BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163K08
Chromosome15 (Build37)
Map Location 73,888,566 - 74,055,839
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666113, LOC100041307
Upstream gene1810044A24Rik, Chrac1, Eif2c2, Ptk2, LOC666053, LOC100040929, Dennd3, Slc45a4, Gpr20, LOC100040946, pPtp4a3, Gm628, LOC100041273, EG625276, LOC100040966
Downstream geneLOC100040984, Bai1, 1700016M24Rik, Arc, Jrk, 4933427E11Rik, Psca, 4930572J05Rik, Slurp1, Lypd2, 2300005B03Rik, Lynx1, Ly6d, D730001G18Rik, Ly6k, Gml, Hemt1, Cyp11b1, Cyp11b2, 2010109I03Rik, LOC625653, Ly6e, Ly6i, LOC666240, LOC100041528, Ly6a, Ly6c, LOC546642, EG625737, LOC100041546, I830127L07Rik, LOC100041070, LOC546644, LOC100041087, BC025446
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163K08.bB6Ng01-163K08.g
ACCDH956180DH956181
length7421,060
definitionDH956180|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K08, 5' end.DH956181|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,888,566 - 73,889,307)(74,054,781 - 74,055,839)
sequence
gaattccccacatgcccttgtcacatgtgagatgcagtgaaagtcactaa
ggaattgttccttcagtctagtatccccacaggacccagcaaacctcccc
ttgctgacaccatagcttgtgaggttcagtgtggtctgcctggtgcccac
ggataaccagccacactttggttgtctccccaccctctgcccatcctcca
tgtgtcattctaagccacggccatcatggtgtactgactagacatagacc
atgtgtgctcaaggctccaggttaaagcgtccagagtccatctttgccct
gcgccatcacagtgccaagaaacatggttgtaggctctcccagcaaaggc
tcctgcccctgcctgccacttcccaggagtccctcaggacacagcaggag
agctagcaactcctgcatcacagcctgttgacagcccccgcaggctctcg
ggagggactgcaaaaggggcgccatttagcaccatagatgctaggagcat
atgctgtgctatttctgtttttcaataaaaatcaacattaaaaatttttt
taacaaagcaccaggcaccatggagagcaattaacatcacattatggacc
aaatggtggcttcacagaggtatgcaggggcagctgcctcgaattgctgc
atgaccctccttcattttcatgaccggccacgtgctgtgccctgtgcttg
ccagacctttctgctgctgccagagcttgggggggggggggg
gaattcagacaggacacaacaatggagagctagaggccaagggtttaatt
agagcaagcaaggatgtaaaagaagagactcttagaaaaagaaggggtgg
agctcagagccccagcatggaccctgccaggcctggggcttgtattttgg
ttctcctgtaccctcctctctgcccctcctaggttagacatttctaaaaa
ggggctatgcggctgtcagaaacccattttacccacaattcagcttgttg
tgactagatgtacacagtttaaggatgtgcatagggattgaaggaccact
taggatgaaagacgaactagggggaaggacagcagcactctggatactca
tcccttgagaggaagtcttgaagttgctttaaaaaacatggaccaccacc
ccactgtttcgtatgccttattttggaggccttgagctggctcatctgga
gctcagcacggctgctatctgagactcttgatcaccagtcgtccaccaca
attgtctttctactgtttcggaccttgagctggcccatctgctgtgtgtt
acgctttatctctggggacctcctggacctagcctcctgcctaacattac
cccgggaactcgatgttccctatagctatgggacaaatgaccacagagca
cagggagaaaacagctggttacagctcacaatctctaggagtctggaggc
tcagcttggacctttgagagtcctcagcagtttgaggtgttgcttcaact
tggggatgggttgcatctgaggctagataggtaggcactgctttgggact
tgcctactcactgggggttcagttgctcaaggccacccctactcaagagc
ctcattttctcactgacctttgtcaagcagctcccctccccctgatttga
gctatagaatggtctgccttcaggaaacaaagcatgctgaggacctgcat
gatcagctgccacttgttcttgtgctttacatgttcggcttggcacatcc
aaagcggtacaaggaagctactgaattacattgtattctcctgtgcctag
ttcttggtta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_73888566_73889307
seq2: B6Ng01-163K08.b_44_785

seq1  GAATTCCCCACATGCCCTTGTCACATGTGAGATGCAGTGAAAGTCACTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCACATGCCCTTGTCACATGTGAGATGCAGTGAAAGTCACTAA  50

seq1  GGAATTGTTCCTTCAGTCTAGTATCCCCACAGGACCCAGCAAACCTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGTTCCTTCAGTCTAGTATCCCCACAGGACCCAGCAAACCTCCCC  100

seq1  TTGCTGACACCATAGCTTGTGAGGTTCAGTGTGGTCTGCCTGGTGCCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGACACCATAGCTTGTGAGGTTCAGTGTGGTCTGCCTGGTGCCCAC  150

seq1  GGATAACCAGCCACACTTTGGTTGTCTCCCCACCCTCTGCCCATCCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACCAGCCACACTTTGGTTGTCTCCCCACCCTCTGCCCATCCTCCA  200

seq1  TGTGTCATTCTAAGCCACGGCCATCATGGTGTACTGACTAGACATAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCATTCTAAGCCACGGCCATCATGGTGTACTGACTAGACATAGACC  250

seq1  ATGTGTGCTCAAGGCTCCAGGTTAAAGCGTCCAGAGTCCATCTTTGCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCTCAAGGCTCCAGGTTAAAGCGTCCAGAGTCCATCTTTGCCCT  300

seq1  GCGCCATCACAGTGCCAAGAAACATGGTTGTAGGCTCTCCCAGCAAAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCATCACAGTGCCAAGAAACATGGTTGTAGGCTCTCCCAGCAAAGGC  350

seq1  TCCTGCCCCTGCCTGCCACTTCCCAGGAGTCCCTCAGGACACAGCAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCCCTGCCTGCCACTTCCCAGGAGTCCCTCAGGACACAGCAGGAG  400

seq1  AGCTAGCAACTCCTGCATCACAGCCTGTTGACAGCCCCCGCAGGCTCTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGCAACTCCTGCATCACAGCCTGTTGACAGCCCCCGCAGGCTCTCG  450

seq1  GGAGGGACTGCAAAAGGGGCGCCATTTAGCACCATAGATGCTAGGAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGACTGCAAAAGGGGCGCCATTTAGCACCATAGATGCTAGGAGCAT  500

seq1  ATGCTGTGCTATTTCTGTTTTTCAATAAAAATCAACATTAAAAATTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGCTATTTCTGTTTTTCAATAAAAATCAACATTAAAAATTTTTT  550

seq1  TAACAAAGCACCAGGCACCATGGAGAGCAATTAACATCACATTATGGACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAGCACCAGGCACCATGGAGAGCAATTAACATCACATTATGGACC  600

seq1  AAATGGTGGCTTCACAGAGGTATGCAGGGGCAGCTGCCTCGAATTGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTGGCTTCACAGAGGTATGCAGGGGCAGCTGCCTCGAATTGCTGC  650

seq1  ATGACCCTCCTTCATTTTCATGACCGGCCACGTGCTGTGCCCTGTGCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCTCCTTCATTTTCATGACCGGCCACGTGCTGTGCCCTGTGCTTG  700

seq1  CCAGACCTTTCTGCTGCTGCCAGAGCTTGGGGGGGGGGGGGG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCTTTCTGCTGCTGCCAGAGCTTGGGGGGGGGGGGGG  742

seq1: chr15_74054781_74055839
seq2: B6Ng01-163K08.g_71_1130 (reverse)

seq1  TAACCCAGAACTAGGCACAGGAG-ATACAATGTGA-TCAGTAGCTTCCTT  48
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||
seq2  TAACCAAGAACTAGGCACAGGAGAATACAATGTAATTCAGTAGCTTCCTT  50

seq1  GTACCGCCTTTGATGTAGCAAG-CGAACATGTAGAGGCACAAGGACAAGT  97
      ||||||| || |||||  |||| |||||||||| | ||||||| ||||||
seq2  GTACCGCTTTGGATGTGCCAAGCCGAACATGTA-AAGCACAAGAACAAGT  99

seq1  GGCAGCCTGATCATGCAGGTCCTCAGCATGCTTTGTTTCCTGAAGGCAGA  147
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAG-CTGATCATGCAGGTCCTCAGCATGCTTTGTTTCCTGAAGGCAGA  148

seq1  CCATTCTATAGCTCAAATCAGGGGGAGGGGAGCTGCTTGACAAAGGTCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTATAGCTCAAATCAGGGGGAGGGGAGCTGCTTGACAAAGGTCAG  198

seq1  TGAGAAAATGAGGCTCTTGAGTAGGGGTGGCCTTGAGCAACTGAACCCCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAATGAGGCTCTTGAGTAGGGGTGGCCTTGAGCAACTGAACCCCC  248

seq1  AGTGAGTAGGCAAGTCCCAAAGCAGTGCCTACCTATCTAGCCTCAGATGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTAGGCAAGTCCCAAAGCAGTGCCTACCTATCTAGCCTCAGATGC  298

seq1  AACCCATCCCCAAGTTGAAGCAACACCTCAAACTGCTGAGGACTCTCAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATCCCCAAGTTGAAGCAACACCTCAAACTGCTGAGGACTCTCAAA  348

seq1  GGTCCAAGCTGAGCCTCCAGACTCCTAGAGATTGTGAGCTGTAACCAGCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAAGCTGAGCCTCCAGACTCCTAGAGATTGTGAGCTGTAACCAGCT  398

seq1  GTTTTCTCCCTGTGCTCTGTGGTCATTTGTCCCATAGCTATAGGGAACAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTCCCTGTGCTCTGTGGTCATTTGTCCCATAGCTATAGGGAACAT  448

seq1  CGAGTTCCCGGGGTAATGTTAGGCAGGAGGCTAGGTCCAGGAGGTCCCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTCCCGGGGTAATGTTAGGCAGGAGGCTAGGTCCAGGAGGTCCCCA  498

seq1  GAGATAAAGCGTAACACACAGCAGATGGGCCAGCTCAAGGTCCGAAACAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAGCGTAACACACAGCAGATGGGCCAGCTCAAGGTCCGAAACAG  548

seq1  TAGAAAGACAATTGTGGTGGACGACTGGTGATCAAGAGTCTCAGATAGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGACAATTGTGGTGGACGACTGGTGATCAAGAGTCTCAGATAGCA  598

seq1  GCCGTGCTGAGCTCCAGATGAGCCAGCTCAAGGCCTCCAAAATAAGGCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGCTGAGCTCCAGATGAGCCAGCTCAAGGCCTCCAAAATAAGGCAT  648

seq1  ACGAAACAGTGGGGTGGTGGTCCATGTTTTTTAAAGCAACTTCAAGACTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAACAGTGGGGTGGTGGTCCATGTTTTTTAAAGCAACTTCAAGACTT  698

seq1  CCTCTCAAGGGATGAGTATCCAGAGTGCTGCTGTCCTTCCCCCTAGTTCG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCAAGGGATGAGTATCCAGAGTGCTGCTGTCCTTCCCCCTAGTTCG  748

seq1  TCTTTCATCCTAAGTGGTCCTTCAATCCCTATGCACATCCTTAAACTGTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCATCCTAAGTGGTCCTTCAATCCCTATGCACATCCTTAAACTGTG  798

seq1  TACATCTAGTCACAACAAGCTGAATTGTGGGTAAAATGGGTTTCTGACAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTAGTCACAACAAGCTGAATTGTGGGTAAAATGGGTTTCTGACAG  848

seq1  CCGCATAGCCCCTTTTTAGAAATGTCTAACCTAGGAGGGGCAGAGAGGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATAGCCCCTTTTTAGAAATGTCTAACCTAGGAGGGGCAGAGAGGAG  898

seq1  GGTACAGGAGAACCAAAATACAAGCCCCAGGCCTGGCAGGGTCCATGCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGGAGAACCAAAATACAAGCCCCAGGCCTGGCAGGGTCCATGCTG  948

seq1  GGGCTCTGAGCTCCACCCCTTCTTTTTCTAAGAGTCTCTTCTTTTACATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGAGCTCCACCCCTTCTTTTTCTAAGAGTCTCTTCTTTTACATC  998

seq1  CTTGCTTGCTCTAATTAAACCCTTGGCCTCTAGCTCTCCATTGTTGTGTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGCTCTAATTAAACCCTTGGCCTCTAGCTCTCCATTGTTGTGTC  1048

seq1  CTGTCTGAATTC  1059
      ||||||||||||
seq2  CTGTCTGAATTC  1060