BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223A19
Chromosome15 (Build37)
Map Location 50,425,115 - 50,608,071
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrps1
Upstream geneLOC100039539, LOC665160
Downstream geneLOC100039644, LOC100039662
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223A19.bB6Ng01-223A19.g
ACCGA037900GA037901
length1,1161,032
definitionB6Ng01-223A19.b B6Ng01-223A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,425,115 - 50,426,242)(50,607,048 - 50,608,071)
sequence
gaattccacattagtatttttatctaagttacatcttagaataattaatc
caaacatccttaagagaaaaacttaattttaaaaaattctctgaggactg
catagtttatagttgttttctattgtttcatgttatccaactctatttga
aaagagcagctttgagtaataggtaactttaagatcctaattattgaaaa
ctaggtttgaatgcactatctcttatatcattcttattgacaatatgtat
gttacctagaataaagacttttaaaaaaataattaatttattagtattaa
acaaaaccaaagccttaatggagaaaagctgaacaacttttctgagcctc
ttcatggttattgtggacttttctaaacttgatcaaaatttggggaagtg
aagaggatagagtattcaacgattcattttaaagaacaaaatctaaccag
gtgtataactgctttatcttgtgcaacgaaatctttatctttgtttatga
attatgcacatagtgtacgtgaggtctctatagttacaacacaaaataac
acaatgtctgactgaattcaagcttcagataagtagctgatattacagaa
agtatatattacaaaatatttgaaacccatattttaaaaaattatttgtg
gcagatattcttttatctgcctctatacacagatctttaatgagaattca
ttttataagatacaggtctttaaagagaattaattttataacacacaaac
tttatgctactataatgtttgctgagtcacaacagagacccaattcagcc
caaatccttttacaagatgactgtgattaattttaaaactttgcacctga
gtatctgcctatccccatggctcatgtaattcaaagcagtaaacttgtat
acgtgctttatgaacatatagtttatatgtgcatggattaacctggctat
atagccagatttgcctttgagattaaatcttatacattttacttagtgga
aatacaacatgtgtgtatgtgtgtgtcagactgatcatgtcaacatgcca
tgtgtttgggagcataagcacgctattgtctgatctctggattgggcctc
tcctcaggaagaaaaa

gaattctcctttcctgctgatggggagtttttaacctcctgatcaccaga
gtcctgcagcttacggtggtgtgttttgtggttcacccccagtagtctgc
atagattcaagtgtttagccaaatactggaggtatacctattagcattgt
acaatgtcaggaagactaataagccagcaacaaagtggaagtaaggaagg
tcctgattttaagttactcagaggaagctatgttacctaattgtttaggt
tacaaattacctggatgttcttctaaaaaatcaaaacaaaagaaaaagaa
aaaaccaattatgaggagataggtgtttacctattcaagtggttacatct
attgttctatgttacaatgtcctacacttgcatttttcctgtgttaattt
tttctttttaatgtgagggcattgaatagtaaaatggtagtcccaaatag
gttaagaaggtattttttttctataagttacaatcatgggtttaaatgat
acttgcataattcttttccacagactcatttaagcattttctgcctcata
tttattctccagtgaatttttatatactattaagacttttttttaatggt
gattagtgaaacttctacacattccctagagacaagagctccttttaaaa
ttttgagtgtctttaataatatttaatttttattaaccttcgaatgtatc
ttccccaaaacatattttatataataaatagaatgaaccacatgatccct
gatttttttttgagggatgttcgatggataggcttttctaaaaatgaaaa
agaacctaaccatgtaaagcttttgaagtttcaaaatatttgaagttaac
ttcccatattaggctttaaaagattgagaagtcaacaaacccaaaatcat
acagtccgcatttacccacaaagcggaagaccatcattgcaaaggaaaac
tatttttgattaggatcatgacatgggttctatgtttagggcaaagaagc
catctcccaaattggatttgcagcttccgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_50425115_50426242
seq2: B6Ng01-223A19.b_45_1160

seq1  GAATTCCACATTAGTATTTTTATCTAAGTTACATCTTAGAATAATTAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATTAGTATTTTTATCTAAGTTACATCTTAGAATAATTAATC  50

seq1  CAAACATCCTTAAGAGAAAAACTTAATTTTAAAAAATTCTCTGAGGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCCTTAAGAGAAAAACTTAATTTTAAAAAATTCTCTGAGGACTG  100

seq1  CATAGTTTATAGTTGTTTTCTATTGTTTCATGTTATCCAACTCTATTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTTATAGTTGTTTTCTATTGTTTCATGTTATCCAACTCTATTTGA  150

seq1  AAAGAGCAGCTTTGAGTAATAGGTAACTTTAAGATCCTAATTATTGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGCTTTGAGTAATAGGTAACTTTAAGATCCTAATTATTGAAAA  200

seq1  CTAGGTTTGAATGCACTATCTCTTATATCATTCTTATTGACAATATGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTTTGAATGCACTATCTCTTATATCATTCTTATTGACAATATGTAT  250

seq1  GTTACCTAGAATAAAGACTTTTAAAAAAATAATTAATTTATTAGTATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCTAGAATAAAGACTTTTAAAAAAATAATTAATTTATTAGTATTAA  300

seq1  ACAAAACCAAAGCCTTAATGGAGAAAAGCTGAACAACTTTTCTGAGCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCAAAGCCTTAATGGAGAAAAGCTGAACAACTTTTCTGAGCCTC  350

seq1  TTCATGGTTATTGTGGACTTTTCTAAACTTGATCAAAATTTGGGGAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTTATTGTGGACTTTTCTAAACTTGATCAAAATTTGGGGAAGTG  400

seq1  AAGAGGATAGAGTATTCAACGATTCATTTTAAAGAACAAAATCTAACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGATAGAGTATTCAACGATTCATTTTAAAGAACAAAATCTAACCAG  450

seq1  GTGTATAACTGCTTTATCTTGTGCAACGAAATCTTTATCTTTGTTTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAACTGCTTTATCTTGTGCAACGAAATCTTTATCTTTGTTTATGA  500

seq1  ATTATGCACATAGTGTACGTGAGGTCTCTATAGTTACAACACAAAATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCACATAGTGTACGTGAGGTCTCTATAGTTACAACACAAAATAAC  550

seq1  ACAATGTCTGACTGAATTCAAGCTTCAGATAAGTAGCTGATATTACAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTCTGACTGAATTCAAGCTTCAGATAAGTAGCTGATATTACAGAA  600

seq1  AGTATATATTACAAAATATTTGAAACCCATATTTTAAAAAATTATTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATATTACAAAATATTTGAAACCCATATTTTAAAAAATTATTTGTG  650

seq1  GCAGATATTCTTTTATCTGCCTCTATACACAGATCTTTAATGAGAATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATATTCTTTTATCTGCCTCTATACACAGATCTTTAATGAGAATTCA  700

seq1  TTTTATAAGATACAGGTCTTTAAAGAGAATTAATTTTATAACACACAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAGATACAGGTCTTTAAAGAGAATTAATTTTATAACACACAAAC  750

seq1  TTTATGCTACTATAATGTTTGCTGAGTCACAAACAGAGACCCAATTCAGC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCTACTATAATGTTTGCTGAGTCAC-AACAGAGACCCAATTCAGC  799

seq1  CCAAATCCTTTTACAAGATGACTGTGATTAATTTTAAAACTTTGCACCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCCTTTTACAAGATGACTGTGATTAATTTTAAAACTTTGCACCTG  849

seq1  AGTATCTGCCTATCCCCATGGCTCATGTAATTCAAAGCAGTAAACTTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTGCCTATCCCCATGGCTCATGTAATTCAAAGCAGTAAACTTGTA  899

seq1  TACGTGCTTTATGAACATATAGGTTTATATGTGCATGGATTAACCTGGCT  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGCTTTATGAACATATA-GTTTATATGTGCATGGATTAACCTGGCT  948

seq1  ATATAGCCAGATTTGCCTTTGAGAATTAAATCTTAATACATTTTACTTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATATAGCCAGATTTGCCTTTGAG-ATTAAATCTT-ATACATTTTACTTAG  996

seq1  TGGAAATAC-ACATGTGTGTATGTGTGTGTCAGGGACTGATCATGTCAAC  1049
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TGGAAATACAACATGTGTGTATGTGTGTGTCA--GACTGATCATGTCAAC  1044

seq1  ATGCCCATGTG-TTGGGAGCCATTAAGGCAACGCTATTGTCCTGATCTCT  1098
      ||| ||||||| ||||||||   ||||   |||||||||| |||||||||
seq2  ATG-CCATGTGTTTGGGAGC--ATAAG--CACGCTATTGT-CTGATCTCT  1088

seq1  GAATTGGGCCTCTCCCCCCAAGAAGAAAAA  1128
      | |||||||||||  || || |||||||||
seq2  GGATTGGGCCTCT--CCTCAGGAAGAAAAA  1116


seq1: chr15_50607048_50608071
seq2: B6Ng01-223A19.g_66_1097 (reverse)

seq1  AAGCGG-AGCTGCAAAT-CAATTTTGGAGAT-GCTTCTTTG-CCTTAACA  46
      |||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||| ||||
seq2  AAGCGGAAGCTGCAAATCCAATTTGGGAGATGGCTTCTTTGCCCTAAACA  50

seq1  TAGAACCCATGTCATGATCCTAATC-AAAATAGTTTTCCTTTGCAATTGA  95
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGAACCCATGTCATGATCCTAATCAAAAATAGTTTTCCTTTGCAA-TGA  99

seq1  TGGGTCTCCCGCTTTGTGGGTAAATGCGGACTGTATTGAATTTTGGGTTT  145
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  T-GGTCTTCCGCTTTGTGGGTAAATGCGGACTGTAT--GATTTTGGGTTT  146

seq1  GTTGACTTCTC-ATCTTTTAA--GCTAATAT-GGAAGTTAACTTCAAATA  191
      ||||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTGACTTCTCAATCTTTTAAAGCCTAATATGGGAAGTTAACTTCAAATA  196

seq1  TTTTGAAACTTCAAAAGCTTTACATGGTTAGGTTCTTTTTCATTTTTAG-  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTGAAACTTCAAAAGCTTTACATGGTTAGGTTCTTTTTCATTTTTAGA  246

seq1  AAAGCCTATCCATCGAACATCCCTC-AAAAAAAATCAGGGATCATGTGGT  289
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTATCCATCGAACATCCCTCAAAAAAAAATCAGGGATCATGTGGT  296

seq1  TCATTCTATTTATTATATAAAATATGTTTT-GGGAAGATACATTCGAAGG  338
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTATTTATTATATAAAATATGTTTTGGGGAAGATACATTCGAAGG  346

seq1  TTAATAAAAATTAAATATTATTAAAGACACTCAAAATTTTAAAAGGAGCT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAAATTAAATATTATTAAAGACACTCAAAATTTTAAAAGGAGCT  396

seq1  CTTGTCTCTAGGGAATGTGTAGAAGTTTCACTAATCACCATTAAAAAAAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTCTAGGGAATGTGTAGAAGTTTCACTAATCACCATTAAAAAAAA  446

seq1  GTCTTAATAGTATATAAAAATTCACTGGAGAATAAATATGAGGCAGAAAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATAGTATATAAAAATTCACTGGAGAATAAATATGAGGCAGAAAA  496

seq1  TGCTTAAATGAGTCTGTGGAAAAGAATTATGCAAGTATCATTTAAACCCA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAAATGAGTCTGTGGAAAAGAATTATGCAAGTATCATTTAAACCCA  546

seq1  TGATTGTAACTTATAGAAAAAAAATACCTTCTTAACCTATTTGGGACTAC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTAACTTATAGAAAAAAAATACCTTCTTAACCTATTTGGGACTAC  596

seq1  CATTTTACTATTCAATGCCCTCACATTAAAAAGAAAAAATTAACACAGGA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTACTATTCAATGCCCTCACATTAAAAAGAAAAAATTAACACAGGA  646

seq1  AAAATGCAAGTGTAGGACATTGTAACATAGAACAATAGATGTAACCACTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCAAGTGTAGGACATTGTAACATAGAACAATAGATGTAACCACTT  696

seq1  GAATAGGTAAACACCTATCTCCTCATAATTGGTTTTTTCTTTTTCTTTTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGGTAAACACCTATCTCCTCATAATTGGTTTTTTCTTTTTCTTTTG  746

seq1  TTTTGATTTTTTAGAAGAACATCCAGGTAATTTGTAACCTAAACAATTAG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTTTTTAGAAGAACATCCAGGTAATTTGTAACCTAAACAATTAG  796

seq1  GTAACATAGCTTCCTCTGAGTAACTTAAAATCAGGACCTTCCTTACTTCC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATAGCTTCCTCTGAGTAACTTAAAATCAGGACCTTCCTTACTTCC  846

seq1  ACTTTGTTGCTGGCTTATTAGTCTTCCTGACATTGTACAATGCTAATAGG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTTGCTGGCTTATTAGTCTTCCTGACATTGTACAATGCTAATAGG  896

seq1  TATACCTCCAGTATTTGGCTAAACACTTGAATCTATGCAGACTACTGGGG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTCCAGTATTTGGCTAAACACTTGAATCTATGCAGACTACTGGGG  946

seq1  GTGAACCACAAAACACACCACCGTAAGCTGCAGGACTCTGGTGATCAGGA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACCACAAAACACACCACCGTAAGCTGCAGGACTCTGGTGATCAGGA  996

seq1  GGTTAAAAACTCCCCATCAGCAGGAAAGGAGAATTC  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAAACTCCCCATCAGCAGGAAAGGAGAATTC  1032


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |