BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321A12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 49,115,438 - 49,259,571
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6720456H20Rik, 4930572G02Rik
Upstream geneFbxo34, D14Ertd436e, EG625730, LOC100042787, Ktn1, 4930447J18Rik, Map1lc3-ps2, Peli2, EG624367, LOC100041831
Downstream geneOtx2, LOC100041864, LOC666972, Exoc5, 4932432K03Rik, LOC218997, Nat12, 1700011H14Rik, Slc35f4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321A12.bB6Ng01-321A12.g
ACCGA110250GA110251
length1,1251,159
definitionB6Ng01-321A12.b B6Ng01-321A12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,258,443 - 49,259,571)(49,115,438 - 49,116,596)
sequence
gaattcacctttaaccaaggcagagccgagggtcttctacttagcctctt
tatatctgttattgtaggcctcatatcactggacctggctttttctctag
tacaaaaataacactgttaacacaaaatattatcattatagattatataa
tatataaatattatttattgtatatcatctaggcacaggctaattgcact
cctgggaaaaccaccagttttaatagctgcatagttgggtggtagggaga
cacacctttagccccagcacctgggaggcaggtagatctctatgagttcg
aagtcagcctggtctacagagcaagctctagaataaccagagctacacag
agaaactctgtctcaaaaacaaaaaaacaaaaaaatgggctggagagatg
gctcagtggttaagagcactaactactcttccagaggtcctgagttcagt
tcccagcaatcacgtggtggctcacaaccatctgtaatggaatctgatgc
cctcttctggggtgtctgaagaaagcaacatagtactcacactgaaagaa
aaaagacagacagacagacagacagacagacagaggtagcaagcacttat
tgagggctcagtgtcatctctacagatttagaggacacacacgtgacaga
aggaagctgtctctcatggagactccactttcagggtgaaggctcaatgt
cttacctgctgcttggggtttccaacagtttgtcggaactgagcacatgc
acacatacctgggcgcttcatgaatacagagtcagagccagcagggctga
ggaagagatcaacaattcacattttttagcaatacccctacgatgagggt
tccatgcatttcgggaccacgcttagagcattgttgcttttgtagtgttt
gtaacccttggcccagcctagatgtttacagcagtctagcccatgcctgc
tttactccccaccccccaccctaccttctaacaaaaaatattgttcttgg
gcattccctggcaggctgtgctgtgtgctctgatccaccttctattcttt
ctgctgcgaaccattattcatctttcagacagctcagtatcacatcttct
ctgagcttccacccagcctgccccg
gaattcctcttattctgactaggtctctagaaaaaaaaatggaattaaga
tgaaagtgccttagttctgtatagtcagaaactactcttgttaactgaaa
taggattacttggggtggacaattacacttgagaacagacttggcttttc
atggacatgattataagttgatagaagtcgtacagcgggctctgccttct
cctcgagtttctgttagcaccctctaaagaagctgagaggatcctgggcg
agcatggtggtgcacgcctttcctcaggaagcagatgcaggcagcatggt
ccacagagcaagttccaggacagccagagctatgtggagaaaccctgtcc
cagacagacagacagacagacagacagacagacagacagaccactgagct
caaaatctgttctgcttaactgtgtgccttctcagagccaagtgagaaaa
tctgaaacactgtacacatatggagggagaggaaaacatagacttatgtt
ttaattagctgaaaaatctttttattcagcatttgtgaccaaagaaccaa
taacgtgattgatcagtttgcacgaaatcttctggactccatgcctcagg
atgccatcatcctactcagaggagacctgcctggaaacgctctccgttac
ttgcattactgcgagggcttgagaccagatgtttcactggtggatcaaga
agtaagtatatgagagatgtcctcagcacacggcaacttttaaccacatc
gttcttggaggcatatgcctgtggcttgagtctggacaaacagtatgatc
ccatgtagataaacagataagcacttttttaaaaatatggttgggtatgc
ttttcataatcattcttttctgtgggtttctgtggagaaaggaagttgat
gtttgcttttagcagggtctcacagtatagaccaaaggtagcctggagtc
caccatagtccccttgggttcacatgtgctaggattcccaatgtaccacc
aaccatacactctgagagtgataatatcatagttctgtttactttggtga
ctataatttggttcttcctcatttaaatggattttatcaatgttccttca
cctagagtcagaatgtgggttaacaaagacctgtctggaaattgttatgt
ttagccagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_49258443_49259571
seq2: B6Ng01-321A12.b_45_1169 (reverse)

seq1  CGGGGCA-GCTGGGTGGGAAGGCCTCAGAG-AGATGGTGATACTTGAGCT  48
      ||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||| ||||||| ||||||
seq2  CGGGGCAGGCTGGGT-GGAAG--CTCAGAGAAGAT-GTGATAC-TGAGCT  45

seq1  GTCTGGAAAGATGAATAATGGTTTCGCAGGCAGAAAGAATAGAAGGTGGA  98
      |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTCT-GAAAGATGAATAATGG-TTCGCA-GCAGAAAGAATAGAAGGTGGA  92

seq1  TCAGAGCACACAGCACAGCCCTGCCAGGGAATG-CCAAGAACAATA-TTT  146
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  TCAGAGCACACAGCACAG-CCTGCCAGGGAATGCCCAAGAACAATATTTT  141

seq1  TTGTTAGGAGGTAGGGT-GGGGGTGGGGAGTAAAGCAGGCATGGGGCTAG  195
      ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGTTAGAAGGTAGGGTGGGGGGTGGGGAGTAAAGCAGGCAT-GGGCTAG  190

seq1  ACTGCTGTAAACATCTAGGCTGGGCCAAGGGTTACAAACACTACAAAAGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTAAACATCTAGGCTGGGCCAAGGGTTACAAACACTACAAAAGC  240

seq1  AACAATGCTCTAAGCGTGGTCCCGAAATGCATGGAACCCTCATCGTAGGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGCTCTAAGCGTGGTCCCGAAATGCATGGAACCCTCATCGTAGGG  290

seq1  GTATTGCT-AAAAATGTGAATTGTTGATCTCTTCCTCAGCCCTGCTGGCT  344
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGCTAAAAAATGTGAATTGTTGATCTCTTCCTCAGCCCTGCTGGCT  340

seq1  CTGACTCTGTATTCATGAAGCGCCCAGGTATGTGTGCATGTGCTCAGTTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCTGTATTCATGAAGCGCCCAGGTATGTGTGCATGTGCTCAGTTC  390

seq1  CGACAAACTGTTGGAAACCCCAAGCAGCAGGTAAGACATTGAGCCTTCAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAAACTGTTGGAAACCCCAAGCAGCAGGTAAGACATTGAGCCTTCAC  440

seq1  CCTGAAAGTGGAGTCTCCATGAGAGACAGCTTCCTTCTGTCACGTGTGTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAGTGGAGTCTCCATGAGAGACAGCTTCCTTCTGTCACGTGTGTG  490

seq1  TCCTCTAAATCTGTAGAGATGACACTGAGCCCTCAATAAGTGCTTGCTAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAAATCTGTAGAGATGACACTGAGCCCTCAATAAGTGCTTGCTAC  540

seq1  CTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTTTTCTTTCAGTGTGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTTTTCTTTCAGTGTGAG  590

seq1  TACTATGTTGCTTTCTTCAGACACCCCAGAAGAGGGCATCAGATTCCATT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGTTGCTTTCTTCAGACACCCCAGAAGAGGGCATCAGATTCCATT  640

seq1  ACAGATGGTTGTGAGCCACCACGTGATTGCTGGGAACTGAACTCAGGACC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGTTGTGAGCCACCACGTGATTGCTGGGAACTGAACTCAGGACC  690

seq1  TCTGGAAGAGTAGTTAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGAGTAGTTAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCA  740

seq1  TTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGT  790

seq1  TATTCTAGAGCTTGCTCTGTAGACCAGGCTGACTTCGAACTCATAGAGAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTAGAGCTTGCTCTGTAGACCAGGCTGACTTCGAACTCATAGAGAT  840

seq1  CTACCTGCCTCCCAGGTGCTGGGGCTAAAGGTGTGTCTCCCTACCACCCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGCCTCCCAGGTGCTGGGGCTAAAGGTGTGTCTCCCTACCACCCA  890

seq1  ACTATGCAGCTATTAAAACTGGTGGTTTTCCCAGGAGTGCAATTAGCCTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCAGCTATTAAAACTGGTGGTTTTCCCAGGAGTGCAATTAGCCTG  940

seq1  TGCCTAGATGATATACAATAAATAATATTTATATATTATATAATCTATAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGATGATATACAATAAATAATATTTATATATTATATAATCTATAA  990

seq1  TGATAATATTTTGTGTTAACAGTGTTATTTTTGTACTAGAGAAAAAGCCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATATTTTGTGTTAACAGTGTTATTTTTGTACTAGAGAAAAAGCCA  1040

seq1  GGTCCAGTGATATGAGGCCTACAATAACAGATATAAAGAGGCTAAGTAGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGTGATATGAGGCCTACAATAACAGATATAAAGAGGCTAAGTAGA  1090

seq1  AGACCCTCGGCTCTGCCTTGGTTAAAGGTGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTCGGCTCTGCCTTGGTTAAAGGTGAATTC  1125

seq1: chr14_49115438_49116596
seq2: B6Ng01-321A12.g_69_1227

seq1  GAATTCCTCTTATTCTGACTAGGTCTCTAGAAAAAAAAATGGAATTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTATTCTGACTAGGTCTCTAGAAAAAAAAATGGAATTAAGA  50

seq1  TGAAAGTGCCTTAGTTCTGTATAGTCAGAAACTACTCTTGTTAACTGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTGCCTTAGTTCTGTATAGTCAGAAACTACTCTTGTTAACTGAAA  100

seq1  TAGGATTACTTGGGGTGGACAATTACACTTGAGAACAGACTTGGCTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTACTTGGGGTGGACAATTACACTTGAGAACAGACTTGGCTTTTC  150

seq1  ATGGACATGATTATAAGTTGATAGAAGTCGTACAGCGGGCTCTGCCTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACATGATTATAAGTTGATAGAAGTCGTACAGCGGGCTCTGCCTTCT  200

seq1  CCTCGAGTTTCTGTTAGCACCCTCTAAAGAAGCTGAGAGGATCCTGGGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGAGTTTCTGTTAGCACCCTCTAAAGAAGCTGAGAGGATCCTGGGCG  250

seq1  AGCATGGTGGTGCACGCCTTTCCTCAGGAAGCAGATGCAGGCAGCATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGTGGTGCACGCCTTTCCTCAGGAAGCAGATGCAGGCAGCATGGT  300

seq1  CCACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATGTGGAGAAACCCTGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATGTGGAGAAACCCTGTCC  350

seq1  CAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACCACTGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACCACTGAGCT  400

seq1  CAAAATCTGTTCTGCTTAACTGTGTGCCTTCTCAGAGCCAAGTGAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTGTTCTGCTTAACTGTGTGCCTTCTCAGAGCCAAGTGAGAAAA  450

seq1  TCTGAAACACTGTACACATATGGAGGGAGAGGAAAACATAGACTTATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACACTGTACACATATGGAGGGAGAGGAAAACATAGACTTATGTT  500

seq1  TTAATTAGCTGAAAAATCTTTTTATTCAGCATTTGTGACCAAAGAACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAGCTGAAAAATCTTTTTATTCAGCATTTGTGACCAAAGAACCAA  550

seq1  TAACGTGATTGATCAGTTTGCACGAAATCTTCTGGACTCCATGCCTCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGTGATTGATCAGTTTGCACGAAATCTTCTGGACTCCATGCCTCAGG  600

seq1  ATGCCATCATCCTACTCAGAGGAGACCTGCCTGGAAACGCTCTCCGTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATCATCCTACTCAGAGGAGACCTGCCTGGAAACGCTCTCCGTTAC  650

seq1  TTGCATTACTGCGAGGGCTTGAGACCAGATGTTTCACTGGTGGATCAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTACTGCGAGGGCTTGAGACCAGATGTTTCACTGGTGGATCAAGA  700

seq1  AGTAAGTATATGAGAGATGTCCTCAGCACACGGCAACTTTTAACCACATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTATATGAGAGATGTCCTCAGCACACGGCAACTTTTAACCACATC  750

seq1  GTTCTTGGAGGCATATGCCTGTGGCTTGAGTCTGGACAAACAGTATGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGGAGGCATATGCCTGTGGCTTGAGTCTGGACAAACAGTATGATC  800

seq1  CCATGTAGATAAACAGATAAGCACTTTTTTAAAAATATGGTTGGGTATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTAGATAAACAGATAAGCACTTTTTTAAAAATATGGTTGGGTATGC  850

seq1  TTTTCATAATCATTCTTTTCTGTGGGTTTCTGTGGAGAAAGGAAGTTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATAATCATTCTTTTCTGTGGGTTTCTGTGGAGAAAGGAAGTTGAT  900

seq1  GTTTGCTTTTAGCAGGGTCTCACAGTATAGACC-AAGGTAGCCTGGAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTTTAGCAGGGTCTCACAGTATAGACCAAAGGTAGCCTGGAGTC  950

seq1  CACCATAGTCCCCTTGGTTTCACATGTGCTAGGATTCCCAATGTACCACC  999
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATAGTCCCCTTGGGTTCACATGTGCTAGGATTCCCAATGTACCACC  1000

seq1  AACCATACACTCTGAGAGTGGATATATCATAGTTCTGTTTACTTTGGGTT  1049
      ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||  |
seq2  AACCATACACTCTGAGAGTGATAATATCATAGTTCTGTTTACTTTGG--T  1048

seq1  GACTTATAATTTGTTTCTTCCTCATTTAAATGG-TTTTATCAATGTTTCC  1098
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GAC-TATAATTTGGTTCTTCCTCATTTAAATGGATTTTATCAATG-TTCC  1096

seq1  TTCACCTTAGAGTCAAGGAATAGTGGTTA--CAAGACCTG-CTGG--ATT  1143
      |||||| ||||||||  ||||   |||||   |||||||| ||||  |||
seq2  TTCACC-TAGAGTCA--GAATGTGGGTTAACAAAGACCTGTCTGGAAATT  1143

seq1  GTTATGTTTAGCCAGT  1159
      ||||||||||||||||
seq2  GTTATGTTTAGCCAGT  1159