BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205C24
Chromosome15 (Build37)
Map Location 65,646,424 - 65,828,759
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC920006C10Rik, Oc90, F930104E18Rik, LOC100040835, Kcnq3
Upstream geneAdcy8, LOC268812, LOC100040790, LOC665836
Downstream geneLrrc6, LOC100040860, Tmem71, LOC100040881, Phf20l1, Tg, Sla, Wisp1, Ndrg1, LOC100040667
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205C24.bB6Ng01-205C24.g
ACCGA024936GA024937
length1,1191,154
definitionB6Ng01-205C24.b B6Ng01-205C24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,827,643 - 65,828,759)(65,646,424 - 65,647,577)
sequence
gaattcaatgcatcataaaattgtcatgatgattcaatgagctaacacat
gtgaattatgtagaatggtcactgctgtacacgcattccatggtactttc
ttaatagatgtcaattctctgcccaccatttcatgttcctttctgttctc
ttttgctctagtcccaatctgtgggttattttcaagaggaggcctcagtt
atggataagggtcattcagggtgcaaagagaggttcacataatacacccc
atgtagcttatctctgcagtccactagataaataactccattacattcct
ccaggaataatatcctccaggatgatccatcaccccaaactaaaccaata
tcaaggaattgagagaaaatgtcagtgattggtctcctgcttcttatttt
taaattttaatttctaatcctgattcttgtgttcactagccctgtgacct
tacacaggttatgttatctctctggtcactgctttgtcatgtgtgaaaca
gaaatcacaatagcattgaccttgtaaggttgtaaaaattaggccaataa
agtgcatggcataaagtcaaatagctactgccttataactacacctcgga
tgtacattagccatgacctgtcatgagactccgaacctcattaagccaat
gaggtttttcatttgcctgattttgtgacctgtgaactgtctgaaaagga
agagcacacacaaaggtacacagacttgtgtgtattcacagatgtgaatt
gtcagggaagggacacctctctcacacagagatgtgcatgcactttgcat
ttgcgctccacacattcctatttatgaatgccgggcccaaagcagaagca
ccttctataactgcctgagggtcccaattgggtctctaggtttgtaaaac
tccatttttgctgtcactgccctccagtgcttaggttaccaagtataata
accaaacactaacaacctatatgcttacttagagaaatttacacaaacag
aacccccacgtcttgactggactcctaccatattcttccagaggaggaac
atgaaagccctgtacacttattccacaaactgtctggtgaatttcaatct
ttgactcccaaggtgtcat
gaattcacccaccagcagagtttagaaatgaaagataagacctgtccgta
aagttagcatgtcccaggaaagacagatgagccgttaaattagaggctta
tctgctacagtaggatttgtgagtatctgtgcataggtaccactgtgtcg
gagtttgttgcagctgattttgtcttctgactcctaaggtaaattgagta
gggaagaatctactaaattgatctctcaggtaactgtttctgaacttact
tctagttctacttaaagccatatccttaacttttatgtcttactggatga
tataattatccacagcaatgtctaaatttgatgtgtgattgaagatgtaa
taattaatagactaaacccctgttaaacttatctttaaatggacagtgag
tgttcagaagcgtgaacttctggataattttgcaatactaatctttatat
tcttttttcatttttttaaacaggggtgtgctgctgctgctctgctttgc
gtcctcgctacaaacgtctggtggacaacatattccctgaagatcccaaa
gtaacttgatctccatgcactgctccttctctttctgacccattctgccc
ctgctcagctccctaaggttcccctcatttcattgctcttttgtcccaac
atctcatcaagtgaactttaaacttttaatttttacatgccccttgcttg
cttacctttctcagataataggtacaaatctgaaatgatagctgcatggt
gtccttttccatttagatagattagtaacactcatcaaacattcaggatc
ctgtgccatatactatgtgctcaggatacagctgaattgtgagtggtttc
tgcatccagtaagcatagatggaatatcagcaattttcacacagtggggg
aaatgtgatagagaattaaataaatgcaggtgctgcatgattagatgcga
atgatggccagtttgggattaggagaagaaagacaaaggaaatgaaatct
taagtttaagacccaaacaaataatttacaaacaggttagggatagggcc
atctattcttttgtggtgttgttgttttttaagaattggaatcatgaaga
cttttgtagcagaagctatttggcttttagaaaagtaactctacctgggt
gtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_65827643_65828759
seq2: B6Ng01-205C24.b_42_1160 (reverse)

seq1  ATGACAC---TGGAGTCAAAGATTGAAAATCCACAGACAGTTTGT-GAAT  46
      |||||||    ||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||
seq2  ATGACACCTTGGGAGTCAAAGATTGAAATTCACCAGACAGTTTGTGGAAT  50

seq1  AAGTGTTACA-GGCTTTCATTGTCCTCCTCTGGAAG-ATATGGTAGGAGT  94
      ||||| |||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGTG-TACAGGGCTTTCATGTTCCTCCTCTGGAAGAATATGGTAGGAGT  99

seq1  TCAGTCAAGACGTGGGGTTCTTGTTTTGTGTAAATTTTCTTCTAAGTAAG  144
       |||||||||||||||| |  || |||||||||||||   ||||||||||
seq2  CCAGTCAAGACGTGGGGGTTCTG-TTTGTGTAAATTT--CTCTAAGTAAG  146

seq1  CATATAGGTTGTTAGTGTTT-GTTATTAATACTTGGTAACCTAAGCACTG  193
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGGTTGTTAGTGTTTGGTTATT-ATACTTGGTAACCTAAGCACTG  195

seq1  GAGGGCAGTGACAGCAAAAATGGAGTTTTACAAACCTAGAGACCCAATTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCAGTGACAGCAAAAATGGAGTTTTACAAACCTAGAGACCCAATTG  245

seq1  GGACCCTCAGGCAGTTATAGAAGGTGCTTCTGCTTTGGGCCCGGCATTCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTCAGGCAGTTATAGAAGGTGCTTCTGCTTTGGGCCCGGCATTCA  295

seq1  TAAATAGGAATGTGTGGAGCGCAAATGCAAAGTGCATGCACATCTCTGTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGGAATGTGTGGAGCGCAAATGCAAAGTGCATGCACATCTCTGTG  345

seq1  TGAGAGAGGTGTCCCTTCCCTGACAATTCACATCTGTGAATACACACAAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAGGTGTCCCTTCCCTGACAATTCACATCTGTGAATACACACAAG  395

seq1  TCTGTGTACCTTTGTGTGTGCTCTTCCTTTTCAGACAGTTCACAGGTCAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTACCTTTGTGTGTGCTCTTCCTTTTCAGACAGTTCACAGGTCAC  445

seq1  AAAATCAGGCAAATGAAAAACCTCATTGGCTTAATGAGGTTCGGAGTCTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGGCAAATGAAAAACCTCATTGGCTTAATGAGGTTCGGAGTCTC  495

seq1  ATGACAGGTCATGGCTAATGTACATCCGAGGTGTAGTTATAAGGCAGTAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGGTCATGGCTAATGTACATCCGAGGTGTAGTTATAAGGCAGTAG  545

seq1  CTATTTGACTTTATGCCATGCACTTTATTGGCCTAATTTTTACAACCTTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGACTTTATGCCATGCACTTTATTGGCCTAATTTTTACAACCTTA  595

seq1  CAAGGTCAATGCTATTGTGATTTCTGTTTCACACATGACAAAGCAGTGAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCAATGCTATTGTGATTTCTGTTTCACACATGACAAAGCAGTGAC  645

seq1  CAGAGAGATAACATAACCTGTGTAAGGTCACAGGGCTAGTGAACACAAGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGATAACATAACCTGTGTAAGGTCACAGGGCTAGTGAACACAAGA  695

seq1  ATCAGGATTAGAAATTAAAATTTAAAAATAAGAAGCAGGAGACCAATCAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGATTAGAAATTAAAATTTAAAAATAAGAAGCAGGAGACCAATCAC  745

seq1  TGACATTTTCTCTCAATTCCTTGATATTGGTTTAGTTTGGGGTGATGGAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTTCTCTCAATTCCTTGATATTGGTTTAGTTTGGGGTGATGGAT  795

seq1  CATCCTGGAGGATATTATTCCTGGAGGAATGTAATGGAGTTATTTATCTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGGAGGATATTATTCCTGGAGGAATGTAATGGAGTTATTTATCTA  845

seq1  GTGGACTGCAGAGATAAGCTACATGGGGTGTATTATGTGAACCTCTCTTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACTGCAGAGATAAGCTACATGGGGTGTATTATGTGAACCTCTCTTT  895

seq1  GCACCCTGAATGACCCTTATCCATAACTGAGGCCTCCTCTTGAAAATAAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTGAATGACCCTTATCCATAACTGAGGCCTCCTCTTGAAAATAAC  945

seq1  CCACAGATTGGGACTAGAGCAAAAGAGAACAGAAAGGAACATGAAATGGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGATTGGGACTAGAGCAAAAGAGAACAGAAAGGAACATGAAATGGT  995

seq1  GGGCAGAGAATTGACATCTATTAAGAAAGTACCATGGAATGCGTGTACAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAGAATTGACATCTATTAAGAAAGTACCATGGAATGCGTGTACAG  1045

seq1  CAGTGACCATTCTACATAATTCACATGTGTTAGCTCATTGAATCATCATG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACCATTCTACATAATTCACATGTGTTAGCTCATTGAATCATCATG  1095

seq1  ACAATTTTATGATGCATTGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTTATGATGCATTGAATTC  1119

seq1: chr15_65646424_65647577
seq2: B6Ng01-205C24.g_67_1220

seq1  GAATTCACCCACCAGCAGAGTTTAGAAATGAAAGATAAGACCTGTCCGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCACCAGCAGAGTTTAGAAATGAAAGATAAGACCTGTCCGTA  50

seq1  AAGTTAGCATGTCCCAGGAAAGACAGATGAGCCGTTAAATTAGAGGCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGCATGTCCCAGGAAAGACAGATGAGCCGTTAAATTAGAGGCTTA  100

seq1  TCTGCTACAGTAGGATTTGTGAGTATCTGTGCATAGGTACCACTGTGTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTACAGTAGGATTTGTGAGTATCTGTGCATAGGTACCACTGTGTCG  150

seq1  GAGTTTGTTGCAGCTGATTTTGTCTTCTGACTCCTAAGGTAAATTGAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTTGCAGCTGATTTTGTCTTCTGACTCCTAAGGTAAATTGAGTA  200

seq1  GGGAAGAATCTACTAAATTGATCTCTCAGGTAACTGTTTCTGAACTTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAATCTACTAAATTGATCTCTCAGGTAACTGTTTCTGAACTTACT  250

seq1  TCTAGTTCTACTTAAAGCCATATCCTTAACTTTTATGTCTTACTGGATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTCTACTTAAAGCCATATCCTTAACTTTTATGTCTTACTGGATGA  300

seq1  TATAATTATCCACAGCAATGTCTAAATTTGATGTGTGATTGAAGATGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTATCCACAGCAATGTCTAAATTTGATGTGTGATTGAAGATGTAA  350

seq1  TAATTAATAGACTAAACCCCTGTTAAACTTATCTTTAAATGGACAGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAATAGACTAAACCCCTGTTAAACTTATCTTTAAATGGACAGTGAG  400

seq1  TGTTCAGAAGCGTGAACTTCTGGATAATTTTGCAATACTAATCTTTATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGAAGCGTGAACTTCTGGATAATTTTGCAATACTAATCTTTATAT  450

seq1  TCTTTTTTCATTTTTTTAAACAGGGGTGTGCTGCTGCTGCTCTGCTTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTCATTTTTTTAAACAGGGGTGTGCTGCTGCTGCTCTGCTTTGC  500

seq1  GTCCTCGCTACAAACGTCTGGTGGACAACATATTCCCTGAAGATCCCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCGCTACAAACGTCTGGTGGACAACATATTCCCTGAAGATCCCAAA  550

seq1  GTAACTTGATCTCCATGCACTGCTCCTTCTCTTTCTGACCCATTCTGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTGATCTCCATGCACTGCTCCTTCTCTTTCTGACCCATTCTGCCC  600

seq1  CTGCTCAGCTCCCTAAGGTTCCCCTCATTTCATTGCTCTTTTGTCCCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGCTCCCTAAGGTTCCCCTCATTTCATTGCTCTTTTGTCCCAAC  650

seq1  ATCTCATCAAGTGAACTTTAAACTTTTAATTTTTACATGCCCCTTGCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATCAAGTGAACTTTAAACTTTTAATTTTTACATGCCCCTTGCTTG  700

seq1  CTTACCTTTCTCAGATAATAGGTACAAATCTGAAATGATAGCTGCATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTTCTCAGATAATAGGTACAAATCTGAAATGATAGCTGCATGGT  750

seq1  GTCCTTTTCCATTTAGATAGATTAGTAACACTCATCAAACATTCAGGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTCCATTTAGATAGATTAGTAACACTCATCAAACATTCAGGATC  800

seq1  CTGTGCCATATACTATGTGCTCAGGATACAGCTGAATTGTGAGTGGTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCATATACTATGTGCTCAGGATACAGCTGAATTGTGAGTGGTTTC  850

seq1  TGCATCCAGTAAGCATAGATGGAATATCAGCAATTTTCACACAGTGGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCAGTAAGCATAGATGGAATATCAGCAATTTTCACACAGTGGGGG  900

seq1  AAATGTGATAGAGAATTAAATAAATGCAGGGTGCTGCATGAATAGATGCG  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  AAATGTGATAGAGAATTAAATAAATGCA-GGTGCTGCATGATTAGATGCG  949

seq1  AATGATGGCCAGTTTGGGATTAGGAGAAGAAAGACAAAGGAAATGAAATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGGCCAGTTTGGGATTAGGAGAAGAAAGACAAAGGAAATGAAATC  999

seq1  -TAAGTTT-AGACCCAAAC-AATAATTTAC-AACA-GTTAGGGATA-GGC  1044
       ||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||
seq2  TTAAGTTTAAGACCCAAACAAATAATTTACAAACAGGTTAGGGATAGGGC  1049

seq1  CATCTATTCTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTAAGAATTGAGATCATGA  1094
      |||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  CATCTATTCTTTT--GTGGTGTTGTTGTTTTTTAAGAATTGGAATCATGA  1097

seq1  GAGACTTTTGTAGACAGAAGCTATTTGCCTTTTAAAAAAGTACTTCTTAG  1144
       |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  || || 
seq2  -AGACTTTTGTAG-CAGAAGCTATTTGGCTTTTAGAAAAGTAACTC-TAC  1144

seq1  CTGGGTGTGT  1154
      ||||||||||
seq2  CTGGGTGTGT  1154