BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322M12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 79,277,981 - 79,428,915
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1300010F03Rik, LOC629709
Upstream geneEpsti1, AU021034, Tnfsf11, LOC219180, Akap11, Dgkh, LOC673649
Downstream geneLOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560, Sugt1, Lect1, Pcdh8, EG629734, Olfm4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322M12.bB6Ng01-322M12.g
ACCGA111536GA111537
length1,1351,115
definitionB6Ng01-322M12.b B6Ng01-322M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,277,981 - 79,279,109)(79,427,791 - 79,428,915)
sequence
gaattcacttgatggtcatggtcattggcaatcatgggttctttaactgc
attatcaactatgttaattctgaggttacacattatagttcatacagttg
tgcaagtgtgtgtgcgtgtctgtgtcagaatggataagaaagggctaagg
aggttacagagttggaactgccggccctgaaagcagagactgagagctcg
gtcataggcaagaaaagtggaggggccagatgagaaactttacacaccgc
aggcacaaacctgttgagagcagagttgtcaaatgcaaggaagaggcggg
ctagaatgacagtttcaagtggtctgtgcgccacagggagaaactgttgg
agtttgggacagaggcgaaggttctttgctgtggctgctgtggttgagcc
tcgtgataagacctaggggaggctctgtgtgctgctatatctcagacttt
gggaggcaggcaggacaggacttcagtaccagaagtgggagttacacctg
gtgtggctcatgttacacctggataagcacgtgtgttggctgttttccga
gagcatttgactgtatctgtgcattcctcatttaacttgagaagtccata
ttttctttgtgtgaatgttcgacctcagtctgtgccatggcggagccaca
cagatggtggctgtttactcacactaacaagatactgagtcactctgcca
caacgtttgctcgcaaagtctagtcagctgcttatgctcattagtttttg
tcaacttgacacaaagtagaatcccctgggaagaggcaacctcaattaag
gaagtgcctccatcagactggcttgtgggcgtgtctgtggagattttact
ttttgtcttttagttacggaccgatgtaggagggtccagctcactgtgga
tgatgggcaggtggtcctgtgttacataagaaagcagactgagcgatcca
cagagaacaagccagtaagcagcattcctttcacagcttctgcttaagtc
cctgccttgaccttcccttagtgatggagtgtgacatccaaagtgtgggc
ctgaaggtagacccttttccccctcttaggctgggtttattggtacaaca
gaaacaaagcagacactggctgtggaaaatggagt
gaattctcatgcacaccagcctttgttgtgtttaaaacttgctcaccaat
ttaaagtgaattggttaataaaaggctagagtctgtgactgggcagtaga
gagagaaaggcaggacttggatccagtgaggggtctcaggagagaccagg
gaaaggaggagaaaggagacagagaagaaaaggccgccatgagaggagat
ggaccgtgagcacttggccaggagaaatggaccctgaggacaagctgaag
gaagagaattagcttggcaaggctcaaaccacaagtaacttggacacaca
cctgggatgtaagttagaatagctcacaacctaggcttgcagcttgtaaa
taacgggctagctaaaacataatgtattttacacaagtgttcttatccca
aaacgtttacttatagggactttgtaattaaatgaaatgacgtactttta
ggctgatccagtaactcaatttctataaatatgtgtgcttcatatggacg
attgttcacaaaaaaggaggtaccaagaatttgctttttgtattcctaga
gctggggactccccttacccacctccctaagcatcatctactcagaaaca
agcagacagcgctcttttttgttgaatggaatgccatgttaacataatat
aaaaatgaagactcctggttaccaggggaagttgcattgctgtagttaca
ggggagggggcactgtgcagagctcctacatctgcagcagaggctcctgc
gtgaccaagcatacaagtccagggcacctgtcccatttggttcaagggtg
gcaattctgcctcatttgctagaaagattgctctggcataaaatcctaca
ccaaaaatagaagcttaaaaacgttattttgtctgagtagaacataagcc
atgttgttctcattttatttggcaagtgttgtgcatggatggacctgttt
ctgcttcctaacggacatgtgtgaaaccctagctagtgcgtcagatactt
aggcaggagggatttttatgcaagtgcaagtagatgatttaataaaggta
aaatatgagaatattctcaaatcacgcctcacctctgtaggtgcctgctt
aaactttgcagttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_79277981_79279109
seq2: B6Ng01-322M12.b_49_1183

seq1  GAATTCACTTGATGGTCATGGTCATTGGCAATCATGGGTTCTTTAACTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGATGGTCATGGTCATTGGCAATCATGGGTTCTTTAACTGC  50

seq1  ATTATCAACTATGTTAATTCTGAGGTTACACATTATAGTTCATACAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAACTATGTTAATTCTGAGGTTACACATTATAGTTCATACAGTTG  100

seq1  TGCAAGTGTGTGTGCGTGTCTGTGTCAGAATGGATAAGAAAGGGCTAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTGTGTGTGCGTGTCTGTGTCAGAATGGATAAGAAAGGGCTAAGG  150

seq1  AGGTTACAGAGTTGGAACTGCCGGCCCTGAAAGCAGAGACTGAGAGCTCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTACAGAGTTGGAACTGCCGGCCCTGAAAGCAGAGACTGAGAGCTCG  200

seq1  GTCATAGGCAAGAAAAGTGGAGGGGCCAGATGAGAAACTTTACACACCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGGCAAGAAAAGTGGAGGGGCCAGATGAGAAACTTTACACACCGC  250

seq1  AGGCACAAACCTGTTGAGAGCAGAGTTGTCAAATGCAAGGAAGAGGCGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAAACCTGTTGAGAGCAGAGTTGTCAAATGCAAGGAAGAGGCGGG  300

seq1  CTAGAATGACAGTTTCAAGTGGTCTGTGCGCCACAGGGAGAAACTGTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATGACAGTTTCAAGTGGTCTGTGCGCCACAGGGAGAAACTGTTGG  350

seq1  AGTTTGGGACAGAGGCGAAGGTTCTTTGCTGTGGCTGCTGTGGTTGAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGGACAGAGGCGAAGGTTCTTTGCTGTGGCTGCTGTGGTTGAGCC  400

seq1  TCGTGATAAGACCTAGGGGAGGCTCTGTGTGCTGCTATATCTCAGACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGATAAGACCTAGGGGAGGCTCTGTGTGCTGCTATATCTCAGACTTT  450

seq1  GGGAGGCAGGCAGGACAGGACTTCAGTACCAGAAGTGGGAGTTACACCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAGGCAGGACAGGACTTCAGTACCAGAAGTGGGAGTTACACCTG  500

seq1  GTGTGGCTCATGTTACACCTGGATAAGCACGTGTGTTGGCTGTTTTCCGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTCATGTTACACCTGGATAAGCACGTGTGTTGGCTGTTTTCCGA  550

seq1  GAGCATTTGACTGTATCTGTGCATTCCTCATTTAACTTGAGAAGTCCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTTGACTGTATCTGTGCATTCCTCATTTAACTTGAGAAGTCCATA  600

seq1  TTTTCTTTGTGTGAATGTTCGACCTCAGTCTGTGCCATGGCGGAGCCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTGTGTGAATGTTCGACCTCAGTCTGTGCCATGGCGGAGCCACA  650

seq1  CAGATGGTGGCTGTTTACTCACACTAACAAGATACTGAGTCACTCTGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTGGCTGTTTACTCACACTAACAAGATACTGAGTCACTCTGCCA  700

seq1  CAACGTTTGCTCGCAAAGTCTAGTCAGCTGCTTATGCTCATTAGTTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTTTGCTCGCAAAGTCTAGTCAGCTGCTTATGCTCATTAGTTTTTG  750

seq1  TCAACTTGACACAAAGTAGAATCCCCTGGGAAGAGGCAACCTCAATTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTGACACAAAGTAGAATCCCCTGGGAAGAGGCAACCTCAATTAAG  800

seq1  GAAGTGCCTCCATCAGACTGGCTTGTGGGCGTGTCTGTGGAGATTTTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCCTCCATCAGACTGGCTTGTGGGCGTGTCTGTGGAGATTTTACT  850

seq1  TTTTGTCTTTTAGTTACGGACCGATGTAGGAGGGTCCAGCTCACTGTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTTTAGTTACGGACCGATGTAGGAGGGTCCAGCTCACTGTGGA  900

seq1  TGATGGGCAGGTGGTCCTGTGTTACATAAGAAAGCAGACTGAGCGATCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGCAGGTGGTCCTGTGTTACATAAGAAAGCAGACTGAGCGATCCA  950

seq1  CAGAGAACAAGCCAGTAAGCAGCATTCC-TTCACAGCTTCTGCTTAAGTT  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  CAGAGAACAAGCCAGTAAGCAGCATTCCTTTCACAGCTTCTGCTTAAGTC  1000

seq1  CCTGCCTTGACCTT-CCTTAGTGATGGAGTGTGACATCC-AAGTGTGGG-  1046
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  CCTGCCTTGACCTTCCCTTAGTGATGGAGTGTGACATCCAAAGTGTGGGC  1050

seq1  CTGAA-GTAGACCCTTT--CCCCTC-TAGGCT-GGTTTATTGGAACAACA  1091
      ||||| |||||||||||  |||||| |||||| |||||||||| ||||||
seq2  CTGAAGGTAGACCCTTTTCCCCCTCTTAGGCTGGGTTTATTGGTACAACA  1100

seq1  GAAAACAAAGCAGGACACT-GCTGTTTGAAAAATGGAGT  1129
      | |||||||||| |||||| ||||  || ||||||||||
seq2  G-AAACAAAGCA-GACACTGGCTG--TGGAAAATGGAGT  1135

seq1: chr14_79427791_79428915
seq2: B6Ng01-322M12.g_68_1182 (reverse)

seq1  CCAACTGCAAGTTTTAAGCAAGGGAAACTACAGGAAGTGAGCGTTGATTT  50
      ||||||||||  ||||||||  || | ||||| || |||||   ||| ||
seq2  CCAACTGCAAAGTTTAAGCA--GGCACCTACA-GAGGTGAGGCGTGA-TT  46

seq1  TGAG-ATA-TCTCAATAATTTTTACCTTTATTAAATCAATCCTACCTTGC  98
      |||| ||| |||| |||  |||||||||||||||||||   ||| |||||
seq2  TGAGAATATTCTC-ATA--TTTTACCTTTATTAAATCA--TCTA-CTTGC  90

seq1  ACCTTGCATAAAATTCCCTCCTGCCTAAGTATCTGACGCACTAGCTAGGG  148
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTTGCATAAAAATCCCTCCTGCCTAAGTATCTGACGCACTAGCTAGGG  139

seq1  TTTCACACATGTCCGTTAGGAAGCAGAAAACAGGTCCATCCATGCACAAC  198
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACACATGTCCGTTAGGAAGCAG-AAACAGGTCCATCCATGCACAAC  188

seq1  ACTTGCCAAATAAAATGAGAACAACATGGCTTATGTTCTACTCAGACAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCAAATAAAATGAGAACAACATGGCTTATGTTCTACTCAGACAAA  238

seq1  ATAACGTTTTTAAGCTTCTATTTTTGGTGTAGGATTTTATGCCAGAGCAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACGTTTTTAAGCTTCTATTTTTGGTGTAGGATTTTATGCCAGAGCAA  288

seq1  TCTTTCTAGCAAATGAGGCAGAATTGCCACCCTTGAACCAAATGGGACAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTAGCAAATGAGGCAGAATTGCCACCCTTGAACCAAATGGGACAG  338

seq1  GTGCCCTGGACTTGTATGCTTGGTCACGCAGGAGCCTCTGCTGCAGATGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGGACTTGTATGCTTGGTCACGCAGGAGCCTCTGCTGCAGATGT  388

seq1  AGGAGCTCTGCACAGTGCCCCCTCCCCTGTAACTACAGCAATGCAACTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTCTGCACAGTGCCCCCTCCCCTGTAACTACAGCAATGCAACTTC  438

seq1  CCCTGGTAACCAGGAGTCTTCATTTTTATATTATGTTAACATGGCATTCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTAACCAGGAGTCTTCATTTTTATATTATGTTAACATGGCATTCC  488

seq1  ATTCAACAAAAAAGAGCGCTGTCTGCTTGTTTCTGAGTAGATGATGCTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACAAAAAAGAGCGCTGTCTGCTTGTTTCTGAGTAGATGATGCTTA  538

seq1  GGGAGGTGGGTAAGGGGAGTCCCCAGCTCTAGGAATACAAAAAGCAAATT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGGGTAAGGGGAGTCCCCAGCTCTAGGAATACAAAAAGCAAATT  588

seq1  CTTGGTACCTCCTTTTTTGTGAACAATCGTCCATATGAAGCACACATATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTACCTCCTTTTTTGTGAACAATCGTCCATATGAAGCACACATATT  638

seq1  TATAGAAATTGAGTTACTGGATCAGCCTAAAAGTACGTCATTTCATTTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAATTGAGTTACTGGATCAGCCTAAAAGTACGTCATTTCATTTAA  688

seq1  TTACAAAGTCCCTATAAGTAAACGTTTTGGGATAAGAACACTTGTGTAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGTCCCTATAAGTAAACGTTTTGGGATAAGAACACTTGTGTAAA  738

seq1  ATACATTATGTTTTAGCTAGCCCGTTATTTACAAGCTGCAAGCCTAGGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTATGTTTTAGCTAGCCCGTTATTTACAAGCTGCAAGCCTAGGTT  788

seq1  GTGAGCTATTCTAACTTACATCCCAGGTGTGTGTCCAAGTTACTTGTGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTATTCTAACTTACATCCCAGGTGTGTGTCCAAGTTACTTGTGGT  838

seq1  TTGAGCCTTGCCAAGCTAATTCTCTTCCTTCAGCTTGTCCTCAGGGTCCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCTTGCCAAGCTAATTCTCTTCCTTCAGCTTGTCCTCAGGGTCCA  888

seq1  TTTCTCCTGGCCAAGTGCTCACGGTCCATCTCCTCTCATGGCGGCCTTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCTGGCCAAGTGCTCACGGTCCATCTCCTCTCATGGCGGCCTTTT  938

seq1  CTTCTCTGTCTCCTTTCTCCTCCTTTCCCTGGTCTCTCCTGAGACCCCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTGTCTCCTTTCTCCTCCTTTCCCTGGTCTCTCCTGAGACCCCTC  988

seq1  ACTGGATCCAAGTCCTGCCTTTCTCTCTCTACTGCCCAGTCACAGACTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATCCAAGTCCTGCCTTTCTCTCTCTACTGCCCAGTCACAGACTCT  1038

seq1  AGCCTTTTATTAACCAATTCACTTTAAATTGGTGAGCAAGTTTTAAACAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTTATTAACCAATTCACTTTAAATTGGTGAGCAAGTTTTAAACAC  1088

seq1  AACAAAGGCTGGTGTGCATGAGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGGCTGGTGTGCATGAGAATTC  1115