BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146F16
Chromosome15 (Build37)
Map Location 84,029,281 - 84,175,997
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamm50, Parvb, Parvg
Upstream geneA4galt, LOC100042119, Arfgap3, Pacsin2, LOC414359, Ttll1, Bik, Mcat, Tspo, Ttll12, Scube1, Mpped1, 4931407K02Rik, LOC667167, Sult4a1, Pnpla5, Pnpla3
Downstream geneLOC382988, 1810041L15Rik, Ldoc1l, Arhgap8, 3110043J09Rik, Phf21b, LOC100043084, 4930513L16Rik, Nup50, 5031439G07Rik, LOC628135, Upk3a, 3110048E14Rik, Smc1b, Ribc2, Fbln1, Atxn10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146F16.bB6Ng01-146F16.g
ACCDH943520DH943521
length1,139814
definitionDH943520|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146F16, 5' end.DH943521|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146F16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,174,868 - 84,175,997)(84,029,281 - 84,030,094)
sequence
gaattcaaagggctctcgggatctaatgctgcttctcaaagagctcaaag
aacaaacagggctggggatccaccgcctggcttcgtgacttcctggactc
cccagtagcaaggacactggtgctggcaccgtggcgcacactgcacacaa
gatgagcacagcccagccctggagtggaggacgcgtggcaaactgatttt
gcaccgaaacaccgtggagatttggtgggcaaagggaagtctttacagca
ggttgggctgagacgaggaggtacccactggggaaaattacaattcaacc
cttgccttctatgcaaaaattagctcagaatgcatccaacgcgacacatg
aagcttaaagtgcaatcatttttctatactaggcagtaaaaaaggtaaat
ggggctgggtaactctgtggctaaaagtgtttactgctcttccagagggt
ctgattccccagcagccccaggggatccaacatgcaattatttttttatg
gcaaattatttaaataggcactttaccaaggatacttcgggggtaagaaa
gagaagacacttcctgaggtgcatgccgcccctcccccacccatgctacg
tagaggcaggtttactgtgattagagtcagatgaagctatgaaagtgggc
tccccagaaggtggggcaatggcagagcggtgaggtgacctctctttctc
tctctctttctctctctctttctctctctctctccctctctgacaggccc
caccccaccctacccatgccctcatgaagacagaaagaggagcatctctg
agccaggaggagggttcttgccattcaccataggagcacctgccagctcc
tccatctcacaagccccagccaccataactgttggacagattacccgtga
tttaaaccggcctcgtcggttggaattttgttacggtattcagaactgac
taataaggattttcaaaaacattagtcgctagagaattaacatttaaaat
caaaaccactgtggagatacaccacactcctcttgaatggcctaacattg
aactatatcaagtggcttcaccaagaatgcagagtaactggagcttctta
agggcagggcaggcgggacttgaagacggatagattttc
gaattcccagacagcagaggctagcttagggctttgtaagcctgtcattg
tgcatgttacactacatgtcaccgacccgactgggagttgtgggcttgag
ggaatggtcattatgagtgtgtgcttgacagttgtgacaagtgaaccttg
tgagtgtgaggtgtttaaagtggcacgtgtcagagtagtaagggttgaaa
agagggttggtgtggtacacaccttcaatcccagcactcgagaagcaggg
gtgcggggggttctctgtctatgtggtgagttctaggccagccaggactg
cattgagagaccctgtctcaagaacaaacaaataccagaccagcaccaag
gctcctcccacctcagccccaccctgtgtctcctgcccccagcctgttga
gaccactggacataccacagctatgtagcaggaacacccagcaggtgtcc
tgggtggaaggcttgagctacccctcctctgagaccacaccctgcagggt
tttgcctcactctgcagagagcaccccagcccttggcaggttgtgacgta
gaaacctccattgcagacactgctcacaccccactggatgggggacgttt
agctgtactgttataaaatccttactgtcaaatgaatctgagctttgatg
ttggctgcctgggactcagagcattttccaggacctcccaagcggtgggc
ccattcccagcttgaggtggttttcaggacagagagcctagtcggtgtta
gggttagaggtctgttttgttgtgtgtatgcatgtacgtgtgcaagtttg
tgtcactcggagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_84174868_84175997
seq2: B6Ng01-146F16.b_47_1185 (reverse)

seq1  GAAAA-CTATCCCGTCTTC-AGTCCCGCCTGCACTG-CCTTAAG-AGCTC  46
      ||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||
seq2  GAAAATCTAT-CCGTCTTCAAGTCCCGCCTGCCCTGCCCTTAAGAAGCTC  49

seq1  CAGTTACTCTGCA-TCTT-GTGA--GCACTTGGTATTAGTTCAATGTTA-  91
      ||||||||||||| |||| ||||   |||||| || ||||||||||||| 
seq2  CAGTTACTCTGCATTCTTGGTGAAGCCACTTGATA-TAGTTCAATGTTAG  98

seq1  GCCATTCAAGAGG-GTGTGGTGGTATCT-CACAGTGGTTTTGATTTTAAA  139
      ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCAAGAGGAGTGTGGT-GTATCTCCACAGTGGTTTTGATTTTAAA  147

seq1  TGTTATTCCTCTAGCGACTAATGTTTTTTGAGAATCCTTATTAGTCAGTT  189
      ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATTCTCTAGCGACTAATG-TTTTTGAAAATCCTTATTAGTCAGTT  196

seq1  CTGGATACCGTAACAAAATTCCAACCGACGAGG-CGGTTTAAATCACGGG  238
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGAATACCGTAACAAAATTCCAACCGACGAGGCCGGTTTAAATCACGGG  246

seq1  TAATCTGTCCAACAGTTATGGTGGCTGGGGCTTGTGAGATGGAGGAGCTG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGTCCAACAGTTATGGTGGCTGGGGCTTGTGAGATGGAGGAGCTG  296

seq1  GCAGGTGCTCCTATGGTGAATGGCAAGAACCCTCCTCCTGGCTCAGAGAT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGCTCCTATGGTGAATGGCAAGAACCCTCCTCCTGGCTCAGAGAT  346

seq1  GCTCCTCTTTCTGTCTTCATGAGGGCATGGGTAGGGTGGGGTGGGGCCTG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCTTTCTGTCTTCATGAGGGCATGGGTAGGGTGGGGTGGGGCCTG  396

seq1  TCAGAGA-GGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAG  437
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAG  446

seq1  AGAGGTCACCTCACCGCTCTGCCATTGCCCCACCTTCTGGGGAGCCCACT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCACCTCACCGCTCTGCCATTGCCCCACCTTCTGGGGAGCCCACT  496

seq1  TTCATAGCTTCATCTGACTCTAATCACAGTAAACCTGCCTCTACGTAGCA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGCTTCATCTGACTCTAATCACAGTAAACCTGCCTCTACGTAGCA  546

seq1  TGGGTGGGGGAGGGGCGGCATGCACCTCAGGAAGTGTCTTCTCTTTCTTA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGGGGAGGGGCGGCATGCACCTCAGGAAGTGTCTTCTCTTTCTTA  596

seq1  CCCCCGAAGTATCCTTGGTAAAGTGCCTATTTAAATAATTTGCCATAAAA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGAAGTATCCTTGGTAAAGTGCCTATTTAAATAATTTGCCATAAAA  646

seq1  AAATAATTGCATGTTGGATCCCCTGGGGCTGCTGGGGAATCAGACCCTCT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTGCATGTTGGATCCCCTGGGGCTGCTGGGGAATCAGACCCTCT  696

seq1  GGAAGAGCAGTAAACACTTTTAGCCACAGAGTTACCCAGCCCCATTTACC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGCAGTAAACACTTTTAGCCACAGAGTTACCCAGCCCCATTTACC  746

seq1  TTTTTTACTGCCTAGTATAGAAAAATGATTGCACTTTAAGCTTCATGTGT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTACTGCCTAGTATAGAAAAATGATTGCACTTTAAGCTTCATGTGT  796

seq1  CGCGTTGGATGCATTCTGAGCTAATTTTTGCATAGAAGGCAAGGGTTGAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGTTGGATGCATTCTGAGCTAATTTTTGCATAGAAGGCAAGGGTTGAA  846

seq1  TTGTAATTTTCCCCAGTGGGTACCTCCTCGTCTCAGCCCAACCTGCTGTA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTTTCCCCAGTGGGTACCTCCTCGTCTCAGCCCAACCTGCTGTA  896

seq1  AAGACTTCCCTTTGCCCACCAAATCTCCACGGTGTTTCGGTGCAAAATCA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTCCCTTTGCCCACCAAATCTCCACGGTGTTTCGGTGCAAAATCA  946

seq1  GTTTGCCACGCGTCCTCCACTCCAGGGCTGGGCTGTGCTCATCTTGTGTG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCACGCGTCCTCCACTCCAGGGCTGGGCTGTGCTCATCTTGTGTG  996

seq1  CAGTGTGCGCCACGGTGCCAGCACCAGTGTCCTTGCTACTGGGGAGTCCA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGCGCCACGGTGCCAGCACCAGTGTCCTTGCTACTGGGGAGTCCA  1046

seq1  GGAAGTCACGAAGCCAGGCGGTGGATCCCCAGCCCTGTTTGTTCTTTGAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCACGAAGCCAGGCGGTGGATCCCCAGCCCTGTTTGTTCTTTGAG  1096

seq1  CTCTTTGAGAAGCAGCATTAGATCCCGAGAGCCCTTTGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGAGAAGCAGCATTAGATCCCGAGAGCCCTTTGAATTC  1139

seq1: chr15_84029281_84030094
seq2: B6Ng01-146F16.g_68_881

seq1  GAATTCCCAGACAGCAGAGGCTAGCTTAGGGCTTTGTAAGCCTGTCATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGACAGCAGAGGCTAGCTTAGGGCTTTGTAAGCCTGTCATTG  50

seq1  TGCATGTTACACTACATGTCACCGACCCGACTGGGAGTTGTGGGCTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTTACACTACATGTCACCGACCCGACTGGGAGTTGTGGGCTTGAG  100

seq1  GGAATGGTCATTATGAGTGTGTGCTTGACAGTTGTGACAAGTGAACCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGTCATTATGAGTGTGTGCTTGACAGTTGTGACAAGTGAACCTTG  150

seq1  TGAGTGTGAGGTGTTTAAAGTGGCACGTGTCAGAGTAGTAAGGGTTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTGAGGTGTTTAAAGTGGCACGTGTCAGAGTAGTAAGGGTTGAAA  200

seq1  AGAGGGTTGGTGTGGTACACACCTTCAATCCCAGCACTCGAGAAGCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTTGGTGTGGTACACACCTTCAATCCCAGCACTCGAGAAGCAGGG  250

seq1  GTGCGGGGGGTTCTCTGTCTATGTGGTGAGTTCTAGGCCAGCCAGGACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGGGGGGTTCTCTGTCTATGTGGTGAGTTCTAGGCCAGCCAGGACTG  300

seq1  CATTGAGAGACCCTGTCTCAAGAACAAACAAATACCAGACCAGCACCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGAGACCCTGTCTCAAGAACAAACAAATACCAGACCAGCACCAAG  350

seq1  GCTCCTCCCACCTCAGCCCCACCCTGTGTCTCCTGCCCCCAGCCTGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCCACCTCAGCCCCACCCTGTGTCTCCTGCCCCCAGCCTGTTGA  400

seq1  GACCACTGGACATACCACAGCTATGTAGCAGGAACACCCAGCAGGTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTGGACATACCACAGCTATGTAGCAGGAACACCCAGCAGGTGTCC  450

seq1  TGGGTGGAAGGCTTGAGCTACCCCTCCTCTGAGACCACACCCTGCAGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGAAGGCTTGAGCTACCCCTCCTCTGAGACCACACCCTGCAGGGT  500

seq1  TTTGCCTCACTCTGCAGAGAGCACCCCAGCCCTTGGCAGGTTGTGACGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTCACTCTGCAGAGAGCACCCCAGCCCTTGGCAGGTTGTGACGTA  550

seq1  GAAACCTCCATTGCAGACACTGCTCACACCCCACTGGATGGGGGACGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTCCATTGCAGACACTGCTCACACCCCACTGGATGGGGGACGTTT  600

seq1  AGCTGTACTGTTATAAAATCCTTACTGTCAAATGAATCTGAGCTTTGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTACTGTTATAAAATCCTTACTGTCAAATGAATCTGAGCTTTGATG  650

seq1  TTGGCTGCCTGGGACTCAGAGCATTTTCCAGGACCTCCCAAGCGGTGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGCCTGGGACTCAGAGCATTTTCCAGGACCTCCCAAGCGGTGGGC  700

seq1  CCATTCCCAGC-TGAGGTGGTTTTCAGGACAGAGAGCCTAGTCGGTGTTA  749
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCCAGCTTGAGGTGGTTTTCAGGACAGAGAGCCTAGTCGGTGTTA  750

seq1  GGTTTAGAGGTCTGTTTTGGTTGTGTGTATGCATGTACGTGTGCAAGTAT  799
      || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGGTTAGAGGTCTGTTTT-GTTGTGTGTATGCATGTACGTGTGCAAGTTT  799

seq1  GTGTCACTCGGAGGA  814
      |||||||||||||||
seq2  GTGTCACTCGGAGGA  814