BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087B09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 90,452,459 - 90,593,576
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpne8, LOC100042462, LOC100042471
Upstream geneLOC676575, Syt10, Alg10b, EG627342
Downstream geneEG667682, Tcea1-ps1, Spn-ps, Kif21a, EG635871, Abcd2, LOC545126, Slc2a13, Lrrk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087B09.bB6Ng01-087B09.g
ACCDH900311DH900312
length1,069901
definitionDH900311|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087B09, 5' end.DH900312|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,452,459 - 90,453,466)(90,592,678 - 90,593,576)
sequence
gaattcctaaaattatagtaattattaagctccttcttagcaggactgct
gttaaatcatttctgacagtcaaaactgcactgagaactctgccagtctt
caagtatctgagatagcttcggagatagcaagcgggcatctactactcga
agcacattccaagaggctgtaaaactattaaccaaaggtcataaaaaggg
aactgtttactataagtgcaagggcagaagataaaatattgactgggctt
atctatataaatttcaataattacttagtcacaagagttatggctctcaa
ctctacatgaaaactgtagctaatggcagatgaatgtttaaccagataat
tattcctagtggatatgcatgtaaacactctgtgttgtaaacttcttatt
caatgtattacttaaatttatgtgtaaacttgtggtgaactttttaccag
gtgatcatgtatttgtataagtgctgaggacagaggagagatcccttatc
tctcactctctctctctttttttattggttattttatttatttacatttc
aaatgttatcccctttttcgattttcccctccccagaaaccccctattaa
atccccctcatgcttctacaaggatgtgcccccacccacccactctcatc
tccctaccctcacattcccctacactgatgcatcaagccttcatgggacc
aagggcctcttctcccattgattcccgacaaggccatcctctgctacata
tatggctggagccatgggcccctccatgtgtactccttggttggtggttt
agacccagtggcgcacaactttaatcccagcactcgggaggcagaggcat
gcggatttctgagttcgaggccagcctggtctacaaagtgagttctagga
cagccagggctatacagagaaaccctgtctcgaaaaccaaaaataaataa
aataaaataaaataaataaataaatagccctgggagctctgggtagttgg
tattgtctcctatggggtgcaagccccttttaccaccttttctagagaac
tgttagccaggacccaaga
gaattcccataaggtccaacatattgtcatttctttctggaaggaagaat
gagttccgtggagctcgggggtattcacaagatcctctggaatcctttgc
tctctgggtggctggctggaactggggagtctttggtagtatagctgctt
gtaggccgcccagagagtgtcaagaggttcagttttacaggagtcttcca
tgttacaaataggtgtctacagcggtgcacttgcctgtaagctgcccagg
acatgtctgggtgacgcttttgagttatatacatggttctgtaaataaca
ctaataaactaactcatccagcaggacttgggtggaatcttttctttaat
ctgtcagtctctaaaaaaggttgaaacacgtggtgattgggatgtgatgt
gtgtgtgtgtgtgtacatgcatgcacattcacattgcatgcctgtgtttg
tgtgcacaaatgtgcatgtgtaagcatatgtgcatatacacatatacaag
catgactgtgaggaggacaaaggatgagcttgcctgcgcctgcagccatc
tttggatatcttcttcatgtattgctttctacctaatttttttttgagtc
tgtgtcatttcactgagcatgaagctcacagttttggtaaggctgtctgc
tcagtgcactccaggggtcctcctgtttctcttccctcattctctcccag
ttctggggttgcagatgtgtggagtgaaccaaggtaagaggcagtgggtt
agaggcttcgagggcataatattcacagaattgattgaggaagaaattct
atgacttcaattaggtatcagaggagatctggaactccctgaagtctcag
tgttaagcctgggtcgttgggttgccaccaggaccagcttatggtattat
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_90452459_90453466
seq2: B6Ng01-087B09.b_49_1050

seq1  GAATTCCTAAAATTATAGTAATTATTAAGCTCCTTCTTAGCAGGACTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAATTATAGTAATTATTAAGCTCCTTCTTAGCAGGACTGCT  50

seq1  GTTAAATCATTTCTGACAGTCAAAACTGCACTGAGAACTCTGCCAGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATCATTTCTGACAGTCAAAACTGCACTGAGAACTCTGCCAGTCTT  100

seq1  CAAGTATCTGAGATAGCTTCGGAGATAGCAAGCGGGCATCTACTACTCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATCTGAGATAGCTTCGGAGATAGCAAGCGGGCATCTACTACTCGA  150

seq1  AGCACATTCCAAGAGGCTGTAAAACTATTAACCAAAGGTCATAAAAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATTCCAAGAGGCTGTAAAACTATTAACCAAAGGTCATAAAAAGGG  200

seq1  AACTGTTTACTATAAGTGCAAGGGCAGAAGATAAAATATTGACTGGGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTTACTATAAGTGCAAGGGCAGAAGATAAAATATTGACTGGGCTT  250

seq1  ATCTATATAAATTTCAATAATTACTTAGTCACAAGAGTTATGGCTCTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATAAATTTCAATAATTACTTAGTCACAAGAGTTATGGCTCTCAA  300

seq1  CTCTACATGAAAACTGTAGCTAATGGCAGATGAATGTTTAACCAGATAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATGAAAACTGTAGCTAATGGCAGATGAATGTTTAACCAGATAAT  350

seq1  TATTCCTAGTGGATATGCATGTAAACACTCTGTGTTGTAAACTTCTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTAGTGGATATGCATGTAAACACTCTGTGTTGTAAACTTCTTATT  400

seq1  CAATGTATTACTTAAATTTATGTGTAAACTTGTGGTGAACTTTTTACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATTACTTAAATTTATGTGTAAACTTGTGGTGAACTTTTTACCAG  450

seq1  GTGATCATGTATTTGTATAAGTGCTGAGGACAGAGGAGAGATCCCTTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCATGTATTTGTATAAGTGCTGAGGACAGAGGAGAGATCCCTTATC  500

seq1  TCTCACTCTCTCTCTCTTTTTTTATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTCTCTCTCTCTTTTTTTATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTC  550

seq1  AAATGTTATCCCCTTTTTCGATTTTCCCCTCCCCAGAAACCCCCTATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTATCCCCTTTTTCGATTTTCCCCTCCCCAGAAACCCCCTATTAA  600

seq1  ATCCCCCTCATGCTTCTACAAGGATGTGCCCCCACCCACCCACTCTCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCTCATGCTTCTACAAGGATGTGCCCCCACCCACCCACTCTCATC  650

seq1  TCCCTACCCTCACATTCCCCTACACTGATGCATCAAGCCTTCATGGGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACCCTCACATTCCCCTACACTGATGCATCAAGCCTTCATGGGACC  700

seq1  AAGGGCCTCTTCTCCCATTGATTCCCGACAAGGCCATCCTCTGCTACATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCTCTTCTCCCATTGATTCCCGACAAGGCCATCCTCTGCTACATA  750

seq1  TATGGCTGGAGCCATGGGCCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTGGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTGGAGCCATGGGCCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTGGTTT  800

seq1  AGACCCAGTGGCGCACAACTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAGTGGCGCACAACTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAT  850

seq1  GCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCTAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCTAGGA  900

seq1  CAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAATAAAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  CAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCG-AAAACCAAAAAT-AAAT  948

seq1  AAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAGGCCCTGGGAGCTCTGGTT  1000
      ||||||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||||||| |
seq2  AAAATAAAATAAAAT-AAATAAA--TAAATA-GCCCTGGGAGCTCTGGGT  994

seq1  AGTTGGTA  1008
      ||||||||
seq2  AGTTGGTA  1002

seq1: chr15_90592678_90593576
seq2: B6Ng01-087B09.g_71_971 (reverse)

seq1  ACTAATACCATAAGCTGGTCCTGGTGGCAACCAAACGA-CCAGGCTTAAC  49
      | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  AATAATACCATAAGCTGGTCCTGGTGGCAACCCAACGACCCAGGCTTAAC  50

seq1  ACTGGGACTTCAGGGGGGTCCAGATCTCCTCTGATACCTAATTGAAGTCA  99
      |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGACTTCAGGGAGTTCCAGATCTCCTCTGATACCTAATTGAAGTCA  100

seq1  TAGAATTTCTTCCTCAATCAATTCTGTGAATTTTATGCCCTCGAAGCCTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTCTTCCTCAATCAATTCTGTGAATATTATGCCCTCGAAGCCTC  150

seq1  TAACCCACTGCCTCTTACCTTGGTTCACTCCACACATCTGCAACCCCAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCACTGCCTCTTACCTTGGTTCACTCCACACATCTGCAACCCCAGA  200

seq1  ACTGGGAGAGGATGAGGGAAGAGAAACAGGAGGACCCCTGGAGTGCACTG  249
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAGAGAATGAGGGAAGAGAAACAGGAGGACCCCTGGAGTGCACTG  250

seq1  AGCAGACAGCCTTACCAAAACTGTGAGCTTCATGCTCAGTG-AATGACAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGCAGACAGCCTTACCAAAACTGTGAGCTTCATGCTCAGTGAAATGACAC  300

seq1  AGACTCAAAAAAAAATTAGGTAGAAAGCAATACATGAAGAAGATATCCAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAAAAAAAAATTAGGTAGAAAGCAATACATGAAGAAGATATCCAA  350

seq1  AGATGGCTGCAGGCGCAGGCAAGCTCATCCTTTGTCCTCCTCACAGTCAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTGCAGGCGCAGGCAAGCTCATCCTTTGTCCTCCTCACAGTCAT  400

seq1  GCTTGTATATGTGTATATGCACATATGCTTACACATGCACATTTGTGCAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTATATGTGTATATGCACATATGCTTACACATGCACATTTGTGCAC  450

seq1  ACAAACACAGGCATGCAATGTGAATGTGCATGCATGTACACACACACACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACAGGCATGCAATGTGAATGTGCATGCATGTACACACACACACA  500

seq1  CACATCACATCCCAATCACCACGTGTTTCAACCTTTTTTAGAGACTGACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCACATCCCAATCACCACGTGTTTCAACCTTTTTTAGAGACTGACA  550

seq1  GATTAAAGAAAAGATTCCACCCAAGTCCTGCTGGATGAGTTAGTTTATTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGAAAAGATTCCACCCAAGTCCTGCTGGATGAGTTAGTTTATTA  600

seq1  GTGTTATTTACAGAACCATGTATATAACTCAAAAGCGTCACCCAGACATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATTTACAGAACCATGTATATAACTCAAAAGCGTCACCCAGACATG  650

seq1  TCCTGGGCAGCTTACAGGCAAGTGCACCGCTGTAGACACCTATTTGTAAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGCAGCTTACAGGCAAGTGCACCGCTGTAGACACCTATTTGTAAC  700

seq1  ATGGAAGACTCCTGTAAAACTGAACCTCTTGACACTCTCTGGGCGGCCTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGACTCCTGTAAAACTGAACCTCTTGACACTCTCTGGGCGGCCTA  750

seq1  CAAGCAGCTATACTACCAAAGACTCCCCAGTTCCAGCCAGCCACCCAGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGCTATACTACCAAAGACTCCCCAGTTCCAGCCAGCCACCCAGAG  800

seq1  AGCAAAGGATTCCAGAGGATCTTGTGAATACCCCCGAGCTCCACGGAACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGGATTCCAGAGGATCTTGTGAATACCCCCGAGCTCCACGGAACT  850

seq1  CATTCTTCCTTCCAGAAAGAAATGACAATATGTTGGACCTTATGGGAATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCCTTCCAGAAAGAAATGACAATATGTTGGACCTTATGGGAATT  900

seq1  C  899
      |
seq2  C  901