BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330I02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,991,724 - 24,102,166
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700112E06Rik, EG435392, LOC665068
Downstream geneKcnma1, LOC620499, Dlg5, LOC100039335
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330I02.bB6Ng01-330I02.g
ACCGA117149GA117150
length4511,112
definitionB6Ng01-330I02.b B6Ng01-330I02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,101,716 - 24,102,166)(23,991,724 - 23,992,843)
sequence
gaattcataacaacaataaaaatgtcagaggttaggataatctttttgga
aaaaaatacagtcatgtaacagctatgttactatctataagtaattagaa
aaataaaaagacaatgggattaagaatagtgtgaaaaactcatctgaggg
aagagaaactgacatatacatgataaccctacaaacactgtgtctatgta
ggtatttatgtaaacaaattacaactgggaagggaccatattacatattc
ccaagtttccatgaattacagtattttatgaataactttctgtgctcaca
atgtaggctccatatgctatttccactaaaagaaattaggaattggggaa
gcaggtgacttctggtctgagaaagataatcagaggatgagtatggaatg
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
t

gaattccttccaccactcacagctgtgcagttcactgaacagaagtggga
gctcagccctctggtgaagaccatctcatctgccttatgacaagtctaca
tagactggctgagaggacttgagagatacttgattttgttttcaactctt
ttccaggagtatttatatggagatgttagtcactttttacataaatacat
ttattgaaacatccttctctcactaaacaatgattgagagtttattgaac
attgagaatttgggatatagagataaatcattggagtattccctcttctt
acaagtagggtagagcatcctaaatggaacaagtgtccatcaaactatta
tcaagcaccatcctggagattatgaaggaagtatgcatgagctctcacac
aatggtgtctcaaatgtaggaagatgggaagaccagccatgcgtgggtca
tgaggggttacattgcaaagaaattattaataacaatagaatcaagtaaa
agttatatgtagctgcatagattcttacccaggacttttctaaacttgaa
ttctatggtccacattggtggtttttcacccagcctctttgttccctgaa
atgattctgagacagaattattatgaataaatgttcaggccacaagcttg
ggcttattccttaactagcttgtaactcaattaacccattttaatgtctt
ccatgtgtttagttacctctcctcagttttatgtgtctgacttctaaaga
gtctgggacaaatctctcatgccagactctttccaacaatttctctcttt
ctctgctcaatgccccacattccagtcctcccttatctcattggccatag
gcttttatgttggcatatgatacttctatccaaaatataagagattctct
ttacagttatatttaattattttggttgttgttttgtttagagacatgat
atgtagtccatgttaacctggaacttgctatatagaacaggatagctcaa
actgtagagatgcactgactctgccctacaatgctagaattaagtgttgg
tactgtgatttgagaacaccttaaaccatttcagtagtaaactctcttcc
caaggaagggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_24101716_24102166
seq2: B6Ng01-330I02.b_48_498 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  50

seq1  ACATTCCATACTCATCCTCTGATTATCTTTCTCAGACCAGAAGTCACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCATACTCATCCTCTGATTATCTTTCTCAGACCAGAAGTCACCTG  100

seq1  CTTCCCCAATTCCTAATTTCTTTTAGTGGAAATAGCATATGGAGCCTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAATTCCTAATTTCTTTTAGTGGAAATAGCATATGGAGCCTACA  150

seq1  TTGTGAGCACAGAAAGTTATTCATAAAATACTGTAATTCATGGAAACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGCACAGAAAGTTATTCATAAAATACTGTAATTCATGGAAACTTG  200

seq1  GGAATATGTAATATGGTCCCTTCCCAGTTGTAATTTGTTTACATAAATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATGTAATATGGTCCCTTCCCAGTTGTAATTTGTTTACATAAATAC  250

seq1  CTACATAGACACAGTGTTTGTAGGGTTATCATGTATATGTCAGTTTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATAGACACAGTGTTTGTAGGGTTATCATGTATATGTCAGTTTCTCT  300

seq1  TCCCTCAGATGAGTTTTTCACACTATTCTTAATCCCATTGTCTTTTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAGATGAGTTTTTCACACTATTCTTAATCCCATTGTCTTTTTATT  350

seq1  TTTCTAATTACTTATAGATAGTAACATAGCTGTTACATGACTGTATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATTACTTATAGATAGTAACATAGCTGTTACATGACTGTATTTTT  400

seq1  TTCCAAAAAGATTATCCTAACCTCTGACATTTTTATTGTTGTTATGAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAAAGATTATCCTAACCTCTGACATTTTTATTGTTGTTATGAATT  450

seq1  C  451
      |
seq2  C  451


seq1: chr14_23991724_23992843
seq2: B6Ng01-330I02.g_66_1177

seq1  GAATTCCTTCCACCACTCACAGCTGTGCAGTTCACTGAACAGAAGTGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCCACCACTCACAGCTGTGCAGTTCACTGAACAGAAGTGGGA  50

seq1  GCTCAGCCCTCTGGTGAAGACCATCTCATCTGCCTTATGACAAGTCTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCCCTCTGGTGAAGACCATCTCATCTGCCTTATGACAAGTCTACA  100

seq1  TAGACTGGCTGAGAGGACTTGAGAGATACTTGATTTTGTTTTCAACTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGGCTGAGAGGACTTGAGAGATACTTGATTTTGTTTTCAACTCTT  150

seq1  TTCCAGGAGTATTTATATGGAGATGTTAGTCACTTTTTACATAAATACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGAGTATTTATATGGAGATGTTAGTCACTTTTTACATAAATACAT  200

seq1  TTATTGAAACATCCTTCTCTCACTAAACAATGATTGAGAGTTTATTGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAAACATCCTTCTCTCACTAAACAATGATTGAGAGTTTATTGAAC  250

seq1  ATTGAGAATTTGGGATATAGAGATAAATCATTGGAGTATTCCCTCTTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGAATTTGGGATATAGAGATAAATCATTGGAGTATTCCCTCTTCTT  300

seq1  ACAAGTAGGGTAGAGCATCCTAAATGGAACAAGTGTCCATCAAACTATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTAGGGTAGAGCATCCTAAATGGAACAAGTGTCCATCAAACTATTA  350

seq1  TCAAGCACCATCCTGGAGATTATGAAGGAAGTATGCATGAGCTCTCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCACCATCCTGGAGATTATGAAGGAAGTATGCATGAGCTCTCACAC  400

seq1  AATGGTGTCTCAAATGTAGGAAGATGGGAAGACCAGCCATGCGTGGGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGTCTCAAATGTAGGAAGATGGGAAGACCAGCCATGCGTGGGTCA  450

seq1  TGAGGGGTTACATTGCAAAGAAATTATTAATAACAATAGAATCAAGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGTTACATTGCAAAGAAATTATTAATAACAATAGAATCAAGTAAA  500

seq1  AGTTATATGTAGCTGCATAGATTCTTACCCAGGACTTTTCTAAACTTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATATGTAGCTGCATAGATTCTTACCCAGGACTTTTCTAAACTTGAA  550

seq1  TTCTATGGTCCACATTGGTGGTTTTTCACCCAGCCTCTTTGTTCCCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGGTCCACATTGGTGGTTTTTCACCCAGCCTCTTTGTTCCCTGAA  600

seq1  ATGATTCTGAGACAGAATTATTATGAATAAATGTTCAGGCCACAAGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCTGAGACAGAATTATTATGAATAAATGTTCAGGCCACAAGCTTG  650

seq1  GGCTTATTCCTTAACTAGCTTGTAACTCAATTAACCCATTTTAATGTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATTCCTTAACTAGCTTGTAACTCAATTAACCCATTTTAATGTCTT  700

seq1  CCATGTGTTTAGTTACCTCTCCTCAGTTTTATGTGTCTGACTTCTAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGTTTAGTTACCTCTCCTCAGTTTTATGTGTCTGACTTCTAAAGA  750

seq1  GTCTGGGACAAATCTCTCATGCCAGACTCTTTCCAACAATTTCTCTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGGACAAATCTCTCATGCCAGACTCTTTCCAACAATTTCTCTCTTT  800

seq1  CTCTGCTCAATGCCCCACATTCCAGTCCTCCCTTATCTCATTGGCCATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTCAATGCCCCACATTCCAGTCCTCCCTTATCTCATTGGCCATAG  850

seq1  GCTTTTATGTTGGCATATGATACTTCTATCCAAAATATAAGAGATTCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTATGTTGGCATATGATACTTCTATCCAAAATATAAGAGATTCTCT  900

seq1  TTACAGTTATATTTAATTATTTT-GTTGTTGTTTTGTTTAGAGACATGAT  949
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTTATATTTAATTATTTTGGTTGTTGTTTTGTTTAGAGACATGAT  950

seq1  ATGTAGTCCATGTTAACCTGGAACTTGCTATATAGAACAAGATAGCTTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  ATGTAGTCCATGTTAACCTGGAACTTGCTATATAGAACAGGATAGC-TCA  999

seq1  AACTTGTAGAGATGCACCTGACTCTGCCCTACAAATGCTAGAATTAAAGG  1049
      ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |
seq2  AAC-TGTAGAGATGCA-CTGACTCTGCCCTAC-AATGCTAGAATTAA--G  1044

seq1  TGTTGTTACTGTGATTTGAGAACAACTTTAAACATTTTCAGTAGTAAACT  1099
      ||||| ||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||
seq2  TGTTGGTACTGTGATTTGAGAAC-ACCTTAAACCATTTCAGTAGTAAACT  1093

seq1  CTCCTTTCCCAAGGGAGGGGA  1120
      |||  ||||||||| ||||||
seq2  CTC--TTCCCAAGGAAGGGGA  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |