAAATATTATGTTGGATCAATATAGATAGAGGGCCTTATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCATAAAATATTATGTTGGATCAATATAGATAGAGGGCCTTATTTT  650

seq1  CTTGGTGTCTTCCATCTGCTGGCTCTTAGACTCTTTCTGGTTCCTCAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGTCTTCCATCTGCTGGCTCTTAGACTCTTTCTGGTTCCTCAACA  700

seq1  GGGTTCTTTAGTTGAGGTTGAGACAAACCAATGGAAGGAATGAATAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTTTAGTTGAGGTTGAGACAAACCAATGGAAGGAATGAATAAATA  750

seq1  AAGGGTAAACTGTGGAGTACAGTAGAGAGGAGGTAGGATGCTGCTGCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTAAACTGTGGAGTACAGTAGAGAGGAGGTAGGATGCTGCTGCAGA  800

seq1  GGTGGGATGAGACTTGATCACTGGAGATGGAGGAATGAGGGAGAGGTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGATGAGACTTGATCACTGGAGATGGAGGAATGAGGGAGAGGTCAA  850

seq1  GATCTGTAGTTAGCCTACCTGTTTCACTGGCTCTAGTGGCCTTCGGGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTAGTTAGCCTACCTGTTTCACTGGCTCTAGTGGCCTTCGGGTTC  900

seq1  TCAAGGAGTGCCTCATGGAGTTAAAGGCTGGATAAATTAGTAGTGGTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAGTGCCTCATGGAGTTAAAGGCTGGATAAATTAGTAGTGGTGGT  950

seq1  T-GTGAGGAGGG-CAAGAGCTTTAAAGGGTAAAATCC--TTGAGATCTAC  996
      | |||||||||| || ||||||| |||||||||||||  | |||||||||
seq2  TGGTGAGGAGGGCCAGGAGCTTT-AAGGGTAAAATCCCTTGGAGATCTAC  999

seq1  TGGAGGTAGGCACAGGGTACACCGTGAAGCCTCTGGAG-ATGGTATCTAC  1045
      |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGAGGTAGGCACA-GGTACAACGTGAAGCCTCTGGAGAATGGTATCTAC  1048

seq1  AGTGG--TAGAGATGAGAC  1062
      ||| |   | |||||||||
seq2  AGTTGCTAACAGATGAGAC  1067


seq1: chr14_113933007_113934152
seq2: B6Ng01-318G14.g_64_1213 (reverse)

seq1  CCCATGGAAATAT---ACT-CAAACTTAATA-CTGATTGATGGTTCTTGA  45
      |||||||||| ||   ||| ||| ||||||| ||||||||| | |||   
seq2  CCCATGGAAAAATATAACTCCAACCTTAATACCTGATTGAT-GCTCTGAC  49

seq1  TTTCAAGGTACCAAAATGCTAGTATAATTTAAAACATGGATTTTCTTGTA  95
      || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGTAACAAAATGCTAGTATAATTTAAAACATGGATTTTCTTGTA  99

seq1  TCCTTTATG-TCTTTAAGTAATTGAGAAGCAAATAGTTTATTGTAATTAC  144
      | | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CATTATGTTCTTTAAGT-ATTGAGAAGCAAATAGTTTATTGTAATTAC  147

seq1  AGTTATATAGTAACTGTGGATC-AAAGAAACACTATTTGTAGCTTTCTAC  193
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATATAGTAACTGTGGATCAAAAGAAACACTATTTGTAGCTTTCTAC  197

seq1  CAAGTGAATGAAATAATGCATATGTAACAAGAGCAATGAAGCCACAGAAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGAATGAAATAATGCATATGTAACAAGAGCAATGAAGCCACAGAAT  247

seq1  GCTGGTGGCTTAGTGGAGTCTGGCTTTTAGTTTTGCTTCCCTAATTATAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGGCTTAGTGGAGTCTGGCTTTTAGTTTTGCTTCCCTAATTATAT  297

seq1  TATGACAGATAAACACTATTCCATGCAAAGTTGAAGTCAAAATAAATTCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAGATAAACACTATTCCATGCAAAGTTGAAGTCAAAATAAATTCT  347

seq1  TTACATGGACTGATCTGTCATAATTATTATGGGAATGATCATTTCTTTGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGGACTGATCTGTCATAATTATTATGGGAATGATCATTTCTTTGG  397

seq1  GCAAATTGATTAAAAAGAATCACAGAATCACAAATAACTTAAATGAAAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTGATTAAAAAGAATCACAGAATCACAAATAACTTAAATGAAAGA  447

seq1  ACAACTTTACCAAGTTCTGTTTTATTTATGTCCAATCAAGCCTACTGTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTTACCAAGTTCTGTTTTATTTATGTCCAATCAAGCCTACTGTGG  497

seq1  TTTAAACAAAAATGGCCTCTCCAGGCTCAGCATTTTGAATACTTGGTACC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACAAAAATGGCCTCTCCAGGCTCAGCATTTTGAATACTTGGTACC  547

seq1  CAATCAGGAGAACTGTTTGGGAAAAGTTAGAAGGTGTGCCCTCCTTTTGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGGAGAACTGTTTGGGAAAAGTTAGAAGGTGTGCCCTCCTTTTGG  597

seq1  AGACTGTATATCACAGGAGTGCTTTGAGGCTTCAAAAGCCCATACCATAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTATATCACAGGAGTGCTTTGAGGCTTCAAAAGCCCATACCATAG  647

seq1  CCAGTTAGTTCTCCTATCTCCTACATAAGGATGTGAGGTCTCAGTTACTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTAGTTCTCCTATCTCCTACATAAGGATGTGAGGTCTCAGTTACTC  697

seq1  CTCAACACCGTGCTCAATAAACCAATGCAGTGTTTGCTGCCCTGAAGGCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACACCGTGCTCAATAAACCAATGCAGTGTTTGCTGCCCTGAAGGCC  747

seq1  AGAGACTCTATCACTTTGGAACTTCAAACCCCAATAAAATATTCTTTTAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCTATCACTTTGGAACTTCAAACCCCAATAAAATATTCTTTTAT  797

seq1  AAGTTACCTTTCTCATGCTGTCTTATCCCAGCAATAAGACGAAGCTTAGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACCTTTCTCATGCTGTCTTATCCCAGCAATAAGACGAAGCTTAGT  847

seq1  TATTTATGTTAGGAGATCTTAATATAGCAACAGTTAGAGATTTACCTTCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATGTTAGGAGATCTTAATATAGCAACAGTTAGAGATTTACCTTCA  897

seq1  GAAGGCATTAAGTTTTAAAACTTTTAAAGAATTCACATCTTTGAACTTGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATTAAGTTTTAAAACTTTTAAAGAATTCACATCTTTGAACTTGT  947

seq1  AAGCGTGAATGACAAGAGGTAGAGATAATTCTAAGTTTTCCATCAAGACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTGAATGACAAGAGGTAGAGATAATTCTAAGTTTTCCATCAAGACA  997

seq1  ACTTCTTTTGAAGTATATATATATATTTATATATCTTAATATGAAATATA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTTTGAAGTATATATATATATTTATATATCTTAATATGAAATATA  1047

seq1  TATTTATATATTTATAAAATCATCATGATTTTTATAGATATCACTAAACC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATATTTATAAAATCATCATGATTTTTATAGATATCACTAAACC  1097

seq1  AGAAGGCAGGAAGTTGTGCTATTGAAGGACATCCTTGGCTACAGAGTGAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAGGAAGTTGTGCTATTGAAGGACATCCTTGGCTACAGAGTGAA  1147

seq1  TTC  1146
      |||
seq2  TTC  1150


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |