BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231J15
Chromosome15 (Build37)
Map Location 66,794,126 - 66,951,430
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNdrg1, LOC100040667, St3gal1
Upstream geneF930104E18Rik, Kcnq3, Lrrc6, LOC100040860, Tmem71, LOC100040881, Phf20l1, Tg, Sla, Wisp1
Downstream geneZfat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231J15.bB6Ng01-231J15.g
ACCGA044160GA044161
length1,093969
definitionB6Ng01-231J15.b B6Ng01-231J15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,794,126 - 66,795,199)(66,950,456 - 66,951,430)
sequence
gaattcagacaaaattcatagaggagtgaaggccgcctggtgctgtgagc
agattctagtattactgtgagcttcagctccacctccgtgtgtgcatctg
tgtgtacttggtgcccaggctcccagcaagccgaaggttaaactgaacaa
ctcaaaggacctgcaaatagctatttaatgaaccagtgtcccttccttcc
tgtggtgctggggagtccctggggcactgggaggacacagcctgtgcttt
acacattgctcgtcccagagtcccacagtggcccttgggggaagaggatg
tgtaaaaactgctcaccaaatgccgaacagtcctccagcccacagtgcac
caccatgaggtctctctaacaccactgatgctagatcgtgagtgacaagg
gtcaggaaggctaggcaagcacatcttggtcatcaaagaacaagaattcc
agggcccctggtcaagtcaagtcaacatgtgctgggaacagggagaaatg
taaccctgggtctcgaagggcaataggttgagtgtcccacaccaacccaa
ggccatgtgagaatcattagccagtctgtgagggtagtgaagacagaatc
tggaaatctcaagaagcctcaaaaggtgattgaacctggcttgggagttc
gcaacatgggaatcatgtcactttcttgcctcatgactcgaacacataac
ccctatgagcttccctgtgttcacttgcagagaatgtgtgtttgtccttc
ggattcccgacaaactaggtagacttgggggcccatgtaggaatgttcag
ctctgagaccaaagtgccctatgcaaagtgctcagctctggccccatgac
ccccacctcacttccttcctctttgactacatctcaaactgcttctgtgc
ttaacctggcctcccctagttcgtgtcattcccagtagctgaagctcgct
ctgttgaaactacccttttgcttgctctcttggtcgaagctctctctgcg
gctcctatgagtctcccgttggtggttaaacaatgagtaactcatctata
gaacgctgattcattgaactgctctgataacttcgcaggaccc
gaattcataaagatacttgcaagtgtagccacaggttctcccatctgcta
gcacctcttggttacaaagagatagacgagtgtactggatggatcatgga
gcatgaggcctctgaagaaataggcttcctcagtccctgaaatgagataa
agctgctctccaacctccttagagtgtcacaagccccccaacactccagc
cttgtccgtcattgtagccctgatgattctcacacactggcagtgtaccc
cctttgccttcgtctcaagtccacatttcccaatactcccaggccaggca
gtgtccactggtccaggcacctcacagggcacccagctctccagaatcct
agtgagttatttccattttctctgctacatgctgagatgaacctcattct
tatccttcatcccccatctttacaaagcctcaactgtgtggagagccatt
tgttccaaagagcctttcttaagctgtcactggtcagccattttagggtc
acttataatctttggagaggcctctcgggaggcactggcccctctgactg
gatttaacacagggactgttaggatacttcctggctctggcccagtctgt
ggcttctttatctactggtgatgatgacacaaacaggtgtgttagttact
cttctgttgctgagataaaacactgaccaaggctactgatacatgaaaag
tctatttgggtttatgactctatacaggtaaagtccacgatagtggaaca
gaggcatcgggtggcaaggatagcaactggagcagaaacagggcttatgt
cttatgccacaaacgaaaagcagagaagtgaactaggattagggtgaagc
cttatctctctagtcacatcgccagcactgaggtatctgctaagcctatc
taacattgctgccaactagggccaatctccaatgcgagagcctagggagg
aagttctcattcaaccacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_66794126_66795199
seq2: B6Ng01-231J15.b_40_1132

seq1  GAATTCAGAGAAAATTCAAAGAGGAGTGAAGGCCACCTGGTGCTATGAGC  50
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  GAATTCAGACAAAATTCATAGAGGAGTGAAGGCCGCCTGGTGCTGTGAGC  50

seq1  AGATTCTAGTATTACTGTGAGCTTCAGCTCCACCTCCGTGTGTGCATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTAGTATTACTGTGAGCTTCAGCTCCACCTCCGTGTGTGCATCTG  100

seq1  TGTGTACTTGGTGCCCAGGCTCCCAGCAAGCCGAAGGTTAAACTGAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACTTGGTGCCCAGGCTCCCAGCAAGCCGAAGGTTAAACTGAACAA  150

seq1  CTCAAAGGACCTGCAAATAGCTATTTAATGAACCAGTGTCCCTTCCTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGGACCTGCAAATAGCTATTTAATGAACCAGTGTCCCTTCCTTCC  200

seq1  TGTGGTGCTGGGGAGTCCCTGGGGCACTGTGAGGACACAGCCTGTGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGCTGGGGAGTCCCTGGGGCACTGGGAGGACACAGCCTGTGCTTT  250

seq1  ACACATTGCTCGTCCCAGAGTCCCAGAGTGGCCCAGTGGGGAAGAGGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||
seq2  ACACATTGCTCGTCCCAGAGTCCCACAGTGGCCCTTGGGGGAAGAGGATG  300

seq1  TGTAAAAACTGCTCAGCAAATGCCGAACAGTCCTCCAGCCCACAGTGCAG  350
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTAAAAACTGCTCACCAAATGCCGAACAGTCCTCCAGCCCACAGTGCAC  350

seq1  CACCATGAGGTCTCTCTAACACCACTGATGCTAGATCGTGAGTGACAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGAGGTCTCTCTAACACCACTGATGCTAGATCGTGAGTGACAAGG  400

seq1  GTCAGGAAGGCTAGGCAAGCACATCTTGGTCATCAAGGAACAAGAATTCA  450
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  GTCAGGAAGGCTAGGCAAGCACATCTTGGTCATCAAAGAACAAGAATTCC  450

seq1  AGGGCCCCTGGTCAAGTCAAGTCAACATGTGCTGGGAACAGGGAGAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCCCTGGTCAAGTCAAGTCAACATGTGCTGGGAACAGGGAGAAATG  500

seq1  TAACCCTGGGTCTCGAAGGGCAATAGGTTGAGTGTCCCACAGCAACCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAACCCTGGGTCTCGAAGGGCAATAGGTTGAGTGTCCCACACCAACCCAA  550

seq1  GGCCATGTGAGAATCATTAGCCAGTCTGTGAGGGTAGTGAAGACAGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGTGAGAATCATTAGCCAGTCTGTGAGGGTAGTGAAGACAGAATC  600

seq1  TGGAAATCTCAAGAAGCCTCAGAGAGGTGATTGAACCTGGCTTGGGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATCTCAAGAAGCCTCA-AAAGGTGATTGAACCTGGCTTGGGAGTT  649

seq1  CGCAGCATGGGAATCAGGTCACTTTCTTGCCTCATGACTCGAAGACATAA  700
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CGCAACATGGGAATCATGTCACTTTCTTGCCTCATGACTCGAACACATAA  699

seq1  CCCCTATGAGCTTCCCTGTGTTCACTTGCAAAGAATGTGTGTTTGTCCTT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCCCTATGAGCTTCCCTGTGTTCACTTGCAGAGAATGTGTGTTTGTCCTT  749

seq1  CGGATTCCCGACAAACTAGGTAGACATGGGGGCCCAGGTAGGAAGGCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |  ||
seq2  CGGATTCCCGACAAACTAGGTAGACTTGGGGGCCCATGTAGGAATGTTCA  799

seq1  GCTCTGAGACCAAAGTGCCCTATGCAAAGTGCTCAGCTCTGGCCCAATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTCTGAGACCAAAGTGCCCTATGCAAAGTGCTCAGCTCTGGCCCCATGA  849

seq1  -CCCCACCTCACTTCCTTCCTC-TTGACT-CCTCTCAGACT-CCTCTGTG  896
       ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||| | ||||||
seq2  CCCCCACCTCACTTCCTTCCTCTTTGACTACATCTCAAACTGCTTCTGTG  899

seq1  CTTACCCTGGGCT-CCCTAGTTC-TGTCATTCCCCAGAGCTGAAGCT-GC  943
      |||| ||||| || ||||||||| ||||||||||   |||||||||| ||
seq2  CTTAACCTGGCCTCCCCTAGTTCGTGTCATTCCCAGTAGCTGAAGCTCGC  949

seq1  TCTGTGGAACCTACCCCTTTGCTTGCCCTCTTGG-CCAAGCTCTC-CTG-  990
      ||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| | |||||||| ||| 
seq2  TCTGTTGAAACTACCCTTTTGCTTGCTCTCTTGGTCGAAGCTCTCTCTGC  999

seq1  GGCCCCTA-GAGT-TCCCGT--GGGGTGAAACAAAAGAGAAATCCAGC-A  1035
      ||| |||| |||| ||||||  | ||| |||| || ||| ||  || | |
seq2  GGCTCCTATGAGTCTCCCGTTGGTGGTTAAAC-AATGAGTAACTCATCTA  1048

seq1  AAG-ACGC--ATTCA-TGAACTGCTCTGA-GACTTC-CAGGACCC  1074
       || ||||  ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||
seq2  TAGAACGCTGATTCATTGAACTGCTCTGATAACTTCGCAGGACCC  1093

seq1: chr15_66950456_66951430
seq2: B6Ng01-231J15.g_66_1034 (reverse)

seq1  GGTGGTTTGAATGAGAACTTCCTCCCTAGGCTCTCGCATTTGGAGATTTG  50
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  
seq2  GGTGG-TTGAATGAGAACTTCCTCCCTAGGCTCTCGCA-TTGGAGATT--  46

seq1  GCCCCTAGTTGGCAGCACTGTTAGATAGGCTTAGCAGATACCTCCGTGCT  100
      | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGCCCTAGTTGGCAGCAATGTTAGATAGGCTTAGCAGATACCTCAGTGCT  96

seq1  GGCGATGGGCTTTGAGAGCTTAAGGCTTCACCCTAATCCTAGTTCACCTT  150
      ||||||| |  | |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGCGATGTGACTAGAGAG-ATAAGGCTTCACCCTAATCCTAGTTCA-CTT  144

seq1  CTCTGCTTTTCGTTTGTGGCTTAAGACATAAGCCCTGTTTCTGCTCCAGT  200
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTTTTCGTTTGTGGCATAAGACATAAGCCCTGTTTCTGCTCCAGT  194

seq1  TGCTATCCCTGCCACCCGCTGCCTCTGTTCCACCATCGTGGACTTTAACT  250
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TGCTATCCTTGCCACCCGATGCCTCTGTTCCACTATCGTGGACTTTACCT  244

seq1  GTCTAGAGTCATAAACCCAAATAAACTTTTCTTCTATCAGTCGCCTTGGT  300
      || |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||
seq2  GTATAGAGTCATAAACCCAAATAGACTTTTCATGTATCAGTAGCCTTGGT  294

seq1  CAGTGTTTTATCTCAGCAACAGAAGAGTAACTAACACACCTGTTTGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTTTATCTCAGCAACAGAAGAGTAACTAACACACCTGTTTGTGTC  344

seq1  ATCATCACCAGTAGATAACGAAGCCACAGACTGGGCCAGAGCCAGGAAGT  400
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCACCAGTAGATAAAGAAGCCACAGACTGGGCCAGAGCCAGGAAGT  394

seq1  ATCCTAACAGTCCCTGTGTTAAATCCACTCAGAGGGGCCAGTGCCTCCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAACAGTCCCTGTGTTAAATCCAGTCAGAGGGGCCAGTGCCTCCCG  444

seq1  AGAGGCCTCTCCAAAGACTATAAGTGACCCTAAAATGGCTGACCAGTGAC  500
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTCTCCAAAGATTATAAGTGACCCTAAAATGGCTGACCAGTGAC  494

seq1  AGCTTAAGAAAGGCTCTTTGGAACAAATGGCTCTCCACACAGCTGAGGCT  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCTTAAGAAAGGCTCTTTGGAACAAATGGCTCTCCACACAGTTGAGGCT  544

seq1  TTGTAAAGATGGGGGATGAAGGATAAGAATGAGGTTCATCTCAGCATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGATGGGGGATGAAGGATAAGAATGAGGTTCATCTCAGCATGTA  594

seq1  GCAGAGAAAATGGAAATAACTCACTAGGATTCTGGAGAGCTGGGTGCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAAAATGGAAATAACTCACTAGGATTCTGGAGAGCTGGGTGCCCT  644

seq1  GTGAGGTGCCTGGACCAGTGGACACTGCCTGGCCTGGGAGTATTGGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTGCCTGGACCAGTGGACACTGCCTGGCCTGGGAGTATTGGGAAA  694

seq1  TGTGGACTTGAGACGAAGGCAAAGGGGGTACACTGCCAGTGTGTGAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACTTGAGACGAAGGCAAAGGGGGTACACTGCCAGTGTGTGAGAAT  744

seq1  CATCAGGGCTACAATGACGGACAAGGCTGGAGTGTTGGGGGGCTTGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGGCTACAATGACGGACAAGGCTGGAGTGTTGGGGGGCTTGTGAC  794

seq1  ACTCTAAGGAGGCTGGAGAGCAGCTTTATCTCATTTCAGGGACTGAGGAA  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAAGGAGGTTGGAGAGCAGCTTTATCTCATTTCAGGGACTGAGGAA  844

seq1  GCCTATTTCTTCAGAGGCCTCATGCTCCATGATCCATCCAGTACACTCGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATTTCTTCAGAGGCCTCATGCTCCATGATCCATCCAGTACACTCGT  894

seq1  CTATCTCTTTGTAACCAAGAGGTGCTAGCAGATGGGAGAACCTGTGGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCTTTGTAACCAAGAGGTGCTAGCAGATGGGAGAACCTGTGGCTA  944

seq1  CACTTGCAAGTCTCTTTCTGAATTC  975
      ||||||||||| ||||| |||||||
seq2  CACTTGCAAGTATCTTTATGAATTC  969