BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167M03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 66,474,086 - 66,637,135
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhf20l1, Tg, Sla
Upstream geneC920006C10Rik, Oc90, F930104E18Rik, LOC100040835, Kcnq3, Lrrc6, LOC100040860, Tmem71, LOC100040881
Downstream geneWisp1, Ndrg1, LOC100040667, St3gal1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167M03.bB6Ng01-167M03.g
ACCDH959169DH959170
length1,1351,067
definitionDH959169|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167M03, 5' end.DH959170|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167M03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,474,086 - 66,475,247)(66,636,064 - 66,637,135)
sequence
gaattctaacttcattatgaatgtattttaagaaacccaccaaataattg
gaatttattgcgggcattgtgctctttaaaagtaaagtggcttgcagaag
ggcccaatgtgccaaatgttgatactgctggaaagaggatttgaatattg
caggaatccttccacctgccataagcaatgccattaacccatacaaacct
gtgcgccacatactgggtgtgctctgtgtaggggagtcatggtatccaga
cttcagcctacacttgatcctggatacacttggtgtttgtttgccttttg
aaaaaaaactaaacctcagctgggatgaggagtgacaaaaatatcaaaat
aatctgttgctgtggattttttttttttaactgctagtagtggaatactg
gaaaggcttcatttctgaagacaaattttattttaaaatataaatataca
ctcacaaattttagctttgttcacaaatggacagatttatgaaaccaaag
gcaactaagttgcttactcagctcttgctggatttttgagcctaggtcct
actgtctgccagtcctggtgtgtgttgtgtgcacgccacagtgctacatg
tgcaggtatgcataagtgagtatgcttgattaagtagtcaacatacatat
gtacataatcaacatatttatatcacacatatctagttttattactatag
attatacaaattgatggttaacataaaatgttaccttttaacagactgtt
tttaaaaactaaaagtgtatgtacaggttttgaaatttttttaaaaaggg
gaaggaaagacttaagaggaggctatttgatgacattacacttgaatatt
ttttgcctcattctgtttatcagttctagaaatctgtataaaggcactta
gaactgatagacagtgaacttgaatttatctttgatagaatacatgccac
tgtacattcagatatatttaaagtgcaaaacacactgttctttatgtagt
actgtatgtaactctattaaactgtccacataccctaaatttcagctgct
ttttgtgcctatgtttgatgtgagataaaagaatgtacacatgaggaatt
tttatgcctttgagattttccctgacaaattgcca
gaattcctttgctgttgttttctcagactgagaagaagaataggaggcta
gaaagagtgtgggctttggagccagtagacctgctttggcctctgcatta
cctctgcctagtcttgaagcctcagagcatgtggctagcttagacgatgt
gagcagtcaggcatagttattacagtacttatccctgtgcagaacagagc
aaaactaatctgcttggtggctgtttcatgtgtcattgttgtggttagag
gtgacatattgagtggacactgaggctcctgactagtggcctctggctcc
caaaccttagaagatggccacaggagtgaatttatagctgtcatgttgta
gaagagatagtgtactccacagggaacgtcgggttcttagttttacattt
atgcctgctgtatccaaggctcctccttgtgtgacttccagggtgtaccc
ccaccttgctcctggttaaagttcttgatgttctttctcttgatgttttg
aaaaggatacagatgacctctctatccacagacagacgtgggtggtaagt
gtgccatgtaggaaacacacatagttctattgtgctataccatcagagta
gaaggcttgggagctgtcagatcccttgcactgatggagaaccacagtag
aaggggctgaagctaagcaggcaaaagacctgcagagaaggactgctaga
tacatagatactttccctatggcagctacaccaaaagacctgggatatgt
ttccctctaaatcactcaaacagtgggtagacatgcactgtccaatgcca
tcgagaggacagcatagacacagcagagggcatgctgtctgaagtcaaga
agatagagtttctacacgggaacccaaggaagttgggtcagctcctctta
ggagaaaaaaaaggaagtgtcttctctcagagatgctgccgagaagtagc
ctggcaatattgccacctacctttcttctttccaagaatataaggacaga
tttgtactcgttcaggtgggattttgtaaatgatgatggctctttttctc
tataataatcttccaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_66474086_66475247
seq2: B6Ng01-167M03.b_46_1180

seq1  GAATTCTAACTTCATTATGAATGTATTTTAAGAAACCCACCAAATAATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACTTCATTATGAATGTATTTTAAGAAACCCACCAAATAATTG  50

seq1  GAATTTATTGCGGGCATTGTGCTCTTTAAAAGTAAAGTGGCTTGCAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATTGCGGGCATTGTGCTCTTTAAAAGTAAAGTGGCTTGCAGAAG  100

seq1  GGCCCAATGTGCCAAATGTTGATACTGCTGGAAAGAGGATTTGAATATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAATGTGCCAAATGTTGATACTGCTGGAAAGAGGATTTGAATATTG  150

seq1  CAGGAATCCTTCCACCTGCCATAAGCAATGCCATTAACCCATACAAACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATCCTTCCACCTGCCATAAGCAATGCCATTAACCCATACAAACCT  200

seq1  GTGCGCCACATACTGGGTGTGCTCTGTGTAGGGGAGTCATGGTATCCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGCCACATACTGGGTGTGCTCTGTGTAGGGGAGTCATGGTATCCAGA  250

seq1  CTTCAGCCTACACTTGATCCTGGATACACTTGGTGTTTGTTTGCCTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCCTACACTTGATCCTGGATACACTTGGTGTTTGTTTGCCTTTTG  300

seq1  AAAAAAAACTAAACCTCAGCTGGGATGAGGAGTGACAAAAATATCAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACTAAACCTCAGCTGGGATGAGGAGTGACAAAAATATCAAAAT  350

seq1  AATCTGTTGCTGTGGATTTTTTTTTTTTAACTGCTAGTAGTGGAATACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTGCTGTGGATTTTTTTTTTTTAACTGCTAGTAGTGGAATACTG  400

seq1  GAAAGGCTTCATTTCTGAAGACAAATTTTATTTTAAAATATAAATATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCTTCATTTCTGAAGACAAATTTTATTTTAAAATATAAATATACA  450

seq1  CTCACAAATTTTAGCTTTGTTCACAAATGGACAGATTTATGAAACCAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAATTTTAGCTTTGTTCACAAATGGACAGATTTATGAAACCAAAG  500

seq1  GCAACTAAGTTGCTTACTCAGCTCTTGCTGGATTTTTGAGCCTAGGTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTAAGTTGCTTACTCAGCTCTTGCTGGATTTTTGAGCCTAGGTCCT  550

seq1  ACTGTCTGCCAGTCCTGGTGTGTGTTGTGTGCACGCCACAGTGCTACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGCCAGTCCTGGTGTGTGTTGTGTGCACGCCACAGTGCTACATG  600

seq1  TGCAGGTATGCATAAGTGAGTATGCTTGATTAAGTAGTCAACATACATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTATGCATAAGTGAGTATGCTTGATTAAGTAGTCAACATACATAT  650

seq1  GTACATAATCAACATATTTATATCACACATATCTAGTTTTATTACTATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATAATCAACATATTTATATCACACATATCTAGTTTTATTACTATAG  700

seq1  ATTATACAAATTGATGGTTAACATAAAATGTTACCTTTTAACAGACTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACAAATTGATGGTTAACATAAAATGTTACCTTTTAACAGACTGTT  750

seq1  TTTAAAAACTAAAAGTGTATGTACAGGTTTTGAAATTTTTTTAAAAAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACTAAAAGTGTATGTACAGGTTTTGAAATTTTTTTAAAAAGGG  800

seq1  GAAGGAAAGACTTAAGAGGAGGCTATTTGATGACATTACACTTGAATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAGACTTAAGAGGAGGCTATTTGATGACATTACACTTGAATATT  850

seq1  TTTTGCCTCATTCTGTTTATCAGTTCTAGAAATCTGTATAAAGGCACTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTCATTCTGTTTATCAGTTCTAGAAATCTGTATAAAGGCACTTA  900

seq1  GAACTGATAGACAGTGAACTTGAATTTATCTTTGATAAGAATACATGCCA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAACTGATAGACAGTGAACTTGAATTTATCTTTGAT-AGAATACATGCCA  949

seq1  CTGTACATTCAGATATTATTTAAAGTTGCAAAACACACTGTTCTTTATGT  1000
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACATTCAGATA-TATTTAAAG-TGCAAAACACACTGTTCTTTATGT  997

seq1  AAGGTACTGTATGTAAAACTCTATTAAAACTGTTCCACATACCCTAAAAT  1050
      |  |||||||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||
seq2  A--GTACTGTATGT--AACTCTATT-AAACTG-TCCACATACCCT-AAAT  1040

seq1  TTCAGCTTGCCTTTTTGTGGCCTTATGTTTTGATGTGAGGATTAAAAGAA  1100
      |||||||   |||||||||  | |||| |||||||||||   ||||||||
seq2  TTCAGCT--GCTTTTTGTG--CCTATG-TTTGATGTGAG--ATAAAAGAA  1083

seq1  TGTGTAACACATTGAGGAATTTTTATTGCCTTTTGAGATTTTTTCAACTG  1150
      |||   ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||     |||
seq2  TGT---ACACA-TGAGGAATTTTTA-TGCC-TTTGAGATTTT---CCCTG  1124

seq1  ACAAATGTGCCA  1162
      |||||| |||||
seq2  ACAAAT-TGCCA  1135

seq1: chr15_66636064_66637135
seq2: B6Ng01-167M03.g_69_1135 (reverse)

seq1  TTTGGAAGATTATTAATAAGAGAAAAGAGCCATCATCATTTTTACAAAAT  50
      |||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TTTGGAAGATTATTATAGAGA-AAAAGAGCCATCATCA--TTTACAAAAT  47

seq1  CCCACTGGAACGAGTACAAATTCTGTCCTTATATTCTTTGGAAAGGAGAG  100
      |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| 
seq2  CCCACCTGAACGAGTACAAA-TCTGTCCTTATATTC-TTGGAAAGAAGA-  94

seq1  AAGGTAGGTGGC-ATA-TGCCAGGCTACCTTCTCGGCAGCATCTCTGAGA  148
      |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGGTGGCAATATTGCCAGGCTA-CTTCTCGGCAGCATCTCTGAGA  143

seq1  GAAGACACTTCCTTTTTTTTCTCCTAAGAGGAGCTGACCCAACTTCCTTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACACTTCCTTTTTTTTCTCCTAAGAGGAGCTGACCCAACTTCCTTG  193

seq1  GGTTCCCGTGTAGAAACTCTATCTTTCTTGACTTCAGACAGCATGCCCTC  248
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCGTGTAGAAACTCTATC-TTCTTGACTTCAGACAGCATGCCCTC  242

seq1  TGCTGTGTCTATGCTGTCCTCTCGATGGCATTGGACAGTGCATGTCTACC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTCTATGCTGTCCTCTCGATGGCATTGGACAGTGCATGTCTACC  292

seq1  CACTGTTTGAGTGATTTAGAGGGAAACATATCCCAGGTC-TTTGGTGTAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CACTGTTTGAGTGATTTAGAGGGAAACATATCCCAGGTCTTTTGGTGTAG  342

seq1  CTGCCATAGGGAAAGTATCTATGTATCTAGCAGTCCTTCTCTGCAGGTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATAGGGAAAGTATCTATGTATCTAGCAGTCCTTCTCTGCAGGTCT  392

seq1  TTTGCCTGCTTAGCTTCAGCCCCTTCTACTGTGGTTCTCCATCAGTGCAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGCTTAGCTTCAGCCCCTTCTACTGTGGTTCTCCATCAGTGCAA  442

seq1  GGGATCTGACAGCTCCCAAGCCTTCTACTCTGATGGTATAGCACAATAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTGACAGCTCCCAAGCCTTCTACTCTGATGGTATAGCACAATAGA  492

seq1  ACTATGTGTGTTTCCTACATGGCACACTTACCACCCACGTCTGTCTGTGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTGTGTTTCCTACATGGCACACTTACCACCCACGTCTGTCTGTGG  542

seq1  ATAGAGAGGTCATCTGTATCCTTTTCAAAACATCAAGAGAAAGAACATCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAGGTCATCTGTATCCTTTTCAAAACATCAAGAGAAAGAACATCA  592

seq1  AGAACTTTAACCAGGAGCAAGGTGGGGGTACACCCTGGAAGTCACACAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTTAACCAGGAGCAAGGTGGGGGTACACCCTGGAAGTCACACAAG  642

seq1  GAGGAGCCTTGGATACAGCAGGCATAAATGTAAAACTAAGAACCCGACGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGCCTTGGATACAGCAGGCATAAATGTAAAACTAAGAACCCGACGT  692

seq1  TCCCTGTGGAGTACACTATCTCTTCTACAACATGACAGCTATAAATTCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGGAGTACACTATCTCTTCTACAACATGACAGCTATAAATTCAC  742

seq1  TCCTGTGGCCATCTTCTAAGGTTTGGGAGCCAGAGGCCACTAGTCAGGAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGGCCATCTTCTAAGGTTTGGGAGCCAGAGGCCACTAGTCAGGAG  792

seq1  CCTCAGTGTCCACTCAATATGTCACCTCTAACCACAACAATGACACATGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGTCCACTCAATATGTCACCTCTAACCACAACAATGACACATGA  842

seq1  AACAGCCACCAAGCAGATTAGTTTTGCTCTGTTCTGCACAGGGATAAGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCACCAAGCAGATTAGTTTTGCTCTGTTCTGCACAGGGATAAGTA  892

seq1  CTGTAATAACTATGCCTGACTGCTCACATCGTCTAAGCTAGCCACATGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATAACTATGCCTGACTGCTCACATCGTCTAAGCTAGCCACATGCT  942

seq1  CTGAGGCTTCAAGACTAGGCAGAGGTAATGCAGAGGCCAAAGCAGGTCTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGCTTCAAGACTAGGCAGAGGTAATGCAGAGGCCAAAGCAGGTCTA  992

seq1  CTGGCTCCAAAGCCCACACTCTTTCTAGCCTCCTATTCTTCTTCTCAGTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCAAAGCCCACACTCTTTCTAGCCTCCTATTCTTCTTCTCAGTC  1042

seq1  TGAGAAAACAACAGCAAAGGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAACAACAGCAAAGGAATTC  1067