BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349A04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 99,488,935 - 99,630,462
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDis3, D14Ertd581e
Upstream geneDach1, LOC635593, LOC619716, LOC100043787, 2410129H14Rik, 6720463M24Rik
Downstream geneLOC100043395, LOC100043397, Klf5, LOC100043400, LOC100043789, LOC668671, LOC668672, EG546623, Klf12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349A04.bB6Ng01-349A04.g
ACCGA130125GA130126
length1,194941
definitionB6Ng01-349A04.b B6Ng01-349A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,488,935 - 99,490,144)(99,629,530 - 99,630,462)
sequence
gaattctcttatcagcgggtgtaaagagatgtcttcttgactagagaaaa
ttaaaaagaagaattacagtcctgggccaatcacaggttctagcacatgc
tcttcaagtgcactctcactgagttacagccctcactgaggaaaaccaat
ttatagtcacagcaaagctggaaaaagggcaaagggagagctgtggagtc
tagtcagacattatcacttttcaacactgatagcaagtgctttgcttacc
tccttaatatcagacttggaaagcatgccacaatacggtctccagttcct
ttttattatccccacaactcgacctgtaggccgtaacattttttcactta
cagcagtcttaagctgaaatataaaaacaagaatctttagttatatgtct
tctaagtaaaatgaagtcatttttcttccaaattagaatatgcatatgga
tactaacacattcaagtagcacacaatgacatggaattcagaacctttat
gcttcaaagttctagacacaagcaaacctctgaacaatgctaattgttcc
atgataataaagcactctatgaatgatgccaagatgcacatagctgagtg
aatgtgtcagagctcagggctttcaaacttaatgtgatggtctactgaca
aaacacactgtctaagaattatgagactaagatttaataccagtttagac
taactagatatatgtagttaataattagttcactatgtagttatggtgaa
gagcatgttatgttgtatgaaacccattacaaagtaaatatatctttaac
agttctatcttaccccaagttaaaagtcaaataaaaaatgttaaccacta
aaaacagaccctataatattagacctctaacaattccggaggattgtatt
atgcaagagtaatgttacagtcagacttcaggaaactgactgtaactaaa
gaggtacacatgctagacctgtgctatcctcataaaatgggtaaataggt
catctctggaagacttagtaatgcatagaaataactcacttcttcaatag
tatattagtagaaacagttactagcatgtctaatacaaagatccagaaaa
tacatgttctaaacaatttaacactgcaaaaatgttcagaatttcacatt
tctattttactgactgcataattcgacatacacgatgtaacaga
gaattcaatctcaaggtgagttaaccctgcacagactggaaatggagaag
cgctgctcctgtgaagtgggaattagcaccacacagctctaggaggccca
catgcagtgagtgaaggcgcagggactgtatggtaagacagaaacagaaa
catgctgtatccagccaggcaggacggcgagcaaccacttggctttctag
tcaggtgcgagcgactgaactcacaccctcattctcagaaggaagcattt
tactgatgaaaccagcttcctagcccctaaatatcaactactctttagaa
aagatggctattgggggcggggagggatctttttcaggtgtttgtttttg
ttttttgtttttttccgagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcc
tggaactcactctgtagaccaggctggccttaaactcagaaatcacctgc
ctctgcctccctttaatctccagttggttttacattatgcttttgcggtg
tgctaggggttgaatgagggctttgtgcacactagacaagtactctgcat
tgcggtgtaagctttaacaaagttgctcaggctgcaatccatgcaaccct
ctttgtctgagtagcgagggttacaggcccatgtcaccgctgtaaacaaa
aagattcttcttttgagttttagatggaataagcaaagaggcatggaggg
gtaacttagagcctgactttgagctgtctctgtattccaggtacacttgg
tggaacattctgtaactgctctctaataggtactcagttacatatatcct
tgacttgaaaaacatttaaaagagctttaaaagaagaatttataactgct
caagattatatttatcccttgagtatcctctgtcatgaattcaacagacc
tttacacgggaaataaactctgaactctggtgtgggcctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_99488935_99490144
seq2: B6Ng01-349A04.b_50_1243

seq1  GAATTCTCTTATCAGCGGGTGTAAAGAGATGTCTTCTTGACTAGAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTATCAGCGGGTGTAAAGAGATGTCTTCTTGACTAGAGAAAA  50

seq1  TTAAAAAGAAGAATTACAGTCCTGGGCCAATCACAGGTTCTAGCACATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGAAGAATTACAGTCCTGGGCCAATCACAGGTTCTAGCACATGC  100

seq1  TCTTCAAGTGCACTCTCACTGAGTTACAGCCCTCACTGAGGAAAACCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGTGCACTCTCACTGAGTTACAGCCCTCACTGAGGAAAACCAAT  150

seq1  TTATAGTCACAGCAAAGCTGGAAAAAGGGCAAAGGGAGAGCTGTGGAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTCACAGCAAAGCTGGAAAAAGGGCAAAGGGAGAGCTGTGGAGTC  200

seq1  TAGTCAGACATTATCACTTTTCAACACTGATAGCAAGTGCTTTGCTTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGACATTATCACTTTTCAACACTGATAGCAAGTGCTTTGCTTACC  250

seq1  TCCTTAATATCAGACTTGGAAAGCATGCCACAATACGGTCTCCAGTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAATATCAGACTTGGAAAGCATGCCACAATACGGTCTCCAGTTCCT  300

seq1  TTTTATTATCCCCACAACTCGACCTGTAGGCCGTAACATTTTTTCACTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTATCCCCACAACTCGACCTGTAGGCCGTAACATTTTTTCACTTA  350

seq1  CAGCAGTCTTAAGCTGAAATATAAAAACAAGAATCTTTAGTTATATGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTCTTAAGCTGAAATATAAAAACAAGAATCTTTAGTTATATGTCT  400

seq1  TCTAAGTAAAATGAAGTCATTTTTCTTCCAAATTAGAATATGCATATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTAAAATGAAGTCATTTTTCTTCCAAATTAGAATATGCATATGGA  450

seq1  TACTAACACATTCAAGTAGCACACAATGACATGGAATTCAGAACCTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACACATTCAAGTAGCACACAATGACATGGAATTCAGAACCTTTAT  500

seq1  GCTTCAAAGTTCTAGACACAAGCAAACCTCTGAACAATGCTAATTGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAAGTTCTAGACACAAGCAAACCTCTGAACAATGCTAATTGTTCC  550

seq1  ATGATAATAAAGCACTCTATGAATGATGCCAAGATGCACATAGCTGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATAAAGCACTCTATGAATGATGCCAAGATGCACATAGCTGAGTG  600

seq1  AATGTGTCAGAGCTCAGGGCTTTCAAACTTAATGTGATGGTCTACTGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTCAGAGCTCAGGGCTTTCAAACTTAATGTGATGGTCTACTGACA  650

seq1  AAACACACTGTCTAAGAATTATGAGACTAAGATTTAATACCAGTTTAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACTGTCTAAGAATTATGAGACTAAGATTTAATACCAGTTTAGAC  700

seq1  TAACTAGATATATGTAGTTAATAATTAGTTCACTATGTAGTTATGGTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGATATATGTAGTTAATAATTAGTTCACTATGTAGTTATGGTGAA  750

seq1  GAGCATGTTATGTTGTATGAAACCCATTACAAAGTAAATATATCTTTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGTTATGTTGTATGAAACCCATTACAAAGTAAATATATCTTTAAC  800

seq1  AGTTCTATCTTACCCCAAGTTAAAAGTCAAATAAAAAATGTTAACCACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATCTTACCCCAAGTTAAAAGTCAAATAAAAAATGTTAACCACTA  850

seq1  AAAACAGACCCTATAATATTAGACCTCTAACAATTCCGGAGGATTGTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGACCCTATAATATTAGACCTCTAACAATTCCGGAGGATTGTATT  900

seq1  ATGCAAGAGTAATGTTACAGTCAGACTTCAGGAAACTGACTGTAACTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGAGTAATGTTACAGTCAGACTTCAGGAAACTGACTGTAACTAAA  950

seq1  GAGGTACACATGCTAGACCTGTGCTATCCTCATAAAATGGGTAAATAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACACATGCTAGACCTGTGCTATCCTCATAAAATGGGTAAATAGGT  1000

seq1  CATCTCTGGAAGACTTAGTAATGCATAAGAAATAACTCACTCTTCCAATA  1050
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||| 
seq2  CATCTCTGGAAGACTTAGTAATGCAT-AGAAATAACTCACTTCTTCAAT-  1048

seq1  AGTATATTAGTAGAAACAGGTTAACTAAGCATGTCTAAATACAAAGATCC  1100
      |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTATATTAGTAGAAACAG--TTACT-AGCATGTCT-AATACAAAGATCC  1094

seq1  AG-AAATACATGTTCTAAAACAATTTTAACACTGCAAAAAATGTTCAGGA  1149
      || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AGAAAATACATGTTCT-AAACAA-TTTAACACTGC-AAAAATGTTCA-GA  1140

seq1  ATTTCAACATTTCTA-TTTACTTAAACTGCATTAATTCAGACCATATACA  1198
      ||||| ||||||||| ||||||   |||||| |||||| |||   |||||
seq2  ATTTC-ACATTTCTATTTTACT--GACTGCA-TAATTC-GAC---ATACA  1182

seq1  GAATGTAACAGA  1210
        ||||||||||
seq2  CGATGTAACAGA  1194

seq1: chr14_99629530_99630462
seq2: B6Ng01-349A04.g_68_1008 (reverse)

seq1  GCAGGCCCACA-CAGAGTTCAGAGTTT-TTTCCCGTGTAAAGGTCTG-TG  47
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  GCAGGCCCACACCAGAGTTCAGAGTTTATTTCCCGTGTAAAGGTCTGTTG  50

seq1  AATTCATGACAGAGGATACTCAAGGGATAAATAT-ATCTTGAGCAGTTAT  96
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATTCATGACAGAGGATACTCAAGGGATAAATATAATCTTGAGCAGTTAT  100

seq1  AAATTCTTCTTTT-AAGCTCTTTTAAATG-TTTTCAAGTCAAGGATAT-T  143
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  AAATTCTTCTTTTAAAGCTCTTTTAAATGTTTTTCAAGTCAAGGATATAT  150

seq1  GT-ACTGAGTACCCTATTAGAGAGCAGTTACAGAATGTTCCAACCAAGTG  192
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAACTGAGTA-CCTATTAGAGAGCAGTTACAGAATGTTCC-ACCAAGTG  198

seq1  TACCTGGAATACAGAGACAGCTCAAAGTCAGGCTCTAAGTTACCCCTCCA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGAATACAGAGACAGCTCAAAGTCAGGCTCTAAGTTACCCCTCCA  248

seq1  TGCCTC-TTGCTTATTCCATCTAAAACTCAAAAGAAGAATCTTTTTGTTT  291
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTTTGCTTATTCCATCTAAAACTCAAAAGAAGAATCTTTTTGTTT  298

seq1  ACAGCGGTGACATGGGCCTGTAACCCTCGCTACTCAGAC-AAGAGGGTTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACAGCGGTGACATGGGCCTGTAACCCTCGCTACTCAGACAAAGAGGGTTG  348

seq1  CATGGATTGCAGCCTGAGCAACTTTGTTAAAGCTTACACCGCAATGCAGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATTGCAGCCTGAGCAACTTTGTTAAAGCTTACACCGCAATGCAGA  398

seq1  GTACTTGTCTAGTGTGCACAAAGCCCTCATTCAACCCCTAGCACACCGCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTGTCTAGTGTGCACAAAGCCCTCATTCAACCCCTAGCACACCGCA  448

seq1  AAAGCATAATGTAAAACCAACTGGAGATTAAAGGGAGGCAGAGGCAGGTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATAATGTAAAACCAACTGGAGATTAAAGGGAGGCAGAGGCAGGTG  498

seq1  ATTTCTGAGTTTAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGAGTTTAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGC  548

seq1  CAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGGAAAAAAACAAAAAACAAAAAC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGGAAAAAAACAAAAAACAAAAAC  598

seq1  AAACACCTGAAAAAGATCCCTCCCCGCCCCCAATAGCCATCTTTTCTAAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCTGAAAAAGATCCCTCCCCGCCCCCAATAGCCATCTTTTCTAAA  648

seq1  GAGTAGTTGATATTTAGGGGCTAGGAAGCTGGTTTCATCAGTAAAATGCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGTTGATATTTAGGGGCTAGGAAGCTGGTTTCATCAGTAAAATGCT  698

seq1  TCCTTCTGAGAATGAGGGTGTGAGTTCAGTCGCTCGCACCTGACTAGAAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGAGAATGAGGGTGTGAGTTCAGTCGCTCGCACCTGACTAGAAA  748

seq1  GCCAAGTGGTTGCTCGCCGTCCTGCCTGGCTGGATACAGCATGTTTCTGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTGGTTGCTCGCCGTCCTGCCTGGCTGGATACAGCATGTTTCTGT  798

seq1  TTCTGTCTTACCATACAGTCCCTGCGCCTTCACTCACTGCATGTGGGCCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTTACCATACAGTCCCTGCGCCTTCACTCACTGCATGTGGGCCT  848

seq1  CCTAGAGCTGTGTGGTGCTAATTCCCACTTCACAGGAGCAGCGCTTCTCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGCTGTGTGGTGCTAATTCCCACTTCACAGGAGCAGCGCTTCTCC  898

seq1  ATTTCCAGTCTGTGCAGGGTTAACTCACCTTGAGATTGAATTC  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGTCTGTGCAGGGTTAACTCACCTTGAGATTGAATTC  941