BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178J07
Chromosome15 (Build37)
Map Location 20,083,038 - 20,169,401
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666875, LOC621884, LOC100040265
Downstream geneAcot10, LOC100040302, Cdh12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178J07.bB6Ng01-178J07.g
ACCGA005531GA005532
length8821,182
definitionB6Ng01-178J07.b B6Ng01-178J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,083,038 - 20,083,635)(20,168,224 - 20,169,401)
sequence
gaattctctggatgccctttccttcaggttgtgccccacactttgtcttc
atattttctcctgtgagtattttgttcacccttcaaagaagcactgaagc
atccacattttggtcttccttcttcttaggcttcatatggtctgtgaact
gaatcttgggtgttccgaacttttgggctaatagacacttatcagtgagt
acataccatgtgtgttcttttgtgacttagtcacctcactcaggatgata
tttttcaagttccatccattttcctgtgaatttcatgaagtcattgtttt
taatagctgagtagcactccactgtgtaaatgtaccacgttttatgtatc
cattcctctgttgagggacatgggttgtttccagcttctgcctgatataa
atatggctgctatgaatataatggggcatgtgtccttattacatgttggt
gggagcaacagtgttaacaggccagtcccctcagagctcctggtgacagg
accaccaatatggagtgacccatgtccctgactgcataggtggcagagga
tggccttgtcggacatctgtgagaggagaggcccttgggcctgagggttt
ttgatgcctcagtgtaggggaatgataggacgggaagatgtgaagggtcg
ggtgggtaagggagaaccctcatagatgcaagggaaataggatagatggt
ttgtgaaagggagacctggaaaggggaaaacctttgaatgtaaaataatg
aaaatatccaataatactaaaatattatttagtcaatatatctacacatg
gtaaaataaaatataaaatgataatatggggtttgaatcttctctttggg
atatgtaacataaggctacccaatttaaattt

gaattcaaaagtgaactattaaagaacatgcatttcaattctttgccttg
tagcaaaaccccttgacagttcattgttgcacatctgggtaagttcattt
ggacacttaagggtgtaagtttgtccatgtgcatcggttctactttgaga
caacaattatgcagatatttctcatagtctgctcaacagctcttaggatg
ccaggcaccttgtcggtatgtacactgtatcccttcactgtggcagcctg
gcagcttttgaacgctgttatgcaggtgctctcctttggcagacatgttc
agataacagagcaattcagtcaaaacagcagcaagactccctgacagaga
gagcatttgctcctttggaaacatgtgcacttaccatatggcaggggcat
cttaggctatgaagcagtgtttactcagaatttcagacttgaaaagtagg
ttggacttgttgtggtgaaaaggcacatttgcaggcaacttataaggtca
ttgtacaattaagacaaagagaagtttggatttcaatctcatctgcctaa
aaacatggctataggtcttactaaaatgtcgatccatttaaataatttgt
aaaataatattatattcaaccctgtttgtctgtaatgtccatatttttga
gtcctatggtctacatatgaaaaatactcatgaaacatgggtatagggtt
aggtagatgacccagaatctaaagagcatgtgatgagtattcataaggaa
tcaagttcagattccagcacccatgtaacaagttggctgttctgcaaacc
tgagttgccagtccaagctttggcaccttttgacctcttgaaacaaagta
catatatgttcactatattcgttccaccaataaaataaactcttttttaa
aaaaataaactcttaaaaataaaaaataatcaaaagtacatgtaacccca
ataacggagaggatgattttcttgtgcttcaaataaaagagtgtagctta
taataatatttcctatacatttatttactgatttaaaagtatgaataaga
tgattaaaataataagatgttatatgcatgatacatcattcaggagaaag
gccaccgtgaaatttcaggtaattcaattatattacaaatatatactctc
cgagaggaggattccaggaacaaaatatgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_20083038_20083635
seq2: B6Ng01-178J07.b_324_928

seq1  GAATTTCATGAAGTCATTGTTTTTAATAGCTGAGTAGCACTCCACTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCATGAAGTCATTGTTTTTAATAGCTGAGTAGCACTCCACTGTGT  50

seq1  AAATGTACCACGTTTTATGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGACATGGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTACCACGTTTTATGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGACATGGGTTG  100

seq1  TTTCCAGCTTCTGCCTGATATAAATATGGCTGCTATGAATATAATGGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCTTCTGCCTGATATAAATATGGCTGCTATGAATATAATGGGGC  150

seq1  ATGTGTCCTTATTACATGTTGGTGGGAGCAACAGTGTTAACAGGCCAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCCTTATTACATGTTGGTGGGAGCAACAGTGTTAACAGGCCAGTC  200

seq1  CCCTCAGAGCTCCTGGTGACAGGACCACCAATATGGAGTGACCCATGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGAGCTCCTGGTGACAGGACCACCAATATGGAGTGACCCATGTCC  250

seq1  CTGACTGCATAGGTGGCAGAGGATGGCCTTGTCGGACATCTGTGAGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGCATAGGTGGCAGAGGATGGCCTTGTCGGACATCTGTGAGAGGA  300

seq1  GAGGCCCTTGGGCCTGAGGGTTTTTGATGCCTCAGTGTAGGGGAATGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCCTTGGGCCTGAGGGTTTTTGATGCCTCAGTGTAGGGGAATGATA  350

seq1  GGACGGGAAGATGTGAAGGGTCGGGTGGGTAAGGGAGAACCCTCATAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGGAAGATGTGAAGGGTCGGGTGGGTAAGGGAGAACCCTCATAGAT  400

seq1  GCAAGGG-AATAGGATAGATGGTTTGTGAAAGGGAGACCTGGAAAGGGGA  449
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGGAAATAGGATAGATGGTTTGTGAAAGGGAGACCTGGAAAGGGGA  450

seq1  AAACCTTTGAAATGT-AAATAATGAAAATATCCAATAAAACAAAAATA-T  497
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| |
seq2  AAACCTTTG-AATGTAAAATAATGAAAATATCCAATAATACTAAAATATT  499

seq1  ATTTAGTCAATATATCTACACA-GGTAAAAT-AAATATAAAATGATAATA  545
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTCAATATATCTACACATGGTAAAATAAAATATAAAATGATAATA  549

seq1  T-GGGTTTGAATCTT-TCTTTGGGATAGGTAACATAAGGCTACACAA-TT  592
      | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||
seq2  TGGGGTTTGAATCTTCTCTTTGGGATATGTAACATAAGGCTACCCAATTT  599

seq1  AAATTT  598
      ||||||
seq2  AAATTT  605


seq1: chr15_20168224_20169401
seq2: B6Ng01-178J07.g_61_1242 (reverse)

seq1  TTGCATATTTTG-TCTTGGATATTCTTTCTTTCTTTTGGAGGTAATATA-  48
      |||||||||||| || ||||       || | || | ||||   ||||| 
seq2  TTGCATATTTTGTTCCTGGA------ATCCTCCTCTCGGAGAGTATATAT  44

seq1  TTGT-ATATAAATG-ATTACCTGAAA-TTCACGGTG--CTTTCTCTGAAA  93
      |||| |||||| || ||||||||||| |||||||||  |||||||   ||
seq2  TTGTAATATAATTGAATTACCTGAAATTTCACGGTGGCCTTTCTCCTGAA  94

seq1  TGATGTATCATGCATAT-ACATCTTA-TATTTTAATTCATC-TATTCAAT  140
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||
seq2  TGATGTATCATGCATATAACATCTTATTATTTTAA-TCATCTTATTC-AT  142

seq1  ACTTTT-AATCAGTAAATAAATTGTTATA-GAAATAT--ATATAAGCTAC  186
      |||||| |||||||||||||||   |||| |||||||   ||||||||||
seq2  ACTTTTAAATCAGTAAATAAAT--GTATAGGAAATATTATTATAAGCTAC  190

seq1  ACTCTTTTATTTGAAGCACAAGAAAATCATCCTCTCCGTTATTGGGGTTA  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTTATTTGAAGCACAAGAAAATCATCCTCTCCGTTATTGGGGTTA  240

seq1  CATGTACTTTTGATTATTTTTTATTTTTAAGAGTTTATTTTTTTAAAAAA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACTTTTGATTATTTTTTATTTTTAAGAGTTTATTTTTTTAAAAAA  290

seq1  GAGTTTATTTTATTGGTGGAACGAATATAGTGAACATATATGTACTTTGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTATTTTATTGGTGGAACGAATATAGTGAACATATATGTACTTTGT  340

seq1  TTCAAGAGGTCAAAAGGTGCCAAAGCTTGGACTGGCAACTCAGGTTTGCA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAGGTCAAAAGGTGCCAAAGCTTGGACTGGCAACTCAGGTTTGCA  390

seq1  GAACAGCCAACTTGTTACATGGGTGCTGGAATCTGAACTTGATTCCTTAT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCCAACTTGTTACATGGGTGCTGGAATCTGAACTTGATTCCTTAT  440

seq1  GAATACTCATCACATGCTCTTTAGATTCTGGGTCATCTACCTAACCCTAT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTCATCACATGCTCTTTAGATTCTGGGTCATCTACCTAACCCTAT  490

seq1  ACCCATGTTTCATGAGTATTTTTCATATGTAGACCATAGGACTCAAAAAT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGTTTCATGAGTATTTTTCATATGTAGACCATAGGACTCAAAAAT  540

seq1  ATGGACATTACAGACAAACAGGGTTGAATATAATATTATTTTACAAATTA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACATTACAGACAAACAGGGTTGAATATAATATTATTTTACAAATTA  590

seq1  TTTAAATGGATCGACATTTTAGTAAGACCTATAGCCATGTTTTTAGGCAG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGGATCGACATTTTAGTAAGACCTATAGCCATGTTTTTAGGCAG  640

seq1  ATGAGATTGAAATCCAAACTTCTCTTTGTCTTAATTGTACAATGACCTTA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATTGAAATCCAAACTTCTCTTTGTCTTAATTGTACAATGACCTTA  690

seq1  TAAGTTGCCTGCAAATGTGCCTTTTCACCACAACAAGTCCAACCTACTTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGCCTGCAAATGTGCCTTTTCACCACAACAAGTCCAACCTACTTT  740

seq1  TCAAGTCTGAAATTCTGAGTAAACACTGCTTCATAGCCTAAGATGCCCCT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTGAAATTCTGAGTAAACACTGCTTCATAGCCTAAGATGCCCCT  790

seq1  GCCATATGGTAAGTGCACATGTTTCCAAAGGAGCAAATGCTCTCTCTGTC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATATGGTAAGTGCACATGTTTCCAAAGGAGCAAATGCTCTCTCTGTC  840

seq1  AGGGAGTCTTGCTGCTGTTTTGACTGAATTGCTCTGTTATCTGAACATGT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTCTTGCTGCTGTTTTGACTGAATTGCTCTGTTATCTGAACATGT  890

seq1  CTGCCAAAGGAGAGCACCTGCATAACAGCGTTCAAAAGCTGCCAGGCTGC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAAAGGAGAGCACCTGCATAACAGCGTTCAAAAGCTGCCAGGCTGC  940

seq1  CACAGTGAAGGGATACAGTGTACATACCGACAAGGTGCCTGGCATCCTAA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAAGGGATACAGTGTACATACCGACAAGGTGCCTGGCATCCTAA  990

seq1  GAGCTGTTGAGCAGACTATGAGAAATATCTGCATAATTGTTGTCTCAAAG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTTGAGCAGACTATGAGAAATATCTGCATAATTGTTGTCTCAAAG  1040

seq1  TAGAACCGATGCACATGGACAAACTTACACCCTTAAGTGTCCAAATGAAC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCGATGCACATGGACAAACTTACACCCTTAAGTGTCCAAATGAAC  1090

seq1  TTACCCAGATGTGCAACAATGAACTGTCAAGGGGTTTTGCTACAAGGCAA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCAGATGTGCAACAATGAACTGTCAAGGGGTTTTGCTACAAGGCAA  1140

seq1  AGAATTGAAATGCATGTTCTTTAATAGTTCACTTTTGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGAAATGCATGTTCTTTAATAGTTCACTTTTGAATTC  1182


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |