BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323L11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 75,888,773 - 76,043,507
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm912, Spert, 4930564B18Rik
Upstream geneHtr2a, LOC668508, Esd, Lrch1, ENSMUSG00000075519, LOC100043169, 5031414D18Rik, 4921509B22Rik, LOC100043176, Lcp1, Cpb2, Zc3h13
Downstream geneCog3, Slc25a30, LOC100043189, Tpt1, LOC100038852, Gtf2f2, LOC668504, Kctd4, 1200011I18Rik, Nufip1, LOC100043752, 2900040C04Rik, Tsc22d1, 2810032E02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323L11.bB6Ng01-323L11.g
ACCGA112225GA112226
length1,012983
definitionB6Ng01-323L11.b B6Ng01-323L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,042,493 - 76,043,507)(75,888,773 - 75,889,748)
sequence
gaattcaggcaatggaatcacatgacactggcacctcagagctagagcaa
gccttggtcacatgatcagtcctgaatctggggcctgctcccccaggctg
ttcttgtttctaggtttgtgtagagaaagtgtgtctttaccccccccccc
ccccagctctcacactgtacctctgcaagtctcacatctgtcggcacatc
tgcctcactcacaggatgcaattccacctcaatgcctggcttactgtgag
ctctcaacagaagtttgtacactgaattaatgagctgcagaagagaggca
tacaggagactgactgcaaatggtttggatgtttcatccacctaaccttc
caatggggtgagtgatgggctcagacagtgaagccaggagtggatgaaga
catcgttgagtgaaccctgggacccctgggcttccctgggattctggaag
caggtgtttagaaaacctgcaggaaacaagggggcagatctcacttccgt
catggggagtcctacagtgttctgcgaatctggaacactgctgtctggaa
ctgtttataagtcctgttatttagctctctggcagggcccttgctggaag
gcagctgcttttcctcttgagggggactactgatggctgcttctgttttg
ctggtctgaatccaccttcaaacatgccagggacaaactctagattccca
aagcttcactaaaccctcatgcaccaattgctgtagcctttacaaacaga
cacccagtgccctgctgagaatattgtctagggcttatttacttatttgc
tttcttttaacaaataggatttcaaatatattggaatttggccgttgaaa
gggggtgactttgagcttgcagtcatcggtacagaacacttgtgaaaagc
caacctttggctttggctctgctccctcttgacccccccccccagctagt
agggggggtgctgtttctcttcaaacctccaaagtgagaggcagggtggg
tggagtgggtgg
gaattctcagatcatgctgtgcctggaatcctcaggaaatgtcaaggagc
cctggttttccccagggtcaagatgtaacaatttcaaatgttaagcagcc
taaagtgctcaggctgttgcagggatagctagggattcctagggattgga
cagtgagcaagtgcagacagacagtcatccctcagtatagcgcattgact
gtaaaccctgtgtatacccaaatccacgggtgcttgtctgtcctacaact
aactgtacaacacatatcctatatacattcttctcaatatttgtagcctc
tgaactatttgtaaaaggtaatgttaaagccttttaaatggttgttactg
ttgtattgagtaatggtagaaattcatgctcattgaaagaccaacagagg
cctacatacaagcttcacctataggcagttaactttgaacatgcagaact
gttgtataaatatatagatatatggatatattggtgttacatgtatgtaa
catggatatattagtgttgctatcccccactgattcatagatcgaggcct
atcctacataataccatgggagtattatgaagtgggtgccccagtggatg
gccccacagctatacatatataataagtgttcactggatcaaggggttgc
taaccaaagaattagaccatgaaattgagaagtatatggcggagctctag
gcgtgatggacagaggtgtggtcgatgtctatgaccaaaatgcattgcat
aaatatatgaaaatttcaaagaataaataaaacattgaagggtgctagct
tgacatgcgcctgctaaagacttgatctttggactagccagttgccctgt
ggaactgtgagaaagaataaccactgtttatgggattccctccgtttaag
tatttgattgttgcgctggaaatggaactaagttacacagatgcacctat
gcacacgctaacgacacgttagtttatagagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_76042493_76043507
seq2: B6Ng01-323L11.b_49_1060 (reverse)

seq1  CCACCCACT-CACCCACCCCTGCCTCTCACTTTTGGGAGGTTTG-AGAGA  48
      ||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||| |||||
seq2  CCACCCACTCCACCCA-CCCTGCCTCTCACTTT--GGAGGTTTGAAGAGA  47

seq1  AACAGCACCCCCCTACCTAGCCTGGGGGGGGGGGGTCAAGAGGGAGCAGA  98
      |||||||||||||   |||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCACCCCCCCTACTAGC--TGGGGGGGGGGGTCAAGAGGGAGCAGA  95

seq1  GCCAAAGCCAAAGGTTGGCTTTTCACAAGTGTTCTGTACCGATGACTGCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGCCAAAGGTTGGCTTTTCACAAGTGTTCTGTACCGATGACTGCA  145

seq1  AGCTCAAAGTCACCCCCTTTCAACGGCCAAATTCCAATATATTTGAAATC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAGTCACCCCCTTTCAACGGCCAAATTCCAATATATTTGAAATC  195

seq1  CTATTTGTTAAAAGAAAGCAAATAAGTAAATAAGCCCTAGACAATATTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGTTAAAAGAAAGCAAATAAGTAAATAAGCCCTAGACAATATTCT  245

seq1  CAGCAGGGCACTGGGTGTCTGTTTGTAAAGGCTACAGCAATTGGTGCATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGGCACTGGGTGTCTGTTTGTAAAGGCTACAGCAATTGGTGCATG  295

seq1  AGGGTTTAGTGAAGCTTTGGGAATCTAGAGTTTGTCCCTGGCATGTTTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTAGTGAAGCTTTGGGAATCTAGAGTTTGTCCCTGGCATGTTTGA  345

seq1  AGGTGGATTCAGACCAGCAAAACAGAAGCAGCCATCAGTAGTCCCCCTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGATTCAGACCAGCAAAACAGAAGCAGCCATCAGTAGTCCCCCTCA  395

seq1  AGAGGAAAAGCAGCTGCCTTCCAGCAAGGGCCCTGCCAGAGAGCTAAATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAAAGCAGCTGCCTTCCAGCAAGGGCCCTGCCAGAGAGCTAAATA  445

seq1  ACAGGACTTATAAACAGTTCCAGACAGCAGTGTTCCAGATTCGCAGAACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTTATAAACAGTTCCAGACAGCAGTGTTCCAGATTCGCAGAACA  495

seq1  CTGTAGGACTCCCCATGACGGAAGTGAGATCTGCCCCCTTGTTTCCTGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGACTCCCCATGACGGAAGTGAGATCTGCCCCCTTGTTTCCTGCA  545

seq1  GGTTTTCTAAACACCTGCTTCCAGAATCCCAGGGAAGCCCAGGGGTCCCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCTAAACACCTGCTTCCAGAATCCCAGGGAAGCCCAGGGGTCCCA  595

seq1  GGGTTCACTCAACGATGTCTTCATCCACTCCTGGCTTCACTGTCTGAGCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCACTCAACGATGTCTTCATCCACTCCTGGCTTCACTGTCTGAGCC  645

seq1  CATCACTCACCCCATTGGAAGGTTAGGTGGATGAAACATCCAAACCATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTCACCCCATTGGAAGGTTAGGTGGATGAAACATCCAAACCATTT  695

seq1  GCAGTCAGTCTCCTGTATGCCTCTCTTCTGCAGCTCATTAATTCAGTGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAGTCTCCTGTATGCCTCTCTTCTGCAGCTCATTAATTCAGTGTA  745

seq1  CAAACTTCTGTTGAGAGCTCACAGTAAGCCAGGCATTGAGGTGGAATTGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTCTGTTGAGAGCTCACAGTAAGCCAGGCATTGAGGTGGAATTGC  795

seq1  ATCCTGTGAGTGAGGCAGATGTGCCGACAGATGTGAGACTTGCAGAGGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGAGTGAGGCAGATGTGCCGACAGATGTGAGACTTGCAGAGGTA  845

seq1  CAGTGTGAGAGCTGGGGGGGGGGGGGGGTAAAGACACACTTTCTCTACAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGAGAGCTGGGGGGGGGGGGGGGTAAAGACACACTTTCTCTACAC  895

seq1  AAACCTAGAAACAAGAACAGCCTGGGGGAGCAGGCCCCAGATTCAGGACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAGAAACAAGAACAGCCTGGGGGAGCAGGCCCCAGATTCAGGACT  945

seq1  GATCATGTGACCAAGGCTTGCTCTAGCTCTGAGGTGCCAGTGTCATGTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGTGACCAAGGCTTGCTCTAGCTCTGAGGTGCCAGTGTCATGTGA  995

seq1  TTCCATTGCCTGAATTC  1015
      |||||||||||||||||
seq2  TTCCATTGCCTGAATTC  1012

seq1: chr14_75888773_75889748
seq2: B6Ng01-323L11.g_66_1048

seq1  GAATTCTCAGATCATGCTGTGCCTGGAATCCTCAGGAAATGTCAAGGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGATCATGCTGTGCCTGGAATCCTCAGGAAATGTCAAGGAGC  50

seq1  CCTGGTTTTCCCCAGGGTCAAGATGTAACAATTTCAAATGTTAAGCAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTTTCCCCAGGGTCAAGATGTAACAATTTCAAATGTTAAGCAGCC  100

seq1  TAAAGTGCTCAGGCTGTTGCAGGGATAGCTAGGGATTCCTAGGGATTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGCTCAGGCTGTTGCAGGGATAGCTAGGGATTCCTAGGGATTGGA  150

seq1  CAGTGAGCAAGTGCAGACAGACAGTCATCCCTCAGTATAGCGCATTGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCAAGTGCAGACAGACAGTCATCCCTCAGTATAGCGCATTGACT  200

seq1  GTAAACCCTGTGTATACCCAAATCCACGGGTGCTTGTCTGTCCTACAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCCTGTGTATACCCAAATCCACGGGTGCTTGTCTGTCCTACAACT  250

seq1  AACTGTACAACACATATCCTATATACATTCTTCTCAATATTTGTAGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTACAACACATATCCTATATACATTCTTCTCAATATTTGTAGCCTC  300

seq1  TGAACTATTTGTAAAAGGTAATGTTAAAGCCTTTTAAATGGTTGTTACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTATTTGTAAAAGGTAATGTTAAAGCCTTTTAAATGGTTGTTACTG  350

seq1  TTGTATTGAGTAATGGTAGAAATTCATGCTCATTGAAAGACCAACAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTGAGTAATGGTAGAAATTCATGCTCATTGAAAGACCAACAGAGG  400

seq1  CCTACATACAAGCTTCACCTATAGGCAGTTAACTTTGAACATGCAGAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATACAAGCTTCACCTATAGGCAGTTAACTTTGAACATGCAGAACT  450

seq1  GTTGTATAAATATATAGATATATGGATATATTGGTGTTACATGTATGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATAAATATATAGATATATGGATATATTGGTGTTACATGTATGTAA  500

seq1  CATGGATATATTAGTGTTGCTATCCCCCACTGATTCATAGATCGAGGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATATATTAGTGTTGCTATCCCCCACTGATTCATAGATCGAGGCCT  550

seq1  ATCCTACATAATACCATGGGAGTATTATGAAGTGGGTGCCCCAGTGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACATAATACCATGGGAGTATTATGAAGTGGGTGCCCCAGTGGATG  600

seq1  GCCCCACAGCTATACATATATAATAAGTGTTCACTGGATCAAGGGGTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCACAGCTATACATATATAATAAGTGTTCACTGGATCAAGGGGTTGC  650

seq1  TAACCAAAGAATTAGACCATGAAATTGAGAAGTATATGGCGGAGCTCTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAAGAATTAGACCATGAAATTGAGAAGTATATGGCGGAGCTCTAG  700

seq1  GCGTGATGGACAGAGGTGTGGTCGATGTCTATGACCAAAATGCATTGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGATGGACAGAGGTGTGGTCGATGTCTATGACCAAAATGCATTGCAT  750

seq1  AAATATATGAAAATTTCAAAGAATAAATAAAACATTGAAGGGTGCTAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATGAAAATTTCAAAGAATAAATAAAACATTGAAGGGTGCTAGCT  800

seq1  TGACATGCG-CTGCTAAAGACTTGATC-TTGGACTAGCCAGTTG-CCTGT  847
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  TGACATGCGCCTGCTAAAGACTTGATCTTTGGACTAGCCAGTTGCCCTGT  850

seq1  GGAACTGTGAGAAAGAATAACCACTGTTTAT-GGATT-CCTCCGTTTAAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| 
seq2  GGAACTGTGAGAAAGAATAACCACTGTTTATGGGATTCCCTCCGTTTAA-  899

seq1  GTATTTGATTGTTGCGGCTGG-AATGG-ACTAAGTCACACAGATGCACAT  943
      ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |
seq2  GTATTTGATTGTTGC-GCTGGAAATGGAACTAAGTTACACAGATGCACCT  948

seq1  ATGCACACGCTACAGACACGGGTAGT---TAGAGAG  976
      ||||||||||||  ||||| | ||||   |||||||
seq2  ATGCACACGCTAACGACAC-GTTAGTTTATAGAGAG  983