BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116D24
Chromosome15 (Build37)
Map Location 89,395,339 - 89,526,076
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcr, Rabl2a
Upstream geneZdhhc25, Brd1, Zbed4, Alg12, Creld2, Pim3, 1700019P01Rik, Mlc1, LOC667558, Mov10l1, Panx2, Trabd, 1300018J18Rik, Hdac10, Mapk12, Mapk11, Plxnb2, LOC100043185, 1700027J05Rik, Saps2, Sbf1, Adm2, Miox, Tmem112b, Ncaph2, Ecgf1, 2010001J22Rik, Klhdc7b, 1700007E06Rik, Cpt1b, Chkb, C730034F03Rik, Mapk8ip2, Arsa, Shank3
Downstream geneLOC676575, Syt10, Alg10b, Cpne8, EG627342
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116D24.bB6Ng01-116D24.g
ACCDH921295DH921296
length1,1551,118
definitionDH921295|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D24, 5' end.DH921296|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116D24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,524,911 - 89,526,076)(89,395,339 - 89,396,448)
sequence
gaattcagatgatgtgtgatcactgtgatggcttgtgtatgcttggccca
gagagtggcactattaggaggtatggcctgttggagtaggtatgtcactg
tgggtgtgagctttaaggccctcctcctagctgcctggaagccagtattc
tgctagcagccttcagatgaagatgtagaactctcagctcttcctgtacc
atgcctgccttgatgcttccatgttcctgctttgataatactagacagaa
cctctgaacctgtaagccagccccaattaaatgttgtccttataagcctt
gcattggtcatggtgtctgttcacaacagtaaacccctaactaagacaac
cacatatggtcacttcacagaatctcctccttagcacagcctaaagaaaa
acaaggcttattaagcttttcaggttgtctgtctccatctgcacatgtac
acacaagctaatggtggctacaggcttccaagcagttggtcacccgaaat
ccagccatggtctcaggtagagacagaaccttctatgaagttgatccttc
ttgatcaccggtgctcactactactcgagagcatgacccaatggataaga
ctcacttataggttccacagtctcccaaaacaaggatgccaactgggtac
caagcgttaaaacataagtttgtggcagacactgcaactcaaatcacaac
aggggcaaagtgcaagaccagactcttatcaatgagctctttatggactg
ccccattcatccctcctttgctcactgcaggtctttattcagcacttggt
tcccttttccccttctctgttaatgagttaaatgactttttctttctttt
tttttttttttagaggttcatttatccttgagaaagagttttgctatcct
aaggtttttgttattccagatgaaatttgcagattgccctttcttttttt
ttttaattaggtatttcctcatttacattcccatgttatcccaaaagtct
gccataccctccccccactcccctacccacccactccacttctgacctgg
cgtcccctgtactgagactataaagtttgcaactaccatggcctccttca
tgatgcgattagccatcttcgaatcaattgcagctagagacacgagctcc
agggg
gaattcctgtgcattcaggtagaggagggaccactttatgacatgcaggc
agcagaggtacaaatttcctgaccctcaggtagctgtccccttcccccca
cccctttctggtcttgaactcattctgtagcccaggcaggatttgaacct
gcggacttccccttgccccgggttcttgagtaactgggactatgagcctt
cagcatgaagttctactagcatttggatatttatgtcacaaatgactttt
ttgatttctatcctaaggtgtagttcctgacaagtagaataaaaacagag
tcatgtacaagaatgtgaggaatttgctatttgaaggctgggcgttgctt
cacatttttcattgaagatgtatgtttgaaaaagaacattcagggggctg
gagagatggctcagcagttaagagcactgacagctcttctgaaggtcccg
agttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaatcatccgtaatgaga
tctgacaccctcttctgctgtgtctgacagcagctacagctaatcaatca
atcaatcaatcaatcaatcaatcaatcaatcaatctttgggccagagtga
gtggggccggagtgagcagaggtcctgaattaagttcaattctcagcaac
cacatgattgattacaaccatctttttatctacagggtactcatatacat
aaaataaatagatcttaaacaagaaagaaagaaaacaaacattcagtatt
tctacaaattaacaaggaatgttagaaaggaatctaactaatctaatcta
atctaattctttcatgttagctatctaaaaattatatatatgcctactca
gtcccattagcagttgtgtgggatcaggtacatataactccgcctgaaaa
atagactcattctgggaggcacgtgtttggtacagtagaactgaaggtcc
ttaagacctctgcctctgacctttcccacaggccacactgttcttatttc
agtttcaaggctgtgacacaggcagagcatcaaggggaagagtccatgca
ttaagggggggaggttctttcaggcccctgaggtcatgttctactgaact
tgcctagaaaaactaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_89524911_89526076
seq2: B6Ng01-116D24.b_48_1202 (reverse)

seq1  CCCCT-GAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTATT  49
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||  |||||||| ||| |
seq2  CCCCTGGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCA-ATTGATTCGAAGATGG-CTAAT  48

seq1  CGGCCATCATTGGAAAGAGAAGCCCATTGGTAG-TGCAAACTTTATAAGT  98
      ||  ||||||  ||| |||  |||   |||||| |||||||||||| |||
seq2  CG--CATCAT--GAAGGAG--GCC--ATGGTAGTTGCAAACTTTAT-AGT  89

seq1  CTCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTGGGTAGGG  148
      ||||||||||||| |||||||| |  |||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCAGTACAGGGG-ACGCCAGGTC--AGAAGT-GGAGTGGGTGGGTAGGG  135

seq1  GAGTGGGGGGAGGGTATGGCAGACTTTTGGGATAACATTGGAAATGTAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  GAGTGGGGGGAGGGTATGGCAGACTTTTGGGATAACA-TGGGAATGTAAA  184

seq1  TGAGGAAAATACCTAATT-AAAAAAAAAAGAAAGGGCAATCTGCAAA-TT  246
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGAGG-AAATACCTAATTAAAAAAAAAAAGAAAGGGCAATCTGCAAATTT  233

seq1  CATCTGGAATAACAAAAAACCTAGGATAGCAAAAACTC-TTCTCAAGGAT  295
      |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  CATCTGGAATAACAAAAACCTTAGGATAGC-AAAACTCTTTCTCAAGGAT  282

seq1  AAATGAACCTCT-AAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGTCATTTAACTCA  344
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAACCTCTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGTCATTTAACTCA  332

seq1  TTAACAGAGAAGGGGAAAAGGGAACCAAGTGCTGAATAAAGACCTGCAGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGAGAAGGGGAAAAGGGAACCAAGTGCTGAATAAAGACCTGCAGT  382

seq1  GAGCAAAGGAGGGATGAATGGGGCAGTCCAT-AAGAGCTCATTGATAAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAGGAGGGATGAATGGGGCAGTCCATAAAGAGCTCATTGATAAGA  432

seq1  GTCTGGTCTTGCACTTTGCCCCTGTTGTGATTTGAGTTGCAGTGTCTGCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTCTTGCACTTTGCCCCTGTTGTGATTTGAGTTGCAGTGTCTGCC  482

seq1  ACAAACTTATGTTTTAACGCTTGGTACCCAGTTGGCATCCTTGTTTTGGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTTATGTTTTAACGCTTGGTACCCAGTTGGCATCCTTGTTTTGGG  532

seq1  AGACTGTGGAACCTATAAGTGAGTCTTATCCATTGGGTCATGCTCTCGAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGGAACCTATAAGTGAGTCTTATCCATTGGGTCATGCTCTCGAG  582

seq1  TAGTAGTGAGCACCGGTGATCAAGAAGGATCAACTTCATAGAAGGTTCTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTGAGCACCGGTGATCAAGAAGGATCAACTTCATAGAAGGTTCTG  632

seq1  TCTCTACCTGAGACCATGGCTGGATTTCGGGTGACCAACTGCTTGGAAGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACCTGAGACCATGGCTGGATTTCGGGTGACCAACTGCTTGGAAGC  682

seq1  CTGTAGCCACCATTAGCTTGTGTGTACATGTGCAGATGGAGACAGACAAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGCCACCATTAGCTTGTGTGTACATGTGCAGATGGAGACAGACAAC  732

seq1  CTGAAAAGCTTAATAAGCCTTGTTTTTCTTTAGGCTGTGCTAAGGAGGAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGCTTAATAAGCCTTGTTTTTCTTTAGGCTGTGCTAAGGAGGAG  782

seq1  ATTCTGTGAAGTGACCATATGTGGTTGTCTTAGTTAGGGGTTTACTGTTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTGAAGTGACCATATGTGGTTGTCTTAGTTAGGGGTTTACTGTTG  832

seq1  TGAACAGACACCATGACCAATGCAAGGCTTATAAGGACAACATTTAATTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGACACCATGACCAATGCAAGGCTTATAAGGACAACATTTAATTG  882

seq1  GGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCTGTCTAGTATTATCAAAGCAGGAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCTGTCTAGTATTATCAAAGCAGGAA  932

seq1  CATGGAAGCATCAAGGCAGGCATGGTACAGGAAGAGCTGAGAGTTCTACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGCATCAAGGCAGGCATGGTACAGGAAGAGCTGAGAGTTCTACA  982

seq1  TCTTCATCTGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGGCTTCCAGGCAGCTAGGAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATCTGAAGGCTGCTAGCAGAATACTGGCTTCCAGGCAGCTAGGAG  1032

seq1  GAGGGCCTTAAAGCTCACACCCACAGTGACATACCTACTCCAACAGGCCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCTTAAAGCTCACACCCACAGTGACATACCTACTCCAACAGGCCA  1082

seq1  TACCTCCTAATAGTGCCACTCTCTGGGCCAAGCATACACAAGCCATCACA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCTAATAGTGCCACTCTCTGGGCCAAGCATACACAAGCCATCACA  1132

seq1  GTGATCACACATCATCTGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCACACATCATCTGAATTC  1155

seq1: chr15_89395339_89396448
seq2: B6Ng01-116D24.g_67_1184

seq1  GAATTCCTGTGCATTCAGGTAGAGGAGGGACCACTTTATGACATGCAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGCATTCAGGTAGAGGAGGGACCACTTTATGACATGCAGGC  50

seq1  AGCAGAGGTACAAATTTCCTGACCCTCAGGTAGCTGTCCCCTTCCCCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGTACAAATTTCCTGACCCTCAGGTAGCTGTCCCCTTCCCCCCA  100

seq1  CCCCTTTCTGGTCTTGAACTCATTCTGTAGCCCAGGCAGGATTTGAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTCTGGTCTTGAACTCATTCTGTAGCCCAGGCAGGATTTGAACCT  150

seq1  GCGGACTTCCCCTTGCCCCGGGTTCTTGAGTAACTGGGACTATGAGCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGACTTCCCCTTGCCCCGGGTTCTTGAGTAACTGGGACTATGAGCCTT  200

seq1  CAGCATGAAGTTCTACTAGCATTTGGATATTTATGTCACAAATGACTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGAAGTTCTACTAGCATTTGGATATTTATGTCACAAATGACTTTT  250

seq1  TTGATTTCTATCCTAAGGTGTAGTTCCTGACAAGTAGAATAAAAACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTCTATCCTAAGGTGTAGTTCCTGACAAGTAGAATAAAAACAGAG  300

seq1  TCATGTACAAGAATGTGAGGAATTTGCTATTTGAAGGCTGGGCGTTGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTACAAGAATGTGAGGAATTTGCTATTTGAAGGCTGGGCGTTGCTT  350

seq1  CACATTTTTCATTGAAGATGTATGTTTGAAAAAGAACATTCAGGGGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTTTCATTGAAGATGTATGTTTGAAAAAGAACATTCAGGGGGCTG  400

seq1  GAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACAGCTCTTCTGAAGGTCCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACAGCTCTTCTGAAGGTCCCG  450

seq1  AGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAATCATCCGTAATGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAATCATCCGTAATGAGA  500

seq1  TCTGACACCCTCTTCTGCTGTGTCTGACAGCAGCTACAGCTAATCAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACACCCTCTTCTGCTGTGTCTGACAGCAGCTACAGCTAATCAATCA  550

seq1  ATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCTTTGGGCCAGAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCAATCTTTGGGCCAGAGTGA  600

seq1  GTGGGGCCGGAGTGAGCAGAGGTCCTGAATTAAGTTCAATTCTCAGCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCCGGAGTGAGCAGAGGTCCTGAATTAAGTTCAATTCTCAGCAAC  650

seq1  CACATGATTGATTACAACCATCTTTTTATCTACAGGGTACTCATATACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGATTGATTACAACCATCTTTTTATCTACAGGGTACTCATATACAT  700

seq1  AAAATAAATAGATCTTAAACAAGAAAGAAAGAAAACAAACATTCAGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATAGATCTTAAACAAGAAAGAAAGAAAACAAACATTCAGTATT  750

seq1  TCTACAAATTAACAAGGAATGTTAG-AAGGAATCTAACTAATCTAATCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAAATTAACAAGGAATGTTAGAAAGGAATCTAACTAATCTAATCTA  800

seq1  ATCTAATTC-TTCATGTTAGCTATCTAAAAATTATATATATGCCTACTCA  848
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATTCTTTCATGTTAGCTATCTAAAAATTATATATATGCCTACTCA  850

seq1  GTCCCATTAGCAGTTGTGTGGGATCAGGTACATATAACTCCGCCTGAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCCCATTAGCAGTTGTGTGGGATCAGGTACATATAACTCCGCCTGAAAA  900

seq1  ATAGACTCATTCTGGGAGGCACGTGTTTGGTACAGTTAGAACTG-AGGTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  ATAGACTCATTCTGGGAGGCACGTGTTTGGTACAG-TAGAACTGAAGGTC  949

seq1  CTT-AGACCTCTGCCTCTGACCTTTCCCACAGGCCACACTGTTCTTATTC  996
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTTAAGACCTCTGCCTCTGACCTTTCCCACAGGCCACACTGTTCTTATTT  999

seq1  CAGTTTCCAGGCTGTGACACAGGGCAGAGCATCAAGGGG-AGAGTCCATG  1045
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGTTTCAAGGCTGTGACACA-GGCAGAGCATCAAGGGGAAGAGTCCATG  1048

seq1  CATTA--GGGGGGAGGTTC-TTCAGGCCCCTGAGGTCATGTCCTACTG-A  1091
      |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  CATTAAGGGGGGGAGGTTCTTTCAGGCCCCTGAGGTCATGTTCTACTGAA  1098

seq1  CTTG-CTTTAGAAACTAAGA  1110
      |||| ||  | |||||||||
seq2  CTTGCCTAGAAAAACTAAGA  1118