BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025P06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 72,331,961 - 72,482,277
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnk9, 1810044A24Rik
Upstream geneLOC100040847, Col22a1
Downstream geneLOC665621, Peg13, LOC100041120, Chrac1, Eif2c2, Ptk2, LOC666053, LOC100040929, Dennd3, Slc45a4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025P06.bB6Ng01-025P06.g
ACCDH857140DH857141
length1,1521,056
definitionDH857140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025P06, 5' end.DH857141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025P06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,481,121 - 72,482,277)(72,331,961 - 72,333,008)
sequence
gaattctttgtggttgggtatggcctgggccccttgtagctgccctgtgg
ctttcccatcatgtcctgcacacacaatgactacaagaagtcagcacagc
ggtagctttaaaaagtggtgcgtgtgctgaaccagtggcagtgcacgtcc
tggagtgtgcgcattctctgtgtttatgtactctcaatgctgtagtccct
acaactgtatcatgctcaaaggacactgtctgtgcagatgaagacgccca
cagtggtgtctccatgctgatctgtaggtaacagcagaggacatggtagg
ggaaatgggactgacttttatagatgttactcacacagcagcagagtaca
gatgatttactccccgtaatcagttctggctttcccactttttggatggt
tcatggtgagctgcattaagtagaaagcctatcttcaatttttaatttgg
acctttccccgccagcagtgtgcggtgacaccctctcaatgcttggcaca
ctgtgacagttggctgcagagtcagcccaggttgtgaggggaaacagctg
aaacggcagggctgagtggctgggctttgatgttaggtagggtgagcatg
ttcaatgcatttctgacctataatggctgggtcaggaaggagcctcatcc
atccgagatcagcttgctagtgtctgtgtatgcacggataatctgttact
cgttgctcccttgctggaggtcagacagtgggtcacgggtagcagaaggg
ccagcagcgtgatcctcaggtgtcaaggacagacagctctcagaccaggt
agggttccttcaagttactcattgtgccagcagtttcacagagacaaaat
gatgcggtaaattgacctcctaggtctgtcctttattagaagtttcagac
tagtgtcagacacctaagggcatcttcagtgaaaggtatccatcggatgc
cctagatccaggtcaagagaccccagcattcttcttcaaaggacggtttc
aattcgctcaccattccttttattcccagtggagcctggtctttaatcac
ttggtagaaatgtaacatttatctttactgactgcatcagtggggctgaa
gcccacttattgccctttttttttttcaggacaatgggatggcaatctcc
ta
gaattcacttgtgtgaagggctaaacatgacaacagcagttgacggtgtc
gagtggagtccttaggaaggtttgggtgaaaggaatgaagacaggggtga
gctgcctgggttcacaggccccacagctctggtacacatacaaggcccaa
gaatctgggtgcttggccactcaggtggctgccattgtgtgaaggaagag
aagactgctttggtctccaaaatatgaacacgggaatctttacaagctct
gtgcaacaggataaatgaaagcatccatgccttgccaccaacgtgcccag
ccctggtcagctgcttaaggaaagaaagccagaacacagtgggaacatgc
cagagactttaattaaaaaaaaaaaaaaaatagaaaagtgcgatagttta
caatgctatgatagcaggtgattttcctctaaagacatgtaaaatatata
cagcttgtttactgaatttgttacaaaaagaaaattaaaaaaaaaaaaaa
aaaagatgtagtccctgcatgaggtacatattatacatgagctagacagc
taagatgtgtaaacattggtgatacaggtatgtttgttcagttttttcag
gttaagctacataataaatacatctgatattcgcttgatggttgttgtgt
tctaaggccatttgtgaaggtgctctctcccgaaggcagagcaggcagcg
acgatgaatacaggacacacacaggagtgcagatgactctggagttgggc
agggatcgctggtgttgcctcttctggtgcagggttccgctaaaggcctg
ctctctgtgttggacctgtcatgcaaatgtacccacaaaccctggacaaa
aaggtcgattcccaccaaaggctcaggatgcacaatggcaccctcctgga
cgttgacactgggccagagagttcttcaacccgtttcctggtggaactct
ccacgtctttatcaccctttccgtgaggcatcctagcagctttggcagct
tcacttttagaccaacctaggtatgcactgtacataccaacgccaccata
ccacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_72481121_72482277
seq2: B6Ng01-025P06.b_45_1196 (reverse)

seq1  TAGGAGATTGCATTACCCATTGTCCTGAAAAAAAAAAAAGGGCAATAATG  50
      |||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||||||||  
seq2  TAGGAGATTGCCAT-CCCATTGTCCTG-AAAAAAAAAAAGGGCAATAAGT  48

seq1  TGGCTCAAGGCCCCACTGATGGCAGTCAGTTAAAGATAATTGTTCACATT  100
       ||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||| |
seq2  GGGCTTCA-GCCCCACTGAT-GCAGTCAG-TAAAGATAAATGTT-ACA-T  93

seq1  TTCTACCAAGTGGATTAAAGACCAGGCTCCACTGGGGAATAAAAGGAATG  150
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTACCAAGT-GATTAAAGACCAGGCTCCACT-GGGAATAAAAGGAATG  141

seq1  GTGAGCGAATTGGAAACGGTCCTTTGAAGGAGGATGCTGGGGTCTCTTGA  200
      ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
seq2  GTGAGCGAATT-GAAACCGTCCTTTGAAGAAGAATGCTGGGGTCTCTTGA  190

seq1  CCTGGATCTAAGGCATCCGATGGATACCTTTCACTG-AGATGCCC-TAGG  248
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  CCTGGATCTAGGGCATCCGATGGATACCTTTCACTGAAGATGCCCTTAGG  240

seq1  TGTCTGACACTAGTCTGAAACTTCT-ATTAAGGACAGACCTAGGAGGTCA  297
      ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGACACTAGTCTGAAACTTCTAATAAAGGACAGACCTAGGAGGTCA  290

seq1  A-TTACCGCATCATTTTGTCTCTGTGAAACTGCTGGC-CAATGAGTAACT  345
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTTACCGCATCATTTTGTCTCTGTGAAACTGCTGGCACAATGAGTAACT  340

seq1  TGAAGGAACCCTACCTGGTCTGAGAGCTGTCTGTCCTTGACACCTGAGGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAACCCTACCTGGTCTGAGAGCTGTCTGTCCTTGACACCTGAGGA  390

seq1  TCACGCTGCTGGCCCTTCTGCTACCCGTGACCCACTGTCTGACCTCCAGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGCTGCTGGCCCTTCTGCTACCCGTGACCCACTGTCTGACCTCCAGC  440

seq1  AAGGGAGCAACGAGTAACAGATTATCCGTGCATACACAGACACTAGCAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGCAACGAGTAACAGATTATCCGTGCATACACAGACACTAGCAAG  490

seq1  CTGATCTCGGATGGATGAGGCTCCTTCCTGACCCAGCCATTATAGGTCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTCGGATGGATGAGGCTCCTTCCTGACCCAGCCATTATAGGTCAG  540

seq1  AAATGCATTGAACATGCTCACCCTACCTAACATCAAAGCCCAGCCACTCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATTGAACATGCTCACCCTACCTAACATCAAAGCCCAGCCACTCA  590

seq1  GCCCTGCCGTTTCAGCTGTTTCCCCTCACAACCTGGGCTGACTCTGCAGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCGTTTCAGCTGTTTCCCCTCACAACCTGGGCTGACTCTGCAGC  640

seq1  CAACTGTCACAGTGTGCCAAGCATTGAGAGGGTGTCACCGCACACTGCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCACAGTGTGCCAAGCATTGAGAGGGTGTCACCGCACACTGCTG  690

seq1  GCGGGGAAAGGTCCAAATTAAAAATTGAAGATAGGCTTTCTACTTAATGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGGAAAGGTCCAAATTAAAAATTGAAGATAGGCTTTCTACTTAATGC  740

seq1  AGCTCACCATGAACCATCCAAAAAGTGGGAAAGCCAGAACTGATTACGGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACCATGAACCATCCAAAAAGTGGGAAAGCCAGAACTGATTACGGG  790

seq1  GAGTAAATCATCTGTACTCTGCTGCTGTGTGAGTAACATCTATAAAAGTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAATCATCTGTACTCTGCTGCTGTGTGAGTAACATCTATAAAAGTC  840

seq1  AGTCCCATTTCCCCTACCATGTCCTCTGCTGTTACCTACAGATCAGCATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCATTTCCCCTACCATGTCCTCTGCTGTTACCTACAGATCAGCATG  890

seq1  GAGACACCACTGTGGGCGTCTTCATCTGCACAGACAGTGTCCTTTGAGCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACCACTGTGGGCGTCTTCATCTGCACAGACAGTGTCCTTTGAGCA  940

seq1  TGATACAGTTGTAGGGACTACAGCATTGAGAGTACATAAACACAGAGAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAGTTGTAGGGACTACAGCATTGAGAGTACATAAACACAGAGAAT  990

seq1  GCGCACACTCCAGGACGTGCACTGCCACTGGTTCAGCACACGCACCACTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCACACTCCAGGACGTGCACTGCCACTGGTTCAGCACACGCACCACTT  1040

seq1  TTTAAAGCTACCGCTGTGCTGACTTCTTGTAGTCATTGTGTGTGCAGGAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGCTACCGCTGTGCTGACTTCTTGTAGTCATTGTGTGTGCAGGAC  1090

seq1  ATGATGGGAAAGCCACAGGGCAGCTACAAGGGGCCCAGGCCATACCCAAC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGGAAAGCCACAGGGCAGCTACAAGGGGCCCAGGCCATACCCAAC  1140

seq1  CACAAAGAATTC  1157
      ||||||||||||
seq2  CACAAAGAATTC  1152

seq1: chr15_72331961_72333008
seq2: B6Ng01-025P06.g_68_1123

seq1  GAATTCACTTGTGTGAAGGGCTAAACATGACAACAGCAGTTGACGGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGTGTGAAGGGCTAAACATGACAACAGCAGTTGACGGTGTC  50

seq1  GAGTGGAGTCCTTAGGAAGGTTTGGGTGAAAGGAATGAAGACAGGGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAGTCCTTAGGAAGGTTTGGGTGAAAGGAATGAAGACAGGGGTGA  100

seq1  GCTGCCTGGGTTCACAGGCCCCACAGCTCTGGTACACATACAAGGCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTGGGTTCACAGGCCCCACAGCTCTGGTACACATACAAGGCCCAA  150

seq1  GAATCTGGGTGCTTGGCCACTCAGGTGGCTGCCATTGTGTGAAGGAAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGGGTGCTTGGCCACTCAGGTGGCTGCCATTGTGTGAAGGAAGAG  200

seq1  AAGACTGCTTTGGTCTCCAAAATATGAACACGGGAATCTTTACAAGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGCTTTGGTCTCCAAAATATGAACACGGGAATCTTTACAAGCTCT  250

seq1  GTGCAACAGGATAAATGAAAGCATCCATGCCTTGCCACCAACGTGCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACAGGATAAATGAAAGCATCCATGCCTTGCCACCAACGTGCCCAG  300

seq1  CCCTGGTCAGCTGCTTAAGGAAAGAAAGCCAGAACACAGTGGGAACATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTCAGCTGCTTAAGGAAAGAAAGCCAGAACACAGTGGGAACATGC  350

seq1  CAGAGACTTTAATTAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAAAGTGCGATAGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTTTAATTAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAAAGTGCGATAGTTTA  400

seq1  CAATGCTATGATAGCAGGTGATTTTCCTCTAAAGACATGTAAAATATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTATGATAGCAGGTGATTTTCCTCTAAAGACATGTAAAATATATA  450

seq1  CAGCTTGTTTACTGAATTTGTTACAAAAAGAAAATTAAAAAAAAAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTTTACTGAATTTGTTACAAAAAGAAAATTAAAAAAAAAAAAAA  500

seq1  AAAAGATGTAGTCCCTGCATGAGGTACATATTATACATGAGCTAGACAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATGTAGTCCCTGCATGAGGTACATATTATACATGAGCTAGACAGC  550

seq1  TAAGATGTGTAAACATTGGTGATACAGGTATGTTTGTTCAGTTTTTTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGTGTAAACATTGGTGATACAGGTATGTTTGTTCAGTTTTTTCAG  600

seq1  GTTAAGCTACATAATAAATACATCTGATATTCGCTTGATGGTTGTTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCTACATAATAAATACATCTGATATTCGCTTGATGGTTGTTGTGT  650

seq1  TCTAAGGCCATTTGTGAAGGTGCTCTCTCCCGAAGGCAGAGCAGGCAGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGCCATTTGTGAAGGTGCTCTCTCCCGAAGGCAGAGCAGGCAGCG  700

seq1  ACGATGAATACAGGACACACACAGGAGTGCAGATGACTCTGGAGTTGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGAATACAGGACACACACAGGAGTGCAGATGACTCTGGAGTTGGGC  750

seq1  AGGGATCGCTGGTGTTGCCTCTTCTGGTGCAGGGTTCCGCTAAAGGCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCGCTGGTGTTGCCTCTTCTGGTGCAGGGTTCCGCTAAAGGCCTG  800

seq1  CTCTCTGTGTTGGACCTGTCATGCAAATGTACCCACAAACCCTAGGACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCTCTGTGTTGGACCTGTCATGCAAATGTACCCACAAACCCT-GGACAA  849

seq1  AAAGGTCGATTCCCACC-AAGGCTCAGGATGCACAATGGCACCCTCCTGG  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCGATTCCCACCAAAGGCTCAGGATGCACAATGGCACCCTCCTGG  899

seq1  ACCGTGACACT-GGCCAGAGAGTTCTTCAACCCCGTTTCCT-GTGGAACT  947
      ||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  ACGTTGACACTGGGCCAGAGAGTTCTTCAA-CCCGTTTCCTGGTGGAACT  948

seq1  CTCCACGTCTTTATCACCCTTTCCGTGAGGGCATTCTAGCCAGCCTTTGG  997
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||
seq2  CTCCACGTCTTTATCACCCTTTCCGTGA-GGCATCCTAG-CAG-CTTTGG  995

seq1  CAGCTTCACTTTTAGAACCAAACTTAGGTATTGCACTGT-----------  1036
      ||||||||||||||||  | ||| |||||| ||||||||           
seq2  CAGCTTCACTTTTAGA--CCAACCTAGGTA-TGCACTGTACATACCAACG  1042

seq1  --ACCATACCACAC  1048
        ||||||||||||
seq2  CCACCATACCACAC  1056