BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231A08
Chromosome15 (Build37)
Map Location 45,784,845 - 45,887,920
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039389, EG432951
Upstream geneEG432950, Kcnv1
Downstream geneLOC100039438
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231A08.bB6Ng01-231A08.g
ACCGA043733GA043734
length1,186635
definitionB6Ng01-231A08.b B6Ng01-231A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,784,845 - 45,786,048)(45,887,286 - 45,887,920)
sequence
gaattctttatatatattggatattagtcccctatctgatttaagatagg
taaagatcctttcccaatcttttggtgacctttttgtcttattgacagtg
tcttttgccttgcagaagctttgcagtttcatgagagcccatttgtcaat
ccttgatcttacagcacaagccatggttgttctattcaggattttttccc
ctgtgcccatatctttgaggcttttccccattttctcctctataagtttc
agtgtctctggttttatgtgaagttccttgatctacttagatttggcctt
agtacaaggagataggaatggatcgatttgcattcttctacatgataaca
accagttgtgccaacaccatttgttgaaaatgctgtctttcttccacaat
cctttccaaaaatatcaataaaaatataggtggaaatttaaataaattaa
taaaatagcaataattaacaataacaggtatacctgaaaagatacaaaga
tatatagagagagtaaattaactaattgttagcttagcaccacattaacc
attgtaaaagtcaccaatacctgagaagctatatgtccaaaacagggaac
tcatgatgaaagagttttgtaacagaaaactgttaagtttacaaattggg
aaaaaaaatacttgaaaatacttcagaatgaaggtctttaggtgcagttt
acaaaaacaaatcaacccttccccaaaagagtaattaaaaaaaaaagtaa
agaaaacaaacaaacaaacaaaaaaaaaaaaccctagatacctaaatgtc
tattccagtctcactgagtaaacacaaacatgttaaccatttcttcctgc
agggtttaatttttctgcttaatttctacagaactatacccatgatgata
aaaaatagcatcacttttttactgtaactattaatttagatggcttaatt
ttcaataaatttcaggttatttgaaggaataagaaacattttatgcaaat
ttgtgtcacaaaagagctgagcaattcaggaagatattacaaagatgttt
cttaagtgatatattgatatgacatcattagcaaaacactttgctacagc
atcatctctgtctttaatggagaggcatctgacactaaataatggtggaa
gacatgttgtactatgcatctaggaactcttattgt

gaattcttagtttactaaaatgattggccagggtgggttgcataggatgg
gttatttagttccgacctctctagtgcccatcaagacaaggttatgtgag
tcctgagggtggaactcaggcttttacacttgcagtccatgcactttatt
gacaccattttaccagtcacatgattgagatatttcatataatttgacca
taggagtatgctctttagctcaaacttaggtggtaaatgaaaattatatg
tcattatttagccataaaacacatagcactcctttaatgataacccaccc
tgaataaatcaggtattattgctacactcttgcaaggtagacacattttg
tgacctcaaaagtggagaaagaataaatttatttgctcatctatagaaat
gaatatacattgaggaatgcccaaacatccagattttaataactttgtga
atctggttataggtgtgtcaaactaggccaccaatgactgagtttcaagg
gcatcagtactctttatcaacagggaatgaaaaaagaagcacttcaaata
gcccagtgtaggggaatgctggaatgccagggtggggaggttagtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_45784845_45786048
seq2: B6Ng01-231A08.b_45_1230

seq1  GAATTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCCCTATCTGATTTAAGATAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCCCTATCTGATTTAAGATAGG  50

seq1  TAAAGATCCTTTCCCAATCTTTTGGTGACCTTTTTGTCTTATTGACAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATCCTTTCCCAATCTTTTGGTGACCTTTTTGTCTTATTGACAGTG  100

seq1  TCTTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAGTTTCATGAGAGCCCATTTGTCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAGTTTCATGAGAGCCCATTTGTCAAT  150

seq1  CCTTGATCTTACAGCACAAGCCATGGTTGTTCTATTCAGGATTTTTTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATCTTACAGCACAAGCCATGGTTGTTCTATTCAGGATTTTTTCCC  200

seq1  CTGTGCCCATATCTTTGAGGCTTTTCCCCATTTTCTCCTCTATAAGTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCATATCTTTGAGGCTTTTCCCCATTTTCTCCTCTATAAGTTTC  250

seq1  AGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGATCTACTTAGATTTGGCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGTTCCTTGATCTACTTAGATTTGGCCTT  300

seq1  AGTACAAGGAGATAGGAATGGATCGATTTGCATTCTTCTACATGATAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAGGAGATAGGAATGGATCGATTTGCATTCTTCTACATGATAACA  350

seq1  ACCAGTTGTGCCAACACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTCTTCCACAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTGTGCCAACACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTCTTCCACAAT  400

seq1  CCTTTCCAAAAATATCAATAAAAATATAGGTGGAAATTTAAATAAATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCAAAAATATCAATAAAAATATAGGTGGAAATTTAAATAAATTAA  450

seq1  TAAAATAGCAATAATTAACAATAACAGGTATACCTGAAAAGATACAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGCAATAATTAACAATAACAGGTATACCTGAAAAGATACAAAGA  500

seq1  TATATAGAGAGAGTAAATTAACTAATTGTTAGCTTAGCACCACATTAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGAGAGAGTAAATTAACTAATTGTTAGCTTAGCACCACATTAACC  550

seq1  ATTGTAAAAGTCACCAATACCTGAGAAGCTATATGTCCAAAACAGGGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAAAGTCACCAATACCTGAGAAGCTATATGTCCAAAACAGGGAAC  600

seq1  TCATGATGAAAGAGTTTTGTAACAGAAAACTGTTAAGTTTACAAATTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGAAAGAGTTTTGTAACAGAAAACTGTTAAGTTTACAAATTGGG  650

seq1  AAAAAAAATACTTGAAAATACTTCAGAATGAAGGTCTTTAGGTGCAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATACTTGAAAATACTTCAGAATGAAGGTCTTTAGGTGCAGTTT  700

seq1  ACAAAAACAAATCAACCCTTCCCCAAAAGAGTAATTAAAAAAAAAAGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAACAAATCAACCCTTCCCCAAAAGAGTAATTAAAAAAAAAAGTAA  750

seq1  AGAAAACAAACAAACAAAC-AAAAAAAAAAACCCTAGATACCTAAATGTC  799
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAAAAACCCTAGATACCTAAATGTC  800

seq1  TATTCCAGTCTCACTGAGTAAACACAAACATGTTAACCATTTCTTCCTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCAGTCTCACTGAGTAAACACAAACATGTTAACCATTTCTTCCTGC  850

seq1  AGGGTTTAATTTTTCTGCTTAATTTCTACAGAACTATACCCATGATGAT-  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGGTTTAATTTTTCTGCTTAATTTCTACAGAACTATACCCATGATGATA  900

seq1  AAAAATAGCATCACTTTTTTACTGTAACTATTAATTTAGATGGCTTAATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGCATCACTTTTTTACTGTAACTATTAATTTAGATGGCTTAATT  950

seq1  TTCAAATAAATTTCAGGTTATTTGAAGGAATAAGAAACATTTTATGCAAA  998
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTC-AATAAATTTCAGGTTATTTGAAGGAATAAGAAACATTTTATGCAAA  999

seq1  TTTGTGTCAC-AAAGAGCTGAAGCAATTCCAGGAAGATATTACAAAGATG  1047
      |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTCACAAAAGAGCTG-AGCAATT-CAGGAAGATATTACAAAGATG  1047

seq1  TTTCTTAAGTGAATTAATAATGATAATGACATCATTAGCAAAACAACTTT  1097
      ||||||||||||    ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCTTAAGTGA---TATATTGAT-ATGACATCATTAGCAAAAC-ACTTT  1092

seq1  GCTAACAGCATCATCTCTGTCTTTAATGGAGAAAGCAATCCTGACACTAA  1147
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||   |||||||| |
seq2  GCT-ACAGCATCATCTCTGTCTTTAATGGAG-AGGCA--TCTGACACT-A  1137

seq1  AATAAATTGTTTTGGAAGACATTTGTTTGTAATGTATGCATCTAGAAACT  1197
      |||||    |  ||||||||||    |||||   ||||||||||| ||||
seq2  AATAA----TGGTGGAAGACAT---GTTGTA--CTATGCATCTAGGAACT  1178

seq1  C-TATTGT  1204
      | ||||||
seq2  CTTATTGT  1186


seq1: chr15_45887286_45887920
seq2: B6Ng01-231A08.g_63_697 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTAACCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTAACCTCC  50

seq1  CCACCCTGGCATTCCAGCATTCCCCTACACTGGGCTATTTGAAGTGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTGGCATTCCAGCATTCCCCTACACTGGGCTATTTGAAGTGCTTC  100

seq1  TTTTTTCATTCCCTGTTGATAAAGAGTACTGATGCCCTTGAAACTCAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCATTCCCTGTTGATAAAGAGTACTGATGCCCTTGAAACTCAGTC  150

seq1  ATTGGTGGCCTAGTTTGACACACCTATAACCAGATTCACAAAGTTATTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGGCCTAGTTTGACACACCTATAACCAGATTCACAAAGTTATTAA  200

seq1  AATCTGGATGTTTGGGCATTCCTCAATGTATATTCATTTCTATAGATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGATGTTTGGGCATTCCTCAATGTATATTCATTTCTATAGATGAG  250

seq1  CAAATAAATTTATTCTTTCTCCACTTTTGAGGTCACAAAATGTGTCTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATTTATTCTTTCTCCACTTTTGAGGTCACAAAATGTGTCTACC  300

seq1  TTGCAAGAGTGTAGCAATAATACCTGATTTATTCAGGGTGGGTTATCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGAGTGTAGCAATAATACCTGATTTATTCAGGGTGGGTTATCATT  350

seq1  AAAGGAGTGCTATGTGTTTTATGGCTAAATAATGACATATAATTTTCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTGCTATGTGTTTTATGGCTAAATAATGACATATAATTTTCATT  400

seq1  TACCACCTAAGTTTGAGCTAAAGAGCATACTCCTATGGTCAAATTATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCTAAGTTTGAGCTAAAGAGCATACTCCTATGGTCAAATTATATG  450

seq1  AAATATCTCAATCATGTGACTGGTAAAATGGTGTCAATAAAGTGCATGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCTCAATCATGTGACTGGTAAAATGGTGTCAATAAAGTGCATGGA  500

seq1  CTGCAAGTGTAAAAGCCTGAGTTCCACCCTCAGGACTCACATAACCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGTGTAAAAGCCTGAGTTCCACCCTCAGGACTCACATAACCTTGT  550

seq1  CTTGATGGGCACTAGAGAGGTCGGAACTAAATAACCCATCCTATGCAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGGGCACTAGAGAGGTCGGAACTAAATAACCCATCCTATGCAACC  600

seq1  CACCCTGGCCAATCATTTTAGTAAACTAAGAATTC  635
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGGCCAATCATTTTAGTAAACTAAGAATTC  635


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |