BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189C13
Chromosome15 (Build37)
Map Location 101,263,504 - 101,382,394
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKrt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82
Upstream geneLetmd1, BC035295, Tcfcp2, Pou6f1, Dazap2, BC004728, Bin2, Ela1, Galnt6, Slc4a8, Scn8a, EG668225, Ankrd33, Acvrl1, Acvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik, Krt80, Krt7
Downstream gene4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77, Krt76, Krt4, Krt79, Krt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1, Spryd3, Igfbp6, Soat2, Csad, Zfp740, Itgb7, Rarg, D15Mgi27, Espl1, Pfdn5, Myg1, Aaas, Sp7, Sp1, Amhr2, Prr13, Pcbp2, Map3k12, Tarbp2, Npff, Atf7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189C13.bB6Ng01-189C13.g
ACCGA013259GA013260
length5581,029
definitionB6Ng01-189C13.b B6Ng01-189C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,381,832 - 101,382,394)(101,263,504 - 101,264,517)
sequence
ccaaggcccacgacagttttacattccagcccgctgatgtataggtggca
aggcaagggacccaggctctgaacccaggattcttcctctgaaactacaa
agcacatgagtgcagacagaatggggtccaagcccagccttgtcaccacc
accccatattagattccatacttcttgaggttatagatagaaaaggccca
ggatggtcttggatcatagtaaagcccctaatccacacttccatactctg
gacttgtgacctggacctaatctcaataagaaagtcttctggtctatcag
gtgggtagaaaggggagtaaaaggttgaggggtatttgagcatcacgtgc
taagaaaaaagcttggatccatctggaacattcccaagggcaatactgtc
cccacaggcacccccaggttggagcaggtctcatcaccatctgctggggg
gctgatgacagtgcagacttcacactggcatgcttggcagggacacagag
tgtaggagaaggtgtcattttcctcccctcttctctcctctcccctcccc
tccccttc
gaattcctacaaggttcttctcagctcacctctgctcctcgccctccagc
aggcgcctgtaggtgatgatctcgacatccagccccaacttggagttcat
cacctcctggtattccttgagcaggcaggccatatcctgcttagccttct
gcagggcaccctccagctcagccagcttgcagcgggcatcagtgagggca
gcctctccctgttgctcagattgggtcacagcagcctccagcttggtgtt
ctggggacacaaaagaagtcgagatagccaagggttcctgggtctcatca
ccagcatgctatccaatcttttctgacagttgggaacattctagaagcag
cctcttgccttgttcacatgggtcagcctgagtgagcatgatcaggaaac
ccagctgtgcaaataggtgggagactaaatggtaagctccaagcaggaca
catgctggctgtgtggcactgagtagacatccagcctctctggtcccaga
gcagctgaaccttacatacctggcacttggcattctcgatctcagcagtc
agcctctggatcattctgttcagctcattgatctcctctctggtgcggcg
cagggtctctccatgccggatcactgtggccttcatctcctcacactagg
ggtgggggaaacagagatgctcatgaagcccaggatgtgacatcgaccca
gtgagcacaatggatgtgcaagatgcacagtggtgaggctgggctgcctc
ctcagcctagagctgtgtgcaatcttctggtgattcttggtgtgcaagaa
gcccttttccatagatcccggagtccttcccactgtctcatctaaggaca
gatgtcctgacctctcacctttggtgccgttaccaggactcatcctcagc
acggctacggctggcaatgtcaatcatactgaagccttgatctcagccac
gacaccaattccattgtttcaggtcccggtctgttgtccattcttgaacg
aacgaacgaaggtgtctgaaatatgtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_101381832_101382394
seq2: B6Ng01-189C13.b_45_608 (reverse)

seq1  GGAGGGGAGGGGAGGGGAGAGGAGAGAAGAGGGGAGG-AAATGACACCTT  49
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAGGGGAGGGGAGGGGAGAGGAGAGAAGAGGGGAGGAAAATGACACCTT  50

seq1  CTCCTACACTCTGTGTCCCTGCCAAGCATGCCAGTGTGAAGTCTGCACTG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACACTCTGTGTCCCTGCCAAGCATGCCAGTGTGAAGTCTGCACTG  100

seq1  TCATCAGCCCCCCAGCAGATGGTGATGAGACCTGCTCCAACCTGGGGGTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGCCCCCCAGCAGATGGTGATGAGACCTGCTCCAACCTGGGGGTG  150

seq1  CCTGTGGGGACAGTATTGCCCTTGGGAATGTTCCAGATGGATCCAAGCTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGGGACAGTATTGCCCTTGGGAATGTTCCAGATGGATCCAAGCTT  200

seq1  TTTTCTTAGCACGTGATGCTCAAATACCCCTCAACCTTTTACTCCCCTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTAGCACGTGATGCTCAAATACCCCTCAACCTTTTACTCCCCTTT  250

seq1  CTACCCACCTGATAGACCAGAAGACTTTCTTATTGAGATTAGGTCCAGGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCACCTGATAGACCAGAAGACTTTCTTATTGAGATTAGGTCCAGGT  300

seq1  CACAAGTCCAGAGTATGGAAGTGTGGATTAGGGGCTTTACTATGATCCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTCCAGAGTATGGAAGTGTGGATTAGGGGCTTTACTATGATCCAA  350

seq1  GACCATCCTGGGCCTTTTCTATCTATAACCTCAAGAAGTATGGAATCTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCCTGGGCCTTTTCTATCTATAACCTCAAGAAGTATGGAATCTAA  400

seq1  TATGGGGTGGTGGTGACAAGGCTGGGCTTGGACCCCATTCTGTCTGCACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGGTGGTGGTGACAAGGCTGGGCTTGGACCCCATTCTGTCTGCACT  450

seq1  CATGTGCTTTGTAGTTTCAGAGGAAGAATCCTGGGTTCAGAGCCTGGGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTTTGTAGTTTCAGAGGAAGAATCCTGGGTTCAGAGCCTGGGTC  500

seq1  CCTTGCCTTGCCACCTATACATCAGCGGGCTGGAATGTAAAACTGTCGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTTGCCACCTATACATCAGCGGGCTGGAATGTAAAACTGTCGTG  550

seq1  GGCCTTGGGAATTC  563
      ||||||||||||||
seq2  GGCCTTGGGAATTC  564

seq1: chr15_101263504_101264517
seq2: B6Ng01-189C13.g_63_1091

seq1  GAATTCCTACAAGGTTCTTCTCAGCTCACCTCTGCTCCTCGCCCTCCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACAAGGTTCTTCTCAGCTCACCTCTGCTCCTCGCCCTCCAGC  50

seq1  AGGCGCCTGTAGGTGATGATCTCGACATCCAGCCCCAACTTGGAGTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGCCTGTAGGTGATGATCTCGACATCCAGCCCCAACTTGGAGTTCAT  100

seq1  CACCTCCTGGTATTCCTTGAGCAGGCAGGCCATATCCTGCTTAGCCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTGGTATTCCTTGAGCAGGCAGGCCATATCCTGCTTAGCCTTCT  150

seq1  GCAGGGCACCCTCCAGCTCAGCCAGCTTGCAGCGGGCATCAGTGAGGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGCACCCTCCAGCTCAGCCAGCTTGCAGCGGGCATCAGTGAGGGCA  200

seq1  GCCTCTCCCTGTTGCTCAGATTGGGTCACAGCAGCCTCCAGCTTGGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCCCTGTTGCTCAGATTGGGTCACAGCAGCCTCCAGCTTGGTGTT  250

seq1  CTGGGGACACAAAAGAAGTCGAGATAGCCAAGGGTTCCTGGGTCTCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACACAAAAGAAGTCGAGATAGCCAAGGGTTCCTGGGTCTCATCA  300

seq1  CCAGCATGCTATCCAATCTTTTCTGACAGTTGGGAACATTCTAGAAGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATGCTATCCAATCTTTTCTGACAGTTGGGAACATTCTAGAAGCAG  350

seq1  CCTCTTGCCTTGTTCACATGGGTCAGCCTGAGTGAGCATGATCAGGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGCCTTGTTCACATGGGTCAGCCTGAGTGAGCATGATCAGGAAAC  400

seq1  CCAGCTGTGCAAATAGGTGGGAGACTAAATGGTAAGCTCCAAGCAGGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTGCAAATAGGTGGGAGACTAAATGGTAAGCTCCAAGCAGGACA  450

seq1  CATGCTGGCTGTGTGGCACTGAGTAGACATCCAGCCTCTCTGGTCCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGGCTGTGTGGCACTGAGTAGACATCCAGCCTCTCTGGTCCCAGA  500

seq1  GCAGCTGAACCTTACATACCTGGCACTTGGCATTCTCGATCTCAGCAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGAACCTTACATACCTGGCACTTGGCATTCTCGATCTCAGCAGTC  550

seq1  AGCCTCTGGATCATTCTGTTCAGCTCATTGATCTCCTCTCTGGTGCGGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGGATCATTCTGTTCAGCTCATTGATCTCCTCTCTGGTGCGGCG  600

seq1  CAGGGTCTCTCCATGCCGGATCACTGTGGCCTTCATCTCCTCACACTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCTCTCCATGCCGGATCACTGTGGCCTTCATCTCCTCACACTAGG  650

seq1  GGTGGGGGAAACAGAGATGCTCATGAAGCCCAGGATGTGACATCGACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGGAAACAGAGATGCTCATGAAGCCCAGGATGTGACATCGACCCA  700

seq1  GTGAGCACAATGGATGTGCAAGATGCACAGTGGTGAGGCTGGGCTGCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCACAATGGATGTGCAAGATGCACAGTGGTGAGGCTGGGCTGCCTC  750

seq1  CTCAGCCTAGAGCTGTGTGCAATCTTCTGGTGATTCTTGGTGTGCAAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTAGAGCTGTGTGCAATCTTCTGGTGATTCTTGGTGTGCAAGAA  800

seq1  GCCCTTTCCAATAGATCCCGGAGTCCTTCCCACTGTCTCATCTAAGGACA  850
      ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTTCCATAGATCCCGGAGTCCTTCCCACTGTCTCATCTAAGGACA  850

seq1  GATGTCCTGACCTCTCACC-TTGGTG-CGGTACCAGGACTCAGCCTCAGC  898
      ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||| |||||||
seq2  GATGTCCTGACCTCTCACCTTTGGTGCCGTTACCAGGACTCATCCTCAGC  900

seq1  ACGGCTACGGCTGGCAATGTC-ATCATACTG-AGCCTTGATCTCAGCCAC  946
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACGGCTACGGCTGGCAATGTCAATCATACTGAAGCCTTGATCTCAGCCAC  950

seq1  GACAC--AGTCCAT--GTTCAGGTCCCGG-CTGTTGTCCA-TCTTG-ACG  989
      |||||  | |||||   |||||||||||| |||||||||| ||||| |||
seq2  GACACCAATTCCATTGTTTCAGGTCCCGGTCTGTTGTCCATTCTTGAACG  1000

seq1  -ACG-ACGGAGGTGTCTG--AGATGTGGG  1014
       ||| ||| |||||||||  | |||||||
seq2  AACGAACGAAGGTGTCTGAAATATGTGGG  1029