BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080J18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 74,591,257 - 74,726,857
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLy6d, D730001G18Rik, Ly6k, Gml, Hemt1, Cyp11b1, Cyp11b2, 2010109I03Rik
Upstream geneGm628, LOC100041273, EG625276, LOC100040966, EG666113, LOC100041307, LOC100040984, Bai1, 1700016M24Rik, Arc, Jrk, 4933427E11Rik, Psca, 4930572J05Rik, Slurp1, Lypd2, 2300005B03Rik, Lynx1
Downstream geneLOC625653, Ly6e, Ly6i, LOC666240, LOC100041528, Ly6a, Ly6c, LOC546642, EG625737, LOC100041546, I830127L07Rik, LOC100041070, LOC546644, LOC100041087, BC025446, LOC100041092, Ly6f, LOC100041652, LOC100041107, 9030619P08Rik, Ly6h, Gpihbp1, Zfp41, 2810039B14Rik, Top1mt, Rhpn1, Mafa, Zc3h3, LOC672572, Gsdmdc1, Naprt1, Eef1d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080J18.bB6Ng01-080J18.g
ACCDH895699DH895700
length4181,117
definitionDH895699|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080J18, 5' end.DH895700|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080J18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,726,434 - 74,726,857)(74,591,257 - 74,592,365)
sequence
aaagaactatgtgcatgggtgtgcttgtagtgtaaagtgtaagcccatgg
tgtgtatgtgatgtgtgtgggggccttttgcagtatgtgggtagtatgtg
tgcagtgttatatcctgtctggtccatgtgttgtatatggtgtggttcta
tatagaaggtttctacatatcctgtgctatacaaatgatgttttgtggta
tgtgatctgcatttatatgtaatccctgtatgaatattgtgtgtatgatg
tacaaaggtgtgtacgtgtgttatgcatgctttgcaaaatatgttgtatg
tggtgtgcctgtatgttcatgagtgttgcttctgaacatggtataatggt
gtgtttgtgtttgtgagagagaaacaaagtatgagtgtgtgtgtttgttt
aatgtggtatgtggtgtg
gaattccctcctaacaggtgtcttccgccgcttgactctgctgaccacaa
gggggtgcactggcaccaggcttggccctcagctccaggtatggcagtca
cagggaacagccaccacacagcagccaatgcagggtgtctcccgtgtctc
ttagaaagtttcccaatttcttgggttggggcatgttccttcttgccttt
ccctccatctctcttgctcatggtagatgaatgtcctacagtgtctggta
gacagggtggtggctctagagcagaccagcttccattacagacaatggtg
gctgggcgtgggaatctgtgtaaaatatcccaggctcagcagatccagtc
agcgccttgctctacgtgaggacctggagaggcccagagaaagagactca
ctgggtggaggtaccagggctcaccccagaccaagcagtagcttacctag
acattgaggcttggtggcttagggagtttcgatcatatgccacctctcac
agccctctttcggaagcagggtgtttagtcttctttaaggatcagggtgt
aagtgcataaagagaagagggaccctcactataccactgtcatctgcaaa
gggcagggtttgccatataggcccaccttcgtgggcatgcaggatagtag
ctacagtggaacgggctagcctgcttagcagcaaggaggactgcatgttt
ggatatctgctgaatacctgtaccttatccaaccacacggcctcacccta
ttcaggaaactacagaaatctaagtagcacccagggcctaggcagcatca
ggaacctatttcatgggaaagcaagcagtgggcctagatagacagtctct
aggggttgtactctgcttagggcccttctagtctggcatcttcgtcagct
ggaactgagtcacaccctcccacccaacatatcattcattctgggaggac
tccctaatgagtgagttgagtcctggtagctggactcactggaccttggc
tatggtgcaagtgccttgaaactctatgaagaacctttggggaaacaatc
ctgggttgaaggcctgtgtcactgttctttcctcccacaatggtgacttg
gaagagagtttgcccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_74726434_74726857
seq2: B6Ng01-080J18.b_45_468 (reverse)

seq1  CACACCACATACCACATTAAACAAACACACACACTCATACTTTGTTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCACATACCACATTAAACAAACACACACACTCATACTTTGTTTCTC  50

seq1  TCTCACAAACACAAACACACCATTATACCATGTTCAGAAGCAACACTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAAACACAAACACACCATTATACCATGTTCAGAAGCAACACTCAT  100

seq1  GAACATACAGGCACACCACATACAACATATTTTGCAAAGCATGCATAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATACAGGCACACCACATACAACATATTTTGCAAAGCATGCATAACA  150

seq1  CACGTACACACCTTTGTACATCATACACACAATATTCATACAGGGATTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTACACACCTTTGTACATCATACACACAATATTCATACAGGGATTAC  200

seq1  ATATAAATGCAGATCACATACCACAAAACATCATTTGTATAGCACAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATGCAGATCACATACCACAAAACATCATTTGTATAGCACAGGAT  250

seq1  ATGTAGAAACCTTCTATATAGAACCACACCATATACAACACATGGACCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGAAACCTTCTATATAGAACCACACCATATACAACACATGGACCAG  300

seq1  ACAGGATATAACACTGCACACATACTACCCACATACTGCAAAAGGCCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATATAACACTGCACACATACTACCCACATACTGCAAAAGGCCCCC  350

seq1  ACACACATCACATACACACCATGGGCTTACACTTTACACTACAAGCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATCACATACACACCATGGGCTTACACTTTACACTACAAGCACAC  400

seq1  CCATGCACATAGTTCTTTGAATTC  424
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCACATAGTTCTTTGAATTC  424

seq1: chr15_74591257_74592365
seq2: B6Ng01-080J18.g_70_1186

seq1  GAATTCCCTCCTAACAGGTGTCTTCCGCCGCTTGACTCTGCTGACCACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCCTAACAGGTGTCTTCCGCCGCTTGACTCTGCTGACCACAA  50

seq1  GGGGGTGCACTGGCACCAGGCTTGGCCCTCAGCTCCAGGTATGGCAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGCACTGGCACCAGGCTTGGCCCTCAGCTCCAGGTATGGCAGTCA  100

seq1  CAGGGAACAGCCACCACACAGCAGCCAATGCAGGGTGTCTCCCGTGTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAACAGCCACCACACAGCAGCCAATGCAGGGTGTCTCCCGTGTCTC  150

seq1  TTAGAAAGTTTCCCAATTTCTTGGGTTGGGGCATGTTCCTTCTTGCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAGTTTCCCAATTTCTTGGGTTGGGGCATGTTCCTTCTTGCCTTT  200

seq1  CCCTCCATCTCTCTTGCTCATGGTAGATGAATGTCCTACAGTGTCTGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCATCTCTCTTGCTCATGGTAGATGAATGTCCTACAGTGTCTGGTA  250

seq1  GACAGGGTGGTGGCTCTAGAGCAGACCAGCTTCCATTACAGACAATGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTGGTGGCTCTAGAGCAGACCAGCTTCCATTACAGACAATGGTG  300

seq1  GCTGGGCGTGGGAATCTGTGTAAAATATCCCAGGCTCAGCAGATCCAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCGTGGGAATCTGTGTAAAATATCCCAGGCTCAGCAGATCCAGTC  350

seq1  AGCGCCTTGCTCTACGTGAGGACCTGGAGAGGCCCAGAGAAAGAGACTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCCTTGCTCTACGTGAGGACCTGGAGAGGCCCAGAGAAAGAGACTCA  400

seq1  CTGGGTGGAGGTACCAGGGCTCACCCCAGACCAAGCAGTAGCTTACCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGGAGGTACCAGGGCTCACCCCAGACCAAGCAGTAGCTTACCTAG  450

seq1  ACATTGAGGCTTGGTGGCTTAGGGAGTTTCGATCATATGCCACCTCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGGCTTGGTGGCTTAGGGAGTTTCGATCATATGCCACCTCTCAC  500

seq1  AGCCCTCTTTCGGAAGCAGGGTGTTTAGTCTTCTTTAAGGATCAGGGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCTTTCGGAAGCAGGGTGTTTAGTCTTCTTTAAGGATCAGGGTGT  550

seq1  AAGTGCATAAAGAGAAGAGGGACCCTCACTATACCACTGTCATCTGCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCATAAAGAGAAGAGGGACCCTCACTATACCACTGTCATCTGCAAA  600

seq1  GGGCAGGGTTTGCCATATAGGCCCACCTTCGTGGGCATGCAGGATAGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGTTTGCCATATAGGCCCACCTTCGTGGGCATGCAGGATAGTAG  650

seq1  CTACAGTGGAACGGGCTAGCCTGCTTAGCAGCAAGGAGGACTGCATGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTGGAACGGGCTAGCCTGCTTAGCAGCAAGGAGGACTGCATGTTT  700

seq1  GGATATCTGCTGAATACCTGTACCTTATCCAACCACACGGCCTCACCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCTGCTGAATACCTGTACCTTATCCAACCACACGGCCTCACCCTA  750

seq1  TTCAGGAAACTACAGAAATCTAAGTAGCACCCAGGGCCTAGGCAGCATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAAACTACAGAAATCTAAGTAGCACCCAGGGCCTAGGCAGCATCA  800

seq1  GGAACCTATTTCATGGGAAAGCAAGCAGTGGGCCTAGATAGACGGTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGAACCTATTTCATGGGAAAGCAAGCAGTGGGCCTAGATAGACAGTCTCT  850

seq1  A-GGGCTGTACTCTGCTTAGGGCCCTTCTAGTCT-GCATC-TCGTCAGCT  897
      | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  AGGGGTTGTACTCTGCTTAGGGCCCTTCTAGTCTGGCATCTTCGTCAGCT  900

seq1  GGTACTGAGTCACA-CCTCCCACCCCAACATA-CATTCA-TCT-GGAAGA  943
      || ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||| ||| ||
seq2  GGAACTGAGTCACACCCTCCCA-CCCAACATATCATTCATTCTGGGAGGA  949

seq1  GTCCCTAAGGAGTGAGTGAGGTCCTGGTAGCTGGACTCACCTTGGACCTT  993
       ||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  CTCCCTAATGAGTGAGTTGAGTCCTGGTAGCTGGACTCAC--TGGACCTT  997

seq1  GGCTAT-GTGC-AGTGCCCTTGAAACTCTATGAGGAACC-TTGGGGAAAC  1040
      |||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GGCTATGGTGCAAGTG-CCTTGAAACTCTATGAAGAACCTTTGGGGAAAC  1046

seq1  AATCTCAGGGTTG-AGGCCTGGGTACACTG-TCCTTCCTCCCCACATGG-  1087
      |||| | |||||| ||||||| || ||||| || ||||||||   |||| 
seq2  AATC-CTGGGTTGAAGGCCTGTGT-CACTGTTCTTTCCTCCCACAATGGT  1094

seq1  GACTTGG-AGAGAGTTTGCCCCT  1109
      ||||||| |||||||||||||||
seq2  GACTTGGAAGAGAGTTTGCCCCT  1117