BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109M02
Chromosome15 (Build37)
Map Location 30,351,092 - 30,502,317
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnnd2
Upstream geneLOC382975
Downstream gene9630009A06Rik, Dap, EG625796, 5730557B15Rik, Ropn1l, LOC622810, March6, Cmbl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109M02.bB6Ng01-109M02.g
ACCDH916575DH916576
length847727
definitionDH916575|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109M02, 5' end.DH916576|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,351,092 - 30,351,936)(30,501,592 - 30,502,317)
sequence
gaattcccccaaaattaaaaatgtttacatatgtgagtgtatgtgtatgt
atgcatgttcatgtataagggtccatacaggccacagtgtacacgtggag
gtcagagatcagcccagagtgtcagtctctcttccgttttgcttgagaca
gaactcccacttgtcaaatctaccctgcatatgacaggctttctggctca
tagcctctaggggagtgccccactctgtcctcactggccaaagaggcgtc
aggactgaaaacacagtcagacctttgcatggttcctgagtgccagtgcg
ggtcaacagccttgcatccccagtgggttttacttttgcacgatctccct
gagctcaggagccttaactttaaagaacagagaaggagagatccacccag
agaccccaatcagacctactctgaaagcctttcacagagctcaacacata
acatataataaatcctcagaatgtgaatgtgtgtgcccttcgatgtccat
ctctttacctgccatggggaagcagaaataatcaacagtggagtcatgcc
tggacacttctttcctggtatgttttactgtaaagagcatctataatgga
ggtcagaagagactatgacgttgaaatgatacatgtttaggagcaaaaat
gttttagtttctctgagatgtaaatctgaggtgtaataggactatttcct
tgtttggttcctacattggtgtaactttatcctgtcgaatcacgaaatcg
atggtaaataatagatgatagatagatagatagataaaatagatagatag
atgatagatagaaagaaaatagatagatgataggtatatatatattt
gaattctattccaattaaaaatattacatggtatgtgggagagaggcttt
actgagcagagatattagggagaagataaggcaagccaatcatggcagaa
gaaaactcttaattgtctttgaaatttcccagacctcaaaatgcaatggg
tctgcaggctagtgttgtccaccatcagaagatgacatcagtgggcaaag
gcttcaggcagctagaaacaagggtggccactgccatgactttcccaggt
actctgctcttagggagccagaatgctcctggcaatctagctagtgaaga
gatccaaggtctgttttgtttgctgttgttgctgttgtttttgttttttt
gttttagaaaaatgaatatgcttgtgctgaagctcacagggcgttctgga
acccaagcacctgtgcaagtgattagtgagaagtggctggtcctggacag
acacatggaaacagggctggcaagattggctacttcataaaatagagttt
aagaagtaaaaattggcttgttgtaggttgccctggtgctgtctgaattc
tgatgttaattctgcttcctcaaaaggggctgccccaaggacaagtggat
cacattctcgggtgatttcatgtgaaacttctccccattctaactggcca
aataaaggctagagcctatgattgggcagaggaagggaaaggtggggctg
gaggttttagagagtgggagaagagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_30351092_30351936
seq2: B6Ng01-109M02.b_50_896

seq1  GAATTCCCCCAAAATTAAAAATGTTTACATATGTGAGTGTATGTGTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCAAAATTAAAAATGTTTACATATGTGAGTGTATGTGTATGT  50

seq1  ATGCATGTTCATGTATAAGGGTCCATACAGGCCACAGTGTACACGTGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTTCATGTATAAGGGTCCATACAGGCCACAGTGTACACGTGGAG  100

seq1  GTCAGAGATCAGCCCAGAGTGTCAGTCTCTCTTCCGTTTTGCTTGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGATCAGCCCAGAGTGTCAGTCTCTCTTCCGTTTTGCTTGAGACA  150

seq1  GAACTCCCACTTGTCAAATCTACCCTGCATATGACAGGCTTTCTGGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCCACTTGTCAAATCTACCCTGCATATGACAGGCTTTCTGGCTCA  200

seq1  TAGCCTCTAGGGGAGTGCCCCACTCTGTCCTCACTGGCCAAAGAGGCGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTCTAGGGGAGTGCCCCACTCTGTCCTCACTGGCCAAAGAGGCGTC  250

seq1  AGGACTGAAAACACAGTCAGACCTTTGCATGGTTCCTGAGTGCCAGTGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGAAAACACAGTCAGACCTTTGCATGGTTCCTGAGTGCCAGTGCG  300

seq1  GGTCAACAGCCTTGCATCCCCAGTGGGTTTTACTTTTGCACGATCTCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAACAGCCTTGCATCCCCAGTGGGTTTTACTTTTGCACGATCTCCCT  350

seq1  GAGCTCAGGAGCCTTAACTTTAAAGAACAGAGAAGGAGAGATCCACCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCAGGAGCCTTAACTTTAAAGAACAGAGAAGGAGAGATCCACCCAG  400

seq1  AGACCCCAATCAGACCTACTCTGAAAGCCTTTCACAGAGCTCAACACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCAATCAGACCTACTCTGAAAGCCTTTCACAGAGCTCAACACATA  450

seq1  ACATATAATAAATCCTCAGAATGTGAATGTGTGTGCCCTTCGATGTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAATAAATCCTCAGAATGTGAATGTGTGTGCCCTTCGATGTCCAT  500

seq1  CTCTTTACCTGCCATGGGGAAGCAGAAATAATCAACAGTGGAGTCATGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTACCTGCCATGGGGAAGCAGAAATAATCAACAGTGGAGTCATGCC  550

seq1  TGGACACTTCTTTCCTGGTATGTTTTACTGTAAAGAGCATCTATAATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACTTCTTTCCTGGTATGTTTTACTGTAAAGAGCATCTATAATGGA  600

seq1  GGTCAGAAGAGACTATGACGTTGAAATGATACATGTTTAGGAGCAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAAGAGACTATGACGTTGAAATGATACATGTTTAGGAGCAAAAAT  650

seq1  GTTTTAGTTTCTCTGAGATGTAAATCTGAGGTGTAATAGGACTATTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGTTTCTCTGAGATGTAAATCTGAGGTGTAATAGGACTATTTCCT  700

seq1  TGTTTGGTTCCTACATTGGTGTAACTTTATCCTGTCGAATCA-GGAATCG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  TGTTTGGTTCCTACATTGGTGTAACTTTATCCTGTCGAATCACGAAATCG  750

seq1  ATGGTAAATAATAGATGATAGATAGATAGATAGAT-AAATAGATAGATAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATGGTAAATAATAGATGATAGATAGATAGATAGATAAAATAGATAGATAG  800

seq1  ATGATAGATAGAAAGAAAATAGATAGATGATAGGTATATATATATAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGATAGATAGAAAGAAAATAGATAGATGATAGGTATATATATATTT  847

seq1: chr15_30501592_30502317
seq2: B6Ng01-109M02.g_65_790 (reverse)

seq1  TCTCTTCTCCCACTCTCTAAAACCTCCAGCCCCACCTTTCCCTTCCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTCCCACTCTCTAAAACCTCCAGCCCCACCTTTCCCTTCCTCTG  50

seq1  CCCAATCATAGGCTCTAGCCTTTATTTGGCCAGTTAGAATGGGGAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATCATAGGCTCTAGCCTTTATTTGGCCAGTTAGAATGGGGAGAAGT  100

seq1  TTCACATGAAATCACCCGAGAATGTGATCCACTTGTCCTTGGGGCAGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGAAATCACCCGAGAATGTGATCCACTTGTCCTTGGGGCAGCCC  150

seq1  CTTTTGAGGAAGCAGAATTAACATCAGAATTCAGACAGCACCAGGGCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGGAAGCAGAATTAACATCAGAATTCAGACAGCACCAGGGCAAC  200

seq1  CTACAACAAGCCAATTTTTACTTCTTAAACTCTATTTTATGAAGTAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACAAGCCAATTTTTACTTCTTAAACTCTATTTTATGAAGTAGCCA  250

seq1  ATCTTGCCAGCCCTGTTTCCATGTGTCTGTCCAGGACCAGCCACTTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCCAGCCCTGTTTCCATGTGTCTGTCCAGGACCAGCCACTTCTCA  300

seq1  CTAATCACTTGCACAGGTGCTTGGGTTCCAGAACGCCCTGTGAGCTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCACTTGCACAGGTGCTTGGGTTCCAGAACGCCCTGTGAGCTTCAG  350

seq1  CACAAGCATATTCATTTTTCTAAAACAAAAAAACAAAAACAACAGCAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCATATTCATTTTTCTAAAACAAAAAAACAAAAACAACAGCAACA  400

seq1  ACAGCAAACAAAACAGACCTTGGATCTCTTCACTAGCTAGATTGCCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAACAAAACAGACCTTGGATCTCTTCACTAGCTAGATTGCCAGGA  450

seq1  GCATTCTGGCTCCCTAAGAGCAGAGTACCTGGGAAAGTCATGGCAGTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGGCTCCCTAAGAGCAGAGTACCTGGGAAAGTCATGGCAGTGGC  500

seq1  CACCCTTGTTTCTAGCTGCCTGAAGCCTTTGCCCACTGATGTCATCTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTGTTTCTAGCTGCCTGAAGCCTTTGCCCACTGATGTCATCTTCT  550

seq1  GATGGTGGACAACACTAGCCTGCAGACCCATTGCATTTTGAGGTCTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGGACAACACTAGCCTGCAGACCCATTGCATTTTGAGGTCTGGGA  600

seq1  AATTTCAAAGACAATTAAGAGTTTTCTTCTGCCATGATTGGCTTGCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAAAGACAATTAAGAGTTTTCTTCTGCCATGATTGGCTTGCCTTA  650

seq1  TCTTCTCCCTAATATCTCTGCTCAGTAAAGCCTCTCTCCCACATACCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCCCTAATATCTCTGCTCAGTAAAGCCTCTCTCCCACATACCATG  700

seq1  TAATATTTTTAATTGGAATAGAATTC  726
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTTTAATTGGAATAGAATTC  726