BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102I19
Chromosome15 (Build37)
Map Location 34,519,199 - 34,646,472
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpal2
Upstream genePgcp, Tspyl5, LOC675463, Mtdh, Laptm4b, Matn2, Rpl30, BC030476, Hrsp12, Pop1
Downstream geneKcns2, Stk3, Osr2, Vps13b, EG666183
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102I19.bB6Ng01-102I19.g
ACCDH911411DH911412
length1,1991,078
definitionDH911411|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102I19, 5' end.DH911412|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,519,199 - 34,520,411)(34,645,380 - 34,646,472)
sequence
gaattccctcaaaaatggttgtgggccactatgtgggtgttgggactcaa
atccaggtcttctggaagaacagctttgtgctcttaagcactgggccatc
tgtctagtccatctgtctagtccttcatgtccttcatgtgcagggaagta
tagtctgtgcgactttttcactttatacaacacttaaaagtttcaaatct
gcccatgacttccataactattttgttttcttgtagaagtcactagtgat
gactgtagaatgcccagacattaagacatgcatagacgctgtcttctccg
ttgttactttaatgaaataaccttttggtatttcactgcccagttcttta
aagcaggaatagatattaaattttaaggtgcctttgagatacatcgagat
aagtatataatactttcttatttattcttctagcttattgcagtatcatt
gaaaaatagcatttcatgtatttaggaatacagcatgacaatttgatctt
cacatgtgttatgagatggttatcagattcaggttgttcaatgtgtcctt
cattgtatacagttattctttcatgtgtatatggtgagaacttactctca
gaaaactttgagtacagaatatcacgttaactacagttgttgtgttgtac
actagagccccagagcacgctggtaacgcaaagtttgtgcaactcaacca
acaatctcaaaagctcccttttgactcataaacatgataaaatatattgt
ttttttctcatcaaaataaattaattttacttattttagcaattttaaag
ttagtttataaagcaatgggttccattataacatttttatatgtatatgt
ctttatattttgatattacaacaaaagataatgggtttcttttttaaata
taaacttgatctcaaaaaaatatatatgtgtatgtgtatgccatgtgaag
accagagaacacctgtagagtggttctcttcttctaccatatagtccagg
gataaactcagtcatgagacttggcagcagtggcccttcctgctgaagca
ttctcctggctcctagatgaattctccccagaatatgggtctaagtactc
gaaggttggatactccactggacttgctctcaggtaacatcaaacaaata
taccgaccctttgcatctctcggggaatatttgacaggaagcttagctc
gaattcctattacgtgtcaggcattgagaggatgacagtggcaagatgag
gactctgctgtcagggagtgcagaaatgtgagttgccccttccctgtctt
ctctctgaatttatagcaaaggctaagagatggtgagccagcgagtggct
atctagatgcctgcctcatagcatttctgctttgcttcaaatggtggcca
ccactttagctctcctttaaagaagacagaactaactgccttactaagtt
attgaggttacagagcctcataatctgtcatctgcagatttaaactgatg
gctggagaaccagaggcactaaagacagaaatgattttgttccagctcaa
gtagtcaggcagaaagtctgcttccagtctattctaatcagattctcagg
aaatcaggtgtgtgctgcccccaagattatggagggggcatgctttttct
ttattcagtctgctaattcaaaccctaacatcttccagatgcactactgt
agatacaccctgaaagacggtggtccactctgagcatcctcaagtccagt
caagttacacataaaattaaccaccacgtatagcaagtattatacttggt
gttaatctaggttaaatattttatatatgcacacacatatatgtacacaa
tgctggtccatgcacattaatcaatagataacatttattattgttggttc
tattatttttgtatcaatactgagataatctattgagataataatcttgg
gtcctaacaaccaagagccagagacggatactgaatcagtaatgttatgg
tgaagataaactttggtaagaaaagtttcagaatgagaagagaatctctt
ttttattgagccaggatgactgaaggtaaggaagccagtcaacttgcttg
gaaatatgagcagatcagaaaatgagtatatgatgagaattatttcatag
gttccaaactctgtatatatgagtatactaacactttaaaaatattgctt
atttcccacataattattgtgtttgtatatttataatatcaatctatcca
gctcactaccatcattccccctcaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_34519199_34520411
seq2: B6Ng01-102I19.b_46_1244

seq1  GAATTCCCTCAAAAATGGTTGTGGGCCACTATGTGGGTGTTGGGACTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCAAAAATGGTTGTGGGCCACTATGTGGGTGTTGGGACTCAA  50

seq1  ATCCAGGTCTTCTGGAAGAACAGCTTTGTGCTCTTAAGCACTGGGCCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGTCTTCTGGAAGAACAGCTTTGTGCTCTTAAGCACTGGGCCATC  100

seq1  TGTCTAGTCCATCTGTCTAGTCCTTCATGTCCTTCATGTGCAGGGAAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGTCCATCTGTCTAGTCCTTCATGTCCTTCATGTGCAGGGAAGTA  150

seq1  TAGTCTGTGCGACTTTTTCACTTTATACAACACTTAAAAGTTTCAAATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTGTGCGACTTTTTCACTTTATACAACACTTAAAAGTTTCAAATCT  200

seq1  GCCCATGACTTCCATAACTATTTTGTTTTCTTGTAGAAGTCACTAGTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGACTTCCATAACTATTTTGTTTTCTTGTAGAAGTCACTAGTGAT  250

seq1  GACTGTAGAATGCCCAGACATTAAGACATGCATAGACGCTGTCTTCTCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTAGAATGCCCAGACATTAAGACATGCATAGACGCTGTCTTCTCCG  300

seq1  TTGTTACTTTAATGAAATAACCTTTTGGTATTTCACTGCCCAGTTCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACTTTAATGAAATAACCTTTTGGTATTTCACTGCCCAGTTCTTTA  350

seq1  AAGCAGGAATAGATATTAAATTTTAAGGTGCCTTTGAGATACATCGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAATAGATATTAAATTTTAAGGTGCCTTTGAGATACATCGAGAT  400

seq1  AAGTATATAATACTTTCTTATTTATTCTTCTAGCTTATTGCAGTATCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATATAATACTTTCTTATTTATTCTTCTAGCTTATTGCAGTATCATT  450

seq1  GAAAAATAGCATTTCATGTATTTAGGAATACAGCATGACAATTTGATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATAGCATTTCATGTATTTAGGAATACAGCATGACAATTTGATCTT  500

seq1  CACATGTGTTATGAGATGGTTATCAGATTCAGGTTGTTCAATGTGTCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTGTTATGAGATGGTTATCAGATTCAGGTTGTTCAATGTGTCCTT  550

seq1  CATTGTATACAGTTATTCTTTCATGTGTATATGGTGAGAACTTACTCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTATACAGTTATTCTTTCATGTGTATATGGTGAGAACTTACTCTCA  600

seq1  GAAAACTTTGAGTACAGAATATCACGTTAACTACAGTTGTTGTGTTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTTTGAGTACAGAATATCACGTTAACTACAGTTGTTGTGTTGTAC  650

seq1  ACTAGAGCCCCAGAGCACGCTGGTAACGCAAAGTTTGTGCAACTCAACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAGCCCCAGAGCACGCTGGTAACGCAAAGTTTGTGCAACTCAACCA  700

seq1  ACAATCTCAAAAGCTCCCTTTTGACTCATAAACATGATAAAATATATTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTCAAAAGCTCCCTTTTGACTCATAAACATGATAAAATATATTGT  750

seq1  TTTTTTCTCATCAAAATAAATTAATTTTACTTATTTTAGCAATTTTAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTCATCAAAATAAATTAATTTTACTTATTTTAGCAATTTTAAAG  800

seq1  TTAGTTTATAAAGCAATGGGTTCCATTATAACATTTTTATATGTATATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTATAAAGCAATGGGTTCCATTATAACATTTTTATATGTATATGT  850

seq1  CTTTATATTTTGATATTACAACAAAAGATAATGGGTTTCTTTTTTAAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATATTTTGATATTACAACAAAAGATAATGGGTTTCTTTTTTAAATA  900

seq1  TAAACTTGATCTCAAAAAAATATATATGTGTATGTGTATGCCATGTGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTGATCTCAAAAAAATATATATGTGTATGTGTATGCCATGTGAAG  950

seq1  ACCAGAGAACACCTGTAGGAGTGGTTCTCTCCTTCTACCATATAGTCCCA  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  ACCAGAGAACACCTGTA-GAGTGGTTCTCTTCTTCTACCATATAGT-CCA  998

seq1  GGGATTAAACTCAGGTCATGAGACTTGGCAGCAAGTGCCCTTCCCTGCTG  1050
      |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| || | |||||||
seq2  GGGA-TAAACTCA-GTCATGAGACTTGGCAGC-AGTGGCCCTTCCTGCTG  1045

seq1  AAGCATCTCCCTGGCTCCTAGAATGGATTTCTCACAGAATTATGGTTTCT  1100
      ||||||   |||||||||||| ||| |||   | ||||| |||||  |||
seq2  AAGCATTCTCCTGGCTCCTAG-ATGAATTCTCCCCAGAA-TATGG-GTCT  1092

seq1  TAGTTTACTCAGATGTTTGAATACT-CACTGGACTTGCTTCTAGGTAAAC  1149
       ||  ||||| || | ||| ||||| |||||||||||||   |||| |||
seq2  AAG--TACTC-GAAGGTTGGATACTCCACTGGACTTGCTCTCAGGT-AAC  1138

seq1  ATAACACAAATAAAACGCACCTTTTGCATCT-TCGTGGGATTAATTTGAC  1198
      || | ||||||| | || ||| ||||||||| ||| || ||  |||||||
seq2  ATCAAACAAATATACCG-ACCCTTTGCATCTCTCGGGGAAT--ATTTGAC  1185

seq1  AAGGAAGCTTAGCTC  1213
       ||||||||||||||
seq2  -AGGAAGCTTAGCTC  1199

seq1: chr15_34645380_34646472
seq2: B6Ng01-102I19.g_68_1145 (reverse)

seq1  GGGTTGAGGGGGAATGATGGGGTAAGTGAGCTGGAATAGATTTGATATTT  50
      ||||||||||||||||||||    |||||||||| ||||| |||||||| 
seq2  GGGTTGAGGGGGAATGATGG---TAGTGAGCTGG-ATAGA-TTGATATTA  45

seq1  ATAATATACCAAACACAATATATTTATGTGGGAAATTAAGCAATATTTTT  100
        |||||| ||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAAATATA-CAAACACA--ATAATTATGTGGGAAA-TAAGCAATATTTTT  91

seq1  TAAAAGTTGTTAGTATACTCATTATATACAGGAGTTTGGAACCTATGAAA  150
        |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  --AAAG-TGTTAGTATACTCA-TATATACA-GAGTTTGGAACCTATGAAA  136

seq1  TAATTCTCATCATATACTCATTTTTCTGAATCTGCTCATATTTCCAAGCA  200
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTCATCATATACTCA-TTTTCTG-ATCTGCTCATATTTCCAAGCA  184

seq1  AGTTGACTGGCTTCCTTACCTTCAGTCATCCTGGCTCAAT-AAAAAGAGA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTTGACTGGCTTCCTTACCTTCAGTCATCCTGGCTCAATAAAAAAGAGA  234

seq1  TTCTCTTCTCATTCTGAAACTTTTCTTACCAAAGTTTATCTTCACCATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCTCATTCTGAAACTTTTCTTACCAAAGTTTATCTTCACCATAA  284

seq1  CATTACTGATTCAGTATCCGTCTCTGGCTCTTGGTTGTTAGGACCCAAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTGATTCAGTATCCGTCTCTGGCTCTTGGTTGTTAGGACCCAAGA  334

seq1  TTATTATCTCAATAGATTATCTCAGTATTGATACAAAAATAATAGAACCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCTCAATAGATTATCTCAGTATTGATACAAAAATAATAGAACCA  384

seq1  ACAATAATAAATGTTATCTATTGATTAATGTGCATGGACCAGCATTGTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAATAAATGTTATCTATTGATTAATGTGCATGGACCAGCATTGTGT  434

seq1  ACATATATGTGTGTGCATATATAAAATATTTAACCTAGATTAACACCAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATGTGTGTGCATATATAAAATATTTAACCTAGATTAACACCAAG  484

seq1  TATAATACTTGCTATACGTGGTGGTTAATTTTATGTGTAACTTGACTGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATACTTGCTATACGTGGTGGTTAATTTTATGTGTAACTTGACTGGA  534

seq1  CTTGAGGATGCTCAGAGTGGACCACCGTCTTTCAGGGTGTATCTACAGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGATGCTCAGAGTGGACCACCGTCTTTCAGGGTGTATCTACAGTA  584

seq1  GTGCATCTGGAAGATGTTAGGGTTTGAATTAGCAGACTGAATAAAGAAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCTGGAAGATGTTAGGGTTTGAATTAGCAGACTGAATAAAGAAAA  634

seq1  AGCATGCCCCCTCCATAATCTTGGGGGCAGCACACACCTGATTTCCTGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCCCCCTCCATAATCTTGGGGGCAGCACACACCTGATTTCCTGAG  684

seq1  AATCTGATTAGAATAGACTGGAAGCAGACTTTCTGCCTGACTACTTGAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATTAGAATAGACTGGAAGCAGACTTTCTGCCTGACTACTTGAGC  734

seq1  TGGAACAAAATCATTTCTGTCTTTAGTGCCTCTGGTTCTCCAGCCATCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAAAATCATTTCTGTCTTTAGTGCCTCTGGTTCTCCAGCCATCAG  784

seq1  TTTAAATCTGCAGATGACAGATTATGAGGCTCTGTAACCTCAATAACTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATCTGCAGATGACAGATTATGAGGCTCTGTAACCTCAATAACTTA  834

seq1  GTAAGGCAGTTAGTTCTGTCTTCTTTAAAGGAGAGCTAAAGTGGTGGCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGCAGTTAGTTCTGTCTTCTTTAAAGGAGAGCTAAAGTGGTGGCCA  884

seq1  CCATTTGAAGCAAAGCAGAAATGCTATGAGGCAGGCATCTAGATAGCCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGAAGCAAAGCAGAAATGCTATGAGGCAGGCATCTAGATAGCCAC  934

seq1  TCGCTGGCTCACCATCTCTTAGCCTTTGCTATAAATTCAGAGAGAAGACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTGGCTCACCATCTCTTAGCCTTTGCTATAAATTCAGAGAGAAGACA  984

seq1  GGGAAGGGGCAACTCACATTTCTGCACTCCCTGACAGCAGAGTCCTCATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGGCAACTCACATTTCTGCACTCCCTGACAGCAGAGTCCTCATC  1034

seq1  TTGCCACTGTCATCCTCTCAATGCCTGACACGTAATAGGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACTGTCATCCTCTCAATGCCTGACACGTAATAGGAATTC  1078