BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195G06
Chromosome15 (Build37)
Map Location 83,337,411 - 83,481,565
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtll1, Bik, Mcat, Tspo, Ttll12, Scube1
Upstream geneEG545124, EG667196, EG667177, 9030605E09Rik, BC018285, Cyp2d13, LOC380998, LOC627860, LOC676200, 1300013D18Rik, LOC271300, Cyp2d26, Tcf20, Nfam1, Serhl, 1110014J01Rik, Poldip3, Cyb5r3, A4galt, LOC100042119, Arfgap3, Pacsin2, LOC414359
Downstream geneMpped1, 4931407K02Rik, LOC667167, Sult4a1, Pnpla5, Pnpla3, Samm50, Parvb, Parvg, LOC382988, 1810041L15Rik, Ldoc1l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195G06.bB6Ng01-195G06.g
ACCGA017825GA017826
length1,1531,054
definitionB6Ng01-195G06.b B6Ng01-195G06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,337,411 - 83,338,558)(83,480,500 - 83,481,565)
sequence
gaattccaggacagccagggctatacataaaatcctatctcaaaacaaaa
caaaaacaaaaacaaaaaagaaagaacctctatggtcactgtacacacat
atatccatacactcacagaggcacacacatatgcacaagtaataaaaata
aattcttaaaacttagccatctgaggtgaccaatgctcagtcactctact
gaacatttatagaagacaatatgccacccacctaccccagttgactgggt
acagccttcacaagagggaaaacaagatttccagtagccattcacagcct
agcttttaaactacctgttcagcaatgacagtcacttggcacagcagaga
gctgactgcaacaatccagccccagataccatgacagacacataggacaa
gctgccttaacaacacaatgacagtgagatggctcagcagttaagagcac
tggctgttcttccagaggtcctgagttcaaatcctagcatctacaaagaa
gctctcttcttatacatgcagacagactacccacacatttaaaaaatgca
taaataaattttaaaataaacaataataaatacaacactgtgacaaagct
taggtgtgatcctgaaggagacaaatcaggttatcagctgtgtcccagaa
aatcccctatgtccatacagggttcgatatagctctgctagacaaacaca
ccggcctgatggccgtcccagtgtgacccagctggttcttggacatctgc
atcaggtgaagctaccagctcctgggtcacagtaccaatggtaaaaccag
tagtctgttcaggacctgcaaggccagcccggccctacctgtgccaccac
ctcctatttgcgccatcacctcggagcccatgtctcccaacagcccttac
ttctgcctctctccagctcctactttcttccatcccctatctaccaaact
gaatgtctagagcctgtgttctttccgcagatctgggccactccccaaca
gtagcttttcctgacagcccatcttcaattctccagacaggtggccatgc
tttacagcagtcccctgctgtccacagaggaagcactcaggaccttggct
gatgcctgaagtcttacaataaaactgcatttcttccattccttgggcct
gtg
gaattctgtgctctctggggacctgctggccagagaaagggatggagaaa
gaccactcttgacacagggtctctgcattcgctccttccccaacccatca
gtgggttcctgctctaagtggcaggcctataggccgtgccatctgtctgt
accccctgtgcatagctacagcctccagggttgtcacaacccactcggtg
acactgcgagcctcatataaacttttccagctgtaggactgggtagaaga
atccttatctctcagagaaggaaagtgagagtccctggcttgccccaggt
cactcattaccctacacagctaagcacccttagagatcatggtcatgtgg
gtcttggaggtcagagcatgaaggtcttagagaggtcacctcattttgta
acactagtgtggaggccccagctggaaaccatgtgacttctcagaacctc
tctctgaaagaggcccctgtgaaaagagttaggatgctctaggagttcag
actgtagttgtagttctcagtgaggcaaaacagctcccaggtaatgttaa
ccaacaggatctggagaatagtagaggtgagcatcctgttttgctttgtg
cttgtcagagggcatcatattcagagacaggtcatgtgtggaaagacaga
cagacagggaggagagataaaattgagtcaagctgatggtgttggcctca
gagagagagtcttaggagagtctaaggctagatagaggtagcttgggtcg
ctgagatcttaagagggaagggagggaggacaggccaaaggggaagcacc
tggcagcaggaaaggaagatgagggacaggaaatcccatgataggctggg
tcccaggccacctggctccttaagttgtgtattggcccctgtactgacca
gctttccagggcacacggtgaagatgtgatgaggcaggccaggataccac
atactcgggggttcactagagtgagaccacatgccctgtgtcatagtcgc
agatgacctgcggttcaccccagagtataatgcgcttatttgaggactgg
gaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_83337411_83338558
seq2: B6Ng01-195G06.b_43_1195

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACATAAAATCCTATCTCAAAACAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACATAAAATCCTATCTCAAAACAAAA  50

seq1  CAAAAACAAAAACAAAAAAGAAAGAACCTCTATGGTCACTGTACACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACAAAAACAAAAAAGAAAGAACCTCTATGGTCACTGTACACACAT  100

seq1  ATATCCATACACTCACAGAGGCACACACATATGCACAAGTAATAAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCATACACTCACAGAGGCACACACATATGCACAAGTAATAAAAATA  150

seq1  AATTCTTAAAACTTAGCCATCTGAGGTGACCAATGCTCAGTCACTCTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTAAAACTTAGCCATCTGAGGTGACCAATGCTCAGTCACTCTACT  200

seq1  GAACATTTATAGAAGACAATATGCCACCCACCTACCCCAGTTGACTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTTATAGAAGACAATATGCCACCCACCTACCCCAGTTGACTGGGT  250

seq1  ACAGCCTTCACAAGAGGGAAAACAAGATTTCCAGTAGCCATTCACAGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTTCACAAGAGGGAAAACAAGATTTCCAGTAGCCATTCACAGCCT  300

seq1  AGCTTTTAAACTACCTGTTCAGCAATGACAGTCACTTGGCACAGCAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTAAACTACCTGTTCAGCAATGACAGTCACTTGGCACAGCAGAGA  350

seq1  GCTGACTGCAACAATCCAGCCCCAGATACCATGACAGACACATAGGACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTGCAACAATCCAGCCCCAGATACCATGACAGACACATAGGACAA  400

seq1  GCTGCCTTAACAACACAATGACAGTGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTTAACAACACAATGACAGTGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCAC  450

seq1  TGGCTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCTAGCATCTACAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCTAGCATCTACAAAGAA  500

seq1  GCTCTCTTCTTATACATGCAGACAGACTACCCACACATTTAAAAAATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTCTTATACATGCAGACAGACTACCCACACATTTAAAAAATGCA  550

seq1  TAAATAAATTTTAAAATAAACAATAATAAATACAACACTGTGACAAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATTTTAAAATAAACAATAATAAATACAACACTGTGACAAAGCT  600

seq1  TAGGTGTGATCCTGAAGGAGACAAATCAGGTTATCAGCTGTGTCCCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTGATCCTGAAGGAGACAAATCAGGTTATCAGCTGTGTCCCAGAA  650

seq1  AATCCCCTATGTCCATACAGGGTTCGATATAGCTCTGCTAGACAAACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCTATGTCCATACAGGGTTCGATATAGCTCTGCTAGACAAACACA  700

seq1  CCGGCCTGATGGCCGTCCCAGTGTGACCCAGCTGGTTCTTGGACATCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCCTGATGGCCGTCCCAGTGTGACCCAGCTGGTTCTTGGACATCTGC  750

seq1  ATCAGGTGAAGCTACCAGCTCCTGGGTCACAGTACCAATGGTAAAACCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTGAAGCTACCAGCTCCTGGGTCACAGTACCAATGGTAAAACCAG  800

seq1  TAGTCTGTTCAGGACCTGCAAGGCCAGCCCGGCCCTACCTGTGCCACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTGTTCAGGACCTGCAAGGCCAGCCCGGCCCTACCTGTGCCACCAC  850

seq1  CTCCTATTTGCGCCATCACCTCGGAGCCCATGTCTCCCAACAGCCCTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATTTGCGCCATCACCTCGGAGCCCATGTCTCCCAACAGCCCTTAC  900

seq1  TTCTGCCTCTCTCCAGCTCCTACTTTCTTCCATCCCCTATCTACCAAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTCTCTCCAGCTCCTACTTTCTTCCATCCCCTATCTACCAAACT  950

seq1  GAATGTCTAGAGCCTGTGTTCTTTCCGCAGATCT-GGCCACT-CCCAACA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GAATGTCTAGAGCCTGTGTTCTTTCCGCAGATCTGGGCCACTCCCCAACA  1000

seq1  GTAGCTTTTCCTGACAGCCCATCTTCAATTCTCCAGACAG--TGCCATGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  GTAGCTTTTCCTGACAGCCCATCTTCAATTCTCCAGACAGGTGGCCATGC  1050

seq1  TTTACAGCAGTCCCCTGCTGTCCACAGAGGAAGCACTCCAAGACCTTGCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  
seq2  TTTACAGCAGTCCCCTGCTGTCCACAGAGGAAGCACT-CAGGACCTTGGC  1099

seq1  TGATGCCTGAAAGTC-TACA--TAAACTGCATTTCTTCCCATCCTTGCGC  1143
      ||||||||| ||||| ||||   ||||||||||||||||  |||||| ||
seq2  TGATGCCTG-AAGTCTTACAATAAAACTGCATTTCTTCCATTCCTTGGGC  1148

seq1  CTGTG  1148
      |||||
seq2  CTGTG  1153

seq1: chr15_83480500_83481565
seq2: B6Ng01-195G06.g_67_1120 (reverse)

seq1  TTTCCCACTCCTCAAATAAACCCCATTTATAAACTCTGGGGTGAAACCCG  50
      ||||||| ||||||||| || | |||   || |||||||||||||  |||
seq2  TTTCCCAGTCCTCAAAT-AAGCGCAT---TATACTCTGGGGTGAA--CCG  44

seq1  CAGGGTCATCTTGGCGGTTCTATGACAACAGGGCATGTGGTCTTCACTCT  100
      || ||||||||  |||   ||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  CA-GGTCATCT--GCG--ACTATGAC-ACAGGGCATGTGGTC-TCACTCT  87

seq1  AGTGAACCCCCGAGTATGTGGTATCCTGGCCTGCCTCATCACATCTTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACCCCCGAGTATGTGGTATCCTGGCCTGCCTCATCACATCTTCAC  137

seq1  CGTGTGCCCTGG-AAGCTGGTCAGTACAGGGGCCAATACACAACCTAAGG  199
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CGTGTGCCCTGGAAAGCTGGTCAGTACAGGGGCCAATACACAACTTAAGG  187

seq1  AGCCAGGTGGCCTGGGACCCAGCCTATCATGGGATTTCCTGTCCCTCATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGTGGCCTGGGACCCAGCCTATCATGGGATTTCCTGTCCCTCATC  237

seq1  TTCCTTTCCTGCTGCCAGGTGCTTCCCCCTTGGCCTGTCCTCCCTCCCTT  299
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCCTGCTGCCAGGTGCTTCCCCTTTGGCCTGTCCTCCCTCCCTT  287

seq1  CCCTCTTAAGATCTCAGCGACCCAAGCTACCTCTATCTAGCCTTAGACTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTAAGATCTCAGCGACCCAAGCTACCTCTATCTAGCCTTAGACTC  337

seq1  TCCTAAGACTCTCTCTCTGAGGCCAACACCATCAGCTTGACTCAATTTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGACTCTCTCTCTGAGGCCAACACCATCAGCTTGACTCAATTTTA  387

seq1  TCTCTCCTCCCTGTCTGTCTGTCTTTCCACACATGACCTGTCTCTGAATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTCCCTGTCTGTCTGTCTTTCCACACATGACCTGTCTCTGAATA  437

seq1  TGATGCCCTCTGACAAGCACAAAGCAAAACAGGATGCTCACCTCTACTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCTCTGACAAGCACAAAGCAAAACAGGATGCTCACCTCTACTAT  487

seq1  TCTCCAGATCCTGTTGGTTAACATTACCTGGGAGCTGTTTTGCCTCACTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGATCCTGTTGGTTAACATTACCTGGGAGCTGTTTTGCCTCACTG  537

seq1  AGAACTACAACTACAGTCTGAACTCCTAGAGCATCCTAACTCTTTTCACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTACAACTACAGTCTGAACTCCTAGAGCATCCTAACTCTTTTCACA  587

seq1  GGGGCCTCTTTCAGAGAGAGGTTCTGAGAAGTCACATGGTTTCCAGCTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCTCTTTCAGAGAGAGGTTCTGAGAAGTCACATGGTTTCCAGCTGG  637

seq1  GGCCTCCACACTAGTGTTACAAAATGAGGTGACCTCTCTAAGACCTTCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCCACACTAGTGTTACAAAATGAGGTGACCTCTCTAAGACCTTCAT  687

seq1  GCTCTGACCTCCAAGACCCACATGACCATGATCTCTAAGGGTGCTTAGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGACCTCCAAGACCCACATGACCATGATCTCTAAGGGTGCTTAGCT  737

seq1  GTGTAGGGTAATGAGTGACCTGGGGCAAGCCAGGGACTCTCACTTTCCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGGTAATGAGTGACCTGGGGCAAGCCAGGGACTCTCACTTTCCTT  787

seq1  CTCTGAGAGATAAGGATTCTTCTACCCAGTCCTACAGCTGGAAAAGTTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGAGATAAGGATTCTTCTACCCAGTCCTACAGCTGGAAAAGTTTA  837

seq1  TATGAGGCTCGCAGTGTCACCGAGTGGGTTGTGACAACCCTGGAGGCTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGCTCGCAGTGTCACCGAGTGGGTTGTGACAACCCTGGAGGCTGT  887

seq1  AGCTATGCACAGGGGGTACAGACAGATGGCACGGCCTATAGGCCTGCCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGCACAGGGGGTACAGACAGATGGCACGGCCTATAGGCCTGCCAC  937

seq1  TTAGAGCAGGAACCCACTGATGGGTTGGGGAAGGAGCGAATGCAGAGACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCAGGAACCCACTGATGGGTTGGGGAAGGAGCGAATGCAGAGACC  987

seq1  CTGTGTCAAGAGTGGTCTTTCTCCATCCCTTTCTCTGGCCAGCAGGTCCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCAAGAGTGGTCTTTCTCCATCCCTTTCTCTGGCCAGCAGGTCCC  1037

seq1  CAGAGAGCACAGAATTC  1066
      |||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGCACAGAATTC  1054