BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-192H17
Chromosome15 (Build37)
Map Location 48,512,741 - 48,570,910
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCsmd3
Downstream geneEG665146, LOC100039600, LOC100039539, LOC665160
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-192H17.bB6Ng01-192H17.g
ACCGA015712GA015713
length1,1001,092
definitionB6Ng01-192H17.b B6Ng01-192H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,569,818 - 48,570,910)(48,512,741 - 48,513,851)
sequence
gaattcttaatataagtcatactatgcttccaggcattttacctgtgtat
tcttagttaattctttactcatccttacagctgatattcgtgagttcaaa
attctaggacgatcatcacagaattttttatatttccttataatatgcct
acagatttaattaggcaactatttactaattaaaacatttcccaaaccaa
ttgtaacctcccataatctattgtcacagttatggaattgtattctaatg
caaataattacttctaaagccacgggaccctgtgaagaacattttcaaga
gctcatatgcaaactaattacaccatgttactaccatgggaaactaacag
gaacacttgtacatatttgatttgctattttaatcattgcaatggtatat
cataacaaaccaatcagtagaactctgaaattatttaaataataattcca
tcattcattcactgctgaatctatgtgctacccaatcttagctgttaaat
atatatcagattttgctgcactaggctatagttttactatttcctaattt
ttttaattagatattttcttcatttacattcccaatgctatcccaaaagt
cccccatatcctcccccccactcccctacccatccactcacacttcttgg
ccctggcgttctcctgtactggggcatataacgtttgaagaccaatggac
ctctctttccactgatggccaactaggccatcttctgatacacatacagc
tagaaacaagagctctgggggggtactggttagttcatattgttgttcca
cctataagggttgcagacccctttagctccctgggtactttctctagctc
ctccactgggggtcctgtgatccatccaatagctgactgtgagcatcaac
ttctgtttgctaggaaccggcataacattcacaagaggacagcttttatc
agggtccttttcagcaaaatccttgctagttgtatgcaatgggtgtccag
cgtttgaggatgattatggaatggaatcccgggctaaatcgatgtatatt
ctgacttcatcaacttacttgaatgagatgattgacattttgtcaatatt

gaattcattggctctttatattaaacatctgtttgtatatgtgactgctt
agcttggggtaacctagaatattcactgtcttctgtaaaaagaaatataa
ggctgtagaaaagccaaaacatttccagtggtatttaaaagatctaatgg
attcactgcaagatttttacaaaagctgccggtcttaaataagcaatgtt
gaaaagcttttcaatcagattgtagactgctttggaaactgttgccagac
ccagtgaacactacactacaatgcctcatagtaagaactactttctcatt
gcttccaagctttaaatcacatgaatttttagaaatataaattattcctg
caaataaatagcctgactggtaattacgaaatttaaattatttctaaaat
accaatagcagggttaaaaaaagttaatcagtataccacataaaggttaa
ggtaaaaaaaattgaataaagttatgataaaaatacatttttaagttgtt
ctgattaattgtaaaagaaatactgaacaactataatttgtttagttttg
atgttctgcactcaaataatatattgcattgaaaaaatgcaatcaatatt
gaattcttttacagtttatttattcattctacatcttagttggagccctc
tccttcagtcacccccttaacccgcctacacccccacacccccccacaca
cagtcccttccccatatcccatccccttctcctcctcatctgggtaccaa
ccaaccctggcacaataactcactacaggacttgtcacatcctcttccac
tgagtgcagacaaggcagtgcagttagcagaacaggatccatggacaggc
acaggggcaggcaacagatttagggacagctcccctctccacccccaccc
caacaacacccccacttcagttgttgaatgactcacatggaggaacagtt
gcacatctactacatatgtgctagggaaatggagtccagctcttgatgct
cttgttgtctccagtagcccctatggaaatctaatttgagaaatataggc
tctagacatgacaacgatttgtcactaaaatgtgtacttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_48569818_48570910
seq2: B6Ng01-192H17.b_31_1130 (reverse)

seq1  AATATTGACAAATTGTCAATCATCTCATTAAAATTAAGTTGATGAAGTTC  50
      |||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||
seq2  AATATTGACAAAATGTCAATCATCTCATT-CAAGTAAGTTGATGAAG-TC  48

seq1  AGAATATACATCGATTTAGCCCGGGGATCCATCCCATAATCATCCTCCAA  100
      |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||
seq2  AGAATATACATCGATTTAGCCCGGGATTCCATTCCATAATCATCCT-CAA  97

seq1  ACGCT-GACA-CCATTGCATAC-ACTAGCAA-GATTTTGCTG-AAAGGAC  145
      ||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||
seq2  ACGCTGGACACCCATTGCATACAACTAGCAAGGATTTTGCTGAAAAGGAC  147

seq1  CCTGAT-ATAGCTGT-CTCTTGTGAATG-TATGCCGGTTCCTAGCAAACA  192
      |||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATAAAAGCTGTCCTCTTGTGAATGTTATGCCGGTTCCTAGCAAACA  197

seq1  GAAGTTGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGACCCCCAGTG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGACCCCCAGTG  247

seq1  GAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCC-TAT  291
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAGGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTTAT  297

seq1  AGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTA-CCCCCCAGAGCTCTTGTTT  340
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCCCAGAGCTCTTGTTT  347

seq1  CTAGCTGTATGTGTATCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCAGTGGAAAGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGTATGTGTATCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCAGTGGAAAGA  397

seq1  GAGGTCCATTGGTCTTCAAACGTTATATGCCCCAGTACAGGAGAACGCCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCATTGGTCTTCAAACGTTATATGCCCCAGTACAGGAGAACGCCA  447

seq1  GGGCCAAGAAGTGTGAGTGGATGGGTAGGGGAGTGGGGGGGAGGATATGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAAGAAGTGTGAGTGGATGGGTAGGGGAGTGGGGGGGAGGATATGG  497

seq1  GGGACTTTTGGGATAGCATTGGGAATGTAAATGAAGAAAATATCTAATTA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTTTGGGATAGCATTGGGAATGTAAATGAAGAAAATATCTAATTA  547

seq1  AAAAAATTAGGAAATAGTAAAACTATAGCCTAGTGCAGCAAAATCTGATA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTAGGAAATAGTAAAACTATAGCCTAGTGCAGCAAAATCTGATA  597

seq1  TATATTTAACAGCTAAGATTGGGTAGCACATAGATTCAGCAGTGAATGAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAACAGCTAAGATTGGGTAGCACATAGATTCAGCAGTGAATGAA  647

seq1  TGATGGAATTATTATTTAAATAATTTCAGAGTTCTACTGATTGGTTTGTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAATTATTATTTAAATAATTTCAGAGTTCTACTGATTGGTTTGTT  697

seq1  ATGATATACCATTGCAATGATTAAAATAGCAAATCAAATATGTACAAGTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATACCATTGCAATGATTAAAATAGCAAATCAAATATGTACAAGTG  747

seq1  TTCCTGTTAGTTTCCCATGGTAGTAACATGGTGTAATTAGTTTGCATATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTAGTTTCCCATGGTAGTAACATGGTGTAATTAGTTTGCATATG  797

seq1  AGCTCTTGAAAATGTTCTTCACAGGGTCCCGTGGCTTTAGAAGTAATTAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGAAAATGTTCTTCACAGGGTCCCGTGGCTTTAGAAGTAATTAT  847

seq1  TTGCATTAGAATACAATTCCATAACTGTGACAATAGATTATGGGAGGTTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTAGAATACAATTCCATAACTGTGACAATAGATTATGGGAGGTTA  897

seq1  CAATTGGTTTGGGAAATGTTTTAATTAGTAAATAGTTGCCTAATTAAATC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGGTTTGGGAAATGTTTTAATTAGTAAATAGTTGCCTAATTAAATC  947

seq1  TGTAGGCATATTATAAGGAAATATAAAAAATTCTGTGATGATCGTCCTAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCATATTATAAGGAAATATAAAAAATTCTGTGATGATCGTCCTAG  997

seq1  AATTTTGAACTCACGAATATCAGCTGTAAGGATGAGTAAAGAATTAACTA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGAACTCACGAATATCAGCTGTAAGGATGAGTAAAGAATTAACTA  1047

seq1  AGAATACACAGGTAAAATGCCTGGAAGCATAGTATGACTTATATTAAGAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACACAGGTAAAATGCCTGGAAGCATAGTATGACTTATATTAAGAA  1097

seq1  TTC  1093
      |||
seq2  TTC  1100

seq1: chr15_48512741_48513851
seq2: B6Ng01-192H17.g_65_1156

seq1  GAATTCATTGGCTCTTTATATTAAACATCTGTTTGTATATGTGACTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGCTCTTTATATTAAACATCTGTTTGTATATGTGACTGCTT  50

seq1  AGCTTGGGGTAACCTAGAATATTCACTGTCTTCTGTAAAAAGAAATATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGGTAACCTAGAATATTCACTGTCTTCTGTAAAAAGAAATATAA  100

seq1  GGCTGTAGAAAAGCCAAAACATTTCCAGTGGTATTTAAAAGATCTAATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGAAAAGCCAAAACATTTCCAGTGGTATTTAAAAGATCTAATGG  150

seq1  ATTCACTGCAAGATTTTTACAAAAGCTGCCGGTCTTAAATAAGCAATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGCAAGATTTTTACAAAAGCTGCCGGTCTTAAATAAGCAATGTT  200

seq1  GAAAAGCTTTTCAATCAGATTGTAGACTGCTTTGGAAACTGTTGCCAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCTTTTCAATCAGATTGTAGACTGCTTTGGAAACTGTTGCCAGAC  250

seq1  CCAGTGAACACTACACTACAATGCCTCATAGTAAGAACTACTTTCTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAACACTACACTACAATGCCTCATAGTAAGAACTACTTTCTCATT  300

seq1  GCTTCCAAGCTTTAAATCACATGAATTTTTAGAAATATAAATTATTCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAAGCTTTAAATCACATGAATTTTTAGAAATATAAATTATTCCTG  350

seq1  CAAATAAATAGCCTGACTGGTAATTACGAAATTTAAATTATTTCTAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATAGCCTGACTGGTAATTACGAAATTTAAATTATTTCTAAAAT  400

seq1  ACCAATAGCAGGGTTAAAAAAAGTTAATCAGTATACCACATAAAGGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATAGCAGGGTTAAAAAAAGTTAATCAGTATACCACATAAAGGTTAA  450

seq1  GGTAAAAAAAATTGAATAAAGTTATGATAAAAATACATTTTTAAGTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAAAAAATTGAATAAAGTTATGATAAAAATACATTTTTAAGTTGTT  500

seq1  CTGATTAATTGTAAAAGAAATACTGAACAACTATAATTTGTTTAGTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTAATTGTAAAAGAAATACTGAACAACTATAATTTGTTTAGTTTTG  550

seq1  ATGTTCTGCACTCAAATAATATATTGCATTGAAAAAATGCAATCAATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTGCACTCAAATAATATATTGCATTGAAAAAATGCAATCAATATT  600

seq1  GAATTCTTTTACAGTTTATTTATTCATTCTACATCTTAGTTGGAGCCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTACAGTTTATTTATTCATTCTACATCTTAGTTGGAGCCCTC  650

seq1  TCCTTCAGTCACCCCCTTAACCCGCCTACACCCCCACACCCCCCCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAGTCACCCCCTTAACCCGCCTACACCCCCACACCCCCCCACACA  700

seq1  CAGTCCCTTCCCCATATCCCATCCCCTTCTCCTCCTCATCTGGGTACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTTCCCCATATCCCATCCCCTTCTCCTCCTCATCTGGGTACCAA  750

seq1  CCAACCCTGGCACAATAACTCACTACAGGACTTGTCACATCCTCTTCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCTGGCACAATAACTCACTACAGGACTTGTCACATCCTCTTCCAC  800

seq1  TGAGTGCAGACAAGGCAGTGCAGTTAGCAGAACAGGATCCATGGACAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCAGACAAGGCAGTGCAGTTAGCAGAACAGGATCCATGGACAGGC  850

seq1  ACAGGGGCAGGCAACAGATTTAGGGACAGCTCCCCTCTCCCACCCCCACC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ACAGGGGCAGGCAACAGATTTAGGGACAGCTCCCCTCT-CCACCCCCA-C  898

seq1  CCCACCAACACCCCCACTTCAGTTGTTGAATGACTCACATGAAGAACAAG  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||
seq2  CCCAACAACACCCCCACTTCAGTTGTTGAATGACTCACATGGAGGAACAG  948

seq1  TTGCACATCTACTACATATGTGCTAGGG-AATTGAGTCCAGCTCTTGTAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||
seq2  TTGCACATCTACTACATATGTGCTAGGGAAATGGAGTCCAGCTCTTG-AT  997

seq1  GCTCTTTGGTTGGTCTCCAGTAGCCCCTATTGAAATTCTAAATTTTGAGA  1049
      ||||||  ||| |||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||
seq2  GCTCTT--GTT-GTCTCCAGTAGCCCCTATGGAAA-TCTAA--TTTGAGA  1041

seq1  AATTATAGGTTTCCTAAGACATGACAACAGATTTTTGTCACTTATAATAT  1099
      || |||||| |  || |||||||||||| ||  ||||||||   ||| ||
seq2  AA-TATAGGCT--CT-AGACATGACAAC-GA--TTTGTCAC---TAAAAT  1081

seq1  GTGTACTGTATA  1111
      ||||||| ||||
seq2  GTGTACT-TATA  1092