BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346M22
Chromosome14 (Build37)
Map Location 96,419,607 - 96,544,233
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlhl1
Upstream geneLOC677613, LOC100043784, LOC382931, 4921530L21Rik
Downstream geneLOC100043366, LOC668654
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346M22.bB6Ng01-346M22.g
ACCGA128602GA128603
length1,1451,147
definitionB6Ng01-346M22.b B6Ng01-346M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,419,607 - 96,420,757)(96,543,084 - 96,544,233)
sequence
gaattcactagaaagccagcctaaccaataatacgaagggcatcagctcc
agtaagagatcctgtcattaaaaaatatctatgaaagaaatagaagccat
tgacacagtcctctgacctttaaatgcctttgtacacacagataagtgca
tctgtggacccacatgcatgtaataaacaaacattcatgcaacacacatg
gatacacacacactcataaaacatacttgtacacacaaaagaagtagaaa
tataacgctctttgaaccagattaacttagtattgacttaaagatcttta
tttcacctctttcgaagaacagttccttgaattcaaatacctatcttcct
gtgttctaatggtaaaaggaaaggctcattatctttagaagttctgttcc
agattgtatgaaatatagcataccttatacaaactgattacagaaaggaa
taattttaactacatggaagaatcacacaaataaaaacaaagtagtaaac
attaattttaaacacttaaacataatatagagaacttgattaattcctaa
gatatacatttactctagaaaatattgatctccttatataaaaacaaaaa
gcagatcactcaatcaaaccaaggtgattttaattaaagcagaaactatt
caagaagcttctttgagaaacagtatctataagctcttaaggtaatatct
ttttctaatcaactgatttatttgtttccattccaaatgctgcctgcctc
cttgtccctccttcacataaccctcctccctttcagctctgcctctgagg
atcaagtctgtgcaagattagcttcatcatctcttgctgagacaggacaa
tgcagcccactgctctatatgtgcctcggcctcagaccaacccctgggtg
ctctttggttggtagcttagtctctgagaactcccagagatccaggttag
ttgacactattagtcctcctgtagggttcccataccctccaaggcctaca
attctttccccagcttcttcttctaagagtctcaacttccatccaatatt
tgactatggtacctgcatctgttttggtcatctactgggaagatctctca
gagacattatgctagcttctgtctgttaggtgagtataaggcata

gaattcctgaggtagaagcacctttttattgttaaggaaaggtagaagta
tccctctacatgaggtgaaaggtgacatatccccaaaatgcatggctttc
ctggacactagagaagaagaactgtttagctttgtagggagctgcaagtc
tcttcctgatgacaatgcgccccttttcttttctttgtgctattttgtat
caggatttcctattttaaggattttgtcaccatgcttgggtgaaccaatt
accagtttccctatgatgaaaaaggcacagatgattagttaaggataaga
acacctgaaacaatgagtgtctgatagaattttaccagtaatgcattttt
atgtgcctacagtcttataattgcaagacagtattatgctgtataacaca
aaataattctaaagccagtttaggctccaccaagcttccttcacccagcc
ccttcttccattcagcatactaactcagtactacttggaccagaagatga
ttagccaatattctatggagattaagtatgaatagatcctcttttattaa
taaagcaatgatgcttcatgtgcatcccatttttccatagtaaagcaata
atcatgtaagaaaatttcattggggcaaataacaggtattttttcttaaa
aatgaaagtatagatttccttcaagaacaagttttaaaaggtcacttgaa
gctccctttataagattaacatgtcctaaaatcatgacctctcagcgtga
agcaaactcaatggttatgagctcttgcctcaatctttctccatcatcat
taggaaattaatgaatatgaacaagaaacttataatatatcttgtctttc
cttaacagtgtttatctgtaaaaaccttagacactgggtttcttccagct
tctataacctatcaaattaaaaagaggcttaactatcactactttagcag
agaactgatttagctaagagtagaaatcagaatgtgcctttttgttgcaa
ggctgtaatgccagcacccaggaccccagatgtggattactgtgaagtca
atgtcagttttctcatacatagtatgagaccaaactgtattcttaaattg
aagcttaataatgaataaagaattaatggagaaaactggatctcaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_96419607_96420757
seq2: B6Ng01-346M22.b_44_1188

seq1  GAATTCACTAGAAAGCCAGCCTAACCAATAATACGAAGGGCATCAGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGAAAGCCAGCCTAACCAATAATACGAAGGGCATCAGCTCC  50

seq1  AGTAAGAGATCCTGTCATTAAAAAATATCTATGAAAGAAATAGAAGCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAGATCCTGTCATTAAAAAATATCTATGAAAGAAATAGAAGCCAT  100

seq1  TGACACAGTCCTCTGACCTTTAAATGCCTTTGTACACACAGATAAGTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAGTCCTCTGACCTTTAAATGCCTTTGTACACACAGATAAGTGCA  150

seq1  TCTGTGGACCCACATGCATGTAATAAACAAACATTCATGCAACACACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGACCCACATGCATGTAATAAACAAACATTCATGCAACACACATG  200

seq1  GATACACACACACTCATAAAACATACTTGTACACACAAAAGAAGTAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACACACACTCATAAAACATACTTGTACACACAAAAGAAGTAGAAA  250

seq1  TATAACGCTCTTTGAACCAGATTAACTTAGTATTGACTTAAAGATCTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACGCTCTTTGAACCAGATTAACTTAGTATTGACTTAAAGATCTTTA  300

seq1  TTTCACCTCTTTCGAAGAACAGTTCCTTGAATTCAAATACCTATCTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCTCTTTCGAAGAACAGTTCCTTGAATTCAAATACCTATCTTCCT  350

seq1  GTGTTCTAATGGTAAAAGGAAAGGCTCATTATCTTTAGAAGTTCTGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTAATGGTAAAAGGAAAGGCTCATTATCTTTAGAAGTTCTGTTCC  400

seq1  AGATTGTATGAAATATAGCATACCTTATACAAACTGATTACAGAAAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTATGAAATATAGCATACCTTATACAAACTGATTACAGAAAGGAA  450

seq1  TAATTTTAACTACATGGAAGAATCACACAAATAAAAACAAAGTAGTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTAACTACATGGAAGAATCACACAAATAAAAACAAAGTAGTAAAC  500

seq1  ATTAATTTTAAACACTTAAACATAATATAGAGAACTTGATTAATTCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTTAAACACTTAAACATAATATAGAGAACTTGATTAATTCCTAA  550

seq1  GATATACATTTACTCTAGAAAATATTGATCTCCTTATATAAAAACAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACATTTACTCTAGAAAATATTGATCTCCTTATATAAAAACAAAAA  600

seq1  GCAGATCACTCAATCAAACCAAGGTGATTTTAATTAAAGCAGAAACTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCACTCAATCAAACCAAGGTGATTTTAATTAAAGCAGAAACTATT  650

seq1  CAAGAAGCTTCTTTGAGAAACAGTATCTATAAGCTCTTAAGGTAATATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGCTTCTTTGAGAAACAGTATCTATAAGCTCTTAAGGTAATATCT  700

seq1  TTTTCTAATCAACTGATTTATTTGTTTCCATTCCAAATGCTGCCTGCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAATCAACTGATTTATTTGTTTCCATTCCAAATGCTGCCTGCCTC  750

seq1  CTTGTCCCTCCTTCACATAACCCTCCTCCCTTTCAGCTCTGCCTCTGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCCTCCTTCACATAACCCTCCTCCCTTTCAGCTCTGCCTCTGAGG  800

seq1  ATCAAGTCTGTGCAAGATTAGCTTCATCATCTCTTGCTGAGACAGGACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGTCTGTGCAAGATTAGCTTCATCATCTCTTGCTGAGACAGGACAA  850

seq1  TGCAGCCCACTGCTCTATATGTGCCTCGGCCTCAGACCAACCCCTGGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCACTGCTCTATATGTGCCTCGGCCTCAGACCAACCCCTGGGTG  900

seq1  CTCTTTGGTTGGTAGCTTAGTCTCTGAGAACTCCCAGAGATCCAGGTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGGTTGGTAGCTTAGTCTCTGAGAACTCCCAGAGATCCAGGTTAG  950

seq1  TTGACACTATTAGTCCTCCTGTAGGGTTCCCATACCCTCCAAGGCCTACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACTATTAGTCCTCCTGTAGGGTTCCCATACCCTCCAAGGCCTACA  1000

seq1  ATTCTTTCCCCAGC-TCTTCTTCTAAGAGTCTCCAACTTCCATCCAATAT  1049
      |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTCCCCAGCTTCTTCTTCTAAGAGTCT-CAACTTCCATCCAATAT  1049

seq1  TTGACTATGGGTACCTGCATCTGTTTTGGTCATCTACTGGGAAGATCCTC  1099
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGACTAT-GGTACCTGCATCTGTTTTGGTCATCTACTGGGAAGAT-CTC  1097

seq1  TCAGAGAACAATTATGCTAGGCTTCTGTCTGTTTAGTGGAGTATAAAGCA  1149
      |||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||
seq2  TCAGAGA--CATTATGCTA-GCTTCTGTCTG-TTAGGTGAGTATAAGGCA  1143

seq1  TA  1151
      ||
seq2  TA  1145


seq1: chr14_96543084_96544233
seq2: B6Ng01-346M22.g_70_1216 (reverse)

seq1  ATTGAGAAACAGGTTTTCT-CATTAATTCTTTATTCATTTATTTAAGCTT  49
      |||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  ATTGAGATCCA-GTTTTCTCCATTAATTCTTTATTCATT--ATTAAGCTT  47

seq1  CATTTTTAAGATACAGTTTTGGTCTCATACTATGTATGAG-AAACTGACA  98
      || ||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAATTTAAGAATACAG-TTTGGTCTCATACTATGTATGAGAAAACTGACA  96

seq1  TTGACTTCACAGTAATCCACATCTGGGGTCCTGGGTGCTGGCATTACAGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTCACAGTAATCCACATCTGGGGTCCTGGGTGCTGGCATTACAGC  146

seq1  CTTGCAACAAAAAGGCACATTCTGATTTCTACTCTTAGCTAAATCAGTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAACAAAAAGGCACATTCTGATTTCTACTCTTAGCTAAATCAGTTC  196

seq1  TCTGCTAAAGTAGTGATAGTTAAGCCTCTTTTTAATTTGATAGGTTATAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTAAAGTAGTGATAGTTAAGCCTCTTTTTAATTTGATAGGTTATAG  246

seq1  AAGCTGGAAGAAACCCAGTGTCTAAGGTTTTTACAGATAAACACTGTTAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGAAGAAACCCAGTGTCTAAGGTTTTTACAGATAAACACTGTTAA  296

seq1  GGAAAGACAAGATATATTATAAGTTTCTTGTTCATATTCATTAATTTCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGACAAGATATATTATAAGTTTCTTGTTCATATTCATTAATTTCCT  346

seq1  AATGATGATGGAGAAAGATTGAGGCAAGAGCTCATAACCATTGAGTTTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGATGGAGAAAGATTGAGGCAAGAGCTCATAACCATTGAGTTTGC  396

seq1  TTCACGCCTGAGAGGTCATGATTTTAGGACATGTTAATCTTATAAAGGGA  448
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACG-CTGAGAGGTCATGATTTTAGGACATGTTAATCTTATAAAGGGA  445

seq1  GCTTCAAGTGACCTTTTAAAACTTGTTCTTGAAGGAAATCTATACTTTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAGTGACCTTTTAAAACTTGTTCTTGAAGGAAATCTATACTTTCA  495

seq1  TTTTTAAGAAAAAATACCTGTTATTTGCCCCAATGAAATTTTCTTACATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAGAAAAAATACCTGTTATTTGCCCCAATGAAATTTTCTTACATG  545

seq1  ATTATTGCTTTACTATGGAAAAATGGGATGCACATGAAGCATCATTGCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGCTTTACTATGGAAAAATGGGATGCACATGAAGCATCATTGCTT  595

seq1  TATTAATAAAAGAGGATCTATTCATACTTAATCTCCATAGAATATTGGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATAAAAGAGGATCTATTCATACTTAATCTCCATAGAATATTGGCT  645

seq1  AATCATCTTCTGGTCCAAGTAGTACTGAGTTAGTATGCTGAATGGAAGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCTTCTGGTCCAAGTAGTACTGAGTTAGTATGCTGAATGGAAGAA  695

seq1  GGGGCTGGGTGAAGGAAGCTTGGTGGAGCCTAAACTGGCTTTAGAATTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGGGTGAAGGAAGCTTGGTGGAGCCTAAACTGGCTTTAGAATTAT  745

seq1  TTTGTGTTATACAGCATAATACTGTCTTGCAATTATAAGACTGTAGGCAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTATACAGCATAATACTGTCTTGCAATTATAAGACTGTAGGCAC  795

seq1  ATAAAAATGCATTACTGGTAAAATTCTATCAGACACTCATTGTTTCAGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGCATTACTGGTAAAATTCTATCAGACACTCATTGTTTCAGGT  845

seq1  GTTCTTATCCTTAACTAATCATCTGTGCCTTTTTCATCATAGGGAAACTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTATCCTTAACTAATCATCTGTGCCTTTTTCATCATAGGGAAACTG  895

seq1  GTAATTGGTTCACCCAAGCATGGTGACAAAATCCTTAAAATAGGAAATCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGGTTCACCCAAGCATGGTGACAAAATCCTTAAAATAGGAAATCC  945

seq1  TGATACAAAATAGCACAAAGAAAAGAAAAGGGGCGCATTGTCATCAGGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAAAATAGCACAAAGAAAAGAAAAGGGGCGCATTGTCATCAGGAA  995

seq1  GAGACTTGCAGCTCCCTACAAAGCTAAACAGTTCTTCTTCTCTAGTGTCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTGCAGCTCCCTACAAAGCTAAACAGTTCTTCTTCTCTAGTGTCC  1045

seq1  AGGAAAGCCATGCATTTTGGGGATATGTCACCTTTCACCTCATGTAGAGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGCCATGCATTTTGGGGATATGTCACCTTTCACCTCATGTAGAGG  1095

seq1  GATACTTCTACCTTTCCTTAACAATAAAAAGGTGCTTCTACCTCAGGAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTCTACCTTTCCTTAACAATAAAAAGGTGCTTCTACCTCAGGAAT  1145

seq1  TC  1150
      ||
seq2  TC  1147


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |