BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138A04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 52,278,986 - 52,309,436
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039748
Upstream geneLOC100039662, Eif3s3, LOC100039679, D530033C11Rik, Rad21, Aard, LOC100039720, LOC665219, Slc30a8
Downstream geneThrap6, LOC100039745, Ext1, Samd12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138A04.bB6Ng01-138A04.g
ACCDH937380DH937381
length8511,096
definitionDH937380|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138A04, 5' end.DH937381|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,308,588 - 52,309,436)(52,278,986 - 52,280,096)
sequence
gaattcctactgggttggtgaagattccacatataaattttttgaggtta
tcctcattgatccgttccataaagctatcagaagaaatcctgacacccag
tggatcaccaaaccagtccacaaacacagagaaatgcgtgggctgacatc
tgctggccgaaagagccgtggccttggaaagggccacaagttccaccaca
ctattggtggttcccgccgtgcagcctggagaaggcgcaatactctccag
ctccaccgttaccgctaataccatgatatttgtaaaattcatatccaata
aacaatttaggacagtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagagaggaccag
tttctcaaagctgtcctctgacttccttctgcctgctgtaacatacatgt
tctcctaagtatcagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatagatatagataaatttcccataattgggttgtctttccttgacacaa
tagaaaaagaggcacctggtcctactgcaatgaagctgtgatcaggatgt
aacactgagagagagaggaacggggggggggggtgtcagagagcaactca
gcaaagttgttctgtaatttcttcttgtatactgtgacgtacatgcttct
ctcagcatcatatagataatatattcacatatttatgtatgtttatatat
gtatagatacacacatgtatctatacacacactagtattttttattttaa
ttttatttttatttttacactccatatttccattccctatctccccatcc
accctctgtccgaatccacatcccacatttcctccccaaacccccacccc
a
gaattcctaaattgaagcaattagagttagcccaactgagggaatgattg
ctcagtagtacttgctttacaagcatgagcatcggaatatgaacccccag
ataggagtgtgccccatgtaaagtcaggcatagtagagtgtggctataat
cccagcactcctatagtgagatgggagccagacaccagagaatccctgca
agatttcgtgccatgtagcctgatgcatgcagctatgaacaagcaaggac
caacacccaaatttgtcctctgattactacacatatgctaggacatgtgt
gggcatgggcgcacgtacacacacacacacacacacacacacacacatgg
gggggggtcagacttttgaaagagttaacctaggaagagcatatagatac
taaagaaaactgcagttatgcagttattcatttattcaaaacctaaaaga
tatctcagacatagagactcctacatgaactcattgggctccttttccat
ccctggatggttgtatgtgttgcaatgttctcattaagtttctaagaaca
tgcctctacatcctatagcctgctttgcaggtcagagctttagacaatgc
aatctaataatccatagagcacttctctagcaggaacccagaaatcacta
acttcaaacaccaaataaatactgtttattaagggaaataaatgccttga
attctccatatatcaagctcaatcatagcagcagggaaagtaaaaaagag
agcagagattttcttcttatgattaagttcattaaaatcctcagtgaggt
tgtcaaatgttcccctaagggtacaatctattgtataagtgtgtgaaggg
aattgtgcaggagtctcttctgcttgtactcattcaaggatcaaaactta
aggcaacctcagtcactttccagagagagaggtgatgagatgagatccct
tgagcatatgtctagtcgagtagatctcaactttctatgagatgaccctt
ttatacgtttctcatgtcgtggtgacttacataaatagtgcattactatt
tcatagctgacttttgctactattggtgacataatgcaaattctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_52308588_52309436
seq2: B6Ng01-138A04.b_30_880 (reverse)

seq1  TGGGGTGGGGG-TTGGGGAGGAAGTGTGGGATGTGGA-TCGGACAGAGGG  48
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGGTGGGGGTTTGGGGAGGAAATGTGGGATGTGGATTCGGACAGAGGG  50

seq1  TGGATGGGGAGATAGGGAATGG-AATATGGAGTGTAAAAAATAAAAATAA  97
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGATGGGGAGATAGGGAATGGAAATATGGAGTGT-AAAAATAAAAATAA  99

seq1  AATTAAAATAAAAAATACTAGTGTGTGTATAGATACATGTGTGTATCTAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAATAAAAAATACTAGTGTGTGTATAGATACATGTGTGTATCTAT  149

seq1  ACATATATAAACATACATAAATATGTGAATATATTATCTATATGATGCTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATAAACATACATAAATATGTGAATATATTATCTATATGATGCTG  199

seq1  AGAGAAGCATGTACGTCACAGTATACAAGAAGAAATTACAGAACAACTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCATGTACGTCACAGTATACAAGAAGAAATTACAGAACAACTTT  249

seq1  GCTGAGTTGCTCTCTGACACCCCCCCCCCCCGTTCCTCTCTCTCTCAGTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTGCTCTCTGACACCCCCCCCCCCCGTTCCTCTCTCTCTCAGTG  299

seq1  TTACATCCTGATCACAGCTTCATTGCAGTAGGACCAGGTGCCTCTTTTTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCCTGATCACAGCTTCATTGCAGTAGGACCAGGTGCCTCTTTTTC  349

seq1  TATTGTGTCAAGGAAAGACAACCCAATTATGGGAAATTTATCTATATCTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTGTCAAGGAAAGACAACCCAATTATGGGAAATTTATCTATATCTA  399

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGATACTTAGGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGATACTTAGGA  449

seq1  GAACATGTATGTTACAGCAGGCAGAAGGAAGTCAGAGGACAGCTTTGAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGTATGTTACAGCAGGCAGAAGGAAGTCAGAGGACAGCTTTGAGA  499

seq1  AACTGGTCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTCCTAAATTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGTCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACTGTCCTAAATTG  549

seq1  TTTATTGGATATGAATTTTACAAATATCATGGTATTAGCGGTAACGGTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGGATATGAATTTTACAAATATCATGGTATTAGCGGTAACGGTGG  599

seq1  AGCTGGAGAGTATTGCGCCTTCTCCAGGCTGCACGGCGGGAACCACCAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAGAGTATTGCGCCTTCTCCAGGCTGCACGGCGGGAACCACCAAT  649

seq1  AGTGTGGTGGAACTTGTGGCCCTTTCCAAGGCCACGGCTCTTTCGGCCAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTGGAACTTGTGGCCCTTTCCAAGGCCACGGCTCTTTCGGCCAG  699

seq1  CAGATGTCAGCCCACGCATTTCTCTGTGTTTGTGGACTGGTTTGGTGATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTCAGCCCACGCATTTCTCTGTGTTTGTGGACTGGTTTGGTGATC  749

seq1  CACTGGGTGTCAGGATTTCTTCTGATAGCTTTATGGAACGGATCAATGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGTGTCAGGATTTCTTCTGATAGCTTTATGGAACGGATCAATGAG  799

seq1  GATAACCTCAAAAAATTTATATGTGGAATCTTCACCAACCCAGTAGGAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCTCAAAAAATTTATATGTGGAATCTTCACCAACCCAGTAGGAAT  849

seq1  TC  849
      ||
seq2  TC  851

seq1: chr15_52278986_52280096
seq2: B6Ng01-138A04.g_65_1160

seq1  GAATTCCTAAATTGAAGCAATTAGAGTTAGCCCAACTGAGGGAATGATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAATTGAAGCAATTAGAGTTAGCCCAACTGAGGGAATGATTG  50

seq1  CTCAGTAGTACTTGCTTTACAAGCATGAGCATCGGAATATGAACCCCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGTACTTGCTTTACAAGCATGAGCATCGGAATATGAACCCCCAG  100

seq1  ATAGGAGTGTGCCCCATGTAAAGTCAGGCATAGTAGAGTGTGGCTATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGTGTGCCCCATGTAAAGTCAGGCATAGTAGAGTGTGGCTATAAT  150

seq1  CCCAGCACTCCTATAGTGAGATGGGAGCCAGACACCAGAGAATCCCTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTCCTATAGTGAGATGGGAGCCAGACACCAGAGAATCCCTGCA  200

seq1  AGATTTCGTGCCATGTAGCCTGATGCATGCAGCTATGAACAAGCAAGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCGTGCCATGTAGCCTGATGCATGCAGCTATGAACAAGCAAGGAC  250

seq1  CAACACCCAAATTTGTCCTCTGATTACTACACATATGCTAGGACATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCCAAATTTGTCCTCTGATTACTACACATATGCTAGGACATGTGT  300

seq1  GGGCATGGGCGCACGTACACACACACACACACACACACACACACACATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGGGCGCACGTACACACACACACACACACACACACACACACATGG  350

seq1  GGGGGGGTCAGACTTTTGAAAGAGTTAACCTAGGAAGAGCATATAGATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGTCAGACTTTTGAAAGAGTTAACCTAGGAAGAGCATATAGATAC  400

seq1  TAAAGAAAACTGCAGTTATGCAGTTATTCATTTATTCAAAACCTAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAAACTGCAGTTATGCAGTTATTCATTTATTCAAAACCTAAAAGA  450

seq1  TATCTCAGACATAGAGACTCCTACATGAACTCATTGGGCTCCTTTTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGACATAGAGACTCCTACATGAACTCATTGGGCTCCTTTTCCAT  500

seq1  CCCTGGATGGTTGTATGTGTTGCAATGTTCTCATTAAGTTTCTAAGAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGATGGTTGTATGTGTTGCAATGTTCTCATTAAGTTTCTAAGAACA  550

seq1  TGCCTCTACATCCTATAGCCTGCTTTGCAGGTCAGAGCTTTAGACAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTACATCCTATAGCCTGCTTTGCAGGTCAGAGCTTTAGACAATGC  600

seq1  AATCTAATAATCCATAGAGCACTTCTCTAGCAGGAACCCAGAAATCACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATAATCCATAGAGCACTTCTCTAGCAGGAACCCAGAAATCACTA  650

seq1  ACTTCAAACACCAAATAAATACTGTTTATTAAGGGAAATAAATGCCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAACACCAAATAAATACTGTTTATTAAGGGAAATAAATGCCTTGA  700

seq1  ATTCTCCATATATCAAGCTCAATCATAGCAGCAGGGAAAGTAAAAAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCATATATCAAGCTCAATCATAGCAGCAGGGAAAGTAAAAAAGAG  750

seq1  AGCAGAGATTTTCTTCTTATGATTAAGTTCATTAAAATCCTCAGTGAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGATTTTCTTCTTATGATTAAGTTCATTAAAATCCTCAGTGAGGT  800

seq1  TGTCAAATGTTCCCCTAAGGGTACAATCTATTGTATAAGTGTGTGAAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATGTTCCCCTAAGGGTACAATCTATTGTATAAGTGTGTGAAGGG  850

seq1  AATTGTGCAGGAGTCTCTTCTGCTTGTACTCATTCAAGGATCAAAACTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGCAGGAGTCTCTTCTGCTTGTACTCATTCAAGGATCAAAACTTA  900

seq1  AGGCAACCTCAGTCACTTTCCAGAGAGGAGAGGTGATGAGATGAGATCCC  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACCTCAGTCACTTTCCAGAGA-GAGAGGTGATGAGATGAGATCCC  949

seq1  TTGAGCCATAATGTCTAGTCGAGTAGATCTCAACTTTCCTAATGAGATGA  1000
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TTGAG-CAT-ATGTCTAGTCGAGTAGATCTCAACTTTC--TATGAGATGA  995

seq1  CCCTTTTTATACCGTTCCTCATGTCGTGGTGACCTTACCATAAAATTAGT  1050
      ||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||  ||| 
seq2  CCC-TTTTATA-CGTTTCTCATGTCGTGGTGA-CTTA-CATAAA--TAG-  1038

seq1  TGCATTACTATTTCATAGCTGAACTTTTGCTACTATTGTGAAACATAATG  1100
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||||
seq2  TGCATTACTATTTCATAGCTG-ACTTTTGCTACTATTG-GTGACATAATG  1086

seq1  CAAATATCTGA  1111
      ||||| |||||
seq2  CAAAT-TCTGA  1096