BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042O13
Chromosome15 (Build37)
Map Location 100,955,932 - 101,094,261
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcvrl1, Acvr1b, Grasp
Upstream geneDip2b, Atf1, 4930478A21Rik, EG432981, Mettl7a, ENSMUSG00000058057, LOC554292, Ubie, Yghl1-4, Slc11a2, EG432982, Letmd1, BC035295, Tcfcp2, Pou6f1, Dazap2, BC004728, Bin2, Ela1, Galnt6, Slc4a8, Scn8a, EG668225, Ankrd33
Downstream geneNr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77, Krt76, Krt4, Krt79, Krt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1, Spryd3, Igfbp6, Soat2, Csad, Zfp740, Itgb7, Rarg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042O13.bB6Ng01-042O13.g
ACCDH869134DH869135
length1,031861
definitionDH869134|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042O13, 5' end.DH869135|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,093,231 - 101,094,261)(100,955,932 - 100,956,792)
sequence
gaattcaatccattcagccctcttcctgcccaccccgagcttgaaattac
aacctgcatcttataaacgagatcctctaactcccggttcacgctgaccc
tgctgctttgactccagtggttgtaaatgcaaccacagaagcagatcaga
ccacagtgtgttataggggtttctgggggagtcttgggcggggcggttcc
tgatttgggtgattggaactccagagcctcaagtgtgttggctctagaga
ggttggtcatcggactacatcccaagcttttagcctaggacagaggttct
caacctgtaggtcacgaccccctggggggggggtcaaactaccctctccc
aggggtcacttaagagcatctgaaaatgcagatatttacattacgattca
caaccagaaaaattacagttatgaagtaccaacaaaattaattgtatggt
tgggggtcaccacaacatgaggaactgtgtgaaagagttgcagcattagg
aaggttgccgatttaagggaatgcagatgcagcaggacttgactgagttc
aagttctttcaagtgtatgtttctgaaatcagagtagtagccgattctcc
ctccatatatacatctgttctatcgacagttactcaaagcagggagttag
gaggagctgcaacatgacattggaaaaacatggtggcacacctctgcagt
cctagcactgaggcaggaggatcgctgaaagttcaggagcacctgaaaca
cagactcggtctcagaacacggggttagcagggagggacccagcatgata
gggattccagactcccgctcagacccatgggtgaggaacatgagggtagc
tcactgtctccccttcctgcagagagcctttttctgttgtgggctttact
cttcaacagtaagtagcctgagatagcaatgcccaccttctttcctctgc
aaattgggttagccaggaatagggaagtggactccctcagtccctttccc
atgatgccaaacgggctggtcccatccgata
gaattcatggctttggaagcatgtggggaaggataacccagagctcaatg
ccctgcctgggagcagacaagggtagaccagtttcccaagagacaccaag
cttcatgtccatgcacccctatgacaccacttggccaccttctaaccttc
atgctcctcgtcctgatgtgccatctcttgctcaagggtcccttgagatg
agtggccttgatggttcggggtgggtgagggatgggtagcactttcaagg
ggtcctgaggaggaagatgccttagtggtcctaactctagggatgtggag
ggtctgccagcctcttctcgaggagcagggctgttctccagcttccggga
tttcccaaagctggacgtaaccaagctgtgttttgatccagactagagtg
acaggcctgggactaataagaatgtcatacaggctgggaggagactccgg
ggttttctagctcacacccttcattgtacagagaaggaaactgagggatg
aagaggtgatccaggcctggaacccaactctatgacccatatgattaacc
tttgcaaggcactgtggtgtttgctgcctggaactaaggacacctgtccc
ttcaggattccatttagccctccacagtgaggacctcttcccgtgtttaa
tagacagagagctgaaatctgcagatatttcctcctcgctttccctaaaa
gggagacccacaactccccctctgtcatccaccttgtctttcagtttgaa
aagcctggtcttgaacgtgccaggaggctcccctgactactgagctgccc
ctcttccccttgaatttcagaggagcaaactccagtttgcttaccccttc
tttgttttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_101093231_101094261
seq2: B6Ng01-042O13.b_44_1070 (reverse)

seq1  GGATGGGGCCCAGCCCGCTTGGGCATCGTGGGAAA-GGACTGTGTGAGTC  49
      |||| ||| |||||||| || |||||| ||||||| |||||| | |||||
seq2  GGAT-GGGACCAGCCCG-TTTGGCATCATGGGAAAGGGACTGAGGGAGTC  48

seq1  CACTTCCCCTATTCCCTGCTTACCCAACTCTGCAGAGGAATGAAGGTGGG  99
      ||||| |||||||||  ||| |||||| | |||||||||| |||||||||
seq2  CACTT-CCCTATTCCTGGCTAACCCAA-TTTGCAGAGGAAAGAAGGTGGG  96

seq1  CATTGCTATCTCAGGCTACTTACTGTTGAAGAGTAAAGGCCACAACAGAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATTGCTATCTCAGGCTACTTACTGTTGAAGAGTAAAGCCCACAACAGAA  146

seq1  AAAGGCTCTCTGCAGGAAGGGGAGACAGTGAGCTACCCTCATGTTCCTCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCTCTGCAGGAAGGGGAGACAGTGAGCTACCCTCATGTTCCTCA  196

seq1  CCCATGGGTCTGAGCGGGAGTCTGGAATCCCTATCATGCTGGGTTCCCTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCATGGGTCTGAGCGGGAGTCTGGAATCCCTATCATGCTGGG-TCCCTC  245

seq1  CCTGCTAACCCCGTGTTCTGAGACCGAGTCTGTGTTTCAGGTGCTCCTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTAACCCCGTGTTCTGAGACCGAGTCTGTGTTTCAGGTGCTCCTGA  295

seq1  ACTTTCAGCGATCCTCCTGCCTCAGTGCTAGGACTGCAGAGGTGTGCCAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAGCGATCCTCCTGCCTCAGTGCTAGGACTGCAGAGGTGTGCCAC  345

seq1  CATGTTTTTCCAATGTCATGTTGCAGCTCCTCCTAACTCCCTGCTTTGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTTCCAATGTCATGTTGCAGCTCCTCCTAACTCCCTGCTTTGAG  395

seq1  TAACTGTCGATAGAACAGATGTATATATGGAGGGAGAATCGGCTACTACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTCGATAGAACAGATGTATATATGGAGGGAGAATCGGCTACTACT  445

seq1  CTGATTTCAGAAACATACACTTGAAAGAACTTGAACTCAGTCAAGTCCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTCAGAAACATACACTTGAAAGAACTTGAACTCAGTCAAGTCCTG  495

seq1  CTGCATCTGCATTCCCTTAAATCGGCAACCTTCCTAATGCTGCAACTCTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCTGCATTCCCTTAAATCGGCAACCTTCCTAATGCTGCAACTCTT  545

seq1  TCACACAGTTCCTCATGTTGTGGTGACCCCCAACCATACAATTAATTTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAGTTCCTCATGTTGTGGTGACCCCCAACCATACAATTAATTTTG  595

seq1  TTGGTACTTCATAACTGTAATTTTTCTGGTTGTGAATCGTAATGTAAATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACTTCATAACTGTAATTTTTCTGGTTGTGAATCGTAATGTAAATA  645

seq1  TCTGCATTTTCAGATGCTCTTAAGTGACCCCTGGGAGAGGGTAGTTTGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTTTCAGATGCTCTTAAGTGACCCCTGGGAGAGGGTAGTTTGAC  695

seq1  CCCCCCCCCAGGGGGTCGTGACCTACAGGTTGAGAACCTCTGTCCTAGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCAGGGGGTCGTGACCTACAGGTTGAGAACCTCTGTCCTAGGC  745

seq1  TAAAAGCTTGGGATGTAGTCCGATGACCAACCTCTCTAGAGCCAACACAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCTTGGGATGTAGTCCGATGACCAACCTCTCTAGAGCCAACACAC  795

seq1  TTGAGGCTCTGGAGTTCCAATCACCCAAATCAGGAACCGCCCCGCCCAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCTCTGGAGTTCCAATCACCCAAATCAGGAACCGCCCCGCCCAAG  845

seq1  ACTCCCCCAGAAACCCCTATAACACACTGTGGTCTGATCTGCTTCTGTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCCAGAAACCCCTATAACACACTGTGGTCTGATCTGCTTCTGTGG  895

seq1  TTGCATTTACAACCACTGGAGTCAAAGCAGCAGGGTCAGCGTGAACCGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTACAACCACTGGAGTCAAAGCAGCAGGGTCAGCGTGAACCGGG  945

seq1  AGTTAGAGGATCTCGTTTATAAGATGCAGGTTGTAATTTCAAGCTCGGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGGATCTCGTTTATAAGATGCAGGTTGTAATTTCAAGCTCGGGG  995

seq1  TGGGCAGGAAGAGGGCTGAATGGATTGAATTC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGGAAGAGGGCTGAATGGATTGAATTC  1027

seq1: chr15_100955932_100956792
seq2: B6Ng01-042O13.g_68_928

seq1  GAATTCATGGCTTTGGAAGCATGTGGGGAAGGATAACCCAGAGCTCAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCTTTGGAAGCATGTGGGGAAGGATAACCCAGAGCTCAATG  50

seq1  CCCTGCCTGGGAGCAGACAAGGGTAGACCAGTTTCCCAAGAGACACCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCTGGGAGCAGACAAGGGTAGACCAGTTTCCCAAGAGACACCAAG  100

seq1  CTTCATGTCCATGCACCCCTATGACACCACTTGGCCACCTTCTAACCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGTCCATGCACCCCTATGACACCACTTGGCCACCTTCTAACCTTC  150

seq1  ATGCTCCTCGTCCTGATGTGCCATCTCTTGCTCAAGGGTCCCTTGAGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCTCGTCCTGATGTGCCATCTCTTGCTCAAGGGTCCCTTGAGATG  200

seq1  AGTGGCCTTGATGGTTCGGGGTGGGTGAGGGATGGGTAGCACTTTCAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCTTGATGGTTCGGGGTGGGTGAGGGATGGGTAGCACTTTCAAGG  250

seq1  GGTCCTGAGGAGGAAGATGCCTTAGTGGTCCTAACTCTAGGGATGTGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGAGGAGGAAGATGCCTTAGTGGTCCTAACTCTAGGGATGTGGAG  300

seq1  GGTCTGCCAGCCTCTTCTCGAGGAGCAGGGCTGTTCTCCAGCTTCCGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGCCAGCCTCTTCTCGAGGAGCAGGGCTGTTCTCCAGCTTCCGGGA  350

seq1  TTTCCCAAAGCTGGACGTAACCAAGCTGTGTTTTGATCCAGACTAGAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAAAGCTGGACGTAACCAAGCTGTGTTTTGATCCAGACTAGAGTG  400

seq1  ACAGGCCTGGGACTAATAAGAATGTCATACAGGCTGGGAGGAGACTCCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCTGGGACTAATAAGAATGTCATACAGGCTGGGAGGAGACTCCGG  450

seq1  GGTTTTCTAGCTCACACCCTTCATTGTACAGAGAAGGAAACTGAGGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCTAGCTCACACCCTTCATTGTACAGAGAAGGAAACTGAGGGATG  500

seq1  AAGAGGTGATCCAGGCCTGGAACCCAACTCTATGACCCATATGATTAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTGATCCAGGCCTGGAACCCAACTCTATGACCCATATGATTAACC  550

seq1  TTTGCAAGGCACTGTGGTGTTTGCTGCCTGGAACTAAGGACACCTGTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAGGCACTGTGGTGTTTGCTGCCTGGAACTAAGGACACCTGTCCC  600

seq1  TTCAGGATTCCATTTAGCCCTCCACAGTGAGGACCTCTTCCCGTGTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGATTCCATTTAGCCCTCCACAGTGAGGACCTCTTCCCGTGTTTAA  650

seq1  TAGACAGAGAGCTGAAATCTGCAGATATGTACCCCCTCGCTTTCCCTAAA  700
      |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||
seq2  TAGACAGAGAGCTGAAATCTGCAGATAT-TTCCTCCTCGCTTTCCCTAAA  699

seq1  --GGAGACCCACAACT-CCCCTCTGTCATCCACCTTGTCTTTCTAGTTTG  747
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGGAGACCCACAACTCCCCCTCTGTCATCCACCTTGTCTTTC-AGTTTG  748

seq1  AAAAGCCTGGCCTTGAACGTGCCAGGGAGGC-GCCCTGACTACTGAGCTG  796
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCTGGTCTTGAACGTGCCA-GGAGGCTCCCCTGACTACTGAGCTG  797

seq1  CCCCTCTTCCACTCGAATTTCAGAGGAGCAAACCCCAGCTTGCTTCCCCC  846
      |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||
seq2  CCCCTCTTCCCCTTGAATTTCAGAGGAGCAAACTCCAGTTTGCTTACCCC  847

seq1  TCCTTTGTTCTTCTC  861
      | ||||||| |||||
seq2  TTCTTTGTT-TTCTC  861