BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062F07
Chromosome15 (Build37)
Map Location 92,057,446 - 92,158,772
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn1
Upstream geneLOC545126, Slc2a13, Lrrk2, Muc19, Smgc, LOC100042529
Downstream genePdzrn4, LOC100042552, LOC100043283, Glt8d3, Yaf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062F07.bB6Ng01-062F07.g
ACCDH882761DH882762
length1,1081,147
definitionDH882761|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062F07, 5' end.DH882762|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062F07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,057,446 - 92,058,578)(92,157,621 - 92,158,772)
sequence
gaattccttgtgtgtgaacgcatgcacctttggatttagatgtgtttctt
gtgctctttcttaggctccttttcttctctttgtttttctttgtactctg
ctgatttattttttcttagtgtgttttattttattttatcattatttctt
agatacgtgtttgttttctaaggaaagacagaaaggctgtggatctggat
ggggaggaactaaaaggaaggggtagagttgtaatcaaattatatttcat
gaaaaatatattttaaataaaggggaataactaagctggaagattctggc
atgatggcacatgctacaatcccaacacctgaggcagtagagtcaggaag
atgtggggtatgatgtcagcttgggctatctgagaccatcttaaataaat
gaaaccaaaaacaaagacaaaacagtcatgacacaagctggaggagtgag
ccacagtttgcatctatctgaaccatctcagcgacatcaggaaagaattt
ccctcctttttaggcacatggctcactgctaattcatttggaacactagg
ctcttagctgtggtatgcagatgctgctgagccagtgatatgtgagtgac
tcccacctcttacaaccttccgtatggtgccatttgttcttccttccaga
caggatggactcacagaaaattgcttcccaaactgggtagcacaaaccaa
ttgtgatgggttcaagccagttcacaactcccatattctcaatttgtgta
tatgttgttccaaatgatgctgggtgtgcatcctggtcatgtgtgcaaga
agaaaaaacttaaaaagaggataatctccccagagcagtcagaaattcat
ttattgcttcattctgaccttctagactcttaagcaacttcacattctag
cccactaatcagctgactagctgggtatagtgattaaagaagtcacctgt
ctctatgtccttttgtgtggtgagacagaggtgctcaaaatcaagcaggt
atttaagtctcaagtccagtgggagcatgggccacagagggatgtttaaa
caggagcatcgagaagctctgaaggataccaccatgcctggtcacaatct
acaactta
gaattctcaaaatgaccgtcttccatcttagaagcatgaaggttagcatt
ctggccacgctgttttggttctaagacaaccataatatttaaggatatca
agcaccgagccgtacaattttcaaacctatttgttatgtttcttcttctt
tataataatcaaacatgatattagtttatatgtatgcatccagatcttga
tcatataagcactagtggctttggtggttttttttttttttttaaacagt
ggaagctgctaactaatgccacctcttctacttgttcgtcaattaggagc
ctggaagccaagcaaaatagctgtttgtatttttggcaaatgtgtgtagt
ttgctggcagtgcactattaattccatgctattgactttggtccttcccc
accagaaaatgccagactgccaggctaaacttcctctcagaatggacaga
gcagttgccacagaacgacagccaatgaagtgcaaaagtaaccgctaata
acttcggtgctgataggcatttttggcaaggtaaatctataattgtgagg
actttgaaaattggcttactacatcttgaaacagcaaggtggcagtttgg
caggagtgtgaagttgagggtaaaggaggatgcctttacatactagcata
gctcacttgactgtgggacctcttagaaggctcttatcctctctgagcta
gaaaatagaacatgaaatgggtatataataaggtgtgtgtaagaatcatc
ttttttaaaaaatgatttagtatagattgtagaagccgctactatgaatt
taatatgttgattcaaagaggttttattttgtgagtgtttagcttagcga
gactacatgggtacctgggagtaagacacaagtccccagacttcaggctc
aaggtcctatttatctagtacacgggcatgccgtcaatggacttcctgat
ttgtttattcacggcacatgccaatcttttaccagtacacagatgtctgc
ttggatatcccagcccgagcatgatgttagacaggctaggacttggctct
tgacttagctggcttcgctagagagcatcctgcaaggtgcaaggtagact
gtggggaacctcatctgtcaccagggtcattcttcttaactcaatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_92057446_92058578
seq2: B6Ng01-062F07.b_47_1154

seq1  GAATTCCTTGTGTGTGAACGCATGCACCTTTGGATTTAGATGTGTTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTGTGTGAACGCATGCACCTTTGGATTTAGATGTGTTTCTT  50

seq1  GTGCTCTTTCTTAGGCTCCTTTTCTTCTCTTTGTTTTTCTTTGTACTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTTCTTAGGCTCCTTTTCTTCTCTTTGTTTTTCTTTGTACTCTG  100

seq1  CTGATTTATTTTTTCTTAGTGTGTTTTATTTTATTTTATCATTATTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTATTTTTTCTTAGTGTGTTTTATTTTATTTTATCATTATTTCTT  150

seq1  AGATACGTGTTTGTTTTCTAAGGAAAGACAGAAAGGCTGTGGATCTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACGTGTTTGTTTTCTAAGGAAAGACAGAAAGGCTGTGGATCTGGAT  200

seq1  GGGGAGGAACTAAAAGGAAGGGGTAGAGTTGTAATCAAATTATATTTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGAACTAAAAGGAAGGGGTAGAGTTGTAATCAAATTATATTTCAT  250

seq1  GAAAAATATATTTTAAATAAAGGGGAATAACTAAGCTGGAAGATTCTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATATATTTTAAATAAAGGGGAATAACTAAGCTGGAAGATTCTGGC  300

seq1  ATGATGGCACATGCTACAATCCCAACACCTGAGGCAGTAGAGTCAGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGCACATGCTACAATCCCAACACCTGAGGCAGTAGAGTCAGGAAG  350

seq1  ATGTGGGGTATGATGTCAGCTTGGGCTATCTGAGACCATCTTAAATAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGGTATGATGTCAGCTTGGGCTATCTGAGACCATCTTAAATAAAT  400

seq1  GAAACCAAAAACAAAGACAAAACAGTCATGACACAAGCTGGAGGAGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAAAAACAAAGACAAAACAGTCATGACACAAGCTGGAGGAGTGAG  450

seq1  CCACAGTTTGCATCTATCTGAACCATCTCAGCGACATCAGGAAAGAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTTTGCATCTATCTGAACCATCTCAGCGACATCAGGAAAGAATTT  500

seq1  CCCTCCTTTTTAGGCACATGGCTCACTGCTAATTCATTTGGAACACTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTTTTTAGGCACATGGCTCACTGCTAATTCATTTGGAACACTAGG  550

seq1  CTCTTAGCTGTGGTATGCAGATGCTGCTGAGCCAGTGATATGTGAGTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCTGTGGTATGCAGATGCTGCTGAGCCAGTGATATGTGAGTGAC  600

seq1  TCCCACCTCTTACAACCTTCCGTATGGTGCCATTTGTTCTTCCTTCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCTCTTACAACCTTCCGTATGGTGCCATTTGTTCTTCCTTCCAGA  650

seq1  CAGGATGGACTCACAGAAAATTGCTTCCCAAACTGGGTAGCACAAACCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGACTCACAGAAAATTGCTTCCCAAACTGGGTAGCACAAACCAA  700

seq1  TTGTGATGGGTTCAAGCCAGTTCACAACTCCCATATTCTCAATTTGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATGGGTTCAAGCCAGTTCACAACTCCCATATTCTCAATTTGTGTA  750

seq1  TATGTTGTTCCAAATGATGCTGGGTGTGCATCCTGGTCATGTGTGCAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGTTCCAAATGATGCTGGGTGTGCATCCTGGTCATGTGTGCAAGA  800

seq1  AGAAAAAACTTAAAAAGAGGATAATCTCCCCAGAGCAGTCAGAAATTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAACTTAAAAAGAGGATAATCTCCCCAGAGCAGTCAGAAATTCAT  850

seq1  TTATTGCTTCATTCTGACCTTCTAGACTCTTAAGCAACTTCACATTCTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCTTCATTCTGACCTTCTAGACTCTTAAGCAACTTCACATTCTAG  900

seq1  CCCACTAATCAGCTGACTAGCTGGGTATAGTGATTAAAGAAGTCACCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTAATCAGCTGACTAGCTGGGTATAGTGATTAAAGAAGTCACCTGT  950

seq1  CTCTATGTCCTTTCTGTGTGGTGAGACAGAAGGTTGCCTCAAAAATCAAA  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||   ||| |||||| ||
seq2  CTCTATGTCCTTT-TGTGTGGTGAGACAG-AGGT--GCTC-AAAATC-AA  994

seq1  GCAGGTATTTTAAGTCTCAAAGCCCAAGTGGGAAGCCATTGGGCCACAAG  1050
      ||||||| ||||||||||||  ||  |||||| |||   |||||||| ||
seq2  GCAGGTA-TTTAAGTCTCAAGTCC--AGTGGG-AGC--ATGGGCCAC-AG  1037

seq1  AGGGAATGGTTTAAAACAGGAGCATCGGAGAAAGCCTTCTGAAGGAATTA  1100
      |||| |||  || ||||||||||||| ||| ||||  |||||||||  ||
seq2  AGGG-ATG--TTTAAACAGGAGCATC-GAG-AAGC--TCTGAAGGA--TA  1078

seq1  CCACCATGGCTGGGTCACAAATCTACAAACTTA  1133
      |||||||| || |||||| ||||||| ||||||
seq2  CCACCATGCCT-GGTCAC-AATCTAC-AACTTA  1108

seq1: chr15_92157621_92158772
seq2: B6Ng01-062F07.g_68_1214 (reverse)

seq1  TGATTGAGGTTAAGAAAGAATGACCCTGGTGGCAGATGGATGTTTCCCAC  50
      ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| |||||
seq2  TGATTGA-GTTAAG-AAGAATGACCCTGGTGACAGAT-GAGGTTCCCCAC  47

seq1  AGTCTACACTGCCACTTTGCAGGATG--CTCTAGCGA--GCAGCTAGTTC  96
      ||||||| ||  ||| ||||||||||  |||||||||   ||||||  ||
seq2  AGTCTAC-CTTGCACCTTGCAGGATGCTCTCTAGCGAAGCCAGCTAAGTC  96

seq1  CAGAGCCAAGTTCATAGCCTGTCTAACATCATGCTCTGGTGGCTGGGGAT  146
       ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    |||| |||||
seq2  AAGAGCCAAG-TCCTAGCCTGTCTAACATCATGCTC---GGGCT-GGGAT  141

seq1  AT-CAAGCAGACATCCTGTGTTACTGGTAAAGATTTGGCATGTGCCGTGA  195
      || ||||||||||| ||||| ||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGCAGACAT-CTGTG-TACTGGTAAAAGATTGGCATGTGCCGTGA  189

seq1  ATAAACAAATCAGGAAGTCCATTGACGGCATG-CCGTGTACTAGATAAAT  244
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATAAACAAATCAGGAAGTCCATTGACGGCATGCCCGTGTACTAGATAAAT  239

seq1  AGGACCTTGAGCCTGGAGTCTGGGGACCTTGTGTCTTACT-CCAGGTA-C  292
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
seq2  AGGACCTTGAGCCTGAAGTCTGGGGA-CTTGTGTCTTACTCCCAGGTACC  288

seq1  CATGTAGTCTCGCTAAGCTAAACACTCACAAAATAAAACCTCTTTGAATC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGTCTCGCTAAGCTAAACACTCACAAAATAAAACCTCTTTGAATC  338

seq1  AACATATTAAATTCATAGTAGCGGCTTCTACAATCTATACTAAATCATTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AACATATTAAATTCATAGTAGCGGCTTCTACAATCTATACTAAATCA-TT  387

seq1  TTTTAAAAAAGATGATTCTTACACACACCTTATTATATACCCATTTCATG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAAGATGATTCTTACACACACCTTATTATATACCCATTTCATG  437

seq1  TTCTATTTTCTAGCTCAGAGAGGATAAGAGCCTTCTAAGAGGTCCCACAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTTCTAGCTCAGAGAGGATAAGAGCCTTCTAAGAGGTCCCACAG  487

seq1  TCAAGTGAGCTATGCTAGTATGTAAAGGCATCCTCCTTTACCCTCAACTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGAGCTATGCTAGTATGTAAAGGCATCCTCCTTTACCCTCAACTT  537

seq1  CACACTCCTGCCAAACTGCCACCTTGCTGTTTCAAGATGTAGTAAGCCAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCCTGCCAAACTGCCACCTTGCTGTTTCAAGATGTAGTAAGCCAA  587

seq1  TTTTCAAAGTCCTCACAATTATAGATTTACCTTGCCAAAAATGCCTATCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAGTCCTCACAATTATAGATTTACCTTGCCAAAAATGCCTATCA  637

seq1  GCACCGAAGTTATTAGCGGTTACTTTTGCACTTCATTGGCTGTCGTTCTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGAAGTTATTAGCGGTTACTTTTGCACTTCATTGGCTGTCGTTCTG  687

seq1  TGGCAACTGCTCTGTCCATTCTGAGAGGAAGTTTAGCCTGGCAGTCTGGC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACTGCTCTGTCCATTCTGAGAGGAAGTTTAGCCTGGCAGTCTGGC  737

seq1  ATTTTCTGGTGGGGAAGGACCAAAGTCAATAGCATGGAATTAATAGTGCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTGGTGGGGAAGGACCAAAGTCAATAGCATGGAATTAATAGTGCA  787

seq1  CTGCCAGCAAACTACACACATTTGCCAAAAATACAAACAGCTATTTTGCT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCAAACTACACACATTTGCCAAAAATACAAACAGCTATTTTGCT  837

seq1  TGGCTTCCAGGCTCCTAATTGACGAACAAGTAGAAGAGGTGGCATTAGTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCAGGCTCCTAATTGACGAACAAGTAGAAGAGGTGGCATTAGTT  887

seq1  AGCAGCTTCCACTGTTTAAAAAAAAAAAAAAAACCACCAAAGCCACTAGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTCCACTGTTTAAAAAAAAAAAAAAAACCACCAAAGCCACTAGT  937

seq1  GCTTATATGATCAAGATCTGGATGCATACATATAAACTAATATCATGTTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATATGATCAAGATCTGGATGCATACATATAAACTAATATCATGTTT  987

seq1  GATTATTATAAAGAAGAAGAAACATAACAAATAGGTTTGAAAATTGTACG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTATAAAGAAGAAGAAACATAACAAATAGGTTTGAAAATTGTACG  1037

seq1  GCTCGGTGCTTGATATCCTTAAATATTATGGTTGTCTTAGAACCAAAACA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGGTGCTTGATATCCTTAAATATTATGGTTGTCTTAGAACCAAAACA  1087

seq1  GCGTGGCCAGAATGCTAACCTTCATGCTTCTAAGATGGAAGACGGTCATT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCCAGAATGCTAACCTTCATGCTTCTAAGATGGAAGACGGTCATT  1137

seq1  TTGAGAATTC  1152
      ||||||||||
seq2  TTGAGAATTC  1147