BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212H18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 43,385,728 - 43,524,978
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAngpt1, Rspo2, LOC675960, Eif3s6, Ttc35
Downstream geneLOC100039288, Tmem74, LOC100039309, Trhr, LOC665041, Nudcd1, Eny2, Pkhd1l1, Ebag9, 5730410E15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212H18.bB6Ng01-212H18.g
ACCGA030266GA030267
length1,0071,152
definitionB6Ng01-212H18.b B6Ng01-212H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,385,728 - 43,386,666)(43,523,818 - 43,524,978)
sequence
gaattccatctcatgattcttaaatacactcaaaaaagtgcttggttaat
gccatgatatttgtgccaccattacaccagtataccctgcaggtaggttg
ctgctgtaggttacagaatttgttattgggtgatatcaatgattattttt
ctcttccacaaagttgtatagaaagtactctgtacaataatgaactacat
taacaatttgaattccacacacagaattgacaagaaagtagttcaacaga
atcaaagccattagaatctaagaagtggaatctcatctgtatccatggga
aaatctagtctccctaacttattggtcacttatttatttttctcttcaaa
atgcactaagtacaatttatttacttgttgaattctgagggttattcaac
tgtcctgccctaactccagtttcactttgtgatcaaacccagggatacag
cttttagttgggcaccagctaaatttctatgtgttcagtggtctaagtaa
gtggtgccttcagtaatagggccttattgtgaggttctagaggggagctt
tcttcttattttctattcctgtgataaaacactatgcccaaggtaactta
caaaaaaaagtctttaatttggagattatggattctgaaggttggttggt
aaattccataacattttttcatgattatcatgaaacggagtatggcagca
gacagacaggcatggtgctacagtagtagctgacagcttacgtcttgaaa
tacaatcatgaggcagaatgagctaactgggaataatgagggtttttgaa
acctcaaagcccctcccattgacacacctcctctaacaaggcctcatctt
ctgaaacttcccaaatggattcactaatctgagaccaagtattcaaatat
ttgagccttcagaggccattactattctagctatcacagaaaaccataga
tttgtcatggcctgtgatttggggtgagatggtctatgggattcttttgg
ccagtga

gaattctcttgagctatcactggcctctagtacaggtattttcagaacag
ctgttttggagtccatgaattcctgaacagtttttatctcatgttctcaa
caatatgccagaaaatctggttaagaaagacaagatacctgtgtgtgtgg
atggattcatttgtttgttttggaaattatttttaatccgtttatcaaat
gtattgagcatatccctccccatatctgatgattcccccatcttacccct
ttcattgatctccttttctccccagttccacttatacattcatgtacaca
catgacattatgcatttattgcatctagagccctcaaatgagagaaaact
tgcaataggaatctttctgatccagacttaatacatttaatattatgtct
tacagttgagttttataaaaccaagtataaatggaagaatctgagggaag
gttgtagacactgacagactttacatatacagaaaaaaaagggtggatgt
tgccatgtggacttttgtgttctagggtagggagatgtttgcatcaggtg
atctctattttctagtcaatcttgaagtaattccccaagaaggaaaagtt
tataaagctcttagtcattatgaaatggaaaggttatcagacactactaa
gataccagccagtcttgaagattctaatttctaagtaatcctagtttgtg
gatataaacaaagtcttggttttaccatgtttagtaccttacatgctaag
aatgttccagatttcaagcttagaatttactgcagtggtgtggaaaatag
aaaatgtagtagaaatgaatgtttccagtaagggtatcagagaattgata
gctatagaatccaaactgaaccaaaattacctaacaaaggtagttaaatt
aatattttatagtaaatcagagtacttatattagtagatctcaatgagct
atttattatgtaacagaaatgatgatttgtgacatcagatttttattgca
ctaaccaaaggaagcttcttatatactatataacaccacatacatagaca
tttaataagaaccaactcaatagtaaaatgatcatgtttcatggctgtgt
gacatttgaattacaactctgacaaactatcttattttggcatcaactgg
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_43385728_43386666
seq2: B6Ng01-212H18.b_43_981

seq1  GAATTCCATCTCATGATTCTTAAATACACTCAAAAAAGTGCTTGGTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTCATGATTCTTAAATACACTCAAAAAAGTGCTTGGTTAAT  50

seq1  GCCATGATATTTGTGCCACCATTACACCAGTATACCCTGCAGGTAGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGATATTTGTGCCACCATTACACCAGTATACCCTGCAGGTAGGTTG  100

seq1  CTGCTGTAGGTTACAGAATTTGTTATTGGGTGATATCAATGATTATTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTAGGTTACAGAATTTGTTATTGGGTGATATCAATGATTATTTTT  150

seq1  CTCTTCCACAAAGTTGTATAGAAAGTACTCTGTACAATAATGAACTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCACAAAGTTGTATAGAAAGTACTCTGTACAATAATGAACTACAT  200

seq1  TAACAATTTGAATTCCACACACAGAATTGACAAGAAAGTAGTTCAACAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATTTGAATTCCACACACAGAATTGACAAGAAAGTAGTTCAACAGA  250

seq1  ATCAAAGCCATTAGAATCTAAGAAGTGGAATCTCATCTGTATCCATGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGCCATTAGAATCTAAGAAGTGGAATCTCATCTGTATCCATGGGA  300

seq1  AAATCTAGTCTCCCTAACTTATTGGTCACTTATTTATTTTTCTCTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGTCTCCCTAACTTATTGGTCACTTATTTATTTTTCTCTTCAAA  350

seq1  ATGCACTAAGTACAATTTATTTACTTGTTGAATTCTGAGGGTTATTCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTAAGTACAATTTATTTACTTGTTGAATTCTGAGGGTTATTCAAC  400

seq1  TGTCCTGCCCTAACTCCAGTTTCACTTTGTGATCAAACCCAGGGATACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGCCCTAACTCCAGTTTCACTTTGTGATCAAACCCAGGGATACAG  450

seq1  CTTTTAGTTGGGCACCAGCTAAATTTCTATGTGTTCAGTGGTCTAAGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGTTGGGCACCAGCTAAATTTCTATGTGTTCAGTGGTCTAAGTAA  500

seq1  GTGGTGCCTTCAGTAATAGGGCCTTATTGTGAGGTTCTAGAGGGGAGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCCTTCAGTAATAGGGCCTTATTGTGAGGTTCTAGAGGGGAGCTT  550

seq1  TCTTCTTATTTTCTATTCCTGTGATAAAACACTATGCCCAAGGTAACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTATTTTCTATTCCTGTGATAAAACACTATGCCCAAGGTAACTTA  600

seq1  CAAAAAAAAGTCTTTAATTTGGAGATTATGGATTCTGAAGGTTGGTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAAGTCTTTAATTTGGAGATTATGGATTCTGAAGGTTGGTTGGT  650

seq1  AAATTCCATAACATTTTTTCATGATTATCATGAAACGGAGTATGGCAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCATAACATTTTTTCATGATTATCATGAAACGGAGTATGGCAGCA  700

seq1  GACAGACAGGCATGGTGCTACAGTAGTAGCTGACAGCTTACGTCTTGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAGGCATGGTGCTACAGTAGTAGCTGACAGCTTACGTCTTGAAA  750

seq1  TACAATCATGAGGCAGAATGAGCTAACTGGGAATAATGAGGGTTTTTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCATGAGGCAGAATGAGCTAACTGGGAATAATGAGGGTTTTTGAA  800

seq1  ACCTCAAAGCCCCTCCCATTGACACACCTCCTCTAACAAGGCCTCATCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAAGCCCCTCCCATTGACACACCTCCTCTAACAAGGCCTCATCTT  850

seq1  CTGAAACTTCCCAAATGGATTCACTAATCTGAGACCAAGTATTCAAATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACTTCCCAAATGGATTCACTAATCTGAGACCAAGTATTCAAATAT  900

seq1  TTGAGCCTTCAGAGGCCATTACTATTCTAGCTATCACAG  939
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCTTCAGAGGCCATTACTATTCTAGCTATCACAG  939


seq1: chr15_43523818_43524978
seq2: B6Ng01-212H18.g_63_1214 (reverse)

seq1  AACCAGTGTGGAATGCACAAAATAAAGATAGTTTGTCAGAGTGGTAAATC  50
      ||||||| ||  |||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||
seq2  AACCAGT-TG--ATGC-CAAAAT-AAGATAGTTTGTCAGAGTTGTAATTC  45

seq1  AAATGT--CACAACCATGGAACATGATCATTTTACTATGAAGTTTGTTCT  98
      ||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||
seq2  AAATGTCACACAGCCATGAAACATGATCATTTTACTATTGAGTTGGTTCT  95

seq1  TATTAAATGTCCTATGTATTGTGTGTTTTATATAGTATATAAG-AGCTTC  147
      |||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||
seq2  TATTAAATGT-CTATGTA-TGTG-GTGTTATATAGTATATAAGAAGCTTC  142

seq1  CTTTGGTTAGTGCAAATAAAAATCTTGATGTCACAAATCATCATTTCTGT  197
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTTAGTGC-AATAAAAATC-TGATGTCACAAATCATCATTTCTGT  190

seq1  TACATAATAAATAGCTCATTTGAGATCTACTAATAT-AGTACTCTGATTT  246
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TACATAATAAATAGCTCA-TTGAGATCTACTAATATAAGTACTCTGATTT  239

seq1  ACTATAAAATATTAATTTTAACTACCTTTGTTAGGTAATTTTTGGTTCAG  296
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTATAAAATATTAA-TTTAACTACCTTTGTTAGGTAA-TTTTGGTTCAG  287

seq1  TTTGGATTCTATAGCTATCAATTCTCTGATACCCTTACTGGAAACATTCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATTCTATAGCTATCAATTCTCTGATACCCTTACTGGAAACATTCA  337

seq1  TTTCTACTACATTTTCTATTTTCCACACCACTGCAGTAAATTCTAAGCTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACTACATTTTCTATTTTCCACACCACTGCAGTAAATTCTAAGCTT  387

seq1  GAAATCTGGAACATTCTTAGCATGTAAGGTACTAAACATGGTAAAACCAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTGGAACATTCTTAGCATGTAAGGTACTAAACATGGTAAAACCAA  437

seq1  GACTTTGTTTATATCCACAAACTAGGATTACTTAGAAATTAGAATCTTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGTTTATATCCACAAACTAGGATTACTTAGAAATTAGAATCTTCA  487

seq1  AGACTGGCTGGTATCTTAGTAGTGTCTGATAACCTTTCCATTTCATAATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCTGGTATCTTAGTAGTGTCTGATAACCTTTCCATTTCATAATG  537

seq1  ACTAAGAGCTTTATAAACTTTTCCTTCTTGGGGAATTACTTCAAGATTGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGCTTTATAAACTTTTCCTTCTTGGGGAATTACTTCAAGATTGA  587

seq1  CTAGAAAATAGAGATCACCTGATGCAAACATCTCCCTACCCTAGAACACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAATAGAGATCACCTGATGCAAACATCTCCCTACCCTAGAACACA  637

seq1  AAAGTCCACATGGCAACATCCACCCTTTTTTTTCTGTATATGTAAAGTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCACATGGCAACATCCACCCTTTTTTTTCTGTATATGTAAAGTCT  687

seq1  GTCAGTGTCTACAACCTTCCCTCAGATTCTTCCATTTATACTTGGTTTTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTCTACAACCTTCCCTCAGATTCTTCCATTTATACTTGGTTTTA  737

seq1  TAAAACTCAACTGTAAGACATAATATTAAATGTATTAAGTCTGGATCAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTCAACTGTAAGACATAATATTAAATGTATTAAGTCTGGATCAGA  787

seq1  AAGATTCCTATTGCAAGTTTTCTCTCATTTGAGGGCTCTAGATGCAATAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCCTATTGCAAGTTTTCTCTCATTTGAGGGCTCTAGATGCAATAA  837

seq1  ATGCATAATGTCATGTGTGTACATGAATGTATAAGTGGAACTGGGGAGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAATGTCATGTGTGTACATGAATGTATAAGTGGAACTGGGGAGAA  887

seq1  AAGGAGATCAATGAAAGGGGTAAGATGGGGGAATCATCAGATATGGGGAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATCAATGAAAGGGGTAAGATGGGGGAATCATCAGATATGGGGAG  937

seq1  GGATATGCTCAATACATTTGATAAACGGATTAAAAATAATTTCCAAAACA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATGCTCAATACATTTGATAAACGGATTAAAAATAATTTCCAAAACA  987

seq1  AACAAATGAATCCATCCACACACACAGGTATCTTGTCTTTCTTAACCAGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGAATCCATCCACACACACAGGTATCTTGTCTTTCTTAACCAGA  1037

seq1  TTTTCTGGCATATTGTTGAGAACATGAGATAAAAACTGTTCAGGAATTCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGGCATATTGTTGAGAACATGAGATAAAAACTGTTCAGGAATTCA  1087

seq1  TGGACTCCAAAACAGCTGTTCTGAAAATACCTGTACTAGAGGCCAGTGAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCCAAAACAGCTGTTCTGAAAATACCTGTACTAGAGGCCAGTGAT  1137

seq1  AGCTCAAGAGAATTC  1161
      |||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGAGAATTC  1152


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |