BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346B08
Chromosome14 (Build37)
Map Location 64,185,208 - 64,294,795
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG629059, E130113E03Rik, Ints6, LOC100042969, LOC668263, Wdfy2, LOC668268, EG432867, EG654465, EG654458, 2410125J01Rik, Defb42, LOC100042978, Ctsb, Fdft1, Neil2, Gata4, LOC100042988, LOC432868, Blk, LOC668293, BC065085, Tdh, Mtmr9
Downstream geneXkr6, LOC668306, 2610028A01Rik, Sox7, 4930578I06Rik, Rp1l1, 4933401F05Rik, 1700007N14Rik, 1700049K14Rik, Msra, Kif13b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346B08.bB6Ng01-346B08.g
ACCGA128087GA128088
length1,1721,101
definitionB6Ng01-346B08.b B6Ng01-346B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,185,208 - 64,186,392)(64,293,671 - 64,294,795)
sequence
gaattcatcgtggttgggaatcacccaacagtaagcatcaaaggcagaga
ctgttggctggaacaggaaacggagagctcacatcctaaattacaagcag
taaacaagaggggacaaactagtaatggtttgagaattttaatgtcaaag
ttcagccccagtgttggactttctcctgtaaggccgtactaactaaacct
ctcaaacagcgccacaaaataggagctaagtatttaaatacaaaacaata
agggatatttttcacccaaaccactacagccagcctctctcagttggcat
ctctccttacactttcgcttcttttatgtctcaacacatcccaatagaca
tggcaatggtcttcaggaccagccatagcagtccctttgaaagaacactg
gtaagatatctcatcaatgcagcacagctatgcagaatcagattatctac
gttagtgttttagttacatggacatcttgacactctgcagaggaaatgtt
agtcaaggcgagggctagaggacagcagaacagggcgtgcacacgcagga
gctgacccaggttctgaaggctttccaacatcctgtaagacactgcctaa
ggcaagctgtggtgggactctggcatcagaggctgctgctgtgacatcca
tgtcacaaccaagaactgttttgacactacactgattgaaggtctagctg
attgaaagaataccctgcttgcttatttcctctataatctatattttggg
ttgacatcttgcttttcaagaatttttctttttcctatcgtgtgtaagtc
attgggctctattcgtgaacactaagttttatctctctatccaactgctt
cttcagtcttggtttctgtattagtcatggttctctaaaggaacagaatt
tatagtacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacga
gattaaaatggtttacaggctgaggtcagctactcaacaatggctgcctt
taacagaaggtcgggctggagagatggctcagtggttagagcactgactg
ctcttcagaaggttctgagtcaaatcccagcatcacatggtgctcacagc
cacccgtaacagatctgatgctctttcttgtgtggtgtctgaagacaact
acagtacttatttaataaataa
gaattcaacaaaaggaaacaaaattgaaagttggtcacctctagaggtaa
gtctggttacgatgcctcctgtttaggacacaaagcagagaccagaaggg
gcagatgagccaatccccatgtgagacatcaccagactctgctctgttct
gctcaggtataaatgtgtgggggcccagctgtctttgcggtgtgtctgtg
tgtggacctgcatggttctgttacttttgttggttggagaaacagatcta
aaactgaaaggtgggtgagccatctgcacagattccactgtccccaagat
ggctaccaacttcccacaggctcagaggccacaccaggctatccacccaa
gtcacacatccctttcagagacagctgctgctattgctatggtgacaata
gtagcagctctgagcagcaatagtggttggtggctgtcacaacccaagga
agttttgcaggtgggaacagatgtgatacacttcttccataaaaagcaaa
caaaccacctctgagccttctgtgagatggattgctggactgaccatctt
ttggagttggtggcccagaggtgatttaagctatctagaacatagcaact
gggaaaccccaaccacccaggccactttctgtgtactgaccagtggcttt
atatattgtaagataactccaccaccacaattccttaagtcctgtgtcct
ctggttggtgaccttagccaggtcagccagaggaacccgaaacctccacc
tagtccccaaccccagtccctgagctcctgttcctgctccttgtgtggaa
gtgggaaggagcccagtctccatctaagtggagtgtgcacagggaggagg
aaactgttcctgagccaagtgctccctttgttccctctcctacctgctct
aaccacctggttgcacctagggaaggggtaaatagttccccagatcagcc
cagaggaaaagacaagttcactcttctcttcatagttatgtctctttcat
catgatcatgagaactcagagcacattctctgaaaagatgagagtcagca
gtttgctggagcaagggagcctcatcactgctgacagtctgctgatagag
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_64185208_64186392
seq2: B6Ng01-346B08.b_46_1217

seq1  GAATTCATCGTGGTTGGGAATCACCCAACAGTAAGCATCAAAGGCAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCGTGGTTGGGAATCACCCAACAGTAAGCATCAAAGGCAGAGA  50

seq1  CTGTTGGCTGGAACAGGAAACGGAGAGCTCACATCCTAAATTACAAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGCTGGAACAGGAAACGGAGAGCTCACATCCTAAATTACAAGCAG  100

seq1  TAAACAAGAGGGGACAAACTAGTAATGGTTTGAGAATTTTAATGTCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAGAGGGGACAAACTAGTAATGGTTTGAGAATTTTAATGTCAAAG  150

seq1  TTCAGCCCCAGTGTTGGACTTTCTCCTGTAAGGCCGTACTAACTAAACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCCCAGTGTTGGACTTTCTCCTGTAAGGCCGTACTAACTAAACCT  200

seq1  CTCAAACAGCGCCACAAAATAGGAGCTAAGTATTTAAATACAAAACAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACAGCGCCACAAAATAGGAGCTAAGTATTTAAATACAAAACAATA  250

seq1  AGGGATATTTTTCACCCAAACCACTACAGCCAGCCTCTCTCAGTTGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATATTTTTCACCCAAACCACTACAGCCAGCCTCTCTCAGTTGGCAT  300

seq1  CTCTCCTTACACTTTCGCTTCTTTTATGTCTCAACACATCCCAATAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTTACACTTTCGCTTCTTTTATGTCTCAACACATCCCAATAGACA  350

seq1  TGGCAATGGTCTTCAGGACCAGCCATAGCAGTCCCTTTGAAAGAACACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATGGTCTTCAGGACCAGCCATAGCAGTCCCTTTGAAAGAACACTG  400

seq1  GTAAGATATCTCATCAATGCAGCACAGCTATGCAGAATCAGATTATCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGATATCTCATCAATGCAGCACAGCTATGCAGAATCAGATTATCTAC  450

seq1  GTTAGTGTTTTAGTTACATGGACATCTTGACACTCTGCAGAGGAAATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTTTTAGTTACATGGACATCTTGACACTCTGCAGAGGAAATGTT  500

seq1  AGTCAAGGCGAGGGCTAGAGGACAGCAGAACAGGGCGTGCACACGCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGGCGAGGGCTAGAGGACAGCAGAACAGGGCGTGCACACGCAGGA  550

seq1  GCTGACCCAGGTTCTGAAGGCTTTCCAACATCCTGTAAGACACTGCCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCCAGGTTCTGAAGGCTTTCCAACATCCTGTAAGACACTGCCTAA  600

seq1  GGCAAGCTGTGGTGGGACTCTGGCATCAGAGGCTGCTGCTGTGACATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCTGTGGTGGGACTCTGGCATCAGAGGCTGCTGCTGTGACATCCA  650

seq1  TGTCACAACCAAGAACTGTTTTGACACTACACTGATTGAAGGTCTAGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAACCAAGAACTGTTTTGACACTACACTGATTGAAGGTCTAGCTG  700

seq1  ATTGAAAGAATACCCTGCTTGCTTATTTCCTCTATAATCTATATTTTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAGAATACCCTGCTTGCTTATTTCCTCTATAATCTATATTTTGGG  750

seq1  TTGACATCTTGCTTTTCAAGAATTTTTCTTTTTCCTATCGTGTGTAAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATCTTGCTTTTCAAGAATTTTTCTTTTTCCTATCGTGTGTAAGTC  800

seq1  ATTGGGCTCTATTCGTGAACACTAAGTTTTATCTCTCTATCCAACTGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGCTCTATTCGTGAACACTAAGTTTTATCTCTCTATCCAACTGCTT  850

seq1  CTTCAGTCTTGGTTTCTGTATTAGTCATGGTTCTCTAAAGGAACAGAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTCTTGGTTTCTGTATTAGTCATGGTTCTCTAAAGGAACAGAATT  900

seq1  TATAGTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGA  950

seq1  GATTAAAAATGGTTTACAGGCTGAGGTCCAGCTACTCCAACAATGGCTGC  1000
      |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  GATT-AAAATGGTTTACAGGCTGAGGT-CAGCTACT-CAACAATGGCTGC  997

seq1  CTTTAAACAGAAGGGTCGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCA  1050
      |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTT-AACAGAA-GGTC-GGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTT-AGAGCA  1043

seq1  CTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCATCCACATGGT  1100
      |||||||||||||   |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGACTGCTCTTCAGAAGGTTCTGAG-TCAAATCCCAGCAT-CACATGGT  1091

seq1  GGCTCACAGCCACCCGTAACAAGATCTGATGCCC--TCTTCTGGTGTGTC  1148
       ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||  |||||
seq2  -GCTCACAGCCACCCGTAAC-AGATCTGATGCTCTTTCTTGTGTGGTGTC  1139

seq1  TGAAGACAACTACAGTGTACTTATATATAATAAATAA  1185
      ||||||||||||||  |||||  ||| ||||||||||
seq2  TGAAGACAACTACA--GTACT--TATTTAATAAATAA  1172

seq1: chr14_64293671_64294795
seq2: B6Ng01-346B08.g_68_1168 (reverse)

seq1  GCTCTATCCAGGCAGGACTGTCCAGCAGTGATGA-GCTCCC-TGCTCCAG  48
      ||||||||   ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GCTCTATC--AGCA-GACTGT-CAGCAGTGATGAGGCTCCCTTGCTCCAG  46

seq1  CAAACCTGGCTTGACTTCTCTATTCTTTTCAGAGAATGGTGGCTTCTGAG  98
      |||| |||   |||   ||||  |||||||||||||| |||   ||||||
seq2  CAAA-CTG--CTGA---CTCTCATCTTTTCAGAGAAT-GTG--CTCTGAG  87

seq1  TTTCTCATTGATCATTGATTGAAAAGGAGACATAAACTATGAAAGAGAAA  148
       |||||| |||||| ||| |||||  ||||||| ||||||| ||||||| 
seq2  -TTCTCA-TGATCA-TGA-TGAAA--GAGACAT-AACTATG-AAGAGAA-  128

seq1  GGAGTTGAACTTTGTCTTTTCCTCTGGGCTTGATCTGGGGAACTATTTAC  198
       ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -GAG-TGAAC-TTGTCTTTTCCTCTGGGC-TGATCTGGGGAACTATTTAC  174

seq1  CCCTTCCCTAGGTGCAACCAGGTGGTTAGAGCAGGTAGGAGAGGGAACAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCTAGGTGCAACCAGGTGGTTAGAGCAGGTAGGAGAGGGAACAA  224

seq1  AGGGAGCACTTGGCTCAGGAACAGTTTCCTCCTCCCTGTGCACACTCCAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCACTTGGCTCAGGAACAGTTTCCTCCTCCCTGTGCACACTCCAC  274

seq1  TTAGATGGAGACTGGGCTCCTTCCCACTTCCACACAAGGAGCAGGAACAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGGAGACTGGGCTCCTTCCCACTTCCACACAAGGAGCAGGAACAG  324

seq1  GAGCTCAGGGACTGGGGTTGGGGACTAGGTGGAGGTTTCGGGTTCCTCTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCAGGGACTGGGGTTGGGGACTAGGTGGAGGTTTCGGGTTCCTCTG  374

seq1  GCTGACCTGGCTAAGGTCACCAACCAGAGGACACAGGACTTAAGGAATTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCTGGCTAAGGTCACCAACCAGAGGACACAGGACTTAAGGAATTG  424

seq1  TGGTGGTGGAGTTATCTTACAATATATAAAGCCACTGGTCAGTACACAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTGGAGTTATCTTACAATATATAAAGCCACTGGTCAGTACACAGA  474

seq1  AAGTGGCCTGGGTGGTTGGGGTTTCCCAGTTGCTATGTTCTAGATAGCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCCTGGGTGGTTGGGGTTTCCCAGTTGCTATGTTCTAGATAGCTT  524

seq1  AAATCACCTCTGGGCCACCAACTCCAAAAGATGGTCAGTCCAGCAATCCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACCTCTGGGCCACCAACTCCAAAAGATGGTCAGTCCAGCAATCCA  574

seq1  TCTCACAGAAGGCTCAGAGGTGGTTTGTTTGCTTTTTATGGAAGAAGTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGAAGGCTCAGAGGTGGTTTGTTTGCTTTTTATGGAAGAAGTGT  624

seq1  ATCACATCTGTTCCCACCTGCAAAACTTCCTTGGGTTGTGACAGCCACCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATCTGTTCCCACCTGCAAAACTTCCTTGGGTTGTGACAGCCACCA  674

seq1  ACCACTATTGCTGCTCAGAGCTGCTACTATTGTCACCATAGCAATAGCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTATTGCTGCTCAGAGCTGCTACTATTGTCACCATAGCAATAGCAG  724

seq1  CAGCTGTCTCTGAAAGGGATGTGTGACTTGGGTGGATAGCCTGGTGTGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTCTCTGAAAGGGATGTGTGACTTGGGTGGATAGCCTGGTGTGGC  774

seq1  CTCTGAGCCTGTGGGAAGTTGGTAGCCATCTTGGGGACAGTGGAATCTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCCTGTGGGAAGTTGGTAGCCATCTTGGGGACAGTGGAATCTGT  824

seq1  GCAGATGGCTCACCCACCTTTCAGTTTTAGATCTGTTTCTCCAACCAACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGCTCACCCACCTTTCAGTTTTAGATCTGTTTCTCCAACCAACA  874

seq1  AAAGTAACAGAACCATGCAGGTCCACACACAGACACACCGCAAAGACAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAACAGAACCATGCAGGTCCACACACAGACACACCGCAAAGACAGC  924

seq1  TGGGCCCCCACACATTTATACCTGAGCAGAACAGAGCAGAGTCTGGTGAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCCCACACATTTATACCTGAGCAGAACAGAGCAGAGTCTGGTGAT  974

seq1  GTCTCACATGGGGATTGGCTCATCTGCCCCTTCTGGTCTCTGCTTTGTGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACATGGGGATTGGCTCATCTGCCCCTTCTGGTCTCTGCTTTGTGT  1024

seq1  CCTAAACAGGAGGCATCGTAACCAGACTTACCTCTAGAGGTGACCAACTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACAGGAGGCATCGTAACCAGACTTACCTCTAGAGGTGACCAACTT  1074

seq1  TCAATTTTGTTTCCTTTTGTTGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTTGTTTCCTTTTGTTGAATTC  1101