BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202D15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 21,488,697 - 21,585,238
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh12
Upstream geneAcot10, LOC100040302
Downstream geneLOC100040351
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202D15.bB6Ng01-202D15.g
ACCGA022781GA022782
length1,1351,165
definitionB6Ng01-202D15.b B6Ng01-202D15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,584,104 - 21,585,238)(21,488,697 - 21,489,878)
sequence
gaattctctagcagtgtattttggcgactcataaagcacttcaaaaatct
ttttctacagcatgagacagaagttcatcccacgatcaaatagacctcct
acactatacctgtagaggaaaaatgcaattttctttttactgagagacaa
gaataaatattgtaaaaatcaaagcaaatcaaacaatacagggtatgtta
gaactaaaaattgctgttgattttatttaagatatatctcatgatctcat
tccacagccttcatcatggatgtgcaaaagctggagctccttagattgga
gctaaaagcctttgctggtagccatgttccaagtgaaagcaatgtttctg
ctttcattataaataatttcttggaccaaagagacatacttttgttggct
attttaaaacacaacttgagtcatttttctgtgtcctcagtcattcacaa
gaatcatacaaaagaatttctaatgatgtccagagatgaaatgcccaagt
tagagcctctgtcaaacactgagctatgtggcttctgaaagaccttttaa
atattctcctctgtaaaagacttgcttcactgcctgtatgtaaaagatga
atagagaaagaaagaaaacacaaggaagagataaagattcttgttattta
atgcatgctaagtttaggtatttggcagtataatctgaaaatgttaaata
tcatcacctttaatattacattcagataacctctattccccacatataat
tttccttaatttaaatggttaatacctcactattttattattggacactc
cattattaatataattaatggctgcacacctaaaatctttcccattttct
aacatactctttctctttaaagatgattacttaagataaattatgataat
gttgattttgatgtcaaatatcctgagaaaaatttaatatgataattacg
atttccaaaatacccatattgtgtgtttttttcttcatttattaagtgtg
cactttctaaaataggatataccattagaaaaaagtctgccggtctgaaa
ttaaataaaaatcataaactgtattattttggatatcctgtatacatatt
agatttaggaattgttattgtataatatgatgcat

gaattccttgtgtttacttgtgtagaagataattatctaggcttacagtg
aaaatagaacttgtttaaaaagatactaagatgttgcatatatattgcaa
tttaaatgcaagaatgtttaatacttagctgttggcattagtgtattcat
gagaggcacttggtccctgtggtcctttgagagttagggaagtccatatt
aatatttcttagaaaaaaacatgagtcaaaataattctccatatctcaaa
tatatcaccaaccaattttattattatgtacctcctctaattcttgaatg
taaattgtgatgtttaatattgtttggcagttagatagcattcattatca
cttaataggtaaatctcaagccatgcctttaaaggattatgcaaagtatg
ttaggttcttgaaatatttgagtctgtgatggactatctaaattatctag
tctgttgattctggaagatacactttgaaagaacatcagcatcccatgga
attgggtgctatattgaaaggagaaatgcaggtgagcatgaacatacttt
gatctgactgttaatacagtatgaccagctgcctcaagtttctgctatca
taacttctatcaatgattgtctgtatgctagaactgtgagtcaaaaccag
ccttctttcctcacattgctttggctagggtattattaaaggtttagaaa
aataaaaggactggaaagttgagatctagaaatggaaccattgctgaaat
aaaactgaacatatggttgggatgtctttgcacctcatttgcaggaagac
tgaccaagggtttggactgagtataaaagggctttaatactacaagctga
gtttaaagggcaaatttagagggatctaaagacaaatgaaaaggaaaaac
aaatagtgactcagctcacaaggtttcgttgttgaacaagggatatgtca
ggaagtatgctggtgtatattcatgtgatatctggcacaaatctagctgt
atgatgctcgtctgagaacttgtgagtcaagactgactacaaagctcatg
tagtaaatatgcaaatttactcatctatcccccaaatcaaatgtaaattc
aaatctgtatcagattcaactaaaataatgatagttatagctgtggagag
caccatgtttcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_21584104_21585238
seq2: B6Ng01-202D15.b_43_1177 (reverse)

seq1  ATGCATCATATTTATAC-ATAACAATTCTAAATTCTAATATGTAATACAG  49
      |||||||||| |||||| ||||||||||  || |||||||||| ||||||
seq2  ATGCATCATA-TTATACAATAACAATTCCTAAATCTAATATGT-ATACAG  48

seq1  GATAT-CAAAAT-ATACAGTTTATGATTTTTATTTAAATTTCAGACCGGC  97
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GATATCCAAAATAATACAGTTTATGATTTTTATTT-AATTTCAGACCGGC  97

seq1  AGACTTTTTTCTAATGGTATATCTTATTTTAGAAAGTGCACACTTAATAA  147
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTTTCTAATGGTATATCCTATTTTAGAAAGTGCACACTTAATAA  147

seq1  ATGAAGAAAAAAACACACAATATGGGTATTTTGGAAATCGTAATTATCAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAAAAAACACACAATATGGGTATTTTGGAAATCGTAATTATCAT  197

seq1  ATTAAATTTTTCTCAGGATATTTGACATCAAAATCAACATTATCATAATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATTTTTCTCAGGATATTTGACATCAAAATCAACATTATCATAATT  247

seq1  TATCTTAAGTAATCATCTTTAAAGAGAAAGAGTATGTTAGAAAATGGGAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAAGTAATCATCTTTAAAGAGAAAGAGTATGTTAGAAAATGGGAA  297

seq1  AGATTTTAGGTGTGCAGCCATTAATTATATTAATAATGGAGTGTCCAATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTAGGTGTGCAGCCATTAATTATATTAATAATGGAGTGTCCAATA  347

seq1  ATAAAATAGTGAGGTATTAACCATTTAAATTAAGGAAAATTATATGTGGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAGTGAGGTATTAACCATTTAAATTAAGGAAAATTATATGTGGG  397

seq1  GAATAGAGGTTATCTGAATGTAATATTAAAGGTGATGATATTTAACATTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAGGTTATCTGAATGTAATATTAAAGGTGATGATATTTAACATTT  447

seq1  TCAGATTATACTGCCAAATACCTAAACTTAGCATGCATTAAATAACAAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTATACTGCCAAATACCTAAACTTAGCATGCATTAAATAACAAGA  497

seq1  ATCTTTATCTCTTCCTTGTGTTTTCTTTCTTTCTCTATTCATCTTTTACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATCTCTTCCTTGTGTTTTCTTTCTTTCTCTATTCATCTTTTACA  547

seq1  TACAGGCAGTGAAGCAAGTCTTTTACAGAGGAGAATATTTAAAAGGTCTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCAGTGAAGCAAGTCTTTTACAGAGGAGAATATTTAAAAGGTCTT  597

seq1  TCAGAAGCCACATAGCTCAGTGTTTGACAGAGGCTCTAACTTGGGCATTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGCCACATAGCTCAGTGTTTGACAGAGGCTCTAACTTGGGCATTT  647

seq1  CATCTCTGGACATCATTAGAAATTCTTTTGTATGATTCTTGTGAATGACT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGGACATCATTAGAAATTCTTTTGTATGATTCTTGTGAATGACT  697

seq1  GAGGACACAGAAAAATGACTCAAGTTGTGTTTTAAAATAGCCAACAAAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACACAGAAAAATGACTCAAGTTGTGTTTTAAAATAGCCAACAAAAG  747

seq1  TATGTCTCTTTGGTCCAAGAAATTATTTATAATGAAAGCAGAAACATTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTCTTTGGTCCAAGAAATTATTTATAATGAAAGCAGAAACATTGC  797

seq1  TTTCACTTGGAACATGGCTACCAGCAAAGGCTTTTAGCTCCAATCTAAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTGGAACATGGCTACCAGCAAAGGCTTTTAGCTCCAATCTAAGG  847

seq1  AGCTCCAGCTTTTGCACATCCATGATGAAGGCTGTGGAATGAGATCATGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGCTTTTGCACATCCATGATGAAGGCTGTGGAATGAGATCATGA  897

seq1  GATATATCTTAAATAAAATCAACAGCAATTTTTAGTTCTAACATACCCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATCTTAAATAAAATCAACAGCAATTTTTAGTTCTAACATACCCTG  947

seq1  TATTGTTTGATTTGCTTTGATTTTTACAATATTTATTCTTGTCTCTCAGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTGATTTGCTTTGATTTTTACAATATTTATTCTTGTCTCTCAGT  997

seq1  AAAAAGAAAATTGCATTTTTCCTCTACAGGTATAGTGTAGGAGGTCTATT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAATTGCATTTTTCCTCTACAGGTATAGTGTAGGAGGTCTATT  1047

seq1  TGATCGTGGGATGAACTTCTGTCTCATGCTGTAGAAAAAGATTTTTGAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGTGGGATGAACTTCTGTCTCATGCTGTAGAAAAAGATTTTTGAAG  1097

seq1  TGCTTTATGAGTCGCCAAAATACACTGCTAGAGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTATGAGTCGCCAAAATACACTGCTAGAGAATTC  1135


seq1: chr15_21488697_21489878
seq2: B6Ng01-202D15.g_66_1230

seq1  GAATTCCTTGTGTTTACTTGTGTAGAAGATAATTATCTAGGCTTACAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTGTTTACTTGTGTAGAAGATAATTATCTAGGCTTACAGTG  50

seq1  AAAATAGAACTTGTTTAAAAAGATACTAAGATGTTGCATATATATTGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGAACTTGTTTAAAAAGATACTAAGATGTTGCATATATATTGCAA  100

seq1  TTTAAATGCAAGAATGTTTAATACTTAGCTGTTGGCATTAGTGTATTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGCAAGAATGTTTAATACTTAGCTGTTGGCATTAGTGTATTCAT  150

seq1  GAGAGGCACTTGGTCCCTGTGGTCCTTTGAGAGTTAGGGAAGTCCATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCACTTGGTCCCTGTGGTCCTTTGAGAGTTAGGGAAGTCCATATT  200

seq1  AATATTTCTTAGAAAAAAACATGAGTCAAAATAATTCTCCATATCTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCTTAGAAAAAAACATGAGTCAAAATAATTCTCCATATCTCAAA  250

seq1  TATATCACCAACCAATTTTATTATTATGTACCTCCTCTAATTCTTGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCACCAACCAATTTTATTATTATGTACCTCCTCTAATTCTTGAATG  300

seq1  TAAATTGTGATGTTTAATATTGTTTGGCAGTTAGATAGCATTCATTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGTGATGTTTAATATTGTTTGGCAGTTAGATAGCATTCATTATCA  350

seq1  CTTAATAGGTAAATCTCAAGCCATGCCTTTAAAGGATTATGCAAAGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAGGTAAATCTCAAGCCATGCCTTTAAAGGATTATGCAAAGTATG  400

seq1  TTAGGTTCTTGAAATATTTGAGTCTGTGATGGACTATCTAAATTATCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTCTTGAAATATTTGAGTCTGTGATGGACTATCTAAATTATCTAG  450

seq1  TCTGTTGATTCTGGAAGATACACTTTGAAAGAACATCAGCATCCCATGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGATTCTGGAAGATACACTTTGAAAGAACATCAGCATCCCATGGA  500

seq1  ATTGGGTGCTATATTGAAAGGAGAAATGCAGGTGAGCATGAACATACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTGCTATATTGAAAGGAGAAATGCAGGTGAGCATGAACATACTTT  550

seq1  GATCTGACTGTTAATACAGTATGACCAGCTGCCTCAAGTTTCTGCTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGACTGTTAATACAGTATGACCAGCTGCCTCAAGTTTCTGCTATCA  600

seq1  TAACTTCTATCAATGATTGTCTGTATGCTAGAACTGTGAGTCAAAACCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTATCAATGATTGTCTGTATGCTAGAACTGTGAGTCAAAACCAG  650

seq1  CCTTCTTTCCTCACATTGCTTTGGCTAGGGTATTATTAAAGGTTTAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTCCTCACATTGCTTTGGCTAGGGTATTATTAAAGGTTTAGAAA  700

seq1  AATAAAAGGACTGGAAAGTTGAGATCTAGAAATGGAACCATTGCTGAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGGACTGGAAAGTTGAGATCTAGAAATGGAACCATTGCTGAAAT  750

seq1  AAAACTGAACATATGGTTGGGATGTCTTTGCACCTCATTTGCAGGAAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGAACATATGGTTGGGATGTCTTTGCACCTCATTTGCAGGAAGAC  800

seq1  TGACCAAGGGTTTGGACTGAGTATAAAAGGGCTTTAATACTACAAGCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGGGTTTGGACTGAGTATAAAAGGGCTTTAATACTACAAGCTGA  850

seq1  GTTTAAAGGGCAAATTTAGAGGGATCTAAAGACAAATGAAAAGGAAAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAGGGCAAATTTAGAGGGATCTAAAGACAAATGAAAAGGAAAAAC  900

seq1  AAATAGTGACTCAGCTCACAAGGTTTCGTTGTTGAACAAGGGATATGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTGACTCAGCTCACAAGGTTTCGTTGTTGAACAAGGGATATGTCA  950

seq1  GGAAGTATGCTGGTGTATATTCATGTGATATTCTGGCACAAATCTAGCTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTATGCTGGTGTATATTCATGTGATA-TCTGGCACAAATCTAGCTG  999

seq1  TATGATGCCTCGTCCTGAGAACTTGTGAAGTCAAGACTGACTACCAAAAG  1050
      ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||
seq2  TATGATG-CTCGT-CTGAGAACTTGTG-AGTCAAGACTGACTAC--AAAG  1044

seq1  CCTCATGTAGTAAATATGCAAATTTACTCATCTATCCCCCCAAATCAAAT  1100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  -CTCATGTAGTAAATATGCAAATTTACTCATCTAT-CCCCCAAATCAAA-  1091

seq1  TGTAAATTTTAAATCTGTAATTCAGATTCAACCTAAAATAAATGTATAGT  1150
      |||||| || |||||||||  |||||||||| ||||||| |||| |||| 
seq2  TGTAAA-TTCAAATCTGTA--TCAGATTCAA-CTAAAAT-AATG-ATAG-  1134

seq1  TTATAAGCTGTGGAGAGCACCATGTTTCAAAA  1182
      |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAT-AGCTGTGGAGAGCACCATGTTTCAAAA  1165


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |