BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229L01
Chromosome15 (Build37)
Map Location 14,737,115 - 14,878,034
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040024
Upstream geneLOC666708, LOC674819
Downstream geneLOC100040033, LOC100040046, EG239341
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229L01.bB6Ng01-229L01.g
ACCGA042752GA042753
length1,1231,135
definitionB6Ng01-229L01.b B6Ng01-229L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,876,925 - 14,878,034)(14,737,115 - 14,738,252)
sequence
gaattccaatagagagactgaaacttgaggagacagtcatagtcaggaga
ttcacaccagactcttaggcaacaaacttataaaactgaggagggataat
cagcagaactttaattagtttaaacttgataattgagtacaagctagagg
gaaagaggcaaagcttatggcctacccattcataaataactaagttgcag
taattatttaggtaactagctgccataagttgaaaactctgagactatac
ttaatgctcaacaaactagctctgagaatccaggcttagagcctgagaga
ccacagggaagaattgtttagcaatctgccctgtggtaaggacagactgc
tctgtgcacagagcagctaaactctggctagccacaagagtcagtagagg
gtgggagcaagaaatcatggagagggctactgcaaatcagaggcctgtta
cacacctactcgaaggagctaaggatggcaggctgctgggaagagtggag
gaggcctgtgagcagcctgttgtactggtagattagggaccagaggccca
aggcatgacaccacaggcaagcatttccaagatagagatatagttttcta
gccaagcaggaggctaaaccgcttaagagataaaatggtggcctatggaa
taactcagcttggggagatacacagcagtgtctcttcagctggtgcttta
gtgcacttcccaggttcagttccctcagattatttcattcccacttctga
gattcaagcttctttgcttggaccttcctttttgtttagcttcgttgggt
ctgtggagtgtagtgtggctatcctgtacttcatggctaatatccactta
ttagtgagtacataccattcatgtcctttggggtctgggttaccttattc
aggatgatattttctagttccatccactaggctacaagaatcatgatgtc
cagtccttgattttaatggcctaaataatattccattgtgtaaatgaact
aatactttctgtattcatactcagtagaaggtatgtctagatttgtctag
aattctgttctacttcaaattagttattaggaaggcagaatacattggag
gaaatctgaaaggggggggggat

gaattcatagtagacaaggaattaatggccccttctgagccaaatgacat
tcagatattttaggtaaaattttagtaatattttccatcactgttcacat
gacatttacacagtagaaaaataaacatagtagcaatatcactactgctg
tttcatgtccttgcatttggataggcactaaccttgcgtgtaactgtaaa
gtatttcaaaaatgcagttaacatgagcaacaggatttagttggttgtat
aaaaagttatgtttgtgcaaatgaatcataaaagaattataagggaacat
tatttattttactgtacaatgtagaagcacagaatttgaaggaatagaca
tatgagaatacaattaattgattatattactaattgtgttatttttagta
tattagtaaattatgcactcaaacatggtgatgtgtcttttaaaaattta
attacatgtacttcaaacaagaagagcaaatgagtaaatagattatataa
gtaattcagtgatttccttgttttgggaaaggtgagaatttctgaaactt
ctttttataagaatgagctcttttccatttcatatttactttaaatggtt
tcttctaattagataaacttcaaggagaattatagatacaataaatgaga
catattatattaattttagagtatgtcataggaaacaaatactgatgcaa
tgcctctccaaactgattgccagttagtttatgaggtttaaaatttgcgg
taaacatgcagcataatttggtctttaatgggtaaagcacaaggtgtccc
tgatttaactcttacttgaaggacccgaggaggtcatttctcttgttggt
gggaaggcagcttcagtatcctccatgtccagaaccctgcttttatgcta
gctcttggccatgtggtccctttcatctgctgtagctgcgtaggttgaat
ttattaagggcttttctattttgagagcctggaatgtgttgaagggtctc
catatccagattgtatattatctactaagcattttcccttccttaatgcc
tttgatgtcctcctagcagttttccagttctctataggtctcctcctgct
tatataagaagttttagagccaagcatctctatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_14876925_14878034
seq2: B6Ng01-229L01.b_47_1169 (reverse)

seq1  AT--CCCCCCCCTTTCAG-TTCCCTCC-ATGTA-TCTGCC-TCCT-ATAA  43
      ||  |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||| |||| ||||
seq2  ATCCCCCCCCCCTTTCAGATTTCCTCCAATGTATTCTGCCTTCCTAATAA  50

seq1  CT-ATTTGAAGTAG-ACAG-ATTCTAGACAAATCTAGACATACC-TCTAC  89
      || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTAATTTGAAGTAGAACAGAATTCTAGACAAATCTAGACATACCTTCTAC  100

seq1  TGAGTATGAATACAGAAAGTA-TAGTTCATTTACACAATGGAATATTATT  138
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATGAATACAGAAAGTATTAGTTCATTTACACAATGGAATATTATT  150

seq1  TA-GCCATTAAAATCAAGGACTGGACATCATGATTCTTGTAGCCTAGTGG  187
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCATTAAAATCAAGGACTGGACATCATGATTCTTGTAGCCTAGTGG  200

seq1  ATGGAACTAGAAAATATCATCCTGAATAAGGTAACCCAGACCCCAAAGGA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACTAGAAAATATCATCCTGAATAAGGTAACCCAGACCCCAAAGGA  250

seq1  CATGAATGGTATGTACTCACTAATAAGTGGATATTAGCCATGAAGTACAG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGGTATGTACTCACTAATAAGTGGATATTAGCCATGAAGTACAG  300

seq1  GATAGCCACACTACACTCCACAGACCCAACGAAGCTAAACAAAAAGGAAG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCACACTACACTCCACAGACCCAACGAAGCTAAACAAAAAGGAAG  350

seq1  GTCCAAGCAAAGAAGCTTGAATCTCAGAAGTGGGAATGAAATAATCTGAG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGCAAAGAAGCTTGAATCTCAGAAGTGGGAATGAAATAATCTGAG  400

seq1  GGAACTGAACCTGGGAAGTGCACTAAAGCACCAGCTGAAGAGACACTGCT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGAACCTGGGAAGTGCACTAAAGCACCAGCTGAAGAGACACTGCT  450

seq1  GTGTATCTCCCCAAGCTGAGTTATTCCATAGGCCACCATTTTATCTCTTA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCTCCCCAAGCTGAGTTATTCCATAGGCCACCATTTTATCTCTTA  500

seq1  AGCGGTTTAGCCTCCTGCTTGGCTAGAAAACTATATCTCTATCTTGGAAA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGTTTAGCCTCCTGCTTGGCTAGAAAACTATATCTCTATCTTGGAAA  550

seq1  TGCTTGCCTGTGGTGTCATGCCTTGGGCCTCTGGTCCCTAATCTACCAGT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCTGTGGTGTCATGCCTTGGGCCTCTGGTCCCTAATCTACCAGT  600

seq1  ACAACAGGCTGCTCACAGGCCTCCTCCACTCTTCCCAGCAGCCTGCCATC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGGCTGCTCACAGGCCTCCTCCACTCTTCCCAGCAGCCTGCCATC  650

seq1  CTTAGCTCCTTCGAGTAGGTGTGTAACAGGCCTCTGATTTGCAGTAGCCC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTCCTTCGAGTAGGTGTGTAACAGGCCTCTGATTTGCAGTAGCCC  700

seq1  TCTCCATGATTTCTTGCTCCCACCCTCTACTGACTCTTGTGGCTAGCCAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATGATTTCTTGCTCCCACCCTCTACTGACTCTTGTGGCTAGCCAG  750

seq1  AGTTTAGCTGCTCTGTGCACAGAGCAGTCTGTCCTTACCACAGGGCAGAT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGCTGCTCTGTGCACAGAGCAGTCTGTCCTTACCACAGGGCAGAT  800

seq1  TGCTAAACAATTCTTCCCTGTGGTCTCTCAGGCTCTAAGCCTGGATTCTC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAACAATTCTTCCCTGTGGTCTCTCAGGCTCTAAGCCTGGATTCTC  850

seq1  AGAGCTAGTTTGTTGAGCATTAAGTATAGTCTCAGAGTTTTCAACTTATG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAGTTTGTTGAGCATTAAGTATAGTCTCAGAGTTTTCAACTTATG  900

seq1  GCAGCTAGTTACCTAAATAATTACTGCAACTTAGTTATTTATGAATGGGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTAGTTACCTAAATAATTACTGCAACTTAGTTATTTATGAATGGGT  950

seq1  AGGCCATAAGCTTTGCCTCTTTCCCTCTAGCTTGTACTCAATTATCAAGT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATAAGCTTTGCCTCTTTCCCTCTAGCTTGTACTCAATTATCAAGT  1000

seq1  TTAAACTAATTAAAGTTCTGCTGATTATCCCTCCTCAGTTTTATAAGTTT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTAATTAAAGTTCTGCTGATTATCCCTCCTCAGTTTTATAAGTTT  1050

seq1  GTTGCCTAAGAGTCTGGTGTGAATCTCCTGACTATGACTGTCTCCTCAAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTAAGAGTCTGGTGTGAATCTCCTGACTATGACTGTCTCCTCAAG  1100

seq1  TTTCAGTCTCTCTATTGGAATTC  1110
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTCTCTCTATTGGAATTC  1123


seq1: chr15_14737115_14738252
seq2: B6Ng01-229L01.g_66_1200

seq1  GAATTCATAGTAGACAAGGAATTAATGGCCCCTTCTGAGCCAAATGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTAGACAAGGAATTAATGGCCCCTTCTGAGCCAAATGACAT  50

seq1  TCAGATATTTTAGGTAAAATTTTAGTAATATTTTCCATCACTGTTCACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATATTTTAGGTAAAATTTTAGTAATATTTTCCATCACTGTTCACAT  100

seq1  GACATTTACACAGTAGAAAAATAAACATAGTAGCAATATCACTACTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTACACAGTAGAAAAATAAACATAGTAGCAATATCACTACTGCTG  150

seq1  TTTCATGTCCTTGCATTTGGATAGGCACTAACCTTGCGTGTAACTGTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTCCTTGCATTTGGATAGGCACTAACCTTGCGTGTAACTGTAAA  200

seq1  GTATTTCAAAAATGCAGTTAACATGAGCAACAGGATTTAGTTGGTTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCAAAAATGCAGTTAACATGAGCAACAGGATTTAGTTGGTTGTAT  250

seq1  AAAAAGTTATGTTTGTGCAAATGAATCATAAAAGAATTATAAGGGAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTATGTTTGTGCAAATGAATCATAAAAGAATTATAAGGGAACAT  300

seq1  TATTTATTTTACTGTACAATGTAGAAGCACAGAATTTGAAGGAATAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTTACTGTACAATGTAGAAGCACAGAATTTGAAGGAATAGACA  350

seq1  TATGAGAATACAATTAATTGATTATATTACTAATTGTGTTATTTTTAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAATACAATTAATTGATTATATTACTAATTGTGTTATTTTTAGTA  400

seq1  TATTAGTAAATTATGCACTCAAACATGGTGATGTGTCTTTTAAAAATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTAAATTATGCACTCAAACATGGTGATGTGTCTTTTAAAAATTTA  450

seq1  ATTACATGTACTTCAAACAAGAAGAGCAAATGAGTAAATAGATTATATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATGTACTTCAAACAAGAAGAGCAAATGAGTAAATAGATTATATAA  500

seq1  GTAATTCAGTGATTTCCTTGTTTTGGGAAAGGTGAGAATTTCTGAAACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCAGTGATTTCCTTGTTTTGGGAAAGGTGAGAATTTCTGAAACTT  550

seq1  CTTTTTATAAGAATGAGCTCTTTTCCATTTCATATTTACTTTAAATGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATAAGAATGAGCTCTTTTCCATTTCATATTTACTTTAAATGGTT  600

seq1  TCTTCTAATTAGATAAACTTCAAGGAGAATTATAGATACAATAAATGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAATTAGATAAACTTCAAGGAGAATTATAGATACAATAAATGAGA  650

seq1  CATATTATATTAATTTTAGAGTATGTCATAGGAAACAAATACTGATGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTATATTAATTTTAGAGTATGTCATAGGAAACAAATACTGATGCAA  700

seq1  TGCCTCTCCAAACTGATTGCCAGTTAGTTTATGAGGTTTAAAATTTGCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCCAAACTGATTGCCAGTTAGTTTATGAGGTTTAAAATTTGCGG  750

seq1  T-AACATGCAGCATAATTTGGTCTTTAATGGGTAAAGCACAAGGTGTCCC  799
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGCAGCATAATTTGGTCTTTAATGGGTAAAGCACAAGGTGTCCC  800

seq1  TGATTTAACTCTTACTTGAAGGACCCGAGGAGGTCATTTCTCTTGTTGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAACTCTTACTTGAAGGACCCGAGGAGGTCATTTCTCTTGTTGGT  850

seq1  -GGAAGGCAGCTTCAGTATCCTCCATGTCCAGAACCCTGCTTTTATGCTA  898
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCAGCTTCAGTATCCTCCATGTCCAGAACCCTGCTTTTATGCTA  900

seq1  GCTCTTGG-CATGTGGTCCCTTTCATCTGCTGTAGGCTGCGTAGGTTGAA  947
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTCTTGGCCATGTGGTCCCTTTCATCTGCTGTA-GCTGCGTAGGTTGAA  949

seq1  TTTTTATTAGGGC-TTTCTATTTTGAGAGCCTGGAATGTGTTGAAGGGTC  996
      ||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAT-TAAGGGCTTTTCTATTTTGAGAGCCTGGAATGTGTTGAAGGGTC  998

seq1  TCATAATCCAGAATTTGTAATATTATCTACTTAAGCATTTTCCCTTCCTT  1046
      ||   |||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  TCCATATCCAGA--TTGT-ATATTATCTAC-TAAGCATTTTCCCTTCC-T  1043

seq1  TAATGCTTTTGATGT-CTCCTAGCAGTTTTCAAGTTTTCTATAAGT-TCT  1094
      |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| || || 
seq2  TAATGCCTTTGATGTCCTCCTAGCAGTTTTCCAGTTCTCTATAGGTCTCC  1093

seq1  CTCTGCTTATATAAGAAAATTTTAAGAGCCAAAGCA-ATCTATAG  1138
        |||||||||||||  || ||| |||||| |||||  |||||||
seq2  TCCTGCTTATATAAG--AAGTTTTAGAGCC-AAGCATCTCTATAG  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |