BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215I07
Chromosome15 (Build37)
Map Location 48,751,682 - 48,752,822
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneCsmd3, EG665146
Downstream geneLOC100039600, LOC100039539, LOC665160
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215I07.g
ACCGA032464
length1,137
definitionB6Ng01-215I07.g
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattccgtccctcattcttgagggaagagtctacagtccataggaggat
aatattaatgagtatttactttctgttgcttttgtcgctacagaatgtaa
ttataagacaaatatttttcagccaaagattatggaaacaaaatttgaaa
tttgtctctgtggaccatggaacaccacttagaaattggaggaaatataa
aatgtgtagatagttcaatgaaaagtgactctcatgtgagcactgggacc
tgagttaacctccctattatctagataccaagtcaggtccatgacattcc
tgtcatcctagtacagagatgggcagatcccttaaaatcgcagcacaaaa
atgctagcaaacatagtcagttgtaggtacagttagagattctgtctcaa
gaacataagatggaaacaaataacacagctgaatttgaccactgatttcc
acatacttatgtttgcatgtacctaatcaggtaaaaacacataaatacat
acacataatacatctattcacagggaaaggatttttgatgaaataaatga
ctagatttaatcatatctacaagaatatatgaactattgagcaaatttac
tcaagagataaaggacatttaaaattacagataatcttattctatgttga
tgaaatcaagaacttgaatgttgtgatttctgaaaaaggcaaggaaagaa
gaacaaaaaaaatactttttagggtaaagccccagagcttatttcacaac
tggaacttaatgttcaaggatgtctataattattaaagcactttttaata
ctgtcttagatttagctagattttacaaattagtaagtaactgaattttc
ccagtacctcaaatgacatgctacttaagaaataactcaacggctatgct
ttcttctttagtctccactatgactcagaaacactgtgtataaacatcga
agtctatattatcccaagaattgttccctgaatataacacacaaattcca
agctaaagttttaaatactaatttagtttagacctgacaacataacttat
agttgtgaaattctagacaacattatagcattgaaatttttcttcttttt
atgcaaaatggggaatggatcacgattacaacattca
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_48751682_48752822
seq2: B6Ng01-215I07.g_63_1199

seq1  GAATTCCAATCCCTAATTCTTGAAGGAAGAGTCTACAGTCCATAGGAGGA  50
      |||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCC-GTCCCTCATTCTTGAGGGAAGAGTCTACAGTCCATAGGAGGA  49

seq1  TAATATTAATGAGTATTTACTTTAGTTTGCTTTTGTCACTACAGAATGTA  100
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAATATTAATGAGTATTTACTTTCTGTTGCTTTTGTCGCTACAGAATGTA  99

seq1  ATTATAAGACAAATATTTTTCAGCCAAAGATTATGGAAACAAAATTTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAGACAAATATTTTTCAGCCAAAGATTATGGAAACAAAATTTGAA  149

seq1  ATTTGTCTCTGTGTACCATGGAACACCACTTAGAAATTGGAGGAAATATA  200
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCTCTGTGGACCATGGAACACCACTTAGAAATTGGAGGAAATATA  199

seq1  AAATGTGTAGATAGTTCAATGAAAAGTGACTCTCATGTGAGCACTGGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTAGATAGTTCAATGAAAAGTGACTCTCATGTGAGCACTGGGAC  249

seq1  CTGAGTTAACCTCCCTATTATCTAGATACCAAGTCAGGTCCATGACATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTAACCTCCCTATTATCTAGATACCAAGTCAGGTCCATGACATTC  299

seq1  CTGTCATCCTAGTACAGAGATGGGCAGATCCCTTAAAATCGCAGCACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATCCTAGTACAGAGATGGGCAGATCCCTTAAAATCGCAGCACAAA  349

seq1  AATGCTAGCAAACATAGTCAGTTGTAGGTACAGTTAGAGATTCTGTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTAGCAAACATAGTCAGTTGTAGGTACAGTTAGAGATTCTGTCTCA  399

seq1  AGAACATAAGATGGAAACAAATAACACAGCTGAATTTGACCACTGATTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAAGATGGAAACAAATAACACAGCTGAATTTGACCACTGATTTC  449

seq1  CACATACTTATGTTTGCATGTACCTAATCAGGTAAAAACACATAAATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTTATGTTTGCATGTACCTAATCAGGTAAAAACACATAAATACA  499

seq1  TACACATAATACATCTATTCACAGGGAAAGGATTTTTGATGAAATAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATAATACATCTATTCACAGGGAAAGGATTTTTGATGAAATAAATG  549

seq1  ACTAGATTTAATCATATCTACAAGAATATATGAACTATTGAGCAAATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGATTTAATCATATCTACAAGAATATATGAACTATTGAGCAAATTTA  599

seq1  CTCAAGAGATAAAGGACATTTAAAATTACAGATAATCTTATTCTATGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGATAAAGGACATTTAAAATTACAGATAATCTTATTCTATGTTG  649

seq1  ATGAAATCAAGAACTTGAATGTTGTGATTTCTGAAAAAGGCAAGGAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATCAAGAACTTGAATGTTGTGATTTCTGAAAAAGGCAAGGAAAGA  699

seq1  AGAACAAAAAAAATACTTTTTAGGGTAAAGCCCCAGAGCTTATTTCACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAAAAAATACTTTTTAGGGTAAAGCCCCAGAGCTTATTTCACAA  749

seq1  CTGGAACTTAATGTTCAAGGATGTCTATAATTATTAAAGCACTTTTTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACTTAATGTTCAAGGATGTCTATAATTATTAAAGCACTTTTTAAT  799

seq1  ACTGTCTTAGATTTAGCTAGATTTTACAAATTAGTAAGTAACTGAATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTAGATTTAGCTAGATTTTACAAATTAGTAAGTAACTGAATTTT  849

seq1  CCCAGTACCTCAAATGACATGCTACTTAAGAAATAACTCAACGGCTATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTACCTCAAATGACATGCTACTTAAGAAATAACTCAACGGCTATGC  899

seq1  TTTCTTCTTTAGTCTCCACTATGACTCAG-AACACTGTGTATAAACATCG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTTTAGTCTCCACTATGACTCAGAAACACTGTGTATAAACATCG  949

seq1  AAGTCTATAATAT-CCAAGAATTGTTCCCTGAATATAACACAACAAATTC  998
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGTCTATATTATCCCAAGAATTGTTCCCTGAATATAACAC-ACAAATTC  998

seq1  CAAGCTAAAAGTTTTAAATACTAATTTAGTTTAAGACCTGACAACATAAC  1048
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAAGCT-AAAGTTTTAAATACTAATTTAGTTT-AGACCTGACAACATAAC  1046

seq1  TTAATAGTTGTGAAATTCTAGACAACA-TATAGCCTTTAAAAATTTTTC-  1096
      || |||||||||||||||||||||||| |||||| ||   ||||||||| 
seq2  TT-ATAGTTGTGAAATTCTAGACAACATTATAGCATT--GAAATTTTTCT  1093

seq1  TCTTTTTATGCAAAATGGGG-ATTGATCACGAATAACCAACATTCA  1141
      |||||||||||||||||||| || |||||||| ||  |||||||||
seq2  TCTTTTTATGCAAAATGGGGAATGGATCACGATTA--CAACATTCA  1137