BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230H17
Chromosome15 (Build37)
Map Location 29,684,225 - 29,826,383
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC382975, Ctnnd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230H17.bB6Ng01-230H17.g
ACCGA043335GA043336
length1,099986
definitionB6Ng01-230H17.b B6Ng01-230H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,825,289 - 29,826,383)(29,684,225 - 29,685,176)
sequence
gaattcatggcagtcctcttgattcagaatatgagggcttatcattgaaa
tgtaatcctggctacaacgttcacttctttctttatacaatctcttccgg
aagtaaactttttaagctcgatgattaattttatatgccaacccatctgc
atctgtgggactcacagatactttgcctgaagttattccagatgtctctg
tgaggatatttttgaatgagactattgtttaaattgatggactgagtaaa
gcagatatgttgggaagtctcatttaataaaagtcatgaaggaaacaaaa
gactgagttttcctcaggtgagagttagttctccagtctatcatggattc
caaagttggatctttagagtttagacttaacttccataatcaggggaata
aacctatgtatgtttgtacatatgtatgtatgtatatgtatgtgtcatct
atcttgatctatttctatcatctatctctatatacttactatctataatc
tctatagctatcatattcctccctctatctatctattgatattatatctg
tcatccatcctcctatcatctatctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatcatctatctatcatctctctatctattatctatctagatat
ctattatttatttatcacctaattatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatcttttacctagcaattatttgtcattctattactctat
ctacatatctacttatatacttacgtatctgtacatctgttttagatgta
tctccttttcatctctttgtctccatctcttttgttctgtttctctggag
aatcatagacattcacgtccagaattctgaactgtccttgaatacttgga
acagtgaaaagtcattatcagagggggccccaaattcctgagtgtgagaa
acagattttggctgggtaccctctaaggggagttttctaattatctgagg
tagtttacctgtctcactttgcaagctcaggttcacacagaagtgatgct
ccacagtcagctattgggatggattcacagggacctccaatgaggagct

gaattcttatctgaacattttccccaacagctcatatgaaggatgagatt
ctaggctgctgtatccttattttcctcagcctttcccttatactttctct
ccctcagtggatatctgagcttgatggaaataccttgtattgatattacc
actggtctggaaatttaatttctcactgaagattggccaattagttttat
caagtattataaatgcttgttgttgagaattttgttctgtaaccactgac
agcaggacaccctggactaacatccaattaaataaacagaactcattgga
gattcgacctgaagatactgactttgttaccagaggaaacaacagaattt
catgatgcattttttttttttttgaaaatccgctcctatcctaactactg
ttacctctctacttaactttgtgtgctctttttaaagtcatttagcttgc
ctcagtgtaagaggatctacttgaatatgggtatcctgttcagggccaca
tgttggaagaaccagcatccctttccaaaccagccttcactggccaataa
ctcctcaactcctcaaccagatgaaccactcccctatctgctaattggct
ttctctaatgcaggacttgtacatgcagatctgatttttgtttgttcttg
tgtgtatcagtgttctcatatctgacaactactcctttgacacaaagata
cactacctctgggtttactccctcttccacaatgatctcaagccttggat
ggagctattccatttagagctaagaactacacagtctcttattcttggca
gattgatcagcttgggtctctatattaaccacctttctctaccaaaataa
agcatctataatgagggttgaaagatgcactagtctgtgagagaaaatac
aagaactcagcaaagtgtattactatttctatttagcagatagcattatg
ttctccttaaggcctgtgagctacccagctatgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_29825289_29826383
seq2: B6Ng01-230H17.b_42_1140 (reverse)

seq1  AGCTCCTCCATTGG-GGGCCCTGTG-ATCCAT-CCAATAGCTGACTGT-G  46
      ||||||| |||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||| |
seq2  AGCTCCT-CATTGGAGGTCCCTGTGAATCCATCCCAATAGCTGACTGTGG  49

seq1  AGCATTCACTTCTGTGTG-ACCTGAGCTTTGCAAGTGAGACAGGTAAACT  95
      |||| ||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  AGCA-TCACTTCTGTGTGAACCTGAGCTTGCAAAGTGAGACAGGTAAACT  98

seq1  ACCTCAGATAATTAGAAAACTCCCTTTAGAGGGTACCCAGCAAAATTCTG  145
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||
seq2  ACCTCAGATAATTAGAAAACTCCCCTTAGAGGGTACCCAGCCAAAATCTG  148

seq1  TTTCTCACACTCAGGAATTTGGGG-CCCCTCTGATAATGACTTTTCACTG  194
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCACACTCAGGAATTTGGGGCCCCCTCTGATAATGACTTTTCACTG  198

seq1  TTCCAAGTATTCAAGGACAGTTCAGAATTCTGGACGTGAATGTCTATGAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGTATTCAAGGACAGTTCAGAATTCTGGACGTGAATGTCTATGAT  248

seq1  TCTCCAGAGAAACAGAACAAAAGAGATGGAGACAAAGAGATGAAAAGGAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGAGAAACAGAACAAAAGAGATGGAGACAAAGAGATGAAAAGGAG  298

seq1  ATACATCTAAAACAGATGTACAGATACGTAAGTATATAAGTAGATATGTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTAAAACAGATGTACAGATACGTAAGTATATAAGTAGATATGTA  348

seq1  GATAGAGTAATAGAATGACAAATAATTGCTAGGTAAAAGATAGATAGATA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGTAATAGAATGACAAATAATTGCTAGGTAAAAGATAGATAGATA  398

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATTAGGTGATAAATAAATAATA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAATTAGGTGATAAATAAATAATA  448

seq1  GATATCTAGATAGATAATAGATAGAGAGATGATAGATAGATGATAGATAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCTAGATAGATAATAGATAGAGAGATGATAGATAGATGATAGATAG  498

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGGAGGATGGATG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGGAGGATGGATG  548

seq1  ACAGATATAATATCAATAGATAGATAGAGGGAGGAATATGATAGCTATAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATATAATATCAATAGATAGATAGAGGGAGGAATATGATAGCTATAG  598

seq1  AGATTATAGATAGTAAGTATATAGAGATAGATGATAGAAATAGATCAAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATAGATAGTAAGTATATAGAGATAGATGATAGAAATAGATCAAGA  648

seq1  TAGATGACACATACATATACATACATACATATGTACAAACATACATAGGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGACACATACATATACATACATACATATGTACAAACATACATAGGT  698

seq1  TTATTCCCCTGATTATGGAAGTTAAGTCTAAACTCTAAAGATCCAACTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCCCTGATTATGGAAGTTAAGTCTAAACTCTAAAGATCCAACTTT  748

seq1  GGAATCCATGATAGACTGGAGAACTAACTCTCACCTGAGGAAAACTCAGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCATGATAGACTGGAGAACTAACTCTCACCTGAGGAAAACTCAGT  798

seq1  CTTTTGTTTCCTTCATGACTTTTATTAAATGAGACTTCCCAACATATCTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTCCTTCATGACTTTTATTAAATGAGACTTCCCAACATATCTG  848

seq1  CTTTACTCAGTCCATCAATTTAAACAATAGTCTCATTCAAAAATATCCTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTCAGTCCATCAATTTAAACAATAGTCTCATTCAAAAATATCCTC  898

seq1  ACAGAGACATCTGGAATAACTTCAGGCAAAGTATCTGTGAGTCCCACAGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACATCTGGAATAACTTCAGGCAAAGTATCTGTGAGTCCCACAGA  948

seq1  TGCAGATGGGTTGGCATATAAAATTAATCATCGAGCTTAAAAAGTTTACT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATGGGTTGGCATATAAAATTAATCATCGAGCTTAAAAAGTTTACT  998

seq1  TCCGGAAGAGATTGTATAAAGAAAGAAGTGAACGTTGTAGCCAGGATTAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGAAGAGATTGTATAAAGAAAGAAGTGAACGTTGTAGCCAGGATTAC  1048

seq1  ATTTCAATGATAAGCCCTCATATTCTGAATCAAGAGGACTGCCATGAATT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATGATAAGCCCTCATATTCTGAATCAAGAGGACTGCCATGAATT  1098

seq1  C  1095
      |
seq2  C  1099


seq1: chr15_29684225_29685176
seq2: B6Ng01-230H17.g_66_1016

seq1  GAATTCTTATCTGAACATTTTCCCCAACAGCTCATATGAAGGATGAGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCTGAACATTTTCCCCAACAGCTCATATGAAGGATGAGATT  50

seq1  CTAGGCTGCTGTATCCTTATTTTCCTCAGCCTTTCCCTTATACTTTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGCTGTATCCTTATTTTCCTCAGCCTTTCCCTTATACTTTCTCT  100

seq1  CCCTCAGTGGATATCTGAGCTTGATGGAAATACCTTGTATTGATATTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGTGGATATCTGAGCTTGATGGAAATACCTTGTATTGATATTACC  150

seq1  ACTGGTCTGGAAATTTAATTTCTCACTGAAGATTGGCCAATTAGTTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCTGGAAATTTAATTTCTCACTGAAGATTGGCCAATTAGTTTTAT  200

seq1  CAAGTATTATAAATGCTTGTTGTTGAGAATTTTGTTCTGTAACCACTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATTATAAATGCTTGTTGTTGAGAATTTTGTTCTGTAACCACTGAC  250

seq1  AGCAGGACACCCTGGACTAACATCCAATTAAATAAACAGAACTCATTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGACACCCTGGACTAACATCCAATTAAATAAACAGAACTCATTGGA  300

seq1  GATTCGACCTGAAGATACTGACTTTGTTACCAGAGGAAACAACAGAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGACCTGAAGATACTGACTTTGTTACCAGAGGAAACAACAGAATTT  350

seq1  CATGATGCATTTTTTTTTTTTTTGAAAATCCGCTCCTATCCTAACTACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGCATTTTTTTTTTTTTTGAAAATCCGCTCCTATCCTAACTACTG  400

seq1  TTACCTCTCTACTTAACTTTGTGTGCTCTTTTTAAAGTCATTTAGCTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCTCTACTTAACTTTGTGTGCTCTTTTTAAAGTCATTTAGCTTGC  450

seq1  CTCAGTGTAAGAGGATCTACTTGAATATGGGTATCCTGTTCAGGGCCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGTAAGAGGATCTACTTGAATATGGGTATCCTGTTCAGGGCCACA  500

seq1  TGTTGGAAGAACCAGCATCCCTTTCCAAACCAGCCTTCACTGGCCAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGAAGAACCAGCATCCCTTTCCAAACCAGCCTTCACTGGCCAATAA  550

seq1  CTCCTCAACTCCTCAACCAGATGAACCACTCCCCTATCTGCTAATTGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAACTCCTCAACCAGATGAACCACTCCCCTATCTGCTAATTGGCT  600

seq1  TTCTCTAATGCAGGACTTGTACATGCAGATCTGATTTTTGTTTGTTCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAATGCAGGACTTGTACATGCAGATCTGATTTTTGTTTGTTCTTG  650

seq1  TGTGTATCAGTGTTCTCATATCTGACAACTACTCCTTTGACACAAAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATCAGTGTTCTCATATCTGACAACTACTCCTTTGACACAAAGATA  700

seq1  CACTACCTCTGGGTTTACTCCCTCTTCCACAATGATCTCAAGCCTTGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACCTCTGGGTTTACTCCCTCTTCCACAATGATCTCAAGCCTTGGAT  750

seq1  GGAGCTATTCCATTTAGAGCTAAGAACTACACAGTCTCTTATTCTTGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTATTCCATTTAGAGCTAAGAACTACACAGTCTCTTATTCTTGGCA  800

seq1  GATTGATCAGCTTGGGTCTCTATATTAACCACCTTTCTCTACCAAAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATCAGCTTGGGTCTCTATATTAACCACCTTTCTCTACCAAAATAA  850

seq1  AGCATCTATAATGAGGGTTGAAAGATGCACTAGTCTGTGAGAGAAAATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTATAATGAGGGTTGAAAGATGCACTAGTCTGTGAGAGAAAATAC  900

seq1  AAGAACTCAGGCAAAGTGTATTACTATTTCTATTTAGCAGATAGCATTAT  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTCA-GCAAAGTGTATTACTATTTCTATTTAGCAGATAGCATTAT  949

seq1  GT  952
      ||
seq2  GT  951


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |